EMDB-22959: The Tail of Phage XM1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: EMDB / ID: EMD-22959

タイトル

The Tail of Phage XM1

マップデータ

試料

ウイルス: Vibrio phage XM1 (ファージ)

生物種

Vibrio phage XM1 (ファージ)

手法

単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 10.5 Å

データ登録者

Wang Z / Klose T

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Biorxiv / 年: 2021
タイトル: Structure of Vibrio phage XM1, a simple contractile DNA injection machine
著者: Wang Z / Fokine A / Guo X / Jiang W / Rossmann MG / Kuhn RJ / Luo ZH / Klose T

履歴

登録	2020年11月5日	-
ヘッダ(付随情報) 公開	2021年11月10日	-
マップ公開	2021年11月10日	-
更新	2022年5月25日	-
現状	2022年5月25日	処理サイト: RCSB / 状態: 公開

ムービー	表面図（断面を密度値に従い着色）表面レベル: 2.7 UCSF Chimeraによる作画ダウンロード表面図（円筒半径に従い着色）表面レベル: 2.7 UCSF Chimeraによる作画ダウンロードムービービューア
構造ビューア	EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像	emd_22959.png

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EMDBアーカイブ

マップデータ	emd_22959.map.gz	286 MB		EMDBマップデータ形式
ヘッダ (付随情報)	emd-22959-v30.xml emd-22959.xml	10.3 KB 10.3 KB	表示表示	EMDBヘッダ
FSC (解像度算出)	emd_22959_fsc.xml	15.2 KB	表示	FSCデータファイル
画像	emd_22959.png	81.6 KB
アーカイブディレクトリ	http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-22959 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-22959	HTTPS FTP

-
検証レポート

文書・要旨	emd_22959_validation.pdf.gz	570.4 KB	表示	EMDB検証レポート
文書・詳細版	emd_22959_full_validation.pdf.gz	569.9 KB	表示
XML形式データ	emd_22959_validation.xml.gz	14.4 KB	表示
CIF形式データ	emd_22959_validation.cif.gz	19.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-22959 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-22959	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	22873C 22896C 22917C 22931C 22960C 7kh1C 7kjkC 7klnC 7kmxC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1465 1996 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細)

-
リンク

EMDBのページ	EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource

ファイル

ダウンロード / ファイル: emd_22959.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 307.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)

投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他	反転上下逆

軸	Z (Sec.)	Y (Row.)	X (Col.)
	3.24 Å/pix. x 432 pix. = 1399.68 Å	3.24 Å/pix. x 432 pix. = 1399.68 Å	3.24 Å/pix. x 432 pix. = 1399.68 Å
表面
投影像
断面 (1/3)
断面 (1/2)
断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズ

X=Y=Z: 3.24 Å

密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

表面レベル	登録者による: 2.7 / ムービー #1: 2.7
最小 - 最大	-12.2841425 - 23.352905
平均 (標準偏差)	-0.0115739815 (±0.70800066)

対称性

空間群: 1

詳細

EMDB XML:

マップ形状

Axis order	X	Y	Z
Origin	-216	-216	-216
サイズ	432	432	432
Spacing	432	432	432

セル

A=B=C: 1399.68 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップヘッダ情報:

mode	Image stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z	3.24	3.24	3.24
M x/y/z	432	432	432
origin x/y/z	0.000	0.000	0.000
length x/y/z	1399.680	1399.680	1399.680
α/β/γ	90.000	90.000	90.000
start NX/NY/NZ	0	0	0
NX/NY/NZ	640	640	640
MAP C/R/S	1	2	3
start NC/NR/NS	-216	-216	-216
NC/NR/NS	432	432	432
D min/max/mean	-12.284	23.353	-0.012

-
全体 : Vibrio phage XM1

全体	名称: Vibrio phage XM1 (ファージ)
要素	ウイルス: Vibrio phage XM1 (ファージ)

-
超分子 #1: Vibrio phage XM1

超分子	名称: Vibrio phage XM1 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / NCBI-ID: 2748688 / 生物種: Vibrio phage XM1 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: OTHER / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No
宿主	生物種: Vibrio rotiferianus (バクテリア)
ウイルス殻	Shell ID: 1 / 名称: capsid / 直径: 640.0 Å / T番号(三角分割数): 7

-
構造解析

手法	クライオ電子顕微鏡法
解析	単粒子再構成法
試料の集合状態	particle

-
試料調製

緩衝液	pH: 7.5
グリッド	モデル: PELCO Ultrathin Carbon with Lacey Carbon / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: LACEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結	凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 80 % / チャンバー内温度: 298 K / 装置: GATAN CRYOPLUNGE 3

-
電子顕微鏡法

顕微鏡	FEI TITAN KRIOS
撮影	フィルム・検出器のモデル: DIRECT ELECTRON DE-16 (4k x 4k) 検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均電子線量: 30.0 e/Å²
電子線	加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系	照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小デフォーカス（公称値）: 0.5 µm
試料ステージ	試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

CTF補正	ソフトウェア - 名称: CTFFIND
最終再構成	解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 10.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: jspr / 使用した粒子像数: 6844
初期角度割当	タイプ: RANDOM ASSIGNMENT
最終角度割当	タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: jspr
FSC曲線 (解像度の算出)

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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