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万見
- EMDB-22439: UA0091 week 38 Fabs in complex with REJO SOSIP.v4.2 D368R -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-22439
タイトルUA0091 week 38 Fabs in complex with REJO SOSIP.v4.2 D368R
マップデータUA0091 week 38 Fabs in complex with REJO SOSIP.v4.2 D368R
試料
  • 複合体: UA0091 week 38 Fabs in complex with REJO SOSIP.v4.2 D368R
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 30.0 Å
データ登録者Cottrell CA / Torres JL / Sewall LM / Ward AB
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)P01 AI110657 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)F31 Al131873 米国
引用ジャーナル: J Virol / 年: 2020
タイトル: Neutralizing Antibody Responses Induced by HIV-1 Envelope Glycoprotein SOSIP Trimers Derived from Elite Neutralizers.
著者: Anna Schorcht / Tom L G M van den Kerkhof / Christopher A Cottrell / Joel D Allen / Jonathan L Torres / Anna-Janina Behrens / Edith E Schermer / Judith A Burger / Steven W de Taeye / Alba ...著者: Anna Schorcht / Tom L G M van den Kerkhof / Christopher A Cottrell / Joel D Allen / Jonathan L Torres / Anna-Janina Behrens / Edith E Schermer / Judith A Burger / Steven W de Taeye / Alba Torrents de la Peña / Ilja Bontjer / Stephanie Gumbs / Gabriel Ozorowski / Celia C LaBranche / Natalia de Val / Anila Yasmeen / Per Johan Klasse / David C Montefiori / John P Moore / Hanneke Schuitemaker / Max Crispin / Marit J van Gils / Andrew B Ward / Rogier W Sanders /
要旨: The induction of broadly neutralizing antibodies (bNAbs) is a major goal in vaccine research. HIV-1-infected individuals that develop exceptionally strong bNAb responses, termed elite neutralizers, ...The induction of broadly neutralizing antibodies (bNAbs) is a major goal in vaccine research. HIV-1-infected individuals that develop exceptionally strong bNAb responses, termed elite neutralizers, can inform vaccine design by providing blueprints for the induction of similar bNAb responses. We describe a new recombinant native-like envelope glycoprotein (Env) SOSIP trimer, termed AMC009, based on the viral founder sequences of an elite neutralizer. The subtype B AMC009 SOSIP protein formed stable native-like trimers that displayed multiple bNAb epitopes. Overall, its structure at 4.3-Å resolution was similar to that of BG505 SOSIP.664. The AMC009 trimer resembled one from a second elite neutralizer, AMC011, in having a dense and complete glycan shield. When tested as immunogens in rabbits, the AMC009 trimers did not induce autologous neutralizing antibody (NAb) responses efficiently while the AMC011 trimers did so very weakly, outcomes that may reflect the completeness of their glycan shields. The AMC011 trimer induced antibodies that occasionally cross-neutralized heterologous tier 2 viruses, sometimes at high titer. Cross-neutralizing antibodies were more frequently elicited by a trivalent combination of AMC008, AMC009, and AMC011 trimers, all derived from subtype B viruses. Each of these three individual trimers could deplete the NAb activity from the rabbit sera. Mapping the polyclonal sera by electron microscopy revealed that antibodies of multiple specificities could bind to sites on both autologous and heterologous trimers. These results advance our understanding of how to use Env trimers in multivalent vaccination regimens and the immunogenicity of trimers derived from elite neutralizers. Elite neutralizers, i.e., individuals who developed unusually broad and potent neutralizing antibody responses, might serve as blueprints for HIV-1 vaccine design. Here, we studied the immunogenicity of native-like recombinant envelope glycoprotein (Env) trimers based on viral sequences from elite neutralizers. While immunization with single trimers from elite neutralization did not recapitulate the breadth and potency of neutralization observed in these infected individuals, a combination of three subtype B Env trimers from elite neutralizers resulted in some neutralization breadth within subtype B viruses. These results should guide future efforts to design vaccines to induce broadly neutralizing antibodies.
履歴
登録2020年8月10日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年9月23日-
マップ公開2020年9月23日-
更新2020年12月9日-
現状2020年12月9日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.021
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.021
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_22439.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_22439.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 27 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈UA0091 week 38 Fabs in complex with REJO SOSIP.v4.2 D368R
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.98 Å/pix.
x 192 pix.
= 380.16 Å		1.98 Å/pix.
x 192 pix.
= 380.16 Å		1.98 Å/pix.
x 192 pix.
= 380.16 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.98 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.021 / ムービー #1: 0.021
最小 - 最大-0.043834295 - 0.095561676
平均 (標準偏差)0.00007847382 (±0.005253011)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ192192192
Spacing192192192
セルA=B=C: 380.16 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.981.981.98
M x/y/z192192192
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z380.160380.160380.160
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ937643
NX/NY/NZ114126230
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS192192192
D min/max/mean-0.0440.0960.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : UA0091 week 38 Fabs in complex with REJO SOSIP.v4.2 D368R

全体名称: UA0091 week 38 Fabs in complex with REJO SOSIP.v4.2 D368R
要素
  • 複合体: UA0091 week 38 Fabs in complex with REJO SOSIP.v4.2 D368R

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超分子 #1: UA0091 week 38 Fabs in complex with REJO SOSIP.v4.2 D368R

超分子名称: UA0091 week 38 Fabs in complex with REJO SOSIP.v4.2 D368R
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組換細胞: HEK293F

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
染色タイプ: NEGATIVE / 材質: Uranyl Formate

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS TALOS F200C
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI CETA (4k x 4k) / 平均電子線量: 25.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 30.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0) / 使用した粒子像数: 1234
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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