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万見
- EMDB-22423: Structure of an endocytic receptor -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-22423
タイトルStructure of an endocytic receptor
マップデータhalf1
試料
  • 細胞器官・細胞要素: Lymphocyte antigen 75, DEC205, CD205
    • タンパク質・ペプチド: Lymphocyte antigen 75
機能・相同性
機能・相同性情報


endocytosis / signaling receptor activity / carbohydrate binding / inflammatory response / immune response / external side of plasma membrane / extracellular exosome / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Fibronectin type II domain / Fibronectin type II domain superfamily / Fibronectin type II domain / Fibronectin type-II collagen-binding domain signature. / Fibronectin type-II collagen-binding domain profile. / Fibronectin type 2 domain / C-type lectin, conserved site / C-type lectin domain signature. / Ricin-type beta-trefoil ...: / Fibronectin type II domain / Fibronectin type II domain superfamily / Fibronectin type II domain / Fibronectin type-II collagen-binding domain signature. / Fibronectin type-II collagen-binding domain profile. / Fibronectin type 2 domain / C-type lectin, conserved site / C-type lectin domain signature. / Ricin-type beta-trefoil / Lectin domain of ricin B chain profile. / Ricin B, lectin domain / Ricin B-like lectins / Lectin C-type domain / C-type lectin domain profile. / C-type lectin-like / C-type lectin (CTL) or carbohydrate-recognition domain (CRD) / C-type lectin-like/link domain superfamily / C-type lectin fold / Kringle-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Lymphocyte antigen 75
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.0 Å
データ登録者Gully BS / Rossjohn J / Berry R
資金援助 オーストラリア, 2件
OrganizationGrant number国
Australian Research Council (ARC)FL160100049 オーストラリア
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)APP1109901 オーストラリア
引用ジャーナル: J Biol Chem / 年: 2021
タイトル: The cryo-EM structure of the endocytic receptor DEC-205.
著者: Benjamin S Gully / Hariprasad Venugopal / Alex J Fulcher / Zhihui Fu / Jessica Li / Felix A Deuss / Carmen Llerena / William R Heath / Mireille H Lahoud / Irina Caminschi / Jamie Rossjohn / Richard Berry /
要旨: DEC-205 (CD205), a member of the macrophage mannose receptor protein family, is the prototypic endocytic receptor of dendritic cells, whose ligands include phosphorothioated cytosine-guanosine ...DEC-205 (CD205), a member of the macrophage mannose receptor protein family, is the prototypic endocytic receptor of dendritic cells, whose ligands include phosphorothioated cytosine-guanosine oligonucleotides, a motif often seen in bacterial or viral DNA. However, despite growing biological and clinical significance, little is known about the structural arrangement of this receptor or any of its family members. Here, we describe the 3.2 Å cryo-EM structure of human DEC-205, thereby illuminating the structure of the mannose receptor protein family. The DEC-205 monomer forms a compact structure comprising two intercalated rings of C-type lectin-like domains, where the N-terminal cysteine-rich and fibronectin domains reside at the central intersection. We establish a pH-dependent oligomerization pathway forming tetrameric DEC-205 using solution-based techniques and ultimately solved the 4.9 Å cryo-EM structure of the DEC-205 tetramer to identify the unfurling of the second lectin ring which enables tetramer formation. Furthermore, we suggest the relevance of this oligomerization pathway within a cellular setting, whereby cytosine-guanosine binding appeared to disrupt this cell-surface oligomer. Accordingly, we provide insight into the structure and oligomeric assembly of the DEC-205 receptor.
履歴
登録2020年8月9日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年12月9日-
マップ公開2020年12月9日-
更新2021年7月14日-
現状2021年7月14日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.013
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.013
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7jpu
  • 表面レベル: 0.013
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_22423.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_22423.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 48.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈half1
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.06 Å/pix.
x 234 pix.
= 248.04 Å		1.06 Å/pix.
x 234 pix.
= 248.04 Å		1.06 Å/pix.
x 234 pix.
= 248.04 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.06 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.009 / ムービー #1: 0.013
最小 - 最大-0.032895893 - 0.07060371
平均 (標準偏差)0.0007745162 (±0.00356172)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ234234234
Spacing234234234
セルA=B=C: 248.04 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.061.061.06
M x/y/z234234234
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z248.040248.040248.040
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ937643
NX/NY/NZ114126230
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS234234234
D min/max/mean-0.0330.0710.001

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_22423_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half2

ファイルemd_22423_half_map_1.map
注釈half2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: half2

ファイルemd_22423_half_map_2.map
注釈half2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Lymphocyte antigen 75, DEC205, CD205

全体名称: Lymphocyte antigen 75, DEC205, CD205
要素
  • 細胞器官・細胞要素: Lymphocyte antigen 75, DEC205, CD205
    • タンパク質・ペプチド: Lymphocyte antigen 75

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超分子 #1: Lymphocyte antigen 75, DEC205, CD205

超分子名称: Lymphocyte antigen 75, DEC205, CD205 / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量実験値: 200 KDa

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分子 #1: Lymphocyte antigen 75

分子名称: Lymphocyte antigen 75 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 198.553172 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MRTGWATPRR PAGLLMLLFW FFDLAEPSGR AANDPFTIVH GNTGKCIKPV YGWIVADDCD ETEDKLWKWV SQHRLFHLHS QKCLGLDIT KSVNELRMFS CDSSAMLWWK CEHHSLYGAA RYRLALKDGH GTAISNASDV WKKGGSEESL CDQPYHEIYT R DGNSYGRP ...文字列:
MRTGWATPRR PAGLLMLLFW FFDLAEPSGR AANDPFTIVH GNTGKCIKPV YGWIVADDCD ETEDKLWKWV SQHRLFHLHS QKCLGLDIT KSVNELRMFS CDSSAMLWWK CEHHSLYGAA RYRLALKDGH GTAISNASDV WKKGGSEESL CDQPYHEIYT R DGNSYGRP CEFPFLIDGT WHHDCILDED HSGPWCATTL NYEYDRKWGI CLKPENGCED NWEKNEQFGS CYQFNTQTAL SW KEAYVSC QNQGADLLSI NSAAELTYLK EKEGIAKIFW IGLNQLYSAR GWEWSDHKPL NFLNWDPDRP SAPTIGGSSC ARM DAESGL WQSFSCEAQL PYVCRKPLNN TVELTDVWTY SDTRCDAGWL PNNGFCYLLV NESNSWDKAH AKCKAFSSDL ISIH SLADV EVVVTKLHNE DIKEEVWIGL KNINIPTLFQ WSDGTEVTLT YWDENEPNVP YNKTPNCVSY LGELGQWKVQ SCEEK LKYV CKRKGEKLND ASSDKMCPPD EGWKRHGETC YKIYEDEVPF GTNCNLTITS RFEQEYLNDL MKKYDKSLRK YFWTGL RDV DSCGEYNWAT VGGRRRAVTF SNWNFLEPAS PGGCVAMSTG KSVGKWEVKD CRSFKALSIC KKMSGPLGPE EASPKPD DP CPEGWQSFPA SLSCYKVFHA ERIVRKRNWE EAERFCQALG AHLSSFSHVD EIKEFLHFLT DQFSGQHWLW IGLNKRSP D LQGSWQWSDR TPVSTIIMPN EFQQDYDIRD CAAVKVFHRP WRRGWHFYDD REFIYLRPFA CDTKLEWVCQ IPKGRTPKT PDWYNPDRAG IHGPPLIIEG SEYWFVADLH LNYEEAVLYC ASNHSFLATI TSFVGLKAIK NKIANISGDG QKWWIRISEW PIDDHFTYS RYPWHRFPVT FGEECLYMSA KTWLIDLGKP TDCSTKLPFI CEKYNVSSLE KYSPDSAAKV QCSEQWIPFQ N KCFLKIKP VSLTFSQASD TCHSYGGTLP SVLSQIEQDF ITSLLPDMEA TLWIGLRWTA YEKINKWTDN RELTYSNFHP LL VSGRLRI PENFFEEESR YHCALILNLQ KSPFTGTWNF TSCSERHFVS LCQKYSEVKS RQTLQNASET VKYLNNLYKI IPK TLTWHS AKRECLKSNM QLVSITDPYQ QAFLSVQALL HNSSLWIGLF SQDDELNFGW SDGKRLHFSR WAETNGQLED CVVL DTDGF WKTVDCNDNQ PGAICYYSGN ETEKEVKPVD SVKCPSPVLN TPWIPFQNCC YNFIITKNRH MATTQDEVHT KCQKL NPKS HILSIRDEKE NNFVLEQLLY FNYMASWVML GITYRNKSLM WFDKTPLSYT HWRAGRPTIK NEKFLAGLST DGFWDI QTF KVIEEAVYFH QHSILACKIE MVDYKEEYNT TLPQFMPYED GIYSVIQKKV TWYEALNMCS QSGGHLASVH NQNGQLF LE DIVKRDGFPL WVGLSSHDGS ESSFEWSDGS TFDYIPWKGQ TSPGNCVLLD PKGTWKHEKC NSVKDGAICY KPTKSKKL S RLTYSSRCPA AKENGSRWIQ YKGHCYKSDQ ALHSFSEAKK LCSKHDHSAT IVSIKDEDEN KFVSRLMREN NNITMRVWL GLSQHSVDQS WSWLDGSEVT FVKWENKSKS GVGRCSMLIA SNETWKKVEC EHGFGRVVCK VPLGPDYTAI AIIVATLSIL VLMGGLIWF LFQRHRLHLA GFSSVRYAQG VNEDEIMLPS FHD

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.1 mg/mL
緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度名称
20.0 mMTris
150.0 mMsodium chloride

詳細: 20 mM Tris-HCl at pH 8.0, 150 mM NaCl buffer
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK II
詳細3 microlitres of sample in 20 mM Tris-HCl at pH 8.0, 150 mM NaCl buffer

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 63.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 185187
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: Cryosparc V2 ab initio model
最終 再構成使用したクラス数: 3
想定した対称性 - 点群: D2 (2回x2回 2面回転対称)
解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 5.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0) / 使用した粒子像数: 102569
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.0)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.0)
最終 3次元分類クラス数: 4 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデル(PDB ID:

1dqo

,

2v5p

,

1qdd

)
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-7jpu:
Structure of an endocytic receptor

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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