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- EMDB-22453: Adeno-Associated Virus 2 Rep68 HD Hexamer-ssDNA with ATPgS -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-22453
タイトルAdeno-Associated Virus 2 Rep68 HD Hexamer-ssDNA with ATPgS
マップデータLocal refinement map of helicase domain
試料
  • 複合体: Rep68 Helicase in complex with ssDNA (poly-dT)
    • タンパク質・ペプチド: Protein Rep68
    • DNA: DNA (5'-D(P*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*T)-3')
キーワードAAV / Protein-DNA / AAA+ / SF3 / HUH / VIRAL PROTEIN / VIRAL PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated arrest of host cell cycle during G2/M transition / symbiont entry into host cell via permeabilization of host membrane / viral DNA genome replication / symbiont-mediated perturbation of host cell cycle G1/S transition checkpoint / endonuclease activity / DNA helicase / DNA replication / host cell nucleus / ATP hydrolysis activity / DNA binding ...symbiont-mediated arrest of host cell cycle during G2/M transition / symbiont entry into host cell via permeabilization of host membrane / viral DNA genome replication / symbiont-mediated perturbation of host cell cycle G1/S transition checkpoint / endonuclease activity / DNA helicase / DNA replication / host cell nucleus / ATP hydrolysis activity / DNA binding / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Rep protein catalytic-like / Rep protein catalytic domain like / : / Parvovirus (PV) NS1 nuclease (NS1-Nuc) domain profile. / Parvovirus non-structural protein 1, helicase domain / Parvovirus non-structural protein NS1 / Helicase, superfamily 3, DNA virus / Superfamily 3 helicase of DNA viruses domain profile. / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Adeno-associated virus - 2 (アデノ随伴ウイルス) / synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.2 Å
データ登録者Escalante CR
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM124204 米国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2020
タイトル: The Cryo-EM structure of AAV2 Rep68 in complex with ssDNA reveals a malleable AAA+ machine that can switch between oligomeric states.
著者: Vishaka Santosh / Faik N Musayev / Rahul Jaiswal / Francisco Zárate-Pérez / Bram Vandewinkel / Caroline Dierckx / Molly Endicott / Kamyar Sharifi / Kelly Dryden / Els Henckaerts / Carlos R Escalante /
要旨: The adeno-associated virus (AAV) non-structural Rep proteins catalyze all the DNA transactions required for virus viability including, DNA replication, transcription regulation, genome packaging, and ...The adeno-associated virus (AAV) non-structural Rep proteins catalyze all the DNA transactions required for virus viability including, DNA replication, transcription regulation, genome packaging, and during the latent phase, site-specific integration. Rep proteins contain two multifunctional domains: an Origin Binding Domain (OBD) and a SF3 helicase domain (HD). Studies have shown that Rep proteins have a dynamic oligomeric behavior where the nature of the DNA substrate molecule modulates its oligomeric state. In the presence of ssDNA, Rep68 forms a large double-octameric ring complex. To understand the mechanisms underlying AAV Rep function, we investigated the cryo-EM and X-ray structures of Rep68-ssDNA complexes. Surprisingly, Rep68 generates hybrid ring structures where the OBD forms octameric rings while the HD forms heptamers. Moreover, the binding to ATPγS promotes a large conformational change in the entire AAA+ domain that leads the HD to form both heptamer and hexamers. The HD oligomerization is driven by an interdomain linker region that acts as a latch to 'catch' the neighboring HD subunit and is flexible enough to permit the formation of different stoichiometric ring structures. Overall, our studies show the structural basis of AAV Rep's structural flexibility required to fulfill its multifunctional role during the AAV life cycle.
履歴
登録2020年8月14日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年12月9日-
マップ公開2020年12月9日-
更新2024年3月6日-
現状2024年3月6日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.223
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.223
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7jsg
  • 表面レベル: 0.24
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_22453.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_22453.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Local refinement map of helicase domain
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.07 Å/pix.
x 300 pix.
= 321.9 Å		1.07 Å/pix.
x 300 pix.
= 321.9 Å		1.07 Å/pix.
x 300 pix.
= 321.9 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.073 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.223 / ムービー #1: 0.223
最小 - 最大-0.37320375 - 0.8154044
平均 (標準偏差)0.00091500755 (±0.0342059)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 321.9 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.0731.0731.073
M x/y/z300300300
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z321.900321.900321.900
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ937643
NX/NY/NZ114126230
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS300300300
D min/max/mean-0.3730.8150.001

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Rep68 Helicase in complex with ssDNA (poly-dT)

全体名称: Rep68 Helicase in complex with ssDNA (poly-dT)
要素
  • 複合体: Rep68 Helicase in complex with ssDNA (poly-dT)
    • タンパク質・ペプチド: Protein Rep68
    • DNA: DNA (5'-D(P*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*T)-3')

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超分子 #1: Rep68 Helicase in complex with ssDNA (poly-dT)

超分子名称: Rep68 Helicase in complex with ssDNA (poly-dT) / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / 詳細: Heptameric complex model of helicase domain
由来(天然)生物種: Adeno-associated virus - 2 (アデノ随伴ウイルス)
分子量理論値: 424.5 KDa

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分子 #1: Protein Rep68

分子名称: Protein Rep68 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 7 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA helicase
由来(天然)生物種: Adeno-associated virus - 2 (アデノ随伴ウイルス)
分子量理論値: 60.908703 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
配列文字列: GPPGFYEIVI KVPSDLDEHL PGISDSFVNW VAEKEWELPP DSDMDLNLIE QAPLTVAEKL QRDFLTEWRR VSKAPEALFF VQFEKGESY FHMHVLVETT GVKSMVLGRF LSQIREKLIQ RIYRGIEPTL PNWFAVTKTR NGAGGGNKVV DESYIPNYLL P KTQPELQW ...文字列:
GPPGFYEIVI KVPSDLDEHL PGISDSFVNW VAEKEWELPP DSDMDLNLIE QAPLTVAEKL QRDFLTEWRR VSKAPEALFF VQFEKGESY FHMHVLVETT GVKSMVLGRF LSQIREKLIQ RIYRGIEPTL PNWFAVTKTR NGAGGGNKVV DESYIPNYLL P KTQPELQW AWTNMEQYLS ACLNLTERKR LVAQHLTHVS QTQEQNKENQ NPNSDAPVIR SKTSARYMEL VGWLVDKGIT SE KQWIQED QASYISFNAA SNSRSQIKAA LDNAGKIMSL TKTAPDYLVG QQPVEDISSN RIYKILELNG YDPQYAASVF LGW ATKKFG KRNTIWLFGP ATTGKTNIAE AIAHTVPFYG CVNWTNENFP FNDCVDKMVI WWEEGKMTAK VVESAKAILG GSKV RVDQK CKSSAQIDPT PVIVTSNTNM CAVIDGNSTT FEHQQPLQDR MFKFELTRRL DHDFGKVTKQ EVKDFFRWAK DHVVE VEHE FYVKKGGAKK RPAPSDADIS EPKRVRESVA QPSTSDAEAS INYADRLARG HSL

UniProtKB: Protein Rep68

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分子 #2: DNA (5'-D(P*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*T)-3')

分子名称: DNA (5'-D(P*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*T)-3')
タイプ: dna / ID: 2 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 5.12632 KDa
配列文字列:
(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT) (DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.75 mg/mL
緩衝液pH: 7.9
構成要素:
濃度式名称
25.0 mMC4H11NO32-amino-2-(hydroxymethyl)aminomethane
200.0 mMNaClSodium Chloride
1.0 mMC9H15O6PTris(2-carboxyethyl)phosphine
0.05 %C14H28O6Octyl-glucopyranoside
5.0 mMC10H12N5O12P3S1ATPgS
グリッドモデル: C-flat-1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 45 sec. / 前処理 - 雰囲気: AMYLAMINE
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 実像数: 4555 / 平均電子線量: 55.46 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 294324
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 5.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 78701
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.5)
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION

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原子モデル構築 1

精密化プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-7jsg:
Adeno-Associated Virus 2 Rep68 HD-Heptamer-ssDNA with ATPgS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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