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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | native AMPA receptor | |||||||||
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生物種 | ![]() ![]() ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å | |||||||||
![]() | Yu J / Rao P / Gouaux E | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Architecture and subunit arrangement of native AMPA receptors elucidated by cryo-EM. 著者: Yan Zhao / Shanshuang Chen / Adam C Swensen / Wei-Jun Qian / Eric Gouaux / ![]() 要旨: Glutamate-gated AMPA receptors mediate the fast component of excitatory signal transduction at chemical synapses throughout all regions of the mammalian brain. AMPA receptors are tetrameric ...Glutamate-gated AMPA receptors mediate the fast component of excitatory signal transduction at chemical synapses throughout all regions of the mammalian brain. AMPA receptors are tetrameric assemblies composed of four subunits, GluA1-GluA4. Despite decades of study, the subunit composition, subunit arrangement, and molecular structure of native AMPA receptors remain unknown. Here we elucidate the structures of 10 distinct native AMPA receptor complexes by single-particle cryo-electron microscopy (cryo-EM). We find that receptor subunits are arranged nonstochastically, with the GluA2 subunit preferentially occupying the B and D positions of the tetramer and with triheteromeric assemblies comprising a major population of native AMPA receptors. Cryo-EM maps define the structure for S2-M4 linkers between the ligand-binding and transmembrane domains, suggesting how neurotransmitter binding is coupled to ion channel gating. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 483.6 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 31.3 KB 31.3 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 101.1 KB | ||
その他 | ![]() ![]() ![]() | 199.2 MB 214.9 MB 483.4 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 455.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 454.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 7.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 9.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.00687 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-追加マップ: #1
ファイル | emd_23286_additional_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: #3
ファイル | emd_23286_additional_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: #2
ファイル | emd_23286_additional_3.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
+全体 : GluA1/A2/A3-asymmetric-conformation2 bound to Ab fragments
+超分子 #1: GluA1/A2/A3-asymmetric-conformation2 bound to Ab fragments
+超分子 #2: GluA1/A2/A3-asymmetric-conformation2
+超分子 #3: 11B8 scFv
+超分子 #4: 15F1 Fab
+超分子 #5: 5B2 Fab
+分子 #1: Glutamate receptor 1
+分子 #2: Glutamate receptor
+分子 #3: Glutamate receptor 3
+分子 #4: Protein cornichon homolog 2
+分子 #5: Voltage-dependent calcium channel gamma-8 subunit
+分子 #6: 11B8 scFv
+分子 #7: 15F1 Fab light chain
+分子 #8: 15F1 Fab heavy chain
+分子 #9: 5B2 Fab
+分子 #12: {[7-morpholin-4-yl-2,3-dioxo-6-(trifluoromethyl)-3,4-dihydroquino...
+分子 #13: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
+分子 #14: 6-[2-chloro-6-(trifluoromethoxy)phenyl]-1H-benzimidazol-2-ol
+分子 #15: water
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 8 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 142831 |
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初期 角度割当 | タイプ: NOT APPLICABLE |
最終 角度割当 | タイプ: NOT APPLICABLE |