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万見
- EMDB-22924: Sugar phosphate activation of the stress sensor eIF2B -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-22924
タイトルSugar phosphate activation of the stress sensor eIF2B
マップデータ
試料
  • 複合体: Tranlation initiation factor eif-2B
    • タンパク質・ペプチド: Translation initiation factor eIF-2B subunit beta
    • タンパク質・ペプチド: Translation initiation factor eIF-2B subunit delta
    • タンパク質・ペプチド: Translation initiation factor eIF-2B subunit gamma
    • リガンド: 6-O-phosphono-beta-D-fructofuranose
  • タンパク質・ペプチド: Translation initiation factor eIF-2B subunit alpha
  • タンパク質・ペプチド: Translation initiation factor eIF-2B subunit epsilon
  • リガンド: water
機能・相同性
機能・相同性情報


eukaryotic translation initiation factor 2B complex / Recycling of eIF2:GDP / cytoplasmic translational initiation / guanyl-nucleotide exchange factor complex / oligodendrocyte development / astrocyte development / astrocyte differentiation / regulation of translational initiation / positive regulation of translational initiation / response to glucose ...eukaryotic translation initiation factor 2B complex / Recycling of eIF2:GDP / cytoplasmic translational initiation / guanyl-nucleotide exchange factor complex / oligodendrocyte development / astrocyte development / astrocyte differentiation / regulation of translational initiation / positive regulation of translational initiation / response to glucose / ovarian follicle development / translation initiation factor binding / response to endoplasmic reticulum stress / myelination / translation initiation factor activity / guanyl-nucleotide exchange factor activity / hippocampus development / central nervous system development / translational initiation / response to peptide hormone / regulation of translation / T cell receptor signaling pathway / response to heat / positive regulation of apoptotic process / GTP binding / ATP binding / identical protein binding / membrane / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Translation initiation factor eIF-2B subunit alpha, N-terminal / : / : / Translation initiation factor eIF-2B subunit epsilon, N-terminal / Translation initiation factor eIF-2B subunit epsilon, W2 domain / : / : / Initiation factor 2B-related / Initiation factor 2B-like, C-terminal / Initiation factor 2 subunit family ...Translation initiation factor eIF-2B subunit alpha, N-terminal / : / : / Translation initiation factor eIF-2B subunit epsilon, N-terminal / Translation initiation factor eIF-2B subunit epsilon, W2 domain / : / : / Initiation factor 2B-related / Initiation factor 2B-like, C-terminal / Initiation factor 2 subunit family / eIF4-gamma/eIF5/eIF2-epsilon / Domain at the C-termini of GCD6, eIF-2B epsilon, eIF-4 gamma and eIF-5 / W2 domain / W2 domain profile. / Nucleotidyl transferase domain / Nucleotidyl transferase / NagB/RpiA transferase-like / Trimeric LpxA-like superfamily / Nucleotide-diphospho-sugar transferases / Armadillo-type fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Translation initiation factor eIF2B subunit beta / Translation initiation factor eIF2B subunit epsilon / Translation initiation factor eIF2B subunit alpha / Translation initiation factor eIF2B subunit gamma / Translation initiation factor eIF2B subunit delta
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.91 Å
データ登録者Nocek B / Hao Q / Wong Y / Stoll V / Sidrauski C
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Sugar phosphate activation of the stress sensor eIF2B.
著者: Qi Hao / Jin-Mi Heo / Boguslaw P Nocek / Kevin G Hicks / Vincent S Stoll / Clint Remarcik / Sean Hackett / Lauren LeBon / Rinku Jain / Dan Eaton / Jared Rutter / Yao Liang Wong / Carmela Sidrauski /
要旨: The multi-subunit translation initiation factor eIF2B is a control node for protein synthesis. eIF2B activity is canonically modulated through stress-responsive phosphorylation of its substrate eIF2. ...The multi-subunit translation initiation factor eIF2B is a control node for protein synthesis. eIF2B activity is canonically modulated through stress-responsive phosphorylation of its substrate eIF2. The eIF2B regulatory subcomplex is evolutionarily related to sugar-metabolizing enzymes, but the biological relevance of this relationship was unknown. To identify natural ligands that might regulate eIF2B, we conduct unbiased binding- and activity-based screens followed by structural studies. We find that sugar phosphates occupy the ancestral catalytic site in the eIF2Bα subunit, promote eIF2B holoenzyme formation and enhance enzymatic activity towards eIF2. A mutant in the eIF2Bα ligand pocket that causes Vanishing White Matter disease fails to engage and is not stimulated by sugar phosphates. These data underscore the importance of allosteric metabolite modulation for proper eIF2B function. We propose that eIF2B evolved to couple nutrient status via sugar phosphate sensing with the rate of protein synthesis, one of the most energetically costly cellular processes.
履歴
登録2020年11月2日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年7月14日-
マップ公開2021年7月14日-
更新2021年7月14日-
現状2021年7月14日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.4534
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.4534
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7kmf
  • 表面レベル: 0.4534
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_22924.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_22924.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 149.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.04 Å/pix.
x 340 pix.
= 353.6 Å		1.04 Å/pix.
x 340 pix.
= 353.6 Å		1.04 Å/pix.
x 340 pix.
= 353.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.04 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.4534 / ムービー #1: 0.4534
最小 - 最大-1.6513569 - 2.4321759
平均 (標準偏差)0.00089202553 (±0.055801585)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ340340340
Spacing340340340
セルA=B=C: 353.59998 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.041.041.04
M x/y/z340340340
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z353.600353.600353.600
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ300300300
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS340340340
D min/max/mean-1.6512.4320.001

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_22924_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_22924_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Tranlation initiation factor eif-2B

全体名称: Tranlation initiation factor eif-2B
要素
  • 複合体: Tranlation initiation factor eif-2B
    • タンパク質・ペプチド: Translation initiation factor eIF-2B subunit beta
    • タンパク質・ペプチド: Translation initiation factor eIF-2B subunit delta
    • タンパク質・ペプチド: Translation initiation factor eIF-2B subunit gamma
    • リガンド: 6-O-phosphono-beta-D-fructofuranose
  • タンパク質・ペプチド: Translation initiation factor eIF-2B subunit alpha
  • タンパク質・ペプチド: Translation initiation factor eIF-2B subunit epsilon
  • リガンド: water

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超分子 #1: Tranlation initiation factor eif-2B

超分子名称: Tranlation initiation factor eif-2B / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2, #5-#6
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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分子 #1: Translation initiation factor eIF-2B subunit beta

分子名称: Translation initiation factor eIF-2B subunit beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 41.049633 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MDYKDDDDKE NLYFQSMPGS AAKGSELSER IESFVETLKR GGGPRSSEEM ARETLGLLRQ IITDHRWSNA GELMELIRRE GRRMTAAQP SETTVGNMVR RVLKIIREEY GRLHGRSDES DQQESLHKLL TSGGLNEDFS FHYAQLQSNI IEAINELLVE L EGTMENIA ...文字列:
MDYKDDDDKE NLYFQSMPGS AAKGSELSER IESFVETLKR GGGPRSSEEM ARETLGLLRQ IITDHRWSNA GELMELIRRE GRRMTAAQP SETTVGNMVR RVLKIIREEY GRLHGRSDES DQQESLHKLL TSGGLNEDFS FHYAQLQSNI IEAINELLVE L EGTMENIA AQALEHIHSN EVIMTIGFSR TVEAFLKEAA RKRKFHVIVA ECAPFCQGHE MAVNLSKAGI ETTVMTDAAI FA VMSRVNK VIIGTKTILA NGALRAVTGT HTLALAAKHH STPLIVCAPM FKLSPQFPNE EDSFHKFVAP EEVLPFTEGD ILE KVSVHC PVFDYVPPEL ITLFISNIGG NAPSYIYRLM SELYHPDDHV L

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分子 #2: Translation initiation factor eIF-2B subunit delta

分子名称: Translation initiation factor eIF-2B subunit delta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 57.640168 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MAAVAVAVRE DSGSGMKAEL PPGPGAVGRE MTKEEKLQLR KEKKQQKKKR KEEKGAEPET GSAVSAAQCQ VGPTRELPES GIQLGTPRE KVPAGRSKAE LRAERRAKQE AERALKQARK GEQGGPPPKA SPSTAGETPS GVKRLPEYPQ VDDLLLRRLV K KPERQQVP ...文字列:
MAAVAVAVRE DSGSGMKAEL PPGPGAVGRE MTKEEKLQLR KEKKQQKKKR KEEKGAEPET GSAVSAAQCQ VGPTRELPES GIQLGTPRE KVPAGRSKAE LRAERRAKQE AERALKQARK GEQGGPPPKA SPSTAGETPS GVKRLPEYPQ VDDLLLRRLV K KPERQQVP TRKDYGSKVS LFSHLPQYSR QNSLTQFMSI PSSVIHPAMV RLGLQYSQGL VSGSNARCIA LLRALQQVIQ DY TTPPNEE LSRDLVNKLK PYMSFLTQCR PLSASMHNAI KFLNKEITSV GSSKREEEAK SELRAAIDRY VQEKIVLAAQ AIS RFAYQK ISNGDVILVY GCSSLVSRIL QEAWTEGRRF RVVVVDSRPW LEGRHTLRSL VHAGVPASYL LIPAASYVLP EVSK VLLGA HALLANGSVM SRVGTAQLAL VARAHNVPVL VCCETYKFCE RVQTDAFVSN ELDDPDDLQC KRGEHVALAN WQNHA SLRL LNLVYDVTPP ELVDLVITEL GMIPCSSVPV VLRVKSSDQ

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分子 #3: Translation initiation factor eIF-2B subunit alpha

分子名称: Translation initiation factor eIF-2B subunit alpha / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 詳細: F6P / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 40.552938 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MDDKELIEYF KSQMKEDPDM ASAVAAIRTL LEFLKRDKGE TIQGLRANLT SAIETLCGVD SSVAVSSGGE LFLRFISLAS LEYSDYSKC KKIMIERGEL FLRRISLSRN KIADLCHTFI KDGATILTHA YSRVVLRVLE AAVAAKKRFS VYVTESQPDL S GKKMAKAL ...文字列:
MDDKELIEYF KSQMKEDPDM ASAVAAIRTL LEFLKRDKGE TIQGLRANLT SAIETLCGVD SSVAVSSGGE LFLRFISLAS LEYSDYSKC KKIMIERGEL FLRRISLSRN KIADLCHTFI KDGATILTHA YSRVVLRVLE AAVAAKKRFS VYVTESQPDL S GKKMAKAL CHLNVPVTVV LDAAVGYIME KADLVIVGAE GVVENGGIIN KIGTNQMAVC AKAQNKPFYV VAESFKFVRL FP LNQQDVP DKFKYKADTL KVAQTGQDLK EEHPWVDYTA PSLITLLFTD LGVLTPSAVS DELIKLYLGG ENLYFQAEDK GGG SGGGGS GGGGSASQGG LNDIFEAQKI EWHEGGGGSG GGGSGGGGSG RDQDYKDDDD K

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分子 #4: Translation initiation factor eIF-2B subunit epsilon

分子名称: Translation initiation factor eIF-2B subunit epsilon
タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 80.466609 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MAAPVVAPPG VVVSRANKRS GAGPGGSGGG GARGAEEEPP PPLQAVLVAD SFDRRFFPIS KDQPRVLLPL ANVALIDYTL EFLTATGVQ ETFVFCCWKA AQIKEHLLKS KWCRPTSLNV VRIITSELYR SLGDVLRDVD AKALVRSDFL LVYGDVISNI N ITRALEEH ...文字列:
MAAPVVAPPG VVVSRANKRS GAGPGGSGGG GARGAEEEPP PPLQAVLVAD SFDRRFFPIS KDQPRVLLPL ANVALIDYTL EFLTATGVQ ETFVFCCWKA AQIKEHLLKS KWCRPTSLNV VRIITSELYR SLGDVLRDVD AKALVRSDFL LVYGDVISNI N ITRALEEH RLRRKLEKNV SVMTMIFKES SPSHPTRCHE DNVVVAVDST TNRVLHFQKT QGLRRFAFPL SLFQGSSDGV EV RYDLLDC HISICSPQVA QLFTDNFDYQ TRDDFVRGLL VNEEILGNQI HMHVTAKEYG ARVSNLHMYS AVCADVIRRW VYP LTPEAN FTDSTTQSCT HSRHNIYRGP EVSLGHGSIL EENVLLGSGT VIGSNCFITN SVIGPGCHIG DNVVLDQTYL WQGV RVAAG AQIHQSLLCD NAEVKERVTL KPRSVLTSQV VVGPNITLPE GSVISLHPPD AEEDEDDGEF SDDSGADQEK DKVKM KGYN PAEVGAAGKG YLWKAAGMNM EEEEELQQNL WGLKINMEEE SESESEQSMD SEEPDSRGGS PQMDDIKVFQ NEVLGT LQR GKEENISCDN LVLEINSLKY AYNISLKEVM QVLSHVVLEF PLQQMDSPLD SSRYCALLLP LLKAWSPVFR NYIKRAA DH LEALAAIEDF FLEHEALGIS MAKVLMAFYQ LEILAEETIL SWFSQRDTTD KGQQLRKNQQ LQRFIQWLKE AEEESSED D

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分子 #5: Translation initiation factor eIF-2B subunit gamma

分子名称: Translation initiation factor eIF-2B subunit gamma / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 50.30423 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MEFQAVVMAV GGGSRMTDLT SSIPKPLLPV GNKPLIWYPL NLLERVGFEE VIVVTTRDVQ KALCAEFKMK MKPDIVCIPD DADMGTADS LRYIYPKLKT DVLVLSCDLI TDVALHEVVD LFRAYDASLA MLMRKGQDSI EPVPGQKGKK KAVEQRDFIG V DSTGKRLL ...文字列:
MEFQAVVMAV GGGSRMTDLT SSIPKPLLPV GNKPLIWYPL NLLERVGFEE VIVVTTRDVQ KALCAEFKMK MKPDIVCIPD DADMGTADS LRYIYPKLKT DVLVLSCDLI TDVALHEVVD LFRAYDASLA MLMRKGQDSI EPVPGQKGKK KAVEQRDFIG V DSTGKRLL FMANEADLDE ELVIKGSILQ KHPRIRFHTG LVDAHLYCLK KYIVDFLMEN GSITSIRSEL IPYLVRKQFS SA SSQQGQE EKEEDLKKKE LKSLDIYSFI KEANTLNLAP YDACWNACRG DRWEDLSRSQ VRCYVHIMKE GLCSRVSTLG LYM EANRQV PKLLSALCPE EPPVHSSAQI VSKHLVGVDS LIGPETQIGE KSSIKRSVIG SSCLIKDRVT ITNCLLMNSV TVEE GSNIQ GSVICNNAVI EKGADIKDCL IGSGQRIEAK AKRVNEVIVG NDQLMEI

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分子 #6: 6-O-phosphono-beta-D-fructofuranose

分子名称: 6-O-phosphono-beta-D-fructofuranose / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 2 / 式: F6P
分子量理論値: 260.136 Da
Chemical component information

ChemComp-F6P:
6-O-phosphono-beta-D-fructofuranose / β-D-フルクトフラノ-ス6-りん酸

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分子 #7: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 18 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.32 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
詳細: Prior to grid preparation, the protein mixture was diluted with 25 mM HEPES, 100 mM KCl, 2 mM 446 MgCl2, 1 mM DTT, pH 7.5 to
凍結凍結剤: ETHANE
詳細eif2a was mixed with eif2bcde in 1.5 :1 molar ratio and incubated on ice.

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 実像数: 6073 / 平均電子線量: 44.33 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: OTHER
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.91 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.15) / 使用した粒子像数: 73704
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.15)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.15)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

6caj

詳細Real space refinement
精密化プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-7kmf:
Sugar phosphate activation of the stress sensor eIF2B

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る