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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-22773 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of the Sec complex from T. lanuginosus, wild-type, class without Sec62 | |||||||||
マップデータ | unsharpened, lowpass-filtered map | |||||||||
試料 |
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キーワード | Sec61 / translocon / endoplasmic reticulum / protein translocation / Sec62 / Sec63 / channel / PROTEIN TRANSPORT | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 misfolded protein transport / Sec62/Sec63 complex / translocon complex / Insertion of tail-anchored proteins into the endoplasmic reticulum membrane / cytosol to endoplasmic reticulum transport / rough endoplasmic reticulum membrane / Ssh1 translocon complex / Sec61 translocon complex / protein-transporting ATPase activity / post-translational protein targeting to endoplasmic reticulum membrane ...misfolded protein transport / Sec62/Sec63 complex / translocon complex / Insertion of tail-anchored proteins into the endoplasmic reticulum membrane / cytosol to endoplasmic reticulum transport / rough endoplasmic reticulum membrane / Ssh1 translocon complex / Sec61 translocon complex / protein-transporting ATPase activity / post-translational protein targeting to endoplasmic reticulum membrane / filamentous growth / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane, translocation / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / signal sequence binding / post-translational protein targeting to membrane, translocation / peptide transmembrane transporter activity / nuclear inner membrane / retrograde protein transport, ER to cytosol / protein transmembrane transporter activity / ERAD pathway / guanyl-nucleotide exchange factor activity / cell periphery / ribosome binding / endoplasmic reticulum membrane / structural molecule activity / endoplasmic reticulum / mitochondrion / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Thermomyces lanuginosus (菌類) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å | |||||||||
データ登録者 | Itskanov S / Park E | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2021 タイトル: Stepwise gating of the Sec61 protein-conducting channel by Sec63 and Sec62. 著者: Samuel Itskanov / Katie M Kuo / James C Gumbart / Eunyong Park / 要旨: Many proteins are transported into the endoplasmic reticulum by the universally conserved Sec61 channel. Post-translational transport requires two additional proteins, Sec62 and Sec63, but their ...Many proteins are transported into the endoplasmic reticulum by the universally conserved Sec61 channel. Post-translational transport requires two additional proteins, Sec62 and Sec63, but their functions are poorly defined. In the present study, we determined cryo-electron microscopy (cryo-EM) structures of several variants of Sec61-Sec62-Sec63 complexes from Saccharomyces cerevisiae and Thermomyces lanuginosus and show that Sec62 and Sec63 induce opening of the Sec61 channel. Without Sec62, the translocation pore of Sec61 remains closed by the plug domain, rendering the channel inactive. We further show that the lateral gate of Sec61 must first be partially opened by interactions between Sec61 and Sec63 in cytosolic and luminal domains, a simultaneous disruption of which completely closes the channel. The structures and molecular dynamics simulations suggest that Sec62 may also prevent lipids from invading the channel through the open lateral gate. Our study shows how Sec63 and Sec62 work together in a hierarchical manner to activate Sec61 for post-translational protein translocation. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_22773.map.gz | 32.1 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-22773-v30.xml emd-22773.xml | 24.4 KB 24.4 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_22773_fsc.xml | 9.3 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_22773.png | 33.3 KB | ||
マスクデータ | emd_22773_msk_1.map | 64 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-22773.cif.gz | 7 KB | ||
その他 | emd_22773_additional_1.map.gz emd_22773_half_map_1.map.gz emd_22773_half_map_2.map.gz | 59.5 MB 59.4 MB 59.4 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-22773 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-22773 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_22773_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_22773_full_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | emd_22773_validation.xml.gz | 16.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_22773_validation.cif.gz | 21.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-22773 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-22773 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7kakMC 7kahC 7kaiC 7kajC 7kalC 7kamC 7kanC 7kaoC 7kapC 7kaqC 7karC 7kasC 7katC 7kauC 7kb5C M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_22773.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | unsharpened, lowpass-filtered map | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.14 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_22773_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Sharpened map
ファイル | emd_22773_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Sharpened map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half-volume 1
ファイル | emd_22773_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | half-volume 1 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half-volume 2
ファイル | emd_22773_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | half-volume 2 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Endoplasmic reticulum protein-transport machinery Sec complex fro...
全体 | 名称: Endoplasmic reticulum protein-transport machinery Sec complex from T. lanuginosus |
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要素 |
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-超分子 #1: Endoplasmic reticulum protein-transport machinery Sec complex fro...
超分子 | 名称: Endoplasmic reticulum protein-transport machinery Sec complex from T. lanuginosus タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Thermomyces lanuginosus (菌類) |
-分子 #1: Protein transport channel Sec61 complex, alpha subunit (Sec61)
分子 | 名称: Protein transport channel Sec61 complex, alpha subunit (Sec61) タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Thermomyces lanuginosus (菌類) |
分子量 | 理論値: 52.42743 KDa |
組換発現 | 生物種: Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母) |
配列 | 文字列: MSGLRFLDLI KPFTPLLPEV AAPETKVPFN QKLMWTGLTL LIFLVMSQMP LYGIVSSDTS DPLYWLRMML ASNRGTLMEL GITPIISSG MVFQLLAGTH LIDVNLDLKT DRELYQTAQK LFAIILSFGQ ACVHVLTGLY GQPSDLGAGI CVLLIVQLVV A GLVVILLD ...文字列: MSGLRFLDLI KPFTPLLPEV AAPETKVPFN QKLMWTGLTL LIFLVMSQMP LYGIVSSDTS DPLYWLRMML ASNRGTLMEL GITPIISSG MVFQLLAGTH LIDVNLDLKT DRELYQTAQK LFAIILSFGQ ACVHVLTGLY GQPSDLGAGI CVLLIVQLVV A GLVVILLD ELLQKGYGLG SGISLFIATN ICESIVWKAF SPTTINTGRG PEFEGAIIAL FHLLLTWPDK QRALREAFYR QS LPNIMNL LATLLVFAAV IYLQGFRVEI PVKSARQRGV RGSYPVRLFY TSNMPIMLQS ALCSNVFLIS QMLYSRFSDN LLV RLLGVW EPREGSAQLH AASGIAYYMS PPLNFKEALL DPVHTVVYIT FMLVACALFS KTWIEVSGSS PRDVAKQLKD QGLV MAGHR EQSMYKELKR VIPTAAAFGG ACIGALSVAS DLLGALGSGT GILLAVTIIY GYFEMAAREG DFGQGLRGLV PGNGS |
-分子 #2: Protein transport channel Sec61 complex, gamma subunit (Sss1)
分子 | 名称: Protein transport channel Sec61 complex, gamma subunit (Sss1) タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Thermomyces lanuginosus (菌類) |
分子量 | 理論値: 7.852352 KDa |
組換発現 | 生物種: Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母) |
配列 | 文字列: MSEQVQELLD IPRDFLKDGM QFIHKCQKPD RKEFKKVCQA VAIGFVAMGA IGYIVKLVHI PINNILVAGS |
-分子 #3: Protein transport channel Sec61 complex, beta subunit (Sbh1)
分子 | 名称: Protein transport channel Sec61 complex, beta subunit (Sbh1) タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Thermomyces lanuginosus (菌類) |
分子量 | 理論値: 12.491097 KDa |
組換発現 | 生物種: Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母) |
配列 | 文字列: MASSGAESGS ESKSPNPGAG SGPGSASGSS AGVIRPSSPT PPGGPRAAIR RRAAADHKES LRNARPSSTR AAGAGGSSGT MLKLYTDES PGLRVDPVVV LVLSLCFIFS VVGLHVIAKI TRKFSS |
-分子 #4: Protein transport protein Sec63
分子 | 名称: Protein transport protein Sec63 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Thermomyces lanuginosus (菌類) |
分子量 | 理論値: 79.976703 KDa |
組換発現 | 生物種: Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母) |
配列 | 文字列: GGSGGSGGSG GSGGSMSSRE YNYDENGQFF PFFVLTLTGL VTLPLTYSLL KPPKKVESTA PRIKSDFKPQ HDDIIQNQKR KRLRKERRV KRAIAVVVGW AIIGYMVYLI IVTRRTAPKI WDPYEILGIS RSADERAIAR RYKRLSLLYH PDKVRPDPSK N ETMEMLNQ ...文字列: GGSGGSGGSG GSGGSMSSRE YNYDENGQFF PFFVLTLTGL VTLPLTYSLL KPPKKVESTA PRIKSDFKPQ HDDIIQNQKR KRLRKERRV KRAIAVVVGW AIIGYMVYLI IVTRRTAPKI WDPYEILGIS RSADERAIAR RYKRLSLLYH PDKVRPDPSK N ETMEMLNQ RFVELTKAYK ALTDEEIRNN YLQYGHPDGK QSYSIGIALP KLIIEEGSGK YVLMLYASLL GILLPYIVGR WW YGSQRYT REKVLAASAG NMFREYEGTM IGGPIVNALS TGEEYKEMLS GPKAEEGLAK VEKKVLALDE KILSAKDREV LRK IDNPVR RKALALLWAY LNRIDLEDPV LNEEKYEAGS IALSLTESFT AIALAFGNLI PIIGAYRISQ CIVQAISPGS SPLL QLPYF TPKVVESVEG ADVKTHLSVQ KYLDMPEERR RSLTVGPGLL TEDQYNSAIA VAKQLPLFAI SKAFFKVAGE RVVTP SSLV QLVIKGRIIP PGSTGVPDVT EKDLEDIDPD EADVNAIIGR KGATKPSGKS GDENDGDRVQ PPLAHAPYLP RDHPPR WHI FLADAKQGKI AVPPFTFTTF DKPIFDEQGK PTFNMQTLRM QFQAPPQVGN FSFVLHMISD SYMGFDVKQE ITLQVED PS KAAVLQEEDD ISEPDEDSIA GQMQALKTGV PPKKKKVVES DDDESDTEGD EEDTSETDTE TDTDEEGSGT GENLYFQ |
-分子 #5: Protein transport protein Sec66/Sec71
分子 | 名称: Protein transport protein Sec66/Sec71 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Thermomyces lanuginosus (菌類) |
分子量 | 理論値: 27.555285 KDa |
組換発現 | 生物種: Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母) |
配列 | 文字列: MDWLTLVVPF AYLGVLIGCL ATFSSLYRRR KAAKAASLEP WFPPHLQRDI YHSLLHLDQQ QQNEKKTRVP ETVLKAALLR RAAEDIKRV MAIREQKQAL ALLLQRGSVG DELWQRFLRA EKEMEDEVRD VVAEANSYAP NWGQVIFQSA REMDANATYR A RMEEYQAT ...文字列: MDWLTLVVPF AYLGVLIGCL ATFSSLYRRR KAAKAASLEP WFPPHLQRDI YHSLLHLDQQ QQNEKKTRVP ETVLKAALLR RAAEDIKRV MAIREQKQAL ALLLQRGSVG DELWQRFLRA EKEMEDEVRD VVAEANSYAP NWGQVIFQSA REMDANATYR A RMEEYQAT VAEERAWWDK KRASIQEGFM KELDAEKERP ATAASTATNT TSTTSDDDAV LVEAEKEGTS SPAPGKKKKK GK KGS |
-分子 #6: Protein transport protein Sec72
分子 | 名称: Protein transport protein Sec72 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Thermomyces lanuginosus (菌類) |
分子量 | 理論値: 23.382234 KDa |
組換発現 | 生物種: Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母) |
配列 | 文字列: MSSDLDTYTH YPLHLDPSSK AVSLATTEGQ TPAQTEAVEA ELQQLNALHR SLISLDPPNV PPPPLPINPK RSAQITKLKE TANTAYKRG NHGEAVRLYS YAIEMAAGRP GWEPVNLARE ELSGLYANRA QAHMAQQMWP EGWVDAKCSV ESKPVGNAKG W WRGGKCLV ...文字列: MSSDLDTYTH YPLHLDPSSK AVSLATTEGQ TPAQTEAVEA ELQQLNALHR SLISLDPPNV PPPPLPINPK RSAQITKLKE TANTAYKRG NHGEAVRLYS YAIEMAAGRP GWEPVNLARE ELSGLYANRA QAHMAQQMWP EGWVDAKCSV ESKPVGNAKG W WRGGKCLV EMGRYDEARA WIEQALGIEG PASDGGKELA ALLEEIKAGS QRRQGS |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 5 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.5 |
グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 35 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 0.039 kPa |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TALOS ARCTICA |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 倍率(補正後): 43860 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |