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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-2339 | |||||||||
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タイトル | Variable internal flexibility characterizes the helical capsid formed by Agrobacterium VirE2 protein on single-stranded DNA. | |||||||||
マップデータ | CryoEM reconstruction of the Agrobacterium T-complex | |||||||||
試料 |
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キーワード | tcomplex / agrobacterium / helical reconstruction | |||||||||
機能・相同性 | VirE2 / VirE2 / DNA-mediated transformation / host cell nucleus / DNA binding / extracellular region / identical protein binding / Single-strand DNA-binding protein 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Agrobacterium fabrum str. C58 (バクテリア) | |||||||||
手法 | らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 20.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Bharat TAM / Zbaida D / Eisenstein M / Frankenstein Z / Mehlman T / Weiner L / Sorzano COS / Barak Y / Albeck S / Briggs JAG ...Bharat TAM / Zbaida D / Eisenstein M / Frankenstein Z / Mehlman T / Weiner L / Sorzano COS / Barak Y / Albeck S / Briggs JAG / Wolf SG / Elbaum M | |||||||||
引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2013 タイトル: Variable internal flexibility characterizes the helical capsid formed by agrobacterium VirE2 protein on single-stranded DNA. 著者: Tanmay A M Bharat / David Zbaida / Miriam Eisenstein / Ziv Frankenstein / Tevie Mehlman / Lev Weiner / Carlos Oscar S Sorzano / Yoav Barak / Shira Albeck / John A G Briggs / Sharon G Wolf / Michael Elbaum / 要旨: Agrobacterium is known for gene transfer to plants. In addition to a linear ssDNA oligonucleotide, Agrobacterium tumefaciens secretes an abundant ssDNA-binding effector, VirE2. In many ways VirE2 ...Agrobacterium is known for gene transfer to plants. In addition to a linear ssDNA oligonucleotide, Agrobacterium tumefaciens secretes an abundant ssDNA-binding effector, VirE2. In many ways VirE2 adapts the conjugation mechanism to transform the eukaryotic host. The crystal structure of VirE2 shows two compact domains joined by a flexible linker. Bound to ssDNA, VirE2 forms an ordered solenoidal shell, or capsid known as the T-complex. Here, we present a three-dimensional reconstruction of the VirE2-ssDNA complex using cryo-electron microscopy and iterative helical real-space reconstruction. High-resolution refinement was not possible due to inherent heterogeneity in the protein structure. By a combination of computational modeling, chemical modifications, mass spectroscopy, and electron paramagnetic resonance, we found that the N-terminal domain is tightly constrained by both tangential and longitudinal links, while the C terminus is weakly constrained. The quaternary structure is thus rigidly assembled while remaining locally flexible. This flexibility may be important in accommodating substrates without sequence specificity. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_2339.map.gz | 247.1 KB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-2339-v30.xml emd-2339.xml | 11.3 KB 11.3 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_2339.jpg | 75.5 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-2339 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-2339 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_2339_validation.pdf.gz | 220 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_2339_full_validation.pdf.gz | 219.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_2339_validation.xml.gz | 4.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-2339 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-2339 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_2339.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1001 KB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | CryoEM reconstruction of the Agrobacterium T-complex | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 4.32 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Agrobacterium T-complex
全体 | 名称: Agrobacterium T-complex |
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要素 |
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-超分子 #1000: Agrobacterium T-complex
超分子 | 名称: Agrobacterium T-complex / タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: Helical / Number unique components: 2 |
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-分子 #1: VirE2
分子 | 名称: VirE2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 集合状態: Helical / 組換発現: Yes |
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由来(天然) | 生物種: Agrobacterium fabrum str. C58 (バクテリア) |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
-分子 #2: short oligomeric 26mer DNA
分子 | 名称: short oligomeric 26mer DNA / タイプ: dna / ID: 2 / 分類: DNA / Structure: SINGLE STRANDED / Synthetic?: No |
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由来(天然) | 生物種: Agrobacterium fabrum str. C58 (バクテリア) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | らせん対称体再構成法 |
試料の集合状態 | helical array |
-試料調製
濃度 | 1 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 8 / 詳細: 50 mM Tris, 500 mM NaCl |
グリッド | 詳細: Quantifoil holey carbon |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / 装置: HOMEMADE PLUNGER |
詳細 | Protein was mixed with single-stranded DNA |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI F20 |
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アライメント法 | Legacy - 非点収差: Objective lens astigmatism was corrected at high-magnification (>100,000) |
日付 | 2008年6月6日 |
撮影 | カテゴリ: CCD / フィルム・検出器のモデル: GENERIC TVIPS / 平均電子線量: 20 e/Å2 / 詳細: Image data was collected as focal pairs. |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 3.2 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm / 倍率(公称値): 50000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN |
実験機器 | モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
詳細 | Particles were picked and preselected using routines of Xmipp, and then reconstruction was carried out using IHRSR. |
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最終 再構成 | 想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 14.67 Å 想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: 110.09 ° 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 20.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF ソフトウェア - 名称: Bsoft, EMAN, Xmipp, Spider, IHRSR |
CTF補正 | 詳細: Phase-flipping |
-原子モデル構築 1
初期モデル | PDB ID: Chain - Chain ID: A |
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ソフトウェア | 名称: fitPDB2EM |
詳細 | The N and C terminal domain were fit separately by exhaustive molecular modeling using the fitPDB2EM program. Only the N-terminal domain could be constrained strongly. |
精密化 | 空間: RECIPROCAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 当てはまり具合の基準: Highest cross-correlation |
得られたモデル | PDB-4blf: |