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万見
- EMDB-2313: 3D reconstruction of Mechanosensitive Channel Candidate MCA2 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-2313
タイトル3D reconstruction of Mechanosensitive Channel Candidate MCA2
マップデータReconstruction of MCA2 in detergent solubilized state from Zernike Phase Contrast cryoEM images
試料
  • 試料: MCA2
  • タンパク質・ペプチド: Mid1-complementing activity 2
キーワードMechanosensitive channel candidate / membrane protein / Calcium uptake
機能・相同性
機能・相同性情報


post-embryonic root development / calcium channel activity / cell surface receptor signaling pathway / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
PLAC8 motif-containing protein / PLAC8 motif-containing protein / MCAfunc domain / PLAC8 family / MCAfunc domain / Adaptor protein Cbl, N-terminal domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein MID1-COMPLEMENTING ACTIVITY 2
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 26.0 Å
データ登録者Shigematsu H / Iida K / Nakano M / Chaudhuri P / Iida H / Nagayama K
引用ジャーナル: PLoS One / 年: 2014
タイトル: Structural characterization of the mechanosensitive channel candidate MCA2 from Arabidopsis thaliana.
著者: Hideki Shigematsu / Kazuko Iida / Masataka Nakano / Pratima Chaudhuri / Hidetoshi Iida / Kuniaki Nagayama /
要旨: Mechanosensing in plants is thought to be governed by sensory complexes containing a Ca²⁺-permeable, mechanosensitive channel. The plasma membrane protein MCA1 and its paralog MCA2 from ...Mechanosensing in plants is thought to be governed by sensory complexes containing a Ca²⁺-permeable, mechanosensitive channel. The plasma membrane protein MCA1 and its paralog MCA2 from Arabidopsis thaliana are involved in mechanical stress-induced Ca²⁺ influx and are thus considered as candidates for such channels or their regulators. Both MCA1 and MCA2 were functionally expressed in Sf9 cells using a baculovirus system in order to elucidate their molecular natures. Because of the abundance of protein in these cells, MCA2 was chosen for purification. Purified MCA2 in a detergent-solubilized state formed a tetramer, which was confirmed by chemical cross-linking. Single-particle analysis of cryo-electron microscope images was performed to depict the overall shape of the purified protein. The three-dimensional structure of MCA2 was reconstructed at a resolution of 26 Å from 5,500 particles and appears to comprise a small transmembrane region and large cytoplasmic region.
履歴
登録2013年2月12日-
ヘッダ(付随情報) 公開2013年3月6日-
マップ公開2014年2月5日-
更新2016年2月17日-
現状2016年2月17日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 2.89
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 2.89
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

EMD-2313-For...

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_2313.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Reconstruction of MCA2 in detergent solubilized state from Zernike Phase Contrast cryoEM images
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
3 Å/pix.
x 80 pix.
= 240. Å		3 Å/pix.
x 80 pix.
= 240. Å		3 Å/pix.
x 80 pix.
= 240. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 3 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 2.89 / ムービー #1: 2.89
最小 - 最大-3.86343384 - 10.47515106
平均 (標準偏差)0.0 (±0.89218032)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-13-13-13
サイズ808080
Spacing808080
セルA=B=C: 240.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z333
M x/y/z808080
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z240.000240.000240.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-36-30-80
NX/NY/NZ7361161
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-13-13-13
NC/NR/NS808080
D min/max/mean-3.86310.4750.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : MCA2

全体名称: MCA2
要素
  • 試料: MCA2
  • タンパク質・ペプチド: Mid1-complementing activity 2

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超分子 #1000: MCA2

超分子名称: MCA2 / タイプ: sample / ID: 1000
詳細: The sample was purified with size-exclusion chromatography finally in the center of peak fraction
集合状態: homotetramer / Number unique components: 1
分子量理論値: 200 KDa

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分子 #1: Mid1-complementing activity 2

分子名称: Mid1-complementing activity 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: MCA2
詳細: recombinantly expressed in Sf9 and purified under ammonium perfluorooctanoate.
コピー数: 1 / 集合状態: tetramer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) / 別称: Arabidopsis / 細胞中の位置: Plasma membrane
分子量理論値: 200 KDa
組換発現生物種: unidentified baculovirus (ウイルス) / 組換細胞: Sf9 / 組換プラスミド: pFastBac1
配列UniProtKB: Protein MID1-COMPLEMENTING ACTIVITY 2 / InterPro: PLAC8 motif-containing protein

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.05 mg/mL
緩衝液pH: 8 / 詳細: PBS, 4% ammonium perfluorooctanoate
グリッド詳細: thin carbon over the Quantifoil R1.2/1.3, glow discharged in air
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 293 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡OTHER
温度最低: 45 K / 最高: 60 K / 平均: 55 K
アライメント法Legacy - 非点収差: Objective lens astigmatism was corrected at 100,000 times magnification
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: JEOL
エネルギーフィルター - エネルギー下限: 0.0 eV
エネルギーフィルター - エネルギー上限: 20.0 eV
日付2008年5月10日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: GENERIC GATAN (2k x 2k)
デジタル化 - サンプリング間隔: 30 µm / 実像数: 50 / 平均電子線量: 20 e/Å2 / ビット/ピクセル: 8
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 100000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 3.7 mm / 倍率（公称値）: 60000
試料ステージ試料ホルダー: Liquid Helium cooled stage maintained around 55 K
試料ホルダーモデル: JEOL

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画像解析

詳細Particles were selected using boxer.
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C4 (4回回転対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 26.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: EMAN / 使用した粒子像数: 5700
最終 2次元分類クラス数: 133

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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