+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-23407 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Map of full mutant cScap/Fab complex | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
![]() | Map of Scap(D435VB)/Insig-1/4G10 complex complex. Low pass filtered by local resolution | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
![]() |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
機能・相同性 | ![]() Regulation of cholesterol biosynthesis by SREBP (SREBF) / SREBP-SCAP complex / regulation of cholesterol biosynthetic process / cellular lipid metabolic process / ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
![]() | Kober DL / Radhakrishnan A / Goldstein JL / Brown MS / Clark LD / Bai X-C / Rosenbaum DM | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
資金援助 | ![]() ![]()
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
![]() | ![]() タイトル: Scap structures highlight key role for rotation of intertwined luminal loops in cholesterol sensing. 著者: Daniel L Kober / Arun Radhakrishnan / Joseph L Goldstein / Michael S Brown / Lindsay D Clark / Xiao-Chen Bai / Daniel M Rosenbaum / ![]() 要旨: The cholesterol-sensing protein Scap induces cholesterol synthesis by transporting membrane-bound transcription factors called sterol regulatory element-binding proteins (SREBPs) from the endoplasmic ...The cholesterol-sensing protein Scap induces cholesterol synthesis by transporting membrane-bound transcription factors called sterol regulatory element-binding proteins (SREBPs) from the endoplasmic reticulum (ER) to the Golgi apparatus for proteolytic activation. Transport requires interaction between Scap's two ER luminal loops (L1 and L7), which flank an intramembrane sterol-sensing domain (SSD). Cholesterol inhibits Scap transport by binding to L1, which triggers Scap's binding to Insig, an ER retention protein. Here we used cryoelectron microscopy (cryo-EM) to elucidate two structures of full-length chicken Scap: (1) a wild-type free of Insigs and (2) mutant Scap bound to chicken Insig without cholesterol. Strikingly, L1 and L7 intertwine tightly to form a globular domain that acts as a luminal platform connecting the SSD to the rest of Scap. In the presence of Insig, this platform undergoes a large rotation accompanied by rearrangement of Scap's transmembrane helices. We postulate that this conformational change halts Scap transport of SREBPs and inhibits cholesterol synthesis. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
ムービー |
![]() |
---|---|
構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
-
ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 47.1 MB | ![]() | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 18.5 KB 18.5 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 9.7 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 17.6 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-
リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
---|---|
「今月の分子」の関連する項目 |
-
マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | Map of Scap(D435VB)/Insig-1/4G10 complex complex. Low pass filtered by local resolution | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.08 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
|
-添付データ
-
試料の構成要素
-全体 : Ternary complex of Scap with Fab fragment
全体 | 名称: Ternary complex of Scap with Fab fragment |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1: Ternary complex of Scap with Fab fragment
超分子 | 名称: Ternary complex of Scap with Fab fragment / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all 詳細: Fab fragment generated by proteolytic cleavage of IgG antibody |
---|---|
分子量 | 理論値: 50 KDa |
-超分子 #2: Scap
超分子 | 名称: Scap / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#2 |
---|---|
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() ![]() |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
-超分子 #3: 4G10 Fab
超分子 | 名称: 4G10 Fab / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3-#4 詳細: Fab fragment generated by proteolytic cleavage of IgG antibody |
---|---|
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() ![]() |
-分子 #1: Sterol regulatory element-binding protein cleavage-activating protein
分子 | 名称: Sterol regulatory element-binding protein cleavage-activating protein タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() ![]() |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: PAMTLTEKLR ERISRAFYNH GLLCASYPIP IILFTGLCIL ACCYPLLKLP LPGTGPVEFS TPVKDYFPPS PDVVSQQGDL SERPDWYVGA PVAYIQQIFV KATVSPWQKN FLAVDVFRSP LSRVFQLVEE IRNHALRDSS GVKSLEEVCL QVTDLLPGLK KLRNLLPEHG ...文字列: PAMTLTEKLR ERISRAFYNH GLLCASYPIP IILFTGLCIL ACCYPLLKLP LPGTGPVEFS TPVKDYFPPS PDVVSQQGDL SERPDWYVGA PVAYIQQIFV KATVSPWQKN FLAVDVFRSP LSRVFQLVEE IRNHALRDSS GVKSLEEVCL QVTDLLPGLK KLRNLLPEHG CLLLSPGNFW QNDRERFNAD PDIIKTIHQH EPKALQTSAT LKDLLFGLPG KYSGVNLYNR KRVVSYTVTL GLQRYDSRFL SSLRSRLKLL HPSPNCTLRE DSIVHVHFKE EIGIAELIPL VTTYIILFAY IYFSTRKIDM VKSKWGLALA AVVTVLSSLL MSVGLCTLFG LTPTLNGGSV PVSFREIFPY LVVVIGLENV LVLTKSVVST PVDLEVKLRI AQGLSNESWS IMKNMATELG IILIGYFTLV PAIQEFCLFA VVGLVSVFFL QMLFFTTVLS IDIRRMELAD LNKRLPAEAC LPPAKPASRS QRYERQPAVR PATPHTITLQ PSSFRNLRLP KRLRVIYFFA RTRLAQRLIM AGTVIWIGIL VYTDPAGLRT YLTSQVTEQS PLGEAGLPPM PVPGGVLPAG DPKIDLSVFP SDPIQLSENQ TQQREQQAGL EPLGRLETNQ HSWAQGPEGR GNGQTELGTE AEVTWGAEDE EIWRKLSFRH WPSLFSYYNI TLAKRYISIL PAIPVTLYLN PQEALEVRHP QEANRYHPFL SSSGGKLNAE AQPDQTSSRL QGHRDVTLYK VAALGLASGI LLVLLLFCLY RLLCPKNYGQ NGLSHSRRRR GDLPCDDYGY SPPETEIVPL VLRGHLMDIE CLASDGMLLV SCCLVGQIRV WDAQTGDCLT VIPKPRLRRD SSGIFDYQES WDHSPDGKTG LDDSFESSHQ LKRMLSPPQP PLFCDQPDLT SLIDTNFSEQ VKVAESEPRL RAVGGRQKEA GYDFSSLVGK VYEEHSTSNC MNFGGLSAPH GQAGFCVGGS TARSLGCGSE EGGCGGRRRS LGDESLSGFD KSSPLPSWGG DFESSVWSLD LQGNLIVAGR SNGKLEVWDA IEGTLRSSND ESQSGITALV FLNNRIVAAR LNGSLDFFSL ETHTSLNHLQ FRGAPSRSSI PSSPLFSSSD VIVCQLTHTV SCAHQKPITA LKAAAGRLVT GSQDHTLRVF RLEDSCCLFT LQGHSGAITA VYIDQTMVLA SGGQDGAICL WDVLTGSKVS HMYAHRGDVT SLTCTTSCVI SSGLDDVISI WDRSSGIKLY SIQQEMGCGS SLGVISDNLL VTGGQGCVSF WDIGYGDLLQ TVYLGKSNES QPARQILVLE NAAIVCNFGS ELSLVYVPSV LEKLDDYKDD DDKGSDYKDD DDKGSDYKDD DDK |
-分子 #2: Insig-1
分子 | 名称: Insig-1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() ![]() |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MTGPKADAMQ SPSPSAGRAE REASGGSATT WRQHLVQRSV VLFVVGAFMA LVLNLLQIQR NVTLFPDEVI ATLFSSAWWV PPCCGTAAAV VGLLYPCIDS HLGEPHKFKR EWASVMRCIA VFVGINHASA KLDFANNVQL SLTLAALSLG LWWTFDRSRS GLGLGITIAF ...文字列: MTGPKADAMQ SPSPSAGRAE REASGGSATT WRQHLVQRSV VLFVVGAFMA LVLNLLQIQR NVTLFPDEVI ATLFSSAWWV PPCCGTAAAV VGLLYPCIDS HLGEPHKFKR EWASVMRCIA VFVGINHASA KLDFANNVQL SLTLAALSLG LWWTFDRSRS GLGLGITIAF VATLITQFLV YNGVYQYTSP DFLYIRSWLP CIFFSGGVTV GNIGRQLAMG IPEKPHNDSR ENLYFQGGSG ATNFSLLKQA GDVEENPG |
-分子 #3: 4G10 Fab light chain
分子 | 名称: 4G10 Fab light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() ![]() |
配列 | 文字列: DIQMTQTTSS LSASLGDRVT ISCRASQDIR NYLNWYQQKP DGTVKLLIYY TSRLHSGVPS RFSGSGSGTD YSLTISNLEQ EDIATYFCQQ TNTLPWTFGG GTKVEIKRTV AAPSVFIFPP SDEQLKSGTA SVVCLLNNFY PREAKVQWKV DNALQSGNSQ ESVTEQDSKD ...文字列: DIQMTQTTSS LSASLGDRVT ISCRASQDIR NYLNWYQQKP DGTVKLLIYY TSRLHSGVPS RFSGSGSGTD YSLTISNLEQ EDIATYFCQQ TNTLPWTFGG GTKVEIKRTV AAPSVFIFPP SDEQLKSGTA SVVCLLNNFY PREAKVQWKV DNALQSGNSQ ESVTEQDSKD STYSLSSTLT LSKADYEKHK VYACEVTHQG LSSPVTKSFN RGEC |
-分子 #4: 4G10 Fab heavy chain
分子 | 名称: 4G10 Fab heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() ![]() |
配列 | 文字列: TGVHSEVQLQ QSGAELVRPG ASVKLSCTAS GFKIKDDYIH WVKQRPEQGL EWIGRIDPAN GHTRYAPKFQ DKATITADTS SNTAYLQLSS LTSEDTAVYY CTRYNDYDAF YFDYWGQGTT LTVSSASTKG PSVFPLAPSS KSTSGGTAAL GCLVKDYFPE PVTVSWNSGA ...文字列: TGVHSEVQLQ QSGAELVRPG ASVKLSCTAS GFKIKDDYIH WVKQRPEQGL EWIGRIDPAN GHTRYAPKFQ DKATITADTS SNTAYLQLSS LTSEDTAVYY CTRYNDYDAF YFDYWGQGTT LTVSSASTKG PSVFPLAPSS KSTSGGTAAL GCLVKDYFPE PVTVSWNSGA LTSGVHTFPA VLQSSGLYSL SSVVTVPSSS LGTQTYICNV NHKPSNTKVD KRVEPKSCDK T |
-実験情報
-構造解析
手法 | ![]() |
---|---|
![]() | ![]() |
試料の集合状態 | particle |
-
試料調製
濃度 | 5 mg/mL | ||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
緩衝液 | pH: 7.5 構成要素:
| ||||||||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-
電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
---|---|
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD![]() |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 1.6 e/Å2 |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |