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万見
- EMDB-23170: Dihedral ring D2_Wm-01_trunc -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-23170
タイトルDihedral ring D2_Wm-01_trunc
マップデータ
試料
  • 複合体: D2_Wm-01_trunc
    • タンパク質・ペプチド: D2_Wm-01_truncA
    • タンパク質・ペプチド: D2_Wm-01_truncB
生物種synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 19.0 Å
データ登録者Park YJ / Veesler D
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM120553 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Design of multi-scale protein complexes by hierarchical building block fusion.
著者: Yang Hsia / Rubul Mout / William Sheffler / Natasha I Edman / Ivan Vulovic / Young-Jun Park / Rachel L Redler / Matthew J Bick / Asim K Bera / Alexis Courbet / Alex Kang / T J Brunette / Una ...著者: Yang Hsia / Rubul Mout / William Sheffler / Natasha I Edman / Ivan Vulovic / Young-Jun Park / Rachel L Redler / Matthew J Bick / Asim K Bera / Alexis Courbet / Alex Kang / T J Brunette / Una Nattermann / Evelyn Tsai / Ayesha Saleem / Cameron M Chow / Damian Ekiert / Gira Bhabha / David Veesler / David Baker /
要旨: A systematic and robust approach to generating complex protein nanomaterials would have broad utility. We develop a hierarchical approach to designing multi-component protein assemblies from two ...A systematic and robust approach to generating complex protein nanomaterials would have broad utility. We develop a hierarchical approach to designing multi-component protein assemblies from two classes of modular building blocks: designed helical repeat proteins (DHRs) and helical bundle oligomers (HBs). We first rigidly fuse DHRs to HBs to generate a large library of oligomeric building blocks. We then generate assemblies with cyclic, dihedral, and point group symmetries from these building blocks using architecture guided rigid helical fusion with new software named WORMS. X-ray crystallography and cryo-electron microscopy characterization show that the hierarchical design approach can accurately generate a wide range of assemblies, including a 43 nm diameter icosahedral nanocage. The computational methods and building block sets described here provide a very general route to de novo designed protein nanomaterials.
履歴
登録2020年12月21日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年6月2日-
マップ公開2021年6月2日-
更新2021年6月2日-
現状2021年6月2日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 1.62
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 1.62
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_23170.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_23170.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
6.4 Å/pix.
x 80 pix.
= 512. Å		6.4 Å/pix.
x 80 pix.
= 512. Å		6.4 Å/pix.
x 80 pix.
= 512. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 6.4 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 1.62 / ムービー #1: 1.62
最小 - 最大-0.57777274 - 7.994316
平均 (標準偏差)-0.0020922401 (±0.27898136)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ808080
Spacing808080
セルA=B=C: 512.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z6.46.46.4
M x/y/z808080
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z512.000512.000512.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS808080
D min/max/mean-0.5787.994-0.002

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添付データ

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追加マップ: #1

ファイルemd_23170_additional_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_23170_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_23170_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : D2_Wm-01_trunc

全体名称: D2_Wm-01_trunc
要素
  • 複合体: D2_Wm-01_trunc
    • タンパク質・ペプチド: D2_Wm-01_truncA
    • タンパク質・ペプチド: D2_Wm-01_truncB

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超分子 #1: D2_Wm-01_trunc

超分子名称: D2_Wm-01_trunc / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
組換発現生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)

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分子 #1: D2_Wm-01_truncA

分子名称: D2_Wm-01_truncA / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
配列文字列: MGTREESLKE QLRSLREQAE LAARLLRLQR EGSSDEDVKE LVAEIIKLIM EQLLLIAEQL LGRS EAAEL ALRAIRLALE LCRQSTDLEE CLRLLKTAIK ALENALRHPD STTAKARLMA ITARLLAQQ LRTQHPDSQA ARDAEKLADQ AERAVRLATR LYEEHPNAEI ...文字列:
MGTREESLKE QLRSLREQAE LAARLLRLQR EGSSDEDVKE LVAEIIKLIM EQLLLIAEQL LGRS EAAEL ALRAIRLALE LCRQSTDLEE CLRLLKTAIK ALENALRHPD STTAKARLMA ITARLLAQQ LRTQHPDSQA ARDAEKLADQ AERAVRLATR LYEEHPNAEI SEMCSQAAYA AALMASIAAI LAQR HPDSQ IARDLIRLAS ELAEMVKRMC ERGGSWGLEH HHHHH

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分子 #2: D2_Wm-01_truncB

分子名称: D2_Wm-01_truncB / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
配列文字列: MGTREELAKE LLRSLREQAE SLARQLRLQR EGSSDEDVKE LAAEQIKLIM EQLLLIAELT LGRS EAAEL ALDAIRQALE ACRTMDNQEA CTRLLKLAIQ MLELATRAPD AEAAKLALEA AKKAIELAN RHPGSQAAED ATKLAQQAME AVRLALKLYE EHPNADIADL ...文字列:
MGTREELAKE LLRSLREQAE SLARQLRLQR EGSSDEDVKE LAAEQIKLIM EQLLLIAELT LGRS EAAEL ALDAIRQALE ACRTMDNQEA CTRLLKLAIQ MLELATRAPD AEAAKLALEA AKKAIELAN RHPGSQAAED ATKLAQQAME AVRLALKLYE EHPNADIADL CRRAAAEAAE AASKAAELAQ RHPD SQAAR DAIKLASQAA EAVKLACELA QEHPNADKAK LCILLASAAA LLASIAAMLA QRHPDSQEA RDMIRIASEL AELVKEICER

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
染色タイプ: NEGATIVE / 材質: UF

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI 12
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 120 kV / 電子線源: LAB6
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: cryoSPARC ab initio
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 19.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 65970
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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