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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-23602 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of unliganded octameric prenyltransferase domain of Phomopsis amygdali fusicoccadiene synthase, reconstruction in C1 | |||||||||
![]() | Unfiltered, sharpened, asymmetric reconstruction of PaFS prenyltransferase domain | |||||||||
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機能・相同性 | ![]() fusicocca-2,10(14)-diene synthase / alcohol biosynthetic process / mycotoxin biosynthetic process / ketone biosynthetic process / geranylgeranyl diphosphate synthase / farnesyltranstransferase activity / isoprenoid biosynthetic process / lyase activity / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.18 Å | |||||||||
![]() | Faylo JL / van Eeuwen T | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural insight on assembly-line catalysis in terpene biosynthesis. 著者: Jacque L Faylo / Trevor van Eeuwen / Hee Jong Kim / Jose J Gorbea Colón / Benjamin A Garcia / Kenji Murakami / David W Christianson / ![]() 要旨: Fusicoccadiene synthase from Phomopsis amygdali (PaFS) is a unique bifunctional terpenoid synthase that catalyzes the first two steps in the biosynthesis of the diterpene glycoside Fusicoccin A, a ...Fusicoccadiene synthase from Phomopsis amygdali (PaFS) is a unique bifunctional terpenoid synthase that catalyzes the first two steps in the biosynthesis of the diterpene glycoside Fusicoccin A, a mediator of 14-3-3 protein interactions. The prenyltransferase domain of PaFS generates geranylgeranyl diphosphate, which the cyclase domain then utilizes to generate fusicoccadiene, the tricyclic hydrocarbon skeleton of Fusicoccin A. Here, we use cryo-electron microscopy to show that the structure of full-length PaFS consists of a central octameric core of prenyltransferase domains, with the eight cyclase domains radiating outward via flexible linker segments in variable splayed-out positions. Cryo-electron microscopy and chemical crosslinking experiments additionally show that compact conformations can be achieved in which cyclase domains are more closely associated with the prenyltransferase core. This structural analysis provides a framework for understanding substrate channeling, since most of the geranylgeranyl diphosphate generated by the prenyltransferase domains remains on the enzyme for cyclization to form fusicoccadiene. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 191.6 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 20.8 KB 20.8 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 13.7 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 130 KB | ||
マスクデータ | ![]() | 216 MB | ![]() | |
その他 | ![]() ![]() ![]() | 108.5 MB 200.2 MB 200.2 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 575.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 575.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 21.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 27.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Unfiltered, sharpened, asymmetric reconstruction of PaFS prenyltransferase domain | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.142 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | ![]() | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Unsharpened, unfiltered, asymmetric reconstruction of PaFS prenyltransferase domain...
ファイル | emd_23602_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Unsharpened, unfiltered, asymmetric reconstruction of PaFS prenyltransferase domain | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half-map of PaFS prenyltransferase domain
ファイル | emd_23602_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | half-map of PaFS prenyltransferase domain | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half-map of PaFS prenyltransferase domain
ファイル | emd_23602_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | half-map of PaFS prenyltransferase domain | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : Unliganded Phomopsis amygdali fusicoccadiene synthase octamer
全体 | 名称: Unliganded Phomopsis amygdali fusicoccadiene synthase octamer |
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要素 |
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-超分子 #1: Unliganded Phomopsis amygdali fusicoccadiene synthase octamer
超分子 | 名称: Unliganded Phomopsis amygdali fusicoccadiene synthase octamer タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / 詳細: Octamer of C-terminal prenyltransferase domain |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 392 KDa |
-分子 #1: Fusicoccadiene synthase
分子 | 名称: Fusicoccadiene synthase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: fusicocca-2,10(14)-diene synthase |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MEFKYSEVVE PSTYYTEGLC EGIDVRKSKF TTLEDRGAIR AHEDWNKHIG PCGEYRGTLG PRFSFISVA VPECIPERLE VISYANEFAF LHDDVTDHVG HDTGEVENDE MMTVFLEAAH T GAIDTSNK VDIRRAGKKR IQSQLFLEML AIDPECAKTT MKSWARFVEV ...文字列: MEFKYSEVVE PSTYYTEGLC EGIDVRKSKF TTLEDRGAIR AHEDWNKHIG PCGEYRGTLG PRFSFISVA VPECIPERLE VISYANEFAF LHDDVTDHVG HDTGEVENDE MMTVFLEAAH T GAIDTSNK VDIRRAGKKR IQSQLFLEML AIDPECAKTT MKSWARFVEV GSSRQHETRF VE LAKYIPY RIMDVGEMFW FGLVTFGLGL HIPDHELELC RELMANAWIA VGLQNDIWSW PKE RDAATL HGKDHVVNAI WVLMQEHQTD VDGAMQICRK LIVEYVAKYL EVIEATKNDE SISL DLRKY LDAMLYSISG NVVWSLECPR YNPDVSFNKT QLEWMRQGLP SLESCPVLAR SPEID SDES AVSPTADESD STEDSLGSGS RQDSSLSTGL SLSPVHSNEG KDLQRVDTDH IFFEKA VLE APYDYIASMP SKGVRDQFID ALNDWLRVPD VKVGKIKDAV RVLHNSSLLL DDFQDNS PL RRGKPSTHNI FGSAQTVNTA TYSIIKAIGQ IMEFSAGESV QEVMNSIMIL FQGQAMDL F WTYNGHVPSE EEYYRMIDQK TGQLFSIATS LLLNAADNEI PRTKIQSCLH RLTRLLGRC FQIRDDYQNL VSADYTKQKG FCEDLDEGKW SLALIHMIHK QRSHMALLNV LSTGRKHGGM TLEQKQFVL DIIEEEKSLD YTRSVMMDLH VQLRAEIGRI EILLDSPNPA MRLLLELLRV |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 2 mg/mL | ||||||||||||
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緩衝液 | pH: 7.5 構成要素:
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凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 298 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: Blot for 4.5 seconds before plunging.. | ||||||||||||
詳細 | This sample was monodisperse |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TALOS ARCTICA |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1500 / 平均電子線量: 43.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm |
試料ステージ | ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | ![]() モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
-原子モデル構築 1
初期モデル | PDB ID: |
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