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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-2266 | |||||||||
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タイトル | negative stain single-particle reconstruction of conformation XIX of the Ltn1 E3 ubiquitin Ligase | |||||||||
![]() | conformational snapshot XIX of Ltn1 | |||||||||
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![]() | conformational heterogeneity / Ltn1/Listerin / RING E3 ubiquitin ligase / translational surveillance / neurodegenerative disease | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 51.1 Å | |||||||||
![]() | Lyumkis D / Doamekpor SK / Bengtson MH / Lee JW / Toro TB / Petroski MD / Lima CD / Potter CS / Carragher B / Joazeiro CAP | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Single-particle EM reveals extensive conformational variability of the Ltn1 E3 ligase. 著者: Dmitry Lyumkis / Selom K Doamekpor / Mario H Bengtson / Joong-Won Lee / Tasha B Toro / Matthew D Petroski / Christopher D Lima / Clinton S Potter / Bridget Carragher / Claudio A P Joazeiro / ![]() 要旨: Ltn1 is a 180-kDa E3 ubiquitin ligase that associates with ribosomes and marks certain aberrant, translationally arrested nascent polypeptide chains for proteasomal degradation. In addition to its ...Ltn1 is a 180-kDa E3 ubiquitin ligase that associates with ribosomes and marks certain aberrant, translationally arrested nascent polypeptide chains for proteasomal degradation. In addition to its evolutionarily conserved large size, Ltn1 is characterized by the presence of a conserved N terminus, HEAT/ARM repeats predicted to comprise the majority of the protein, and a C-terminal catalytic RING domain, although the protein's exact structure is unknown. We used numerous single-particle EM strategies to characterize Ltn1's structure based on negative stain and vitreous ice data. Two-dimensional classifications and subsequent 3D reconstructions of electron density maps show that Ltn1 has an elongated form and presents a continuum of conformational states about two flexible hinge regions, whereas its overall architecture is reminiscent of multisubunit cullin-RING ubiquitin ligase complexes. We propose a model of Ltn1 function based on its conformational variability and flexibility that describes how these features may play a role in cotranslational protein quality control. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 13.9 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 13.8 KB 13.8 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 56.3 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 198.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 197.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 5.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 2248C ![]() 2249C ![]() 2250C ![]() 2251C ![]() 2252C ![]() 2253C ![]() 2254C ![]() 2255C ![]() 2256C ![]() 2257C ![]() 2258C ![]() 2259C ![]() 2260C ![]() 2261C ![]() 2262C ![]() 2263C ![]() 2264C ![]() 2265C ![]() 2267C ![]() 2268C ![]() 2269C C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | conformational snapshot XIX of Ltn1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 2.18 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
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試料の構成要素
-全体 : snapshot XIX of Ltn1 conformer
全体 | 名称: snapshot XIX of Ltn1 conformer |
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要素 |
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-超分子 #1000: snapshot XIX of Ltn1 conformer
超分子 | 名称: snapshot XIX of Ltn1 conformer / タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 1 |
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分子量 | 実験値: 180 MDa / 理論値: 180 MDa / 手法: SDS-PAGE |
-分子 #1: Ltn1
分子 | 名称: Ltn1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: Listerin / コピー数: 1 / 集合状態: monomer / 組換発現: Yes |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 実験値: 180 MDa / 理論値: 180 MDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
-実験情報
-構造解析
手法 | ネガティブ染色法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 0.01 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 8 / 詳細: 190 mM NaCl, 20 mM Tris, 1mM BME |
染色 | タイプ: NEGATIVE 詳細: 3 microliters of sample at a concentration of 0.01 mg/mL was applied to a C-flat grid with 2-micron-diameter holes overlaid by thin 1.5 nm continuous carbon. The specimen was stained with 2% ...詳細: 3 microliters of sample at a concentration of 0.01 mg/mL was applied to a C-flat grid with 2-micron-diameter holes overlaid by thin 1.5 nm continuous carbon. The specimen was stained with 2% uranyl formate 3 times, then let air-dry. |
グリッド | 詳細: c-flat grids overlaid with thin (~1.5 nm) carbon |
凍結 | 凍結剤: NONE / 装置: OTHER |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI F20 |
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温度 | 平均: 298 K |
日付 | 2011年3月23日 |
撮影 | カテゴリ: CCD フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k) 実像数: 489 / 平均電子線量: 15 e/Å2 |
Tilt angle max | 0 |
電子線 | 加速電圧: 120 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 倍率(補正後): 50000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.6 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.2 µm / 倍率(公称値): 50000 |
試料ステージ | 試料ホルダー: single-tilt room temperature / 試料ホルダーモデル: SIDE ENTRY, EUCENTRIC / Tilt angle min: -55 |
実験機器 | ![]() モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
詳細 | random-conical tilt reconstruction |
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CTF補正 | 詳細: each micrograph |
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 51.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: Spider, Appion / 使用した粒子像数: 322 |
最終 2次元分類 | クラス数: 1 |