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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-2305 | |||||||||
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タイトル | Structural visualization of key steps in human transcription initiation | |||||||||
マップデータ | TBP-TFIIA-TFIIB-DNA-Pol II-TFIIF (close) | |||||||||
試料 |
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キーワード | human transcription initiation | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 12.4 Å | |||||||||
データ登録者 | He Y / Fang J / Taatjes DJ / Nogales E | |||||||||
引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2013 タイトル: Structural visualization of key steps in human transcription initiation. 著者: Yuan He / Jie Fang / Dylan J Taatjes / Eva Nogales / 要旨: Eukaryotic transcription initiation requires the assembly of general transcription factors into a pre-initiation complex that ensures the accurate loading of RNA polymerase II (Pol II) at the ...Eukaryotic transcription initiation requires the assembly of general transcription factors into a pre-initiation complex that ensures the accurate loading of RNA polymerase II (Pol II) at the transcription start site. The molecular mechanism and function of this assembly have remained elusive due to lack of structural information. Here we have used an in vitro reconstituted system to study the stepwise assembly of human TBP, TFIIA, TFIIB, Pol II, TFIIF, TFIIE and TFIIH onto promoter DNA using cryo-electron microscopy. Our structural analyses provide pseudo-atomic models at various stages of transcription initiation that illuminate critical molecular interactions, including how TFIIF engages Pol II and promoter DNA to stabilize both the closed pre-initiation complex and the open-promoter complex, and to regulate start--initiation complexes, combined with the localization of the TFIIH helicases XPD and XPB, support a DNA translocation model of XPB and explain its essential role in promoter opening. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_2305.map.gz | 1.4 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-2305-v30.xml emd-2305.xml | 12.4 KB 12.4 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | EMD-2305.png | 142 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-2305 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-2305 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_2305_validation.pdf.gz | 196 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_2305_full_validation.pdf.gz | 195.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_2305_validation.xml.gz | 6.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-2305 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-2305 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_2305.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 26.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | TBP-TFIIA-TFIIB-DNA-Pol II-TFIIF (close) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 2.1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : TBP-TFIIA-TFIIB-DNA-Pol II-TFIIF (close)
全体 | 名称: TBP-TFIIA-TFIIB-DNA-Pol II-TFIIF (close) |
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要素 |
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-超分子 #1000: TBP-TFIIA-TFIIB-DNA-Pol II-TFIIF (close)
超分子 | 名称: TBP-TFIIA-TFIIB-DNA-Pol II-TFIIF (close) / タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 6 |
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分子量 | 理論値: 820 KDa |
-分子 #1: TATA-box-binding protein
分子 | 名称: TATA-box-binding protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 組換発現: Yes |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human |
分子量 | 理論値: 38 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
-分子 #2: General transcription factor IIA
分子 | 名称: General transcription factor IIA / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 組換発現: Yes |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human |
分子量 | 理論値: 54 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
-分子 #3: General transcription factor IIB
分子 | 名称: General transcription factor IIB / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 組換発現: Yes |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human |
分子量 | 理論値: 35 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
-分子 #4: General transcription factor IIF
分子 | 名称: General transcription factor IIF / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 組換発現: Yes |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human |
分子量 | 理論値: 87 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
-分子 #5: DNA-directed RNA polymerase II
分子 | 名称: DNA-directed RNA polymerase II / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 組換発現: No |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human / 細胞: Hela / Organelle: Nucleus |
分子量 | 理論値: 550 KDa |
-分子 #6: Core promoter DNA
分子 | 名称: Core promoter DNA / タイプ: dna / ID: 6 / 分類: DNA / Structure: DOUBLE HELIX / Synthetic?: Yes |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 55 KDa |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.08 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.9 詳細: 10 mM HEPES, 5% glycerol, 10 mM MgCl2, 50 mM KCl, 1 mM DTT, 0.05% NP-40 |
グリッド | 詳細: 400-mesh C-flats with thin carbon support over 4um holes with 2um spacing (Protochips Inc.) |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK II 手法: Incubation on grid for 5 minutes before blotting 4 seconds at -1 offset. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI F20 |
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アライメント法 | Legacy - 非点収差: objective lens astigmatism was corrected at 250,000 times magnification. |
詳細 | Data acquired using Leginon |
日付 | 2012年4月14日 |
撮影 | カテゴリ: CCD フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k) 実像数: 2000 / 平均電子線量: 20 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 120 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 倍率(補正後): 100000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.2 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.4 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.2 µm / 倍率(公称値): 100000 |
試料ステージ | 試料ホルダー: Gatan 626 liquid nitrogen cooled / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN |
実験機器 | モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
CTF補正 | 詳細: whole micrograph |
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最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 12.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: EMAN2, SPARX 詳細: Image processing was performed in the Appion processing environment. 3D reconstruction was performed using EMAN2 and SPARX libraries. Final map was filtered to local resolution using the ...詳細: Image processing was performed in the Appion processing environment. 3D reconstruction was performed using EMAN2 and SPARX libraries. Final map was filtered to local resolution using the blocres function in Bsoft package. 使用した粒子像数: 43785 |