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- EMDB-22583: Cryo-EM structure of CRISPR-Cas surveillance complex with AcrIF7 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-22583
タイトルCryo-EM structure of CRISPR-Cas surveillance complex with AcrIF7
マップデータ
試料
  • 複合体: CRISPR-Cas complex
    • タンパク質・ペプチド: CRISPR-associated endonuclease Cas6/Csy4
    • タンパク質・ペプチド: Type I-F CRISPR-associated protein Csy2
    • タンパク質・ペプチド: CRISPR type I-F/YPEST-associated protein Csy3
    • タンパク質・ペプチド: CRISPR-associated protein Csy1
    • RNA: RNA (61-MER)
    • タンパク質・ペプチド: AcrF7
キーワードCRISPR / HYDROLASE-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


maintenance of CRISPR repeat elements / endonuclease activity / defense response to virus / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / RNA binding
類似検索 - 分子機能
CRISPR-associated protein Csy1 / CRISPR-associated protein (Cas_Csy1) / CRISPR-associated endoribonuclease Cas6/Csy4, subtype I-F/YPEST / CRISPR-associated endoribonuclease Cas6/Csy4, subtype I-F/YPEST superfamily / CRISPR-associated protein (Cas_Csy4) / CRISPR-associated protein Csy2 / CRISPR-associated protein (Cas_Csy2) / CRISPR-associated protein Csy3 / CRISPR-associated protein (Cas_Csy3)
類似検索 - ドメイン・相同性
CRISPR type I-F/YPEST-associated protein Csy3 / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / CRISPR-associated protein Csy1 / CRISPR-associated protein Csy2 / CRISPR-associated protein Csy3 / CRISPR-associated endonuclease Cas6/Csy4
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Chang L / Li Z
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2021
タイトル: Structural basis for inhibition of the type I-F CRISPR-Cas surveillance complex by AcrIF4, AcrIF7 and AcrIF14.
著者: Clinton Gabel / Zhuang Li / Heng Zhang / Leifu Chang /
要旨: CRISPR-Cas systems are adaptive immune systems in bacteria and archaea to defend against mobile genetic elements (MGEs) and have been repurposed as genome editing tools. Anti-CRISPR (Acr) proteins ...CRISPR-Cas systems are adaptive immune systems in bacteria and archaea to defend against mobile genetic elements (MGEs) and have been repurposed as genome editing tools. Anti-CRISPR (Acr) proteins are produced by MGEs to counteract CRISPR-Cas systems and can be used to regulate genome editing by CRISPR techniques. Here, we report the cryo-EM structures of three type I-F Acr proteins, AcrIF4, AcrIF7 and AcrIF14, bound to the type I-F CRISPR-Cas surveillance complex (the Csy complex) from Pseudomonas aeruginosa. AcrIF4 binds to an unprecedented site on the C-terminal helical bundle of Cas8f subunit, precluding conformational changes required for activation of the Csy complex. AcrIF7 mimics the PAM duplex of target DNA and is bound to the N-terminal DNA vise of Cas8f. Two copies of AcrIF14 bind to the thumb domains of Cas7.4f and Cas7.6f, preventing hybridization between target DNA and the crRNA. Our results reveal structural detail of three AcrIF proteins, each binding to a different site on the Csy complex for inhibiting degradation of MGEs.
履歴
登録2020年9月2日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年12月30日-
マップ公開2020年12月30日-
更新2025年5月14日-
現状2025年5月14日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0264
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0264
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7jzx
  • 表面レベル: 0.0264
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_22583.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_22583.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 65.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.05 Å/pix.
x 258 pix.
= 270.9 Å		1.05 Å/pix.
x 258 pix.
= 270.9 Å		1.05 Å/pix.
x 258 pix.
= 270.9 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.05 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0264 / ムービー #1: 0.0264
最小 - 最大-0.027368946 - 0.21730152
平均 (標準偏差)0.0008162257 (±0.0059235934)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ258258258
Spacing258258258
セルA=B=C: 270.9 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.051.051.05
M x/y/z258258258
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z270.900270.900270.900
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS258258258
D min/max/mean-0.0270.2170.001

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : CRISPR-Cas complex

全体名称: CRISPR-Cas complex
要素
  • 複合体: CRISPR-Cas complex
    • タンパク質・ペプチド: CRISPR-associated endonuclease Cas6/Csy4
    • タンパク質・ペプチド: Type I-F CRISPR-associated protein Csy2
    • タンパク質・ペプチド: CRISPR type I-F/YPEST-associated protein Csy3
    • タンパク質・ペプチド: CRISPR-associated protein Csy1
    • RNA: RNA (61-MER)
    • タンパク質・ペプチド: AcrF7

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超分子 #1: CRISPR-Cas complex

超分子名称: CRISPR-Cas complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#6
由来(天然)生物種: Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)

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分子 #1: CRISPR-associated endonuclease Cas6/Csy4

分子名称: CRISPR-associated endonuclease Cas6/Csy4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
由来(天然)生物種: Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
分子量理論値: 21.427504 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列:
MDHYLDIRLR PDPEFPPAQL MSVLFGKLHQ ALVAQGGDRI GVSFPDLDES RSRLGERLRI HASADDLRAL LARPWLEGLR DHLQFGEPA VVPHPTPYRQ VSRVQAKSNP ERLRRRLMRR HDLSEEEARK RIPDTVARAL DLPFVTLRSQ STGQHFRLFI R HGPLQVTA EEGGFTCYGL SKGGFVPWF

UniProtKB: CRISPR-associated endonuclease Cas6/Csy4

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分子 #2: Type I-F CRISPR-associated protein Csy2

分子名称: Type I-F CRISPR-associated protein Csy2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
分子量理論値: 36.244074 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MSVTDPEALL LLPRLSIQNA NAISSPLTWG FPSPGAFTGF VHALQRRVGI SLDIELDGVG IVCHRFEAQI SQPAGKRTKV FNLTRNPLN RDGSTAAIVE EGRAHLEVSL LLGVHGDGLD DHPAQEIARQ VQEQAGAMRL AGGSILPWCN ERFPAPNAEL L MLGGSDEQ ...文字列:
MSVTDPEALL LLPRLSIQNA NAISSPLTWG FPSPGAFTGF VHALQRRVGI SLDIELDGVG IVCHRFEAQI SQPAGKRTKV FNLTRNPLN RDGSTAAIVE EGRAHLEVSL LLGVHGDGLD DHPAQEIARQ VQEQAGAMRL AGGSILPWCN ERFPAPNAEL L MLGGSDEQ RRKNQRRLTR RLLPGFALVS REALLQQHLE TLRTTLPEAT TLDALLDLCR INFEPPATSS EEEASPPDAA WQ VRDKPGW LVPIPAGYNA LSPLYLPGEV RNARDRETPL RFVENLFGLG EWLSPHRVAA LSDLLWYHHA EPDKGLYRWS TPR FVEHAI A

UniProtKB: Uncharacterized protein

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分子 #3: CRISPR type I-F/YPEST-associated protein Csy3

分子名称: CRISPR type I-F/YPEST-associated protein Csy3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
分子量理論値: 37.579273 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MSKPILSTAS VLAFERKLDP SDALMSAGAW AQRDASQEWP AVTVREKSVR GTISNRLKTK DRDPAKLDAS IQSPNLQTVD VANLPSDAD TLKVRFTLRV LGGAGTPSAC NDAAYRDKLL QTVATYVNDQ GFAELARRYA HNLANARFLW RNRVGAEAVE V RINHIRQG ...文字列:
MSKPILSTAS VLAFERKLDP SDALMSAGAW AQRDASQEWP AVTVREKSVR GTISNRLKTK DRDPAKLDAS IQSPNLQTVD VANLPSDAD TLKVRFTLRV LGGAGTPSAC NDAAYRDKLL QTVATYVNDQ GFAELARRYA HNLANARFLW RNRVGAEAVE V RINHIRQG EVARAWRFDA LAIGLRDFKA DAELDALAEL IASGLSGSGH VLLEVVAFAR IGDGQEVFPS QELILDKGDK KG QKSKTLY SVRDAAAIHS QKIGNALRTI DTWYPDEDGL GPIAVEPYGS VTSQGKAYRQ PKQKLDFYTL LDNWVLRDEA PAV EQQHYV IANLIRGGVF GEAEEK

UniProtKB: CRISPR type I-F/YPEST-associated protein Csy3

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分子 #4: CRISPR-associated protein Csy1

分子名称: CRISPR-associated protein Csy1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
分子量理論値: 49.194168 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MTSPLPTPTW QELRQFIESF IQERLQGKLD KLQPDEDDKR QTLLATHRRE AWLADAARRV GQLQLVTHTL KPIHPDARGS NLHSLPQAP GQPGLAGSHE LGDRLVSDVV GNAAALDVFK FLSLQYQGKN LLNWLTEDSA EALQALSDNA EQAREWRQAF I GITTVKGA ...文字列:
MTSPLPTPTW QELRQFIESF IQERLQGKLD KLQPDEDDKR QTLLATHRRE AWLADAARRV GQLQLVTHTL KPIHPDARGS NLHSLPQAP GQPGLAGSHE LGDRLVSDVV GNAAALDVFK FLSLQYQGKN LLNWLTEDSA EALQALSDNA EQAREWRQAF I GITTVKGA PASHSLAKQL YFPLPGSGYH LLAPLFPTSL VHHVHALLRE ARFGDAAKAA REARSRQESW PHGFSEYPNL AI QKFGGTK PQNISQLNNE RRGENWLLPS LPPNWQRQNV NAPMRHSSVF EHDFGRTPEV SRLTRTLQRF LAKTVHNNLA IRQ RRAQLV AQICDEALQY AARLRELEPG WSATPGCQLH DAEQLWLDPL RAQTDETFLQ RRLRGDWPAE VGNRFANWLN RAVS SDSQI LGSPEAAQWS QELSKELTMF KEILEDERD

UniProtKB: CRISPR-associated protein Csy1

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分子 #6: AcrF7

分子名称: AcrF7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
分子量理論値: 9.05178 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列:
MSHASHNGEA PKRIEAMTTF TSIVTTNPDF GGFEFYVEAG QQFDDSAYEE AYGVSVPSAV VEEMNAKAAQ LKDGEWLNVS HEA

UniProtKB: Uncharacterized protein

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分子 #5: RNA (61-MER)

分子名称: RNA (61-MER) / タイプ: rna / ID: 5 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
分子量理論値: 19.538586 KDa
配列文字列:
CUAAGAAAUU CACGGCGGGC UUGAUGUCCG CGUCUACCUG AUUCACUGCC GUAUAGGCAG C

GENBANK: GENBANK: HQ326201.1

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 54.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING ONLY
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 502177
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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