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- EMDB-22819: HCMV postfusion gB in complex with SM5-1 Fab -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-22819
タイトルHCMV postfusion gB in complex with SM5-1 Fab
マップデータHCMV postfusion gB in complex with SM5-1 FAb
試料
  • 複合体: HCMV postfusion gB in complex with a neutralizing antibody Fab SM5-1
    • 複合体: Envelope glycoprotein B
      • タンパク質・ペプチド: Envelope glycoprotein B
    • 複合体: SM5-1 Fab antibody heavy chain, SM5-1 Fab antibody light chain
      • タンパク質・ペプチド: SM5-1 Fab antibody heavy chain
      • タンパク質・ペプチド: SM5-1 Fab antibody light chain
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: CALCIUM ION
キーワードfusogen / postfusion / HCMV / gB / antibody / VIRAL PROTEIN / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell Golgi membrane / host cell endosome membrane / symbiont entry into host cell / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
Herpesvirus Glycoprotein B, antigenic domain, N-terminal / Glycoprotein B N-terminal antigenic domain of HCMV / : / Herpesvirus Glycoprotein B / Herpesvirus Glycoprotein B, PH-like domain 1 / Herpesvirus Glycoprotein B, PH-like domain 2 / Herpesvirus Glycoprotein B, PH-like domain 2 superfamily / Herpesvirus Glycoprotein B ectodomain / Herpesvirus Glycoprotein B / Herpesvirus Glycoprotein B PH-like domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Envelope glycoprotein B
類似検索 - 構成要素
生物種Human cytomegalovirus (strain Towne) (ヘルペスウイルス) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Liu Y / Heim PK
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2021
タイトル: Prefusion structure of human cytomegalovirus glycoprotein B and structural basis for membrane fusion.
著者: Yuhang Liu / Kyle P Heim / Ye Che / Xiaoyuan Chi / Xiayang Qiu / Seungil Han / Philip R Dormitzer / Xinzhen Yang /
要旨: Human cytomegalovirus (HCMV) causes congenital disease with long-term morbidity. HCMV glycoprotein B (gB) transitions irreversibly from a metastable prefusion to a stable postfusion conformation to ...Human cytomegalovirus (HCMV) causes congenital disease with long-term morbidity. HCMV glycoprotein B (gB) transitions irreversibly from a metastable prefusion to a stable postfusion conformation to fuse the viral envelope with a host cell membrane during entry. We stabilized prefusion gB on the virion with a fusion inhibitor and a chemical cross-linker, extracted and purified it, and then determined its structure to 3.6-Å resolution by electron cryomicroscopy. Our results revealed the structural rearrangements that mediate membrane fusion and details of the interactions among the fusion loops, the membrane-proximal region, transmembrane domain, and bound fusion inhibitor that stabilized gB in the prefusion state. The structure rationalizes known gB antigenic sites. By analogy to successful vaccine antigen engineering approaches for other viral pathogens, the high-resolution prefusion gB structure provides a basis to develop stabilized prefusion gB HCMV vaccine antigens.
履歴
登録2020年10月8日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年3月17日-
マップ公開2021年3月17日-
更新2024年11月20日-
現状2024年11月20日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.05
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.05
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7kdd
  • 表面レベル: 0.05
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-7kdd
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_22819.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_22819.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 83.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈HCMV postfusion gB in complex with SM5-1 FAb
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.38 Å/pix.
x 280 pix.
= 385.28 Å		1.38 Å/pix.
x 280 pix.
= 385.28 Å		1.38 Å/pix.
x 280 pix.
= 385.28 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.376 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.05 / ムービー #1: 0.05
最小 - 最大-0.16615495 - 0.34030843
平均 (標準偏差)0.0003975881 (±0.006261696)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ280280280
Spacing280280280
セルA=B=C: 385.28 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.3761.3761.376
M x/y/z280280280
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z385.280385.280385.280
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS280280280
D min/max/mean-0.1660.3400.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : HCMV postfusion gB in complex with a neutralizing antibody Fab SM5-1

全体名称: HCMV postfusion gB in complex with a neutralizing antibody Fab SM5-1
要素
  • 複合体: HCMV postfusion gB in complex with a neutralizing antibody Fab SM5-1
    • 複合体: Envelope glycoprotein B
      • タンパク質・ペプチド: Envelope glycoprotein B
    • 複合体: SM5-1 Fab antibody heavy chain, SM5-1 Fab antibody light chain
      • タンパク質・ペプチド: SM5-1 Fab antibody heavy chain
      • タンパク質・ペプチド: SM5-1 Fab antibody light chain
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: CALCIUM ION

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超分子 #1: HCMV postfusion gB in complex with a neutralizing antibody Fab SM5-1

超分子名称: HCMV postfusion gB in complex with a neutralizing antibody Fab SM5-1
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3
詳細: SM5-1 FAb is recombinant expressed with 6xHis and Strep sequence at C-terminal as purification tags. The FAb was used to purify the gB protein from lab cultured HCMV virus (Towne strain)
分子量理論値: 300 KDa

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超分子 #2: Envelope glycoprotein B

超分子名称: Envelope glycoprotein B / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Human cytomegalovirus (strain Towne) (ヘルペスウイルス)
株: Towne

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超分子 #3: SM5-1 Fab antibody heavy chain, SM5-1 Fab antibody light chain

超分子名称: SM5-1 Fab antibody heavy chain, SM5-1 Fab antibody light chain
タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2-#3
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Envelope glycoprotein B

分子名称: Envelope glycoprotein B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human cytomegalovirus (strain Towne) (ヘルペスウイルス)
株: Towne
分子量理論値: 102.067688 KDa
配列文字列: MESRIWCLVV CVNLCIVCLG AAVSSSSTRG TSATHSHHSS HTTSAAHSRS GSVSQRVTSS QTVSHGVNET IYNTTLKYGD VVGVNTTKY PYRVCSMAQG TDLIRFERNI VCTSMKPINE DLDEGIMVVY KRNIVAHTFK VRVYQKVLTF RRSYAYIHTT Y LLGSNTEY ...文字列:
MESRIWCLVV CVNLCIVCLG AAVSSSSTRG TSATHSHHSS HTTSAAHSRS GSVSQRVTSS QTVSHGVNET IYNTTLKYGD VVGVNTTKY PYRVCSMAQG TDLIRFERNI VCTSMKPINE DLDEGIMVVY KRNIVAHTFK VRVYQKVLTF RRSYAYIHTT Y LLGSNTEY VAPPMWEIHH INSHSQCYSS YSRVIAGTVF VAYHRDSYEN KTMQLMPDDY SNTHSTRYVT VKDQWHSRGS TW LYRETCN LNCMVTITTA RSKYPYHFFA TSTGDVVDIS PFYNGTNRNA SYFGENADKF FIFPNYTIVS DFGRPNSALE THR LVAFLE RADSVISWDI QDEKNVTCQL TFWEASERTI RSEAEDSYHF SSAKMTATFL SKKQEVNMSD SALDCVRDEA INKL QQIFN TSYNQTYEKY GNVSVFETTG GLVVFWQGIK QKSLVELERL ANRSSLNLTH NRTKRSTDGN NATHLSNMES VHNLV YAQL QFTYDTLRGY INRALAQIAE AWCVDQRRTL EVFKELSKIN PSAILSAIYN KPIAARFMGD VLGLASCVTI NQTSVK VLR DMNVKESPGR CYSRPVVIFN FANSSYVQYG QLGEDNEILL GNHRTEECQL PSLKIFIAGN SAYEYVDYLF KRMIDLS SI STVDSMIALD IDPLENTDFR VLELYSQKEL RSSNVFDLEE IMREFNSYKQ RVKYVEDKVV DPLPPYLKGL DDLMSGLG A AGKAVGVAIG AVGGAVASVV EGVATFLKNP FGAFTIILVA IAVVIIIYLI YTRQRRLCMQ PLQNLFPYLV SADGTTVTS GNTKDTSLQA PPSYEESVYN SGRKGPGPPS SDASTAAPPY TNEQAYQMLL ALVRLDAEQR AQQNGTDSLD GQTGTQDKGQ KPNLLDRLR HRKNGYRHLK DSDEEENV

UniProtKB: Envelope glycoprotein B

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分子 #2: SM5-1 Fab antibody heavy chain

分子名称: SM5-1 Fab antibody heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 27.534768 KDa
組換発現生物種: Scombridae gen. sp. (魚類)
配列文字列: QVQLVQSGAE VRKPGASVKV SCKASGYSLK DHYMVWVRQA PGQGLEWMGW INPQSGGTGY GQKFQGRVTM TRDTSTNTAY MILSSLRSD DTAVYFCARD GAKTVSNSGL SLLYYHNRLD AWGQGTMVTV SSASTKGPSV FPLAPSSKST SGGTAALGCL V KDYFPEPV ...文字列:
QVQLVQSGAE VRKPGASVKV SCKASGYSLK DHYMVWVRQA PGQGLEWMGW INPQSGGTGY GQKFQGRVTM TRDTSTNTAY MILSSLRSD DTAVYFCARD GAKTVSNSGL SLLYYHNRLD AWGQGTMVTV SSASTKGPSV FPLAPSSKST SGGTAALGCL V KDYFPEPV TVSWNSGALT SGVHTFPAVL QSSGLYSLSS VVTVPSSSLG TQTYICNVNH KPSNTKVDKK VEPKSCGGGG GA GGGGGHH HHHHGSWSHP QFEK

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分子 #3: SM5-1 Fab antibody light chain

分子名称: SM5-1 Fab antibody light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 株: Towne
分子量理論値: 22.638217 KDa
組換発現生物種: Scombridae gen. sp. (魚類)
配列文字列: QSVLTQPPSV SAAPGQMVTI SCSGSSSNIG KNYVSWYQQL PGAAPKLLIF DNNKRPSGTP DRFSGSKSGT SATLVITGLQ TGDEADYYC GTPDRSLSVI FGGGTKVTVL GQPKANPTVT LFPPSSEELQ ANKATLVCLI SDFYPGAVTV AWKADGSPVK A GVETTKPS ...文字列:
QSVLTQPPSV SAAPGQMVTI SCSGSSSNIG KNYVSWYQQL PGAAPKLLIF DNNKRPSGTP DRFSGSKSGT SATLVITGLQ TGDEADYYC GTPDRSLSVI FGGGTKVTVL GQPKANPTVT LFPPSSEELQ ANKATLVCLI SDFYPGAVTV AWKADGSPVK A GVETTKPS KQSNNKYAAS SYLSLTPEQW KSHRSYSCQV THEGSTVEKT VAPTECS

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分子 #4: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 30 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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分子 #5: CALCIUM ION

分子名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 1 / 式: CA
分子量理論値: 40.078 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.8 mg/mL
緩衝液pH: 7.4 / 詳細: PBS, 0.1 % DDM, 1 mM EDTA, 2 mg/L WAY-174865
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: GRAPHENE OXIDE / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK II / 詳細: 4 second, -2 force.
詳細this sample was monodispersed

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-28 / 撮影したグリッド数: 3 / 実像数: 7768 / 平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm
最大 デフォーカス（公称値）: 2.8000000000000003 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 18000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細the movies are motion corrected dose weighted and averaged with and binned 2x in Fourier space with MotionCor2 program
粒子像選択選択した数: 1906220
詳細: a 20 angstrom low pass filtered postfusion structure was used to generate reference images for the particle auto picking
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

5cxf

最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C3 (3回回転対称) / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1 beta) / 使用した粒子像数: 198170
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
Projection matching processing - Angular sampling: 7.5 degrees
ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1 beta)
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
Projection matching processing - Angular sampling: 1.8 degrees
ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1 beta)
最終 3次元分類クラス数: 8 / 平均メンバー数/クラス: 198170 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1 beta)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

5cxf


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-7kdd:
HCMV postfusion gB in complex with SM5-1 Fab

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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