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- EMDB-2339: Variable internal flexibility characterizes the helical capsid fo... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-2339
タイトルVariable internal flexibility characterizes the helical capsid formed by Agrobacterium VirE2 protein on single-stranded DNA.
マップデータCryoEM reconstruction of the Agrobacterium T-complex
試料
  • 試料: Agrobacterium T-complex
  • タンパク質・ペプチド: VirE2
  • DNA: short oligomeric 26mer DNA
キーワードtcomplex / agrobacterium / helical reconstruction
機能・相同性VirE2 / VirE2 / DNA-mediated transformation / host cell nucleus / DNA binding / extracellular region / identical protein binding / Single-strand DNA-binding protein
機能・相同性情報
生物種Agrobacterium fabrum str. C58 (バクテリア)
手法らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 20.0 Å
データ登録者Bharat TAM / Zbaida D / Eisenstein M / Frankenstein Z / Mehlman T / Weiner L / Sorzano COS / Barak Y / Albeck S / Briggs JAG ...Bharat TAM / Zbaida D / Eisenstein M / Frankenstein Z / Mehlman T / Weiner L / Sorzano COS / Barak Y / Albeck S / Briggs JAG / Wolf SG / Elbaum M
引用ジャーナル: Structure / 年: 2013
タイトル: Variable internal flexibility characterizes the helical capsid formed by agrobacterium VirE2 protein on single-stranded DNA.
著者: Tanmay A M Bharat / David Zbaida / Miriam Eisenstein / Ziv Frankenstein / Tevie Mehlman / Lev Weiner / Carlos Oscar S Sorzano / Yoav Barak / Shira Albeck / John A G Briggs / Sharon G Wolf / Michael Elbaum /
要旨: Agrobacterium is known for gene transfer to plants. In addition to a linear ssDNA oligonucleotide, Agrobacterium tumefaciens secretes an abundant ssDNA-binding effector, VirE2. In many ways VirE2 ...Agrobacterium is known for gene transfer to plants. In addition to a linear ssDNA oligonucleotide, Agrobacterium tumefaciens secretes an abundant ssDNA-binding effector, VirE2. In many ways VirE2 adapts the conjugation mechanism to transform the eukaryotic host. The crystal structure of VirE2 shows two compact domains joined by a flexible linker. Bound to ssDNA, VirE2 forms an ordered solenoidal shell, or capsid known as the T-complex. Here, we present a three-dimensional reconstruction of the VirE2-ssDNA complex using cryo-electron microscopy and iterative helical real-space reconstruction. High-resolution refinement was not possible due to inherent heterogeneity in the protein structure. By a combination of computational modeling, chemical modifications, mass spectroscopy, and electron paramagnetic resonance, we found that the N-terminal domain is tightly constrained by both tangential and longitudinal links, while the C terminus is weakly constrained. The quaternary structure is thus rigidly assembled while remaining locally flexible. This flexibility may be important in accommodating substrates without sequence specificity.
履歴
登録2013年3月25日-
ヘッダ(付随情報) 公開2013年4月24日-
マップ公開2013年6月26日-
更新2013年7月17日-
現状2013年7月17日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.008
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.008
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-4blf
  • 表面レベル: 0.008
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-4blf
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_2339.jpg

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_2339.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1001 KB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈CryoEM reconstruction of the Agrobacterium T-complex
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
4.32 Å/pix.
x 64 pix.
= 276.48 Å		4.32 Å/pix.
x 64 pix.
= 276.48 Å		4.32 Å/pix.
x 64 pix.
= 276.48 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 4.32 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.008 / ムービー #1: 0.008
最小 - 最大-0.0447155 - 0.05394139
平均 (標準偏差)0.00051121 (±0.01020005)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ646464
Spacing646464
セルA=B=C: 276.48 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z4.324.324.32
M x/y/z646464
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z276.480276.480276.480
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-27-15-36
NX/NY/NZ553173
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS646464
D min/max/mean-0.0450.0540.001

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Agrobacterium T-complex

全体名称: Agrobacterium T-complex
要素
  • 試料: Agrobacterium T-complex
  • タンパク質・ペプチド: VirE2
  • DNA: short oligomeric 26mer DNA

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超分子 #1000: Agrobacterium T-complex

超分子名称: Agrobacterium T-complex / タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: Helical / Number unique components: 2

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分子 #1: VirE2

分子名称: VirE2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 集合状態: Helical / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Agrobacterium fabrum str. C58 (バクテリア)
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)

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分子 #2: short oligomeric 26mer DNA

分子名称: short oligomeric 26mer DNA / タイプ: dna / ID: 2 / 分類: DNA / Structure: SINGLE STRANDED / Synthetic?: No
由来(天然)生物種: Agrobacterium fabrum str. C58 (バクテリア)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析らせん対称体再構成法
試料の集合状態helical array

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試料調製

濃度1 mg/mL
緩衝液pH: 8 / 詳細: 50 mM Tris, 500 mM NaCl
グリッド詳細: Quantifoil holey carbon
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / 装置: HOMEMADE PLUNGER
詳細Protein was mixed with single-stranded DNA

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F20
アライメント法Legacy - 非点収差: Objective lens astigmatism was corrected at high-magnification (>100,000)
日付2008年6月6日
撮影カテゴリ: CCD / フィルム・検出器のモデル: GENERIC TVIPS / 平均電子線量: 20 e/Å2 / 詳細: Image data was collected as focal pairs.
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 50000
試料ステージ試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細Particles were picked and preselected using routines of Xmipp, and then reconstruction was carried out using IHRSR.
最終 再構成想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 14.67 Å
想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: 110.09 °
解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 20.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF
ソフトウェア - 名称: Bsoft, EMAN, Xmipp, Spider, IHRSR
CTF補正詳細: Phase-flipping

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

3btp


Chain - Chain ID: A
ソフトウェア名称: fitPDB2EM
詳細The N and C terminal domain were fit separately by exhaustive molecular modeling using the fitPDB2EM program. Only the N-terminal domain could be constrained strongly.
精密化空間: RECIPROCAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 当てはまり具合の基準: Highest cross-correlation
得られたモデル

PDB-4blf:
Variable internal flexibility characterizes the helical capsid formed by Agrobacterium VirE2 protein on single-stranded DNA.

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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