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万見
- EMDB-23017: GluK2/K5 apo -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-23017
タイトルGluK2/K5 apo
マップデータGluK2/K5 apo
試料
  • 複合体: GluK2/K5 apo
    • タンパク質・ペプチド: Glutamate receptor ionotropic, kainate 5,Green fluorescent protein chimera
    • タンパク質・ペプチド: Glutamate receptor ionotropic, kainate 2
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of synaptic vesicle fusion to presynaptic active zone membrane / protein retention in ER lumen / mossy fiber rosette / detection of cold stimulus involved in thermoception / Activation of Na-permeable kainate receptors / kainate selective glutamate receptor complex / Activation of Ca-permeable Kainate Receptor / regulation of short-term neuronal synaptic plasticity / glutamate receptor activity / negative regulation of synaptic transmission, glutamatergic ...regulation of synaptic vesicle fusion to presynaptic active zone membrane / protein retention in ER lumen / mossy fiber rosette / detection of cold stimulus involved in thermoception / Activation of Na-permeable kainate receptors / kainate selective glutamate receptor complex / Activation of Ca-permeable Kainate Receptor / regulation of short-term neuronal synaptic plasticity / glutamate receptor activity / negative regulation of synaptic transmission, glutamatergic / ubiquitin conjugating enzyme binding / regulation of JNK cascade / inhibitory postsynaptic potential / receptor clustering / modulation of excitatory postsynaptic potential / kainate selective glutamate receptor activity / extracellularly glutamate-gated ion channel activity / ionotropic glutamate receptor complex / positive regulation of synaptic transmission / behavioral fear response / neuronal action potential / glutamate-gated receptor activity / glutamate-gated calcium ion channel activity / ligand-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of presynaptic membrane potential / presynaptic modulation of chemical synaptic transmission / dendrite cytoplasm / hippocampal mossy fiber to CA3 synapse / bioluminescence / SNARE binding / excitatory postsynaptic potential / regulation of membrane potential / generation of precursor metabolites and energy / transmitter-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of postsynaptic membrane potential / synaptic transmission, glutamatergic / PDZ domain binding / cellular response to glucose stimulus / establishment of localization in cell / regulation of long-term neuronal synaptic plasticity / postsynaptic density membrane / modulation of chemical synaptic transmission / SH3 domain binding / intracellular calcium ion homeostasis / terminal bouton / positive regulation of neuron apoptotic process / presynaptic membrane / neuron apoptotic process / scaffold protein binding / perikaryon / chemical synaptic transmission / negative regulation of neuron apoptotic process / postsynaptic membrane / postsynaptic density / axon / neuronal cell body / ubiquitin protein ligase binding / dendrite / synapse / glutamatergic synapse / endoplasmic reticulum / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Green fluorescent protein, GFP / Ionotropic glutamate receptor, metazoa / Ligated ion channel L-glutamate- and glycine-binding site / Ionotropic glutamate receptor, L-glutamate and glycine-binding domain / Ligated ion channel L-glutamate- and glycine-binding site / Ligand-gated ion channel / : / Green fluorescent protein-related / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein ...Green fluorescent protein, GFP / Ionotropic glutamate receptor, metazoa / Ligated ion channel L-glutamate- and glycine-binding site / Ionotropic glutamate receptor, L-glutamate and glycine-binding domain / Ligated ion channel L-glutamate- and glycine-binding site / Ligand-gated ion channel / : / Green fluorescent protein-related / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein / Ionotropic glutamate receptor / Eukaryotic homologues of bacterial periplasmic substrate binding proteins. / Receptor, ligand binding region / Receptor family ligand binding region / Periplasmic binding protein-like I
類似検索 - ドメイン・相同性
Green fluorescent protein / Glutamate receptor ionotropic, kainate 2 / Glutamate receptor ionotropic, kainate 5
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.5 Å
データ登録者Khanra N / Brown PMGE / Perozzo AM / Bowie D / Meyerson JM
引用ジャーナル: Elife / 年: 2021
タイトル: Architecture and structural dynamics of the heteromeric GluK2/K5 kainate receptor.
著者: Nandish Khanra / Patricia Mge Brown / Amanda M Perozzo / Derek Bowie / Joel R Meyerson /
要旨: Kainate receptors (KARs) are L-glutamate-gated ion channels that regulate synaptic transmission and modulate neuronal circuits. KARs have strict assembly rules and primarily function as heteromeric ...Kainate receptors (KARs) are L-glutamate-gated ion channels that regulate synaptic transmission and modulate neuronal circuits. KARs have strict assembly rules and primarily function as heteromeric receptors in the brain. A longstanding question is how KAR heteromer subunits organize and coordinate together to fulfill their signature physiological roles. Here we report structures of the GluK2/GluK5 heteromer in apo, antagonist-bound, and desensitized states. The receptor assembles with two copies of each subunit, ligand binding domains arranged as two heterodimers and GluK5 subunits proximal to the channel. Strikingly, during desensitization, GluK2, but not GluK5, subunits undergo major structural rearrangements to facilitate channel closure. We show how the large conformational differences between antagonist-bound and desensitized states are mediated by the linkers connecting the pore helices to the ligand binding domains. This work presents the first KAR heteromer structure, reveals how its subunits are organized, and resolves how the heteromer can accommodate functionally distinct closed channel structures.
履歴
登録2020年11月21日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年3月24日-
マップ公開2021年3月24日-
更新2021年3月31日-
現状2021年3月31日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.358
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.358
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_23017.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_23017.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 274.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈GluK2/K5 apo
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.08 Å/pix.
x 416 pix.
= 450.528 Å		1.08 Å/pix.
x 416 pix.
= 450.528 Å		1.08 Å/pix.
x 416 pix.
= 450.528 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.083 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.358 / ムービー #1: 0.358
最小 - 最大-0.43334454 - 0.8805957
平均 (標準偏差)-0.00028282037 (±0.036621)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ416416416
Spacing416416416
セルA=B=C: 450.52798 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.0831.0831.083
M x/y/z416416416
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z450.528450.528450.528
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ400400400
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS416416416
D min/max/mean-0.4330.881-0.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : GluK2/K5 apo

全体名称: GluK2/K5 apo
要素
  • 複合体: GluK2/K5 apo
    • タンパク質・ペプチド: Glutamate receptor ionotropic, kainate 5,Green fluorescent protein chimera
    • タンパク質・ペプチド: Glutamate receptor ionotropic, kainate 2

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超分子 #1: GluK2/K5 apo

超分子名称: GluK2/K5 apo / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組換細胞: HEK293S GnTI-

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分子 #1: Glutamate receptor ionotropic, kainate 5,Green fluorescent protei...

分子名称: Glutamate receptor ionotropic, kainate 5,Green fluorescent protein chimera
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MPAELLLLLI VAFANPSCQV LSSLRMAAIL DDQTVCGRGE RLALALAREQ INGIIEVPAK ARVEVDIFE LQRDSQYETT DTMCQILPKG VVSVLGPSSS PASASTVSHI CGEKEIPHIK V GPEETPRL QYLRFASVSL YPSNEDVSLA VSRILKSFNY PSASLICAKA ...文字列:
MPAELLLLLI VAFANPSCQV LSSLRMAAIL DDQTVCGRGE RLALALAREQ INGIIEVPAK ARVEVDIFE LQRDSQYETT DTMCQILPKG VVSVLGPSSS PASASTVSHI CGEKEIPHIK V GPEETPRL QYLRFASVSL YPSNEDVSLA VSRILKSFNY PSASLICAKA ECLLRLEELV RG FLISKET LSVRMLDDSR DPTPLLKEIR DDKVSTIIID ANASISHLVL RKASELGMTS AFY KYILTT MDFPILHLDG IVEDSSNILG FSMFNTSHPF YPEFVRSLNM SWRENCEAST YPGP ALSAA LMFDAVHVVV SAVRELNRSQ EIGVKPLACT SANIWPHGTS LMNYLRMVEY DGLTG RVEF NSKGQRTNYT LRILEKSRQG HREIGVWYSN RTLAMNATTL DINLSQTLAN KTLVVT TIL ENPYVMRRPN FQALSGNERF EGFCVDMLRE LAELLRFRYR LRLVEDGLYG APEPNGS WT GMVGELINRK ADLAVAAFTI TAEREKVIDF SKPFMTLGIS ILYRVHMGRK PGYFSFLD P FSPAVWLFML LAYLAVSVVL FLAARLSPYE WYNPHPSLRA RPHILENQYT LGNSLWFPV GGFMQQGSEI MPRALSTRIV SGVWWAFTLI IISSYTANLA AFLTVQRMEV PVESADDLAD QTNIEYGTI HAGSTMTFFQ NSRYQTYQRM WNYMQSKQPS VFVKSTEEGI ARVLNSRYAF L LESTMNEY HRRLNCNLTQ IGGLLDTKGY GIGMPLGSPF RDEITLAILQ LQENNRLEIL KR KWWEGGR CPKEEDHRAK GLGMENIGGI FVVLIAGLII AVFVAVMEFI YKSRAEAKRM KGL VPRGSA AAAMVSKGEE LFTGVVPILV ELDGDVNGHK FSVSGEGEGD ATYGKLTLKF ICTT GKLPV PWPTLVTTLT YGVQCFSRYP DHMKQHDFFK SAMPEGYVQE RTIFFKDDGN YKTRA EVKF EGDTLVNRIE LKGIDFKEDG NILGHKLEYN YNSHNVYIMA DKQKNGIKVN FKIRHN IED GSVQLADHYQ QNTPIGDGPV LLPDNHYLST QSKLSKDPNE KRDHMVLLEF VTAAGIT LG MDELYKSGLR TETSQVAPA

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分子 #2: Glutamate receptor ionotropic, kainate 2

分子名称: Glutamate receptor ionotropic, kainate 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MKIISPVLSN LVFSRSIKVL LCLLWIGYSQ GTTHVLRFGG IFEYVESGPM GAEELAFRFA VNTINRNRTL LPNTTLTYDT QKINLYDSFE ASKKACDQLS LGVAAIFGPS HSSSANAVQS ICNALGVPHI QTRWKHQVSD NKDSFYVSLY PDFSSLSRAI LDLVQFFKWK ...文字列:
MKIISPVLSN LVFSRSIKVL LCLLWIGYSQ GTTHVLRFGG IFEYVESGPM GAEELAFRFA VNTINRNRTL LPNTTLTYDT QKINLYDSFE ASKKACDQLS LGVAAIFGPS HSSSANAVQS ICNALGVPHI QTRWKHQVSD NKDSFYVSLY PDFSSLSRAI LDLVQFFKWK TVTVVYDDST GLIRLQELIK APSRYNLRLK IRQLPADTKD AKPLLKEMKR GKEFHVIFDC SHEMAAGILK QALAMGMMTE YYHYIFTTLD LFALDVEPYR YSGVNMTGFR ILNTENTQVS SIIEKWSMER LQAPPKPDSG LLDGFMTTDA ALMYDAVHVV SVAVQQFPQM TVSSLQCNRH KPWRFGTRFM SLIKEAHWEG LTGRITFNKT NGLRTDFDLD VISLKEEGLE KIGTWDPASG LNMTESQKGK PANITDSLSN RSLIVTTILE EPYVLFKKSD KPLYGNDRFE GYCIDLLREL STILGFTYEI RLVEDGKYGA QDDVNGQWNG MVRELIDHKA DLAVAPLAIT YVREKVIDFS KPFMTLGISI LYRKPNGTNP GVFSFLNPLS PDIWMYVLLA YLGVSVVLFV IARFSPYEWY NPHPSNPDSD VVENNFTLLN SFWFGVGALM QQGSELMPKA LSTRIVGGIW WFFTLIIISS YTANLAAFLT VERMESPIDS ADDLAKQTKI EYGAVEDGAT MTFFKKSKIS TYDKMWAFMS SRRQSVLVKS NEEGIQRVLT SDYAFLMEST TIEFVTQRNC NLTQIGGLID SKGYGVGTPM GSPYRDKITI AILQLQEEGK LHMMKEKWWR GNGCPEEESK EASALGVQNI GGIFIVLAAG LVLSVFVAVG EFLYKSKKNA QLEKRSFCSA MVEELRMSLK CQRRLKHKPQ APVIVKTEEV INMHTFNDRR LPGKETMASG LRSAWSHPQF EKGGGSGGGS GGGSWSHPQF EK

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度3.7 mg/mL
緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度式名称
300.0 mMNaClsodium chloride
20.0 mMTris
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 295 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 51.23 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 7.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 90027
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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