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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-23001 | ||||||||||||
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タイトル | NmClpP compressed conformation | ||||||||||||
マップデータ | NmClpP alone pH 7.0 | ||||||||||||
試料 |
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生物種 | Neisseria meningitidis (髄膜炎菌) | ||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.4 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Ripstein ZA / Vahidi S / Rubinstein JL / Kay LE | ||||||||||||
資金援助 | カナダ, 3件
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引用 | ジャーナル: J Am Chem Soc / 年: 2020 タイトル: A pH-Dependent Conformational Switch Controls ClpP Protease Function. 著者: Zev A Ripstein / Siavash Vahidi / John L Rubinstein / Lewis E Kay / 要旨: ClpPs are a conserved family of serine proteases that collaborate with ATP-dependent translocases to degrade protein substrates. Drugs targeting these enzymes have attracted interest for the ...ClpPs are a conserved family of serine proteases that collaborate with ATP-dependent translocases to degrade protein substrates. Drugs targeting these enzymes have attracted interest for the treatment of cancer and bacterial infections due to their critical role in mitochondrial and bacterial proteostasis, respectively. As such, there is significant interest in understanding structure-function relationships in this protein family. ClpPs are known to crystallize in extended, compact, and compressed forms; however, it is unclear what conditions favor the formation of each form and whether they are populated by wild-type enzymes in solution. Here, we use cryo-EM and solution NMR spectroscopy to demonstrate that a pH-dependent conformational switch controls an equilibrium between the active extended and inactive compressed forms of ClpP from the Gram-negative pathogen . Our findings provide insight into how ClpPs exploit their rugged energy landscapes to enable key conformational changes that regulate their function. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_23001.map.gz | 14.7 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-23001-v30.xml emd-23001.xml | 11.4 KB 11.4 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_23001.png | 94.4 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-23001 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-23001 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_23001_validation.pdf.gz | 363.7 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_23001_full_validation.pdf.gz | 363.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_23001_validation.xml.gz | 5.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-23001 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-23001 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_23001.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 15.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | NmClpP alone pH 7.0 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.45 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : caseinolytic protease
全体 | 名称: caseinolytic protease |
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要素 |
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-超分子 #1: caseinolytic protease
超分子 | 名称: caseinolytic protease / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 |
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由来(天然) | 生物種: Neisseria meningitidis (髄膜炎菌) |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換株: BL21(DE3) / 組換プラスミド: pet28a |
分子量 | 理論値: 316 KDa |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 20 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7 / 構成要素: (名称: Imidazole, Potassium Chloride) |
グリッド | モデル: Homemade / 材質: COPPER/RHODIUM / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: GOLD / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY ARRAY / 支持フィルム - Film thickness: 30.0 nm |
凍結 | 凍結剤: ETHANE-PROPANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK III |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI F20 |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-30 / 撮影したグリッド数: 1 / 平均露光時間: 15.0 sec. / 平均電子線量: 35.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 3.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm / 倍率(公称値): 25000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: GATAN 626 SINGLE TILT LIQUID NITROGEN CRYO TRANSFER HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
CTF補正 | ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.10) |
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最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: D7 (2回x7回 2面回転対称) 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.10) / 使用した粒子像数: 68731 |
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.10) |