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- EMDB-22484: Cryo-EM maps of fixed PaFS, an octamer of prenyltransferase domai... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-22484
タイトルCryo-EM maps of fixed PaFS, an octamer of prenyltransferase domains with transiently interacting cyclase domains in variable positions
マップデータPaFS prenyltransferase octamer with peripheral cyclase domain: Symmetry Expanded pooled classes A-C
試料
  • 複合体: Phomopsis amygdali fusicoccadiene synthase (PaFS)
    • タンパク質・ペプチド: Fusicoccadiene synthase
機能・相同性
機能・相同性情報


fusicocca-2,10(14)-diene synthase / alcohol biosynthetic process / mycotoxin biosynthetic process / geranylgeranyl diphosphate synthase / geranylgeranyl diphosphate synthase activity / isoprenoid biosynthetic process / lyase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Terpene synthase family 2, C-terminal metal binding / Polyprenyl synthases signature 1. / Polyprenyl synthases signature 2. / Polyprenyl synthetase, conserved site / Polyprenyl synthetase / Polyprenyl synthetase / Isoprenoid synthase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Fusicoccadiene synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Diaporthe amygdali (菌類)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.4 Å
データ登録者Faylo JL / van Eeuwen T / Murakami K / Christianson DW
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM56838 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Structural insight on assembly-line catalysis in terpene biosynthesis.
著者: Jacque L Faylo / Trevor van Eeuwen / Hee Jong Kim / Jose J Gorbea Colón / Benjamin A Garcia / Kenji Murakami / David W Christianson /
要旨: Fusicoccadiene synthase from Phomopsis amygdali (PaFS) is a unique bifunctional terpenoid synthase that catalyzes the first two steps in the biosynthesis of the diterpene glycoside Fusicoccin A, a ...Fusicoccadiene synthase from Phomopsis amygdali (PaFS) is a unique bifunctional terpenoid synthase that catalyzes the first two steps in the biosynthesis of the diterpene glycoside Fusicoccin A, a mediator of 14-3-3 protein interactions. The prenyltransferase domain of PaFS generates geranylgeranyl diphosphate, which the cyclase domain then utilizes to generate fusicoccadiene, the tricyclic hydrocarbon skeleton of Fusicoccin A. Here, we use cryo-electron microscopy to show that the structure of full-length PaFS consists of a central octameric core of prenyltransferase domains, with the eight cyclase domains radiating outward via flexible linker segments in variable splayed-out positions. Cryo-electron microscopy and chemical crosslinking experiments additionally show that compact conformations can be achieved in which cyclase domains are more closely associated with the prenyltransferase core. This structural analysis provides a framework for understanding substrate channeling, since most of the geranylgeranyl diphosphate generated by the prenyltransferase domains remains on the enzyme for cyclization to form fusicoccadiene.
履歴
登録2020年8月19日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年4月28日-
マップ公開2021年4月28日-
更新2021年7月28日-
現状2021年7月28日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0325
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0325
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_22484.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_22484.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 27 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈PaFS prenyltransferase octamer with peripheral cyclase domain: Symmetry Expanded pooled classes A-C
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.16 Å/pix.
x 192 pix.
= 414.72 Å		2.16 Å/pix.
x 192 pix.
= 414.72 Å		2.16 Å/pix.
x 192 pix.
= 414.72 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.16 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0325 / ムービー #1: 0.0325
最小 - 最大-0.012610061 - 0.06853443
平均 (標準偏差)0.00029447017 (±0.0029599965)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ192192192
Spacing192192192
セルA=B=C: 414.72003 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.162.162.16
M x/y/z192192192
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z414.720414.720414.720
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ1331310
NX/NY/NZ223226424
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS192192192
D min/max/mean-0.0130.0690.000

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_22484_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_22484_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Phomopsis amygdali fusicoccadiene synthase (PaFS)

全体名称: Phomopsis amygdali fusicoccadiene synthase (PaFS)
要素
  • 複合体: Phomopsis amygdali fusicoccadiene synthase (PaFS)
    • タンパク質・ペプチド: Fusicoccadiene synthase

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超分子 #1: Phomopsis amygdali fusicoccadiene synthase (PaFS)

超分子名称: Phomopsis amygdali fusicoccadiene synthase (PaFS) / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
詳細: PaFS octameric prenyltransferase domain is well-resolved in structure, with some density for a variably positioned cyclase domain alongside the octamer. Molecular weight reflects the ...詳細: PaFS octameric prenyltransferase domain is well-resolved in structure, with some density for a variably positioned cyclase domain alongside the octamer. Molecular weight reflects the calculated molecular weight of a prenyltransferase octamer plus one cyclase domain.
由来(天然)生物種: Diaporthe amygdali (菌類)
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 組換株: BL21-CodonPlus (DE3)-RIL
分子量理論値: 430 KDa

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分子 #1: Fusicoccadiene synthase

分子名称: Fusicoccadiene synthase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: fusicocca-2,10(14)-diene synthase
由来(天然)生物種: Diaporthe amygdali (菌類)
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MGSSHHHHHH SSGLVPRGSH MEFKYSEVVE PSTYYTEGLC EGIDVRKSKF TTLEDRGAIR AHEDWNKHIG PCGEYRGTLG PRFSFISVA VPECIPERLE VISYANEFAF LHDDVTDHVG HDTGEVENDE MMTVFLEAAH T GAIDTSNK VDIRRAGKKR IQSQLFLEML ...文字列:
MGSSHHHHHH SSGLVPRGSH MEFKYSEVVE PSTYYTEGLC EGIDVRKSKF TTLEDRGAIR AHEDWNKHIG PCGEYRGTLG PRFSFISVA VPECIPERLE VISYANEFAF LHDDVTDHVG HDTGEVENDE MMTVFLEAAH T GAIDTSNK VDIRRAGKKR IQSQLFLEML AIDPECAKTT MKSWARFVEV GSSRQHETRF VE LAKYIPY RIMDVGEMFW FGLVTFGLGL HIPDHELELC RELMANAWIA VGLQNDIWSW PKE RDAATL HGKDHVVNAI WVLMQEHQTD VDGAMQICRK LIVEYVAKYL EVIEATKNDE SISL DLRKY LDAMLYSISG NVVWSLECPR YNPDVSFNKT QLEWMRQGLP SLESCPVLAR SPEID SDES AVSPTADESD STEDSLGSGS RQDSSLSTGL SLSPVHSNEG KDLQRVDTDH IFFEKA VLE APYDYIASMP SKGVRDQFID ALNDWLRVPD VKVGKIKDAV RVLHNSSLLL DDFQDNS PL RRGKPSTHNI FGSAQTVNTA TYSIIKAIGQ IMEFSAGESV QEVMNSIMIL FQGQAMDL F WTYNGHVPSE EEYYRMIDQK TGQLFSIATS LLLNAADNEI PRTKIQSCLH RLTRLLGRC FQIRDDYQNL VSADYTKQKG FCEDLDEGKW SLALIHMIHK QRSHMALLNV LSTGRKHGGM TLEQKQFVL DIIEEEKSLD YTRSVMMDLH VQLRAEIGRI EILLDSPNPA MRLLLELLRV

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 200
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: LEICA EM CPC / 詳細: Blot for 2.5 seconds before plunging.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: CTFFIND (ver. 4.1)
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: ab initio model calculated in Relion
最終 再構成使用したクラス数: 3 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 7.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0.7) / 使用した粒子像数: 104866
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: COMMON LINE
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化プロトコル: AB INITIO MODEL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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