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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-23216 | |||||||||
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タイトル | Ctf3c with Ulp2-KIM | |||||||||
マップデータ | Ctf3c with Ulp2-KIM peptide | |||||||||
試料 |
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キーワード | kinetochore / cell cycle / sumo / DNA / chromosome segregation | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 attachment of spindle microtubules to kinetochore / establishment of mitotic sister chromatid cohesion / mitotic spindle assembly checkpoint signaling / DNA replication initiation / meiotic cell cycle / chromosome segregation / kinetochore / cell division / nucleus 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å | |||||||||
データ登録者 | Hinshaw SM / Harrison SC | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: J Cell Biol / 年: 2021 タイトル: Ctf3/CENP-I provides a docking site for the desumoylase Ulp2 at the kinetochore. 著者: Yun Quan / Stephen M Hinshaw / Pang-Che Wang / Stephen C Harrison / Huilin Zhou / 要旨: The step-by-step process of chromosome segregation defines the stages of the cell cycle. In eukaryotes, signals controlling these steps converge upon the kinetochore, a multiprotein assembly that ...The step-by-step process of chromosome segregation defines the stages of the cell cycle. In eukaryotes, signals controlling these steps converge upon the kinetochore, a multiprotein assembly that connects spindle microtubules to chromosomal centromeres. Kinetochores control and adapt to major chromosomal transactions, including replication of centromeric DNA, biorientation of sister centromeres on the metaphase spindle, and transit of sister chromatids into daughter cells during anaphase. Although the mechanisms that ensure tight microtubule coupling at anaphase are at least partly understood, kinetochore adaptations that support other cell cycle transitions are not. We report here a mechanism that enables regulated control of kinetochore sumoylation. A conserved surface of the Ctf3/CENP-I kinetochore protein provides a binding site for Ulp2, the nuclear enzyme that removes SUMO chains from modified substrates. Ctf3 mutations that disable Ulp2 recruitment cause elevated inner kinetochore sumoylation and defective chromosome segregation. The location of the site within the assembled kinetochore suggests coordination between sumoylation and other cell cycle-regulated processes. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_23216.map.gz | 65.4 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-23216-v30.xml emd-23216.xml | 12.4 KB 12.4 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_23216.png | 114 KB | ||
マスクデータ | emd_23216_msk_1.map | 83.7 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-23216.cif.gz | 5.7 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-23216 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-23216 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_23216_validation.pdf.gz | 502.4 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_23216_full_validation.pdf.gz | 501.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_23216_validation.xml.gz | 6.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_23216_validation.cif.gz | 7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-23216 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-23216 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_23216.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 83.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Ctf3c with Ulp2-KIM peptide | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.825 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_23216_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Single particle reconstruction of the Ctf3c bound to Cnn1-Wip1
全体 | 名称: Single particle reconstruction of the Ctf3c bound to Cnn1-Wip1 |
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要素 |
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-超分子 #1: Single particle reconstruction of the Ctf3c bound to Cnn1-Wip1
超分子 | 名称: Single particle reconstruction of the Ctf3c bound to Cnn1-Wip1 タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) |
-分子 #1: Inner kinetochore subunit MCM16
分子 | 名称: Inner kinetochore subunit MCM16 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) |
分子量 | 理論値: 21.438359 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: SNAMTNSSEK QWERIQQLEK EHVEVYRELL ITLDRLYLIR KHNHAVILSH TQQRLLEIRH QLQINLEKTA LLIRLLEKPD NTNVLFTKL QNLLEESNSL DYELLQSLGA QSSLHKQLIE SRAERDELMS KLIELSSKFP KPTIPPDDSD TAGKQVEVEK E NETIQELM IALQIHSGYT NISYTI UniProtKB: Inner kinetochore subunit MCM16 |
-分子 #2: Inner kinetochore subunit CTF3
分子 | 名称: Inner kinetochore subunit CTF3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) |
分子量 | 理論値: 84.617891 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: SNAMSLILDD IILSLTNANE RTPPQALKTT LSLLYEKSKQ YGLSSPQLQA LVRLLCETSI IDTVTKVYIV ENCFLPDGYL TKELLLEII NHLGTPTVFS RYRIQTPPVL QSALCKWLVH VYFLFPVHSE REHNISSSIW LHLWQFSFLQ KWITPLVIWQ A TTPVDVKP ...文字列: SNAMSLILDD IILSLTNANE RTPPQALKTT LSLLYEKSKQ YGLSSPQLQA LVRLLCETSI IDTVTKVYIV ENCFLPDGYL TKELLLEII NHLGTPTVFS RYRIQTPPVL QSALCKWLVH VYFLFPVHSE REHNISSSIW LHLWQFSFLQ KWITPLVIWQ A TTPVDVKP WKLSIIKRCA MHPGYRDAPG SATLILQRFQ CLVGASSQIT ESIITINCNR KTLKSHRNLK LDAHFLSILK RI LSRAHPA NFPADTVQNT IDMYLSEIHQ LGADSIYPLR LQSLPEYVPS DSTVSLWDVT SLEQLAQNWP QLHIPNDVDY MMK PSLNSN VLLPRKVMSR DSLKHLYSSI ILIKNSRDES SSPYEWCIWQ LKRCFAHQIE TPQEVIPIII SVSSMDNKLS SRII QTFCN LKYLKLDELT LKKVCGGILP LWKPELISGT REFFVKFMAS IFMWSTRDGH DNNCTFSETC FYVLQMITNW VLDDK LIAL GLTLLHDMQS LLTLDKIFNN ATSNRFSTMA FISSLDILTQ LSKQTKSDYA IQYLIVGPDI MNKVFSSDDP LLLSAA CRY LVATKNKLMQ YPSTNKFVRM QNQYIMDLTN YLYRNKVLSS KSLFGVSPDF FKQILENLYI PTADFKNAKF FTITGIP AL SYICIIILRR LETAENTKIK FTSGIINEET FNNFFRVHHD EIGQHGWIKG VNNIHDLRVK ILMHLSNTAN PYRDIAAF L FTYLKSLSKY SVQNS UniProtKB: Inner kinetochore subunit CTF3 |
-分子 #3: Inner kinetochore subunit MCM22
分子 | 名称: Inner kinetochore subunit MCM22 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) |
分子量 | 理論値: 27.874799 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: SNAMDVEKDV LDVYIKNLEN QIGNKRYFLK QAQGAIDEIT KRSLDTEGKP VNSEVFTELL RKPMFFSERA DPIGFSLTSN FLSLRAQSS SEWLSLMNDQ SVDQKAMLLL QNNINSDLKE LLRKLQHQMT IMDSKKQDHA HIRTRKARNK ELWDSLADFL K GYLVPNLD ...文字列: SNAMDVEKDV LDVYIKNLEN QIGNKRYFLK QAQGAIDEIT KRSLDTEGKP VNSEVFTELL RKPMFFSERA DPIGFSLTSN FLSLRAQSS SEWLSLMNDQ SVDQKAMLLL QNNINSDLKE LLRKLQHQMT IMDSKKQDHA HIRTRKARNK ELWDSLADFL K GYLVPNLD DNDESIDSLT NEVMLLMKRL IEHDLNLTLN DFSSKTIPIY RLLLRANIIT VIEGSTNPGT KYIKLIDFNE TS LT UniProtKB: Inner kinetochore subunit MCM22 |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均露光時間: 2.4 sec. / 平均電子線量: 52.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: OTHER |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION / 使用した粒子像数: 96787 |
初期 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING |
最終 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING |