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万見
- EMDB-2240: 3D structure of myosin filaments isolated from human heart muscle... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-2240
タイトル3D structure of myosin filaments isolated from human heart muscles by negative stain electron microscopy and single particle image analysis.
マップデータ3D map of human cardiac myosin filament
試料
  • 試料: 3D map of human cardiac myosin filament
  • タンパク質・ペプチド: myosin filament
キーワードmyosin filaments / human cardiac muscles / single particle analysis / electron microscopy / muscle contraction
機能・相同性
機能・相同性情報


myosin II heavy chain binding / muscle cell fate specification / regulation of slow-twitch skeletal muscle fiber contraction / regulation of the force of skeletal muscle contraction / regulation of striated muscle contraction / cardiac myofibril / muscle myosin complex / cardiac myofibril assembly / regulation of the force of heart contraction / transition between fast and slow fiber ...myosin II heavy chain binding / muscle cell fate specification / regulation of slow-twitch skeletal muscle fiber contraction / regulation of the force of skeletal muscle contraction / regulation of striated muscle contraction / cardiac myofibril / muscle myosin complex / cardiac myofibril assembly / regulation of the force of heart contraction / transition between fast and slow fiber / myosin filament / positive regulation of ATP-dependent activity / adult heart development / cardiac muscle hypertrophy in response to stress / Striated Muscle Contraction / muscle filament sliding / myosin complex / myosin II complex / A band / I band / structural constituent of muscle / ventricular cardiac muscle tissue morphogenesis / microfilament motor activity / myosin heavy chain binding / heart contraction / positive regulation of the force of heart contraction / myofibril / actin monomer binding / skeletal muscle contraction / striated muscle contraction / ATP metabolic process / stress fiber / cardiac muscle contraction / muscle contraction / regulation of heart rate / sarcomere / negative regulation of cell growth / Z disc / actin filament binding / heart development / cytoskeleton / calmodulin binding / calcium ion binding / ATP binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / DNA repair protein XRCC4-like, C-terminal / Myosin tail / Myosin tail / Myosin N-terminal SH3-like domain / Myosin S1 fragment, N-terminal / Myosin, N-terminal, SH3-like / Myosin N-terminal SH3-like domain profile. / Short calmodulin-binding motif containing conserved Ile and Gln residues. / IQ motif, EF-hand binding site ...: / DNA repair protein XRCC4-like, C-terminal / Myosin tail / Myosin tail / Myosin N-terminal SH3-like domain / Myosin S1 fragment, N-terminal / Myosin, N-terminal, SH3-like / Myosin N-terminal SH3-like domain profile. / Short calmodulin-binding motif containing conserved Ile and Gln residues. / IQ motif, EF-hand binding site / Myosin head, motor domain / Myosin head (motor domain) / Myosin motor domain profile. / Myosin. Large ATPases. / IQ motif profile. / Kinesin motor domain superfamily / : / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Myosin light chain 3 / Myosin regulatory light chain 2, ventricular/cardiac muscle isoform / Myosin-7
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法サブトモグラム平均法 / 解像度: 28.0 Å
データ登録者AL-Khayat HA / Kensler RW / Squire JM / Marston SB / Morris EP
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2013
タイトル: Atomic model of the human cardiac muscle myosin filament.
著者: Hind A Al-Khayat / Robert W Kensler / John M Squire / Steven B Marston / Edward P Morris /
要旨: Of all the myosin filaments in muscle, the most important in terms of human health, and so far the least studied, are those in the human heart. Here we report a 3D single-particle analysis of ...Of all the myosin filaments in muscle, the most important in terms of human health, and so far the least studied, are those in the human heart. Here we report a 3D single-particle analysis of electron micrograph images of negatively stained myosin filaments isolated from human cardiac muscle in the normal (undiseased) relaxed state. The resulting 28-Å resolution 3D reconstruction shows axial and azimuthal (no radial) myosin head perturbations within the 429-Å axial repeat, with rotations between successive 132 Å-, 148 Å-, and 149 Å-spaced crowns of heads close to 60°, 35°, and 25° (all would be 40° in an unperturbed three-stranded helix). We have defined the myosin head atomic arrangements within the three crown levels and have modeled the organization of myosin subfragment 2 and the possible locations of the 39 Å-spaced domains of titin and the cardiac isoform of myosin-binding protein-C on the surface of the myosin filament backbone. Best fits were obtained with head conformations on all crowns close to the structure of the two-headed myosin molecule of vertebrate chicken smooth muscle in the dephosphorylated relaxed state. Individual crowns show differences in head-pair tilts and subfragment 2 orientations, which, together with the observed perturbations, result in different intercrown head interactions, including one not reported before. Analysis of the interactions between the myosin heads, the cardiac isoform of myosin-binding protein-C, and titin will aid in understanding of the structural effects of mutations in these proteins known to be associated with human cardiomyopathies.
履歴
登録2012年12月7日-
ヘッダ(付随情報) 公開2012年12月26日-
マップ公開2012年12月26日-
更新2012年12月26日-
現状2012年12月26日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 1.5
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 1.5
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-5tby
  • 表面レベル: 1.5
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-5tby
  • 表面レベル: 1.5
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-5tby
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

EMD-2240.jpg

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_2240.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 15.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈3D map of human cardiac myosin filament
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
5.94 Å/pix.
x 160 pix.
= 950.4 Å		5.94 Å/pix.
x 160 pix.
= 950.4 Å		5.94 Å/pix.
x 160 pix.
= 950.4 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 5.94 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 1.5 / ムービー #1: 1.5
最小 - 最大-8.24266529 - 12.488184929999999
平均 (標準偏差)0.04301857 (±0.77574736)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-79-80-80
サイズ160160160
Spacing160160160
セルA=B=C: 950.4 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z5.945.945.94
M x/y/z160160160
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z950.400950.400950.400
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-36-30-80
NX/NY/NZ7361161
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-80-79-80
NC/NR/NS160160160
D min/max/mean-8.24312.4880.043

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : 3D map of human cardiac myosin filament

全体名称: 3D map of human cardiac myosin filament
要素
  • 試料: 3D map of human cardiac myosin filament
  • タンパク質・ペプチド: myosin filament

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超分子 #1000: 3D map of human cardiac myosin filament

超分子名称: 3D map of human cardiac myosin filament / タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 1

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分子 #1: myosin filament

分子名称: myosin filament / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 詳細: 3D map of human cardiac myosin filament / 組換発現: No / データベース: NCBI
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: human

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実験情報

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構造解析

解析サブトモグラム平均法

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試料調製

凍結凍結剤: NONE / 装置: OTHER

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI 20
日付2012年5月15日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F415 (4k x 4k)
デジタル化 - サンプリング間隔: 17 µm / 実像数: 237 / 平均電子線量: 100 e/Å2 / ビット/ピクセル: 16
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: OTHER / 倍率（公称値）: 29000
試料ステージ試料ホルダーモデル: OTHER

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画像解析

詳細Average number of tilts used in the 3D reconstructions: 285.
最終 再構成アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 28.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: imagic

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

1myo

ソフトウェア名称: pymol and veda
詳細Protocol: rigid body
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-5tby:
HUMAN BETA CARDIAC HEAVY MEROMYOSIN INTERACTING-HEADS MOTIF OBTAINED BY HOMOLOGY MODELING (USING SWISS-MODEL) OF HUMAN SEQUENCE FROM APHONOPELMA HOMOLOGY MODEL (PDB-3JBH), RIGIDLY FITTED TO HUMAN BETA-CARDIAC NEGATIVELY STAINED THICK FILAMENT 3D-RECONSTRUCTION (EMD-2240)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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