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- EMDB-22919: Full-length human mitochondrial Hsp90 (TRAP1) SpyCatcher/SpyTag-S... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-22919
タイトルFull-length human mitochondrial Hsp90 (TRAP1) SpyCatcher/SpyTag-SdhB heterodimer in the presence of AMP-PNP
マップデータ
試料
  • 複合体: Full-length human mitochondrial Hsp90 (TRAP1) SpyCatcher/SpyTag-SdhB heterodimer in the presence of AMP-PNP
    • タンパク質・ペプチド: Heat shock protein 75 kDa, mitochondrial, SpyCatcher
    • タンパク質・ペプチド: Heat shock protein 75 kDa, mitochondrial, SpyTag, Succinate dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur subunit, mitochondrial (chimera)
  • リガンド: PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: POTASSIUM ION
キーワードHsp90 / CHAPERONE / TRAP1 / SdhB / mitochondria / SpyTag / SpyCatcher
機能・相同性
機能・相同性情報


translational attenuation / negative regulation of cellular respiration / 酸化還元酵素; CH-OHの結合に対し酸化酵素として働く; キノンあるいはその類似化合物を用いる / respiratory chain complex II (succinate dehydrogenase) / : / mitochondrial electron transport, succinate to ubiquinone / Citric acid cycle (TCA cycle) / succinate dehydrogenase (quinone) activity / succinate dehydrogenase / Maturation of TCA enzymes and regulation of TCA cycle ...translational attenuation / negative regulation of cellular respiration / 酸化還元酵素; CH-OHの結合に対し酸化酵素として働く; キノンあるいはその類似化合物を用いる / respiratory chain complex II (succinate dehydrogenase) / : / mitochondrial electron transport, succinate to ubiquinone / Citric acid cycle (TCA cycle) / succinate dehydrogenase (quinone) activity / succinate dehydrogenase / Maturation of TCA enzymes and regulation of TCA cycle / Respiratory electron transport / tumor necrosis factor receptor binding / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to hydrogen peroxide / 3 iron, 4 sulfur cluster binding / ubiquinone binding / proton motive force-driven mitochondrial ATP synthesis / negative regulation of reactive oxygen species biosynthetic process / chaperone-mediated protein folding / tricarboxylic acid cycle / aerobic respiration / respiratory electron transport chain / cell periphery / ATP-dependent protein folding chaperone / mitochondrial membrane / mitochondrial intermembrane space / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / unfolded protein binding / protein folding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / mitochondrial inner membrane / electron transfer activity / mitochondrial matrix / protein kinase binding / ATP hydrolysis activity / mitochondrion / RNA binding / nucleoplasm / ATP binding / membrane / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / 4Fe-4S dicluster domain / Succinate dehydrogenase/fumarate reductase iron-sulphur protein / Succinate dehydogenase/fumarate reductase N-terminal / 2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain / Alpha-helical ferredoxin / 2Fe-2S ferredoxin, iron-sulphur binding site / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / HSP90, C-terminal domain / Heat shock protein Hsp90, N-terminal ...: / 4Fe-4S dicluster domain / Succinate dehydrogenase/fumarate reductase iron-sulphur protein / Succinate dehydogenase/fumarate reductase N-terminal / 2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain / Alpha-helical ferredoxin / 2Fe-2S ferredoxin, iron-sulphur binding site / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / HSP90, C-terminal domain / Heat shock protein Hsp90, N-terminal / Heat shock protein Hsp90 family / Hsp90 protein / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Beta-grasp domain superfamily / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain / 2Fe-2S ferredoxin-like superfamily / 4Fe-4S ferredoxin, iron-sulphur binding, conserved site / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 4Fe-4S ferredoxin-type, iron-sulphur binding domain / Histidine kinase-like ATPases / Histidine kinase/HSP90-like ATPase / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Succinate dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur subunit, mitochondrial / Heat shock protein 75 kDa, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Liu YX / Agard DA
資金援助 米国, 6件
OrganizationGrant number国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
American Heart Association18POST33990362 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM118099 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)U54CA209891 米国
National Institutes of Health/National Institute of Mental Health (NIH/NIMH)U01MH115747 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)U19AI135990 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Cryo-EM analysis of human mitochondrial Hsp90 in multiple tetrameric states
著者: Liu YX / Agard DA / Elnatan D / Sun M / Larson AG
履歴
登録2020年11月1日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年11月3日-
マップ公開2021年11月3日-
更新2024年5月29日-
現状2024年5月29日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.025
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.025
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7klv
  • 表面レベル: 0.025
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_22919.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_22919.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.85 Å/pix.
x 320 pix.
= 271.616 Å		0.85 Å/pix.
x 320 pix.
= 271.616 Å		0.85 Å/pix.
x 320 pix.
= 271.616 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.8488 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.025 / ムービー #1: 0.025
最小 - 最大-0.04762115 - 0.13262628
平均 (標準偏差)-0.00005492763 (±0.0029190695)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 271.616 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.84880.84880.8488
M x/y/z320320320
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z271.616271.616271.616
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ799196
NX/NY/NZ149138117
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS320320320
D min/max/mean-0.0480.133-0.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Full-length human mitochondrial Hsp90 (TRAP1) SpyCatcher/SpyTag-S...

全体名称: Full-length human mitochondrial Hsp90 (TRAP1) SpyCatcher/SpyTag-SdhB heterodimer in the presence of AMP-PNP
要素
  • 複合体: Full-length human mitochondrial Hsp90 (TRAP1) SpyCatcher/SpyTag-SdhB heterodimer in the presence of AMP-PNP
    • タンパク質・ペプチド: Heat shock protein 75 kDa, mitochondrial, SpyCatcher
    • タンパク質・ペプチド: Heat shock protein 75 kDa, mitochondrial, SpyTag, Succinate dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur subunit, mitochondrial (chimera)
  • リガンド: PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: POTASSIUM ION

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超分子 #1: Full-length human mitochondrial Hsp90 (TRAP1) SpyCatcher/SpyTag-S...

超分子名称: Full-length human mitochondrial Hsp90 (TRAP1) SpyCatcher/SpyTag-SdhB heterodimer in the presence of AMP-PNP
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 180 KDa

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分子 #1: Heat shock protein 75 kDa, mitochondrial, SpyCatcher

分子名称: Heat shock protein 75 kDa, mitochondrial, SpyCatcher
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 87.094617 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: GIDPFTSTQT AEDKEEPLHS IISSTESVQG STSKHEFQAE TKKLLDIVAR SLYSEKEVFI RELISNASDA LEKLRHKLVS DGQALPEME IHLQTNAEKG TITIQDTGIG MTQEELVSNL GTIARSGSKA FLDALQNQAE ASSKIIGQFG VGFYSAFMVA D RVEVYSRS ...文字列:
GIDPFTSTQT AEDKEEPLHS IISSTESVQG STSKHEFQAE TKKLLDIVAR SLYSEKEVFI RELISNASDA LEKLRHKLVS DGQALPEME IHLQTNAEKG TITIQDTGIG MTQEELVSNL GTIARSGSKA FLDALQNQAE ASSKIIGQFG VGFYSAFMVA D RVEVYSRS AAPGSLGYQW LSDGSGVFEI AEASGVRTGT KIIIHLKSDC KEFSSEARVR DVVTKYSNFV SFPLYLNGRR MN TLQAIWM MDPKDVGEWQ HEEFYRYVAQ AHDKPRYTLH YKTDAPLNIR SIFYVPDMKP SMFDVSRELG SSVALYSRKV LIQ TKATDI LPKWLRFIRG VVDSEDIPLN LSRELLQESA LIRKLRDVLQ QRLIKFFIDQ SKKDAEKYAK FFEDYGLFMR EGIV TATEQ EVKEDIAKLL RYESSALPSG QLTSLSEYAS RMRAGTRNIY YLCAPNRHLA EHSPYYEAMK KKDTEVLFCF EQFDE LTLL HLREFDKKKL ISVETDIVVD HYKEEKFEDR SPAAECLSEK ETEELMAWMR NVLGSRVTNV KVTLRLDTHP AMVTVL EMG AARHFLRMQQ LAKTQEERAQ LLQPTLEINP RHALIKKLNQ LRASEPGLAQ LLVDQIYENA MIAAGLVDDP RAMVGRL NE LLVKALERHG GSGSGSSAMV DTLSGLSSEQ GQSGDMTIEE DSATHIKFSK RDEDGKELAG ATMELRDSSG KTISTWIS D GQVKDFYLYP GKYTFVETAA PDGYEVATAI TFTVNEQGQV TVNGKATKGD AHI

UniProtKB: Heat shock protein 75 kDa, mitochondrial

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分子 #2: Heat shock protein 75 kDa, mitochondrial, SpyTag, Succinate dehyd...

分子名称: Heat shock protein 75 kDa, mitochondrial, SpyTag, Succinate dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur subunit, mitochondrial (chimera)
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: succinate dehydrogenase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 93.121344 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: GIDPFTSTQT AEDKEEPLHS IISSTESVQG STSKHEFQAE TKKLLDIVAR SLYSEKEVFI RELISNASDA LEKLRHKLVS DGQALPEME IHLQTNAEKG TITIQDTGIG MTQEELVSNL GTIARSGSKA FLDALQNQAE ASSKIIGQFG VGFYSAFMVA D RVEVYSRS ...文字列:
GIDPFTSTQT AEDKEEPLHS IISSTESVQG STSKHEFQAE TKKLLDIVAR SLYSEKEVFI RELISNASDA LEKLRHKLVS DGQALPEME IHLQTNAEKG TITIQDTGIG MTQEELVSNL GTIARSGSKA FLDALQNQAE ASSKIIGQFG VGFYSAFMVA D RVEVYSRS AAPGSLGYQW LSDGSGVFEI AEASGVRTGT KIIIHLKSDC KEFSSEARVR DVVTKYSNFV SFPLYLNGRR MN TLQAIWM MDPKDVGEWQ HEEFYRYVAQ AHDKPRYTLH YKTDAPLNIR SIFYVPDMKP SMFDVSRELG SSVALYSRKV LIQ TKATDI LPKWLRFIRG VVDSEDIPLN LSRELLQESA LIRKLRDVLQ QRLIKFFIDQ SKKDAEKYAK FFEDYGLFMR EGIV TATEQ EVKEDIAKLL RYESSALPSG QLTSLSEYAS RMRAGTRNIY YLCAPNRHLA EHSPYYEAMK KKDTEVLFCF EQFDE LTLL HLREFDKKKL ISVETDIVVD HYKEEKFEDR SPAAECLSEK ETEELMAWMR NVLGSRVTNV KVTLRLDTHP AMVTVL EMG AARHFLRMQQ LAKTQEERAQ LLQPTLEINP RHALIKKLNQ LRASEPGLAQ LLVDQIYENA MIAAGLVDDP RAMVGRL NE LLVKALERHG GSGSGSSAHI VMVDAYKPTK GGGGSGGGGS GGGGSLEVLF QGPGSAQTAA ATAPRIKKFA IYRWDPDK A GDKPHMQTYE VDLNKCGPMV LDALIKIKNE VDSTLTFRRS CREGICGSCA MNINGGNTLA CTRRIDTNLN KVSKIYPLP HMYVIKDLVP DLSNFYAQYK SIEPYLKKK

UniProtKB: Heat shock protein 75 kDa, mitochondrial, Succinate dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur subunit, mitochondrial

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分子 #3: PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER

分子名称: PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 2 / 式: ANP
分子量理論値: 506.196 Da
Chemical component information

ChemComp-ANP:
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP / AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM

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分子 #4: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 2 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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分子 #5: POTASSIUM ION

分子名称: POTASSIUM ION / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 2 / 式: K
分子量理論値: 39.098 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
グリッドモデル: UltrAuFoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均電子線量: 66.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

6xg6

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 162653
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

6xg6


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-7klv:
Full-length human mitochondrial Hsp90 (TRAP1) SpyCatcher/SpyTag-SdhB heterodimer in the presence of AMP-PNP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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