+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-2354 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Anaphase Promoting Complex with full length Emi1 bound | |||||||||
マップデータ | Anaphase Promoting Complex - Emi1 (full length) | |||||||||
試料 |
| |||||||||
キーワード | cell cycle regulation | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 20.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Frye JJ / Brown NG / Petzold G / Watson ER / Grace CRR / Nourse A / Jarvis M / Kriwacki RW / Peters JM / Stark H / Schulman BA | |||||||||
引用 | ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2013 タイトル: Electron microscopy structure of human APC/C(CDH1)-EMI1 reveals multimodal mechanism of E3 ligase shutdown. 著者: Jeremiah J Frye / Nicholas G Brown / Georg Petzold / Edmond R Watson / Christy R R Grace / Amanda Nourse / Marc A Jarvis / Richard W Kriwacki / Jan-Michael Peters / Holger Stark / Brenda A Schulman / 要旨: The anaphase-promoting complex/cyclosome (APC/C) is a ~1.5-MDa multiprotein E3 ligase enzyme that regulates cell division by promoting timely ubiquitin-mediated proteolysis of key cell-cycle ...The anaphase-promoting complex/cyclosome (APC/C) is a ~1.5-MDa multiprotein E3 ligase enzyme that regulates cell division by promoting timely ubiquitin-mediated proteolysis of key cell-cycle regulatory proteins. Inhibition of human APC/C(CDH1) during interphase by early mitotic inhibitor 1 (EMI1) is essential for accurate coordination of DNA synthesis and mitosis. Here, we report a hybrid structural approach involving NMR, electron microscopy and enzymology, which reveal that EMI1's 143-residue C-terminal domain inhibits multiple APC/C(CDH1) functions. The intrinsically disordered D-box, linker and tail elements, together with a structured zinc-binding domain, bind distinct regions of APC/C(CDH1) to synergistically both block the substrate-binding site and inhibit ubiquitin-chain elongation. The functional importance of intrinsic structural disorder is explained by enabling a small inhibitory domain to bind multiple sites to shut down various functions of a 'molecular machine' nearly 100 times its size. | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
---|---|
構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_2354.map.gz | 1.1 MB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-2354-v30.xml emd-2354.xml | 8.3 KB 8.3 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | EMD-2354_full_length_view.jpg | 36.2 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-2354 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-2354 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_2354_validation.pdf.gz | 198.2 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | emd_2354_full_validation.pdf.gz | 197.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_2354_validation.xml.gz | 4.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-2354 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-2354 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_2354.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | Anaphase Promoting Complex - Emi1 (full length) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 5 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
|
-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : APC/C - Emi1 complex
全体 | 名称: APC/C - Emi1 complex |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1000: APC/C - Emi1 complex
超分子 | 名称: APC/C - Emi1 complex / タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 2 |
---|---|
分子量 | 理論値: 1.6 MDa |
-分子 #1: APC/C
分子 | 名称: APC/C / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: Anaphase Promoting Complex / 組換発現: Yes |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human |
-分子 #2: Emi1
分子 | 名称: Emi1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 組換発現: Yes |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human |
-実験情報
-構造解析
手法 | ネガティブ染色法 |
---|---|
解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 / 詳細: 20mM Tris-HCL, 150 mM NaCl |
---|---|
染色 | タイプ: NEGATIVE / 詳細: Uranyl Formate |
凍結 | 凍結剤: NONE / 装置: OTHER |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI/PHILIPS CM200FEG |
---|---|
日付 | 2012年6月13日 |
撮影 | カテゴリ: CCD / フィルム・検出器のモデル: GENERIC CCD / 平均電子線量: 25 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 160 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 倍率(補正後): 118800 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2 mm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: SIDE ENTRY, EUCENTRIC |
-画像解析
CTF補正 | 詳細: Each particle |
---|---|
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 20.0 Å / ソフトウェア - 名称: Imagic / 使用した粒子像数: 18911 |