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万見
- EMDB-22617: Cryo-EM structure of heterologous protein complex loaded Thermoto... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-22617
タイトルCryo-EM structure of heterologous protein complex loaded Thermotoga maritima encapsulin capsid
マップデータ
試料
  • 細胞器官・細胞要素: Thermotoga maritima encapsulin
機能・相同性
機能・相同性情報


encapsulin nanocompartment / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素 / peptidase activity / iron ion transport / intracellular iron ion homeostasis / proteolysis
類似検索 - 分子機能
Type 1 encapsulin shell protein / Encapsulating protein for peroxidase / :
類似検索 - ドメイン・相同性
Type 1 encapsulin shell protein
類似検索 - 構成要素
生物種Thermotoga maritima (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.86 Å
データ登録者Xiong X / Sun C / Vago FS / Klose T / Zhu J / Jiang W
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
Chinese Academy of SciencesXDB27040101 中国
引用ジャーナル: Biomolecules / 年: 2020
タイトル: Cryo-EM Structure of Heterologous Protein Complex Loaded Encapsulin Capsid.
著者: Xiansong Xiong / Chen Sun / Frank S Vago / Thomas Klose / Jiankang Zhu / Wen Jiang /
要旨: Encapsulin is a class of nanocompartments that is unique in bacteria and archaea to confine enzymatic activities and sequester toxic reaction products. Here we present a 2.87 Å resolution cryo-EM ...Encapsulin is a class of nanocompartments that is unique in bacteria and archaea to confine enzymatic activities and sequester toxic reaction products. Here we present a 2.87 Å resolution cryo-EM structure of encapsulin with heterologous protein complex loaded. It is the first successful case of expressing encapsulin and heterologous cargo protein in the insect cell system. Although we failed to reconstruct the cargo protein complex structure due to the signal interference of the capsid shell, we were able to observe some unique features of the cargo-loaded encapsulin shell, for example, an extra density at the fivefold pore that has not been reported before. These results would lead to a more complete understanding of the encapsulin cargo assembly process of .
履歴
登録2020年9月5日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年10月7日-
マップ公開2020年10月7日-
更新2020年10月7日-
現状2020年10月7日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 25
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 25
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7k5w
  • 表面レベル: 25
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-7k5w
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_22617.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_22617.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.07 Å/pix.
x 360 pix.
= 385.92 Å		1.07 Å/pix.
x 360 pix.
= 385.92 Å		1.07 Å/pix.
x 360 pix.
= 385.92 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.072 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 25 / ムービー #1: 25
最小 - 最大-36.139637 - 78.13163
平均 (標準偏差)0.09051695 (±4.895294)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-180-180-180
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 385.92 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.0721.0721.072
M x/y/z360360360
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z385.920385.920385.920
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ510510510
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-180-180-180
NC/NR/NS360360360
D min/max/mean-36.14078.1320.091

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_22617_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_22617_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Thermotoga maritima encapsulin

全体名称: Thermotoga maritima encapsulin
要素
  • 細胞器官・細胞要素: Thermotoga maritima encapsulin

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超分子 #1: Thermotoga maritima encapsulin

超分子名称: Thermotoga maritima encapsulin / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Thermotoga maritima (バクテリア)
組換発現生物種: Insect cell expression vector pTIE1 (その他)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
グリッドモデル: C-flat / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 298.15 K / 装置: GATAN CRYOPLUNGE 3

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 1.41 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 最大 デフォーカス（補正後）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（補正後）: 0.1 µm / 照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm / 倍率（公称値）: 81000
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 再構成想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.86 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 112241
初期 角度割当タイプ: OTHER
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: jspr
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

3dkt

精密化プロトコル: OTHER
得られたモデル

PDB-7k5w:
Cryo-EM structure of heterologous protein complex loaded Thermotoga maritima encapsulin capsid

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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