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- EMDB-22974: Structure of DPP9 bound to catalytically-inactive CARD8 (S297A) -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-22974
タイトルStructure of DPP9 bound to catalytically-inactive CARD8 (S297A)
マップデータ
試料
  • 細胞: DPP9 bound to catalytically-inactive CARD8 (S297A)
    • Other: DPP9
    • Other: CARD8
機能・相同性
機能・相同性情報


CARD8 inflammasome complex assembly / CARD8 inflammasome complex / NACHT domain binding / Formation of apoptosome / cysteine-type endopeptidase activator activity / inhibition of cysteine-type endopeptidase activity / NLRP3 inflammasome complex / CARD domain binding / negative regulation of NLRP3 inflammasome complex assembly / negative regulation of lipopolysaccharide-mediated signaling pathway ...CARD8 inflammasome complex assembly / CARD8 inflammasome complex / NACHT domain binding / Formation of apoptosome / cysteine-type endopeptidase activator activity / inhibition of cysteine-type endopeptidase activity / NLRP3 inflammasome complex / CARD domain binding / negative regulation of NLRP3 inflammasome complex assembly / negative regulation of lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / dipeptidyl-peptidase IV / self proteolysis / dipeptidyl-peptidase activity / negative regulation of programmed cell death / Regulation of the apoptosome activity / regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素 / pattern recognition receptor activity / negative regulation of interleukin-1 beta production / negative regulation of NF-kappaB transcription factor activity / pyroptotic inflammatory response / : / cell leading edge / cysteine-type endopeptidase activator activity involved in apoptotic process / negative regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / aminopeptidase activity / negative regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / antiviral innate immune response / serine-type peptidase activity / positive regulation of interleukin-1 beta production / molecular condensate scaffold activity / peptidase activity / defense response to virus / regulation of apoptotic process / microtubule / protein homodimerization activity / protein-containing complex / proteolysis / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
FIIND domain / Function to find / FIIND domain profile. / Dipeptidyl peptidase 8 /9 ,N-terminal / Dipeptidyl peptidase 8 and 9 N-terminal / : / : / Dipeptidylpeptidase IV, N-terminal domain / Dipeptidyl peptidase IV (DPP IV) N-terminal region / CARD domain ...FIIND domain / Function to find / FIIND domain profile. / Dipeptidyl peptidase 8 /9 ,N-terminal / Dipeptidyl peptidase 8 and 9 N-terminal / : / : / Dipeptidylpeptidase IV, N-terminal domain / Dipeptidyl peptidase IV (DPP IV) N-terminal region / CARD domain / CARD caspase recruitment domain profile. / Caspase recruitment domain / Peptidase S9, prolyl oligopeptidase, catalytic domain / Prolyl oligopeptidase family / Death-like domain superfamily / Alpha/Beta hydrolase fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Dipeptidyl peptidase 9 / Caspase recruitment domain-containing protein 8
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.86 Å
データ登録者Hollingsworth LR / Sharif H / Wu H
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)5DP1HD087988-02 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)5R01AI124491-03 米国
引用ジャーナル: Immunity / 年: 2021
タイトル: Dipeptidyl peptidase 9 sets a threshold for CARD8 inflammasome formation by sequestering its active C-terminal fragment.
著者: Humayun Sharif / L Robert Hollingsworth / Andrew R Griswold / Jeffrey C Hsiao / Qinghui Wang / Daniel A Bachovchin / Hao Wu /
要旨: CARD8 detects intracellular danger signals and forms a caspase-1 activating inflammasome. Like the related inflammasome sensor NLRP1, CARD8 autoprocesses into noncovalently associated N-terminal (NT) ...CARD8 detects intracellular danger signals and forms a caspase-1 activating inflammasome. Like the related inflammasome sensor NLRP1, CARD8 autoprocesses into noncovalently associated N-terminal (NT) and C-terminal (CT) fragments and binds the cellular dipeptidyl peptidases DPP8 and 9 (DPP8/9). Certain danger-associated signals, including the DPP8/9 inhibitor Val-boroPro (VbP) and HIV protease, induce proteasome-mediated NT degradation and thereby liberate the inflammasome-forming CT. Here, we report cryoelectron microscopy (cryo-EM) structures of CARD8 bound to DPP9, revealing a repressive ternary complex consisting of DPP9, full-length CARD8, and CARD8-CT. Unlike NLRP1-CT, CARD8-CT does not interact with the DPP8/9 active site and is not directly displaced by VbP. However, larger DPP8/9 active-site probes can directly weaken this complex in vitro, and VbP itself nevertheless appears to disrupt this complex, perhaps indirectly, in cells. Thus, DPP8/9 inhibitors can activate the CARD8 inflammasome by promoting CARD8 NT degradation and by weakening ternary complex stability.
履歴
登録2020年11月9日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年5月19日-
マップ公開2021年5月19日-
更新2021年7月28日-
現状2021年7月28日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0639
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0639
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_22974.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_22974.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 320 pix.
= 265.6 Å		0.83 Å/pix.
x 320 pix.
= 265.6 Å		0.83 Å/pix.
x 320 pix.
= 265.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.83 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0639 / ムービー #1: 0.0639
最小 - 最大-0.10709115 - 0.24159396
平均 (標準偏差)0.0005617407 (±0.01044621)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 265.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.830.830.83
M x/y/z320320320
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z265.600265.600265.600
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ1331310
NX/NY/NZ223226424
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS320320320
D min/max/mean-0.1070.2420.001

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添付データ

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追加マップ: Sharpened Map

ファイルemd_22974_additional_1.map
注釈Sharpened Map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : DPP9 bound to catalytically-inactive CARD8 (S297A)

全体名称: DPP9 bound to catalytically-inactive CARD8 (S297A)
要素
  • 細胞: DPP9 bound to catalytically-inactive CARD8 (S297A)
    • Other: DPP9
    • Other: CARD8

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超分子 #1: DPP9 bound to catalytically-inactive CARD8 (S297A)

超分子名称: DPP9 bound to catalytically-inactive CARD8 (S297A) / タイプ: cell / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: DPP9

分子名称: DPP9 / タイプ: other / ID: 1 / 分類: other
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: GAMGSMATTG TPTADRGDAA ATDDPAARFQ VQKHSWDGLR SIIHGSRKYS GLIVNKAPHD FQFVQKTDES GPHSHRLYYL GMPYGSRENS LLYSEIPKKV RKEALLLLSW KQMLDHFQAT PHHGVYSREE ELLRERKRLG VFGITSYDFH SESGLFLFQA SNSLFHCRDG ...文字列:
GAMGSMATTG TPTADRGDAA ATDDPAARFQ VQKHSWDGLR SIIHGSRKYS GLIVNKAPHD FQFVQKTDES GPHSHRLYYL GMPYGSRENS LLYSEIPKKV RKEALLLLSW KQMLDHFQAT PHHGVYSREE ELLRERKRLG VFGITSYDFH SESGLFLFQA SNSLFHCRDG GKNGFMVSPM KPLEIKTQCS GPRMDPKICP ADPAFFSFIN NSDLWVANIE TGEERRLTFC HQGLSNVLDD PKSAGVATFV IQEEFDRFTG YWWCPTASWE GSEGLKTLRI LYEEVDESEV EVIHVPSPAL EERKTDSYRY PRTGSKNPKI ALKLAEFQTD SQGKIVSTQE KELVQPFSSL FPKVEYIARA GWTRDGKYAW AMFLDRPQQW LQLVLLPPAL FIPSTENEEQ RLASARAVPR NVQPYVVYEE VTNVWINVHD IFYPFPQSEG EDELCFLRAN ECKTGFCHLY KVTAVLKSQG YDWSEPFSPG EDEFKCPIKE EIALTSGEWE VLARHGSKIW VNEETKLVYF QGTKDTPLEH HLYVVSYEAA GEIVRLTTPG FSHSCSMSQN FDMFVSHYSS VSTPPCVHVY KLSGPDDDPL HKQPRFWASM MEAASCPPDY VPPEIFHFHT RSDVRLYGMI YKPHALQPGK KHPTVLFVYG GPQVQLVNNS FKGIKYLRLN TLASLGYAVV VIDGRGSCQR GLRFEGALKN QMGQVEIEDQ VEGLQFVAEK YGFIDLSRVA IHGWSYGGFL SLMGLIHKPQ VFKVAIAGAP VTVWMAYDTG YTERYMDVPE NNQHGYEAGS VALHVEKLPN EPNRLLILHG FLDENVHFFH TNFLVSQLIR AGKPYQLQIY PNERHSIRCP ESGEHYEVTL LHFLQEYL
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #2: CARD8

分子名称: CARD8 / タイプ: other / ID: 2 / 分類: other
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MEKKECPEKS SSSEEELPRR DSGSSRNIDA SKLIRLQGSR KLLVDNSIRE LQYTKTGIFF QAEACVTNDT VYRELPCVSE TLCDISHFFQ EDDETEAEPL LFRAVPECQL SGGDIPSVSE EQESSEGQDS GDICSEENQI VSSYASKVCF EIEEDYKNRQ FLGPEGNVDV ...文字列:
MEKKECPEKS SSSEEELPRR DSGSSRNIDA SKLIRLQGSR KLLVDNSIRE LQYTKTGIFF QAEACVTNDT VYRELPCVSE TLCDISHFFQ EDDETEAEPL LFRAVPECQL SGGDIPSVSE EQESSEGQDS GDICSEENQI VSSYASKVCF EIEEDYKNRQ FLGPEGNVDV ELIDKSTNRY SVWFPTAGWY LWSATGLGFL VRDEVTVTIA FGSWSQHLAL DLQHHEQWLV GGPLFDVTAE PEEAVAEIHL PHFISLQAGE VDVSWFLVAH FKNEGMVLEH PARVEPFYAV LESPSFALMG ILLRIASGTR LSIPITSNTL IYYHPHPEDI KFHLYLVPSD ALLTKAIDDE EDRFHGVRLQ TSPPMEPLNF GSSYIVSNSA NLKVMPKELK LSYRSPGEIQ HFSKFYAGQM KEPIQLEITE KRHGTLVWDT EVKPVDLQLV AASAPPPFSG AAFVKENHRQ LQARMGDLKG VLDDLQDNEV LTENEKELVE QEKTRQSKNE ALLSMVEKKG DLALDVLFRS ISERDPYLVS YLRQQNL
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.40 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
150.0 mMNaClsodium chloride
25.0 mMC8H18N2O4SHEPES
1.0 mMC9H15O6PTCEP
0.02 %C5H8O2Glutaraldehyde

詳細: Crosslinking with glutaraldehyde was done for 5-10 minutes on ice immediately before plunging grids.
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 3840 / 平均露光時間: 1.5 sec. / 平均電子線量: 63.67 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: -0.0025 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: -0.0008 µm / 倍率（公称値）: 105000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 1634615
CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.15.0)
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: Ab-initio model
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.86 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.15.0) / 使用した粒子像数: 92404
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.15.0)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.15.0)
最終 3次元分類クラス数: 2 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.15.0)
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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