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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-22830 | ||||||||||||
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タイトル | Murine core lysosomal multienzyme complex (LMC) composed of acid beta-galactosidase (GLB1) and protective protein cathepsin A (PPCA, CTSA) | ||||||||||||
マップデータ | unsharpened | ||||||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 Keratan sulfate degradation / Glycosphingolipid metabolism / HS-GAG degradation / response to cortisone / Sialic acid metabolism / : / response to Thyroglobulin triiodothyronine / carboxypeptidase C / serine-type carboxypeptidase activity / galactose catabolic process ...Keratan sulfate degradation / Glycosphingolipid metabolism / HS-GAG degradation / response to cortisone / Sialic acid metabolism / : / response to Thyroglobulin triiodothyronine / carboxypeptidase C / serine-type carboxypeptidase activity / galactose catabolic process / galactoside binding / MHC class II antigen presentation / beta-galactosidase / negative regulation of chaperone-mediated autophagy / vacuole / beta-galactosidase activity / Neutrophil degranulation / regulation of protein stability / lysosome / hydrolase activity / lysosomal membrane / intracellular membrane-bounded organelle / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / mitochondrion / proteolysis / extracellular space / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) | ||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.59 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Gorelik A / Illes K / Hasan SMN / Nagar B / Mazhab-Jafari MT | ||||||||||||
資金援助 | カナダ, 3件
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引用 | ジャーナル: Sci Adv / 年: 2021 タイトル: Structure of the murine lysosomal multienzyme complex core. 著者: Alexei Gorelik / Katalin Illes / S M Naimul Hasan / Bhushan Nagar / Mohammad T Mazhab-Jafari / 要旨: The enzymes β-galactosidase (GLB1) and neuraminidase 1 (NEU1; sialidase 1) participate in the degradation of glycoproteins and glycolipids in the lysosome. To remain active and stable, they ...The enzymes β-galactosidase (GLB1) and neuraminidase 1 (NEU1; sialidase 1) participate in the degradation of glycoproteins and glycolipids in the lysosome. To remain active and stable, they associate with PPCA [protective protein cathepsin A (CTSA)] into a high-molecular weight lysosomal multienzyme complex (LMC), of which several forms exist. Genetic defects in these three proteins cause the lysosomal storage diseases GM1-gangliosidosis/mucopolysaccharidosis IV type B, sialidosis, and galactosialidosis, respectively. To better understand the interactions between these enzymes, we determined the three-dimensional structure of the murine LMC core. This 0.8-MDa complex is composed of three GLB1 dimers and three CTSA dimers, adopting a triangular architecture maintained through six copies of a unique GLB1-CTSA polar interface. Mutations in this contact surface that occur in GM1-gangliosidosis prevent formation of the LMC in vitro. These findings may facilitate development of therapies for lysosomal storage disorders. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_22830.map.gz | 61.8 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-22830-v30.xml emd-22830.xml | 23.9 KB 23.9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_22830.png | 228.7 KB | ||
その他 | emd_22830_additional_1.map.gz emd_22830_additional_2.map.gz emd_22830_half_map_1.map.gz emd_22830_half_map_2.map.gz | 22.9 MB 113.7 MB 116.1 MB 116.1 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-22830 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-22830 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_22830_validation.pdf.gz | 921.4 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_22830_full_validation.pdf.gz | 920.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_22830_validation.xml.gz | 14 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_22830_validation.cif.gz | 16.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-22830 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-22830 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_22830.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | unsharpened | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.03 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-追加マップ: density-modified with Phenix ResolveCryoEM
ファイル | emd_22830_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | density-modified with Phenix ResolveCryoEM | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: sharpened with Phenix Autosharpen
ファイル | emd_22830_additional_2.map | ||||||||||||
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注釈 | sharpened with Phenix Autosharpen | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half-map A
ファイル | emd_22830_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | half-map A | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half-map B
ファイル | emd_22830_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | half-map B | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : core lysosomal multienzyme complex composed of CTSA and GLB1
全体 | 名称: core lysosomal multienzyme complex composed of CTSA and GLB1 |
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要素 |
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-超分子 #1: core lysosomal multienzyme complex composed of CTSA and GLB1
超分子 | 名称: core lysosomal multienzyme complex composed of CTSA and GLB1 タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2 |
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由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
-分子 #1: Beta-galactosidase
分子 | 名称: Beta-galactosidase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO / EC番号: beta-galactosidase |
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由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) |
分子量 | 理論値: 71.45018 KDa |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
配列 | 文字列: DRHHHHHHGS VTQRTFKLDY SRDRFLKDGQ PFRYISGSIH YFRIPRFYWE DRLLKMKMAG LNAIQMYVPW NFHEPQPGQY EFSGDRDVE HFIQLAHELG LLVILRPGPY ICAEWDMGGL PAWLLEKQSI VLRSSDPDYL VAVDKWLAVL LPKMKPLLYQ N GGPIITVQ ...文字列: DRHHHHHHGS VTQRTFKLDY SRDRFLKDGQ PFRYISGSIH YFRIPRFYWE DRLLKMKMAG LNAIQMYVPW NFHEPQPGQY EFSGDRDVE HFIQLAHELG LLVILRPGPY ICAEWDMGGL PAWLLEKQSI VLRSSDPDYL VAVDKWLAVL LPKMKPLLYQ N GGPIITVQ VENEYGSYFA CDYDYLRFLV HRFRYHLGND VILFTTDGAS EKMLKCGTLQ DLYATVDFGT GNNITQAFLV QR KFEPKGP LINSEFYTGW LDHWGKPHST VKTKTLATSL YNLLARGANV NLYMFIGGTN FAYWNGANTP YEPQPTSYDY DAP LSEAGD LTKKYFALRE VIQMFKEVPE GPIPPSTPKF AYGKVALRKF KTVAEALGIL CPNGPVKSLY PLTFTQVKQY FGYV LYRTT LPQDCSNPKP IFSSPFNGVR DRAYVSVDGV PQGILDRNLM TALNIQGKAG ATLDILVENM GRVNYGRFIN DFKGL ISNM TINSTVLTNW TVFPLDTEAM VRNHLWGREA SDGGHLDGRS TSNSSDLILP TFYVGNFSIP SGIPDLPQDT FIQFPG WSK GQVWINGFNL GRYWPTMGPQ KTLFVPRNIL TTSAPNNITV LELEFAPCSE GTPELCTVEF VDTPVIS |
-分子 #2: Lysosomal protective protein
分子 | 名称: Lysosomal protective protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO / EC番号: carboxypeptidase C |
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由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) |
分子量 | 理論値: 52.657141 KDa |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
配列 | 文字列: DRHHHHHHGS APDQDEIDAL PGLAKQPSFR QYSGYLRASD SKHFHYWFVE SQNDPKNSPV VLWLNGGPGC SSLDGLLTEH GPFLIQPDG VTLEYNPYAW NLIANVLYIE SPAGVGFSYS DDKMYVTNDT EVAENNYEAL KDFFRLFPEY KDNKLFLTGE S YAGIYIPT ...文字列: DRHHHHHHGS APDQDEIDAL PGLAKQPSFR QYSGYLRASD SKHFHYWFVE SQNDPKNSPV VLWLNGGPGC SSLDGLLTEH GPFLIQPDG VTLEYNPYAW NLIANVLYIE SPAGVGFSYS DDKMYVTNDT EVAENNYEAL KDFFRLFPEY KDNKLFLTGE S YAGIYIPT LAVLVMQDPS MNLQGLAVGN GLASYEQNDN SLVYFAYYHG LLGNRLWTSL QTHCCAQNKC NFYDNKDPEC VN NLLEVSR IVGKSGLNIY NLYAPCAGGV PGRHRYEDTL VVQDFGNIFT RLPLKRRFPE ALMRSGDKVR LDPPCTNTTA PSN YLNNPY VRKALHIPES LPRWDMCNFL VNLQYRRLYQ SMNSQYLKLL SSQKYQILLY NGDVDMACNF MGDEWFVDSL NQKM EVQRR PWLVDYGESG EQVAGFVKEC SHITFLTIKG AGHMVPTDKP RAAFTMFSRF LNKEPY |
-分子 #5: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子 | 名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 30 / 式: NAG |
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分子量 | 理論値: 221.208 Da |
Chemical component information | ChemComp-NAG: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.5 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 4.5 / 詳細: 50 mM sodium acetate pH 4.5, 50 mM NaCl |
グリッド | モデル: Homemade / 材質: COPPER/RHODIUM / 支持フィルム - 材質: GOLD / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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詳細 | two datasets: untilted and 40 degrees tilted |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 315 / 平均電子線量: 41.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm / 倍率(公称値): 75000 |
試料ステージ | ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |