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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-22380 | |||||||||
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タイトル | Structure of the activated Roq1 resistosome directly recognizing the pathogen effector XopQ | |||||||||
![]() | Structure of the activated Roq1 resistosome directly recognizing the pathogen effector XopQ | |||||||||
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![]() | Resistosome / Plant Immunity / Effector / LRR / TIR / NB-ARC / PL. / IMMUNE SYSTEM | |||||||||
機能・相同性 | ![]() ADP-ribosyl cyclase/cyclic ADP-ribose hydrolase / NAD+ nucleosidase activity / NAD+ nucleotidase, cyclic ADP-ribose generating / 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; N-グリコシル化合物加水分解酵素 / ADP binding / defense response / signal transduction 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å | |||||||||
![]() | Martin R / Qi T | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structure of the activated ROQ1 resistosome directly recognizing the pathogen effector XopQ. 著者: Raoul Martin / Tiancong Qi / Haibo Zhang / Furong Liu / Miles King / Claire Toth / Eva Nogales / Brian J Staskawicz / ![]() ![]() 要旨: Plants and animals detect pathogen infection using intracellular nucleotide-binding leucine-rich repeat receptors (NLRs) that directly or indirectly recognize pathogen effectors and activate an ...Plants and animals detect pathogen infection using intracellular nucleotide-binding leucine-rich repeat receptors (NLRs) that directly or indirectly recognize pathogen effectors and activate an immune response. How effector sensing triggers NLR activation remains poorly understood. Here we describe the 3.8-angstrom-resolution cryo-electron microscopy structure of the activated ROQ1 (recognition of XopQ 1), an NLR native to with a Toll-like interleukin-1 receptor (TIR) domain bound to the effector XopQ ( outer protein Q). ROQ1 directly binds to both the predicted active site and surface residues of XopQ while forming a tetrameric resistosome that brings together the TIR domains for downstream immune signaling. Our results suggest a mechanism for the direct recognition of effectors by NLRs leading to the oligomerization-dependent activation of a plant resistosome and signaling by the TIR domain. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 387.6 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 17.6 KB 17.6 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 16.9 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 80.1 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 7 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 661.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 661.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 15.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 20.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Structure of the activated Roq1 resistosome directly recognizing the pathogen effector XopQ | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.9386 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
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試料の構成要素
-全体 : Roq1
全体 | 名称: Roq1 |
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要素 |
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-超分子 #1: Roq1
超分子 | 名称: Roq1 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 49.819 KDa |
-超分子 #2: XopQ
超分子 | 名称: XopQ / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
-分子 #1: Disease resistance protein Roq1
分子 | 名称: Disease resistance protein Roq1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ADP-ribosyl cyclase/cyclic ADP-ribose hydrolase |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 153.367109 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MLTSSSHHGR SYDVFLSFRG EDTRKTFVGH LFNALIEKGI HTFMDDKELK RGKSISSELM KAIGESRFAV VVFSKNYASS TWCLEELVK ILEIHEKFEL IVVPVFYDVD PSTVRKQNGE YAVCFTKFEA NLVDDRDKVL RWREALTKVA NISGHDLRNT Y NGDESKCI ...文字列: MLTSSSHHGR SYDVFLSFRG EDTRKTFVGH LFNALIEKGI HTFMDDKELK RGKSISSELM KAIGESRFAV VVFSKNYASS TWCLEELVK ILEIHEKFEL IVVPVFYDVD PSTVRKQNGE YAVCFTKFEA NLVDDRDKVL RWREALTKVA NISGHDLRNT Y NGDESKCI QQILKDIFDK FCFSISITNR DLVGIESQIK KLSSLLRMDL KGVRLVGIWG MGGVGKTTAA RALFNRYYQN FE SACFLED VKEYLQHHTL LYLQKTLLSK LLKVEFVDCT DTEEMCVILK RRLCSKKVLV VLDDVNHNDQ LDKLVGAEDW FGS GSRIVI TTRDMKLLKN HDVHETYEIK VLEKDEAIEL FNLHAFKRSS PEKEFKELLN LVVDYTGGLP LALKVLGSLL YKED LDVWI STIDRLKDNP EGEIMATLKI SFDGLRDYEK SIFLDIACFF RGYNQRDMTA LFHASGFHPV LGVKTLVEKS LIFIL EDKI QMHDLMQEMG RQIAVQESPM RRIYRPEDVK DACIGDMRKE AIEGLLLTEP EQFEEGELEY MYSAEALKKT RRLRIL VKE YYNRGFDEPV AYLPNSLLWL EWRNYSSNSF PSNFEPSKLV YLTMKGSSII ELWNGAKRLA FLTTLDLSYC HKLIQTP DF RMITNLERLI LSSCDALVEV HPSVGFLKNL ILLNMDHCIS LERLPAIIQS ECLEVLDLNY CFNLKMFPEV ERNMTHLK K LDLTSTGIRE LPASIEHLSS LENLQMHSCN QLVSLPSSIW RFRNLKISEC EKLGSLPEIH GNSNCTRELI LKLVSIKEL PTSIGNLTSL NFLEICNCKT ISSLSSSIWG LTSLTTLKLL DCRKLKNLPG IPNAINHLSG HGLQLLLTLE QPTIYERLDL LRIIDMSWC SCISSLPHNI WMLKFLRILC ISYCSRLEYL PENLGHLEHL EELLADGTGI LRLPSSVARL NKLEVLSFRK K FAIGPKVQ YSSSMLNLPD DVFGSLGSLG SVVKLNLSGN GFCNLPETMN QLFCLEYLDI TFCQRLEALP ELPPSIKELY VD EHLALRI MEDLVIKCKE LNLIAVTKIE YQNFYRWLDS IWSDVSELLE NSQKQQLDDM LQLIPFSYLS TAKREEVLKI VIH GTRIPE WFRWQDRSAT TMSVNLPEYW YTENFLGFAI CCSCCFYHSA RSYDVEFEGS MHHYNYDSSY WKEYEEPSYD FYER DSIEI TAKLTPRHKG MRTEELKKVC SFSMNVLRRA TAVPNMCFAF FPFNSLCHIS NLQANNPNDY GIFETCLSPG DIRHR GKQW GFNLVYKDET GGSVTHEMLI NRDYKDHDGD YKDHDIDYKD DDDK UniProtKB: Disease resistance protein Roq1 |
-分子 #2: XopQ
分子 | 名称: XopQ / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 51.341492 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MASWSHPQFE KGAMQPTAIR STVGLPGADM TADLRDPAPV AVPAHSAADA AAPPPGALQT IVGRPPRPDG PRHRRAQSLP ARLTPAQRG MLAELGVADT SVLTPTETAV LRELRLHRPP LPLDTLLFTD PNKDPDDVVT YTIAKQLQAE GFLRLTDVVV T LGDADMRS ...文字列: MASWSHPQFE KGAMQPTAIR STVGLPGADM TADLRDPAPV AVPAHSAADA AAPPPGALQT IVGRPPRPDG PRHRRAQSLP ARLTPAQRG MLAELGVADT SVLTPTETAV LRELRLHRPP LPLDTLLFTD PNKDPDDVVT YTIAKQLQAE GFLRLTDVVV T LGDADMRS QRAQLAKGVF DRLALPEVRV ARGQDYPMTS TQAREHSKFL AEGAALRAAP DAVHTDGVRA MRERLATSPH KL GMVVIAG MTDASALLAE AGDLVREKLA SITIMGGIDP ARDADGLVQP DTRAYNNATD IHAARALYRR AQQLGIPLRI LSK EAAYRA AVPPAFYEGI ARNGHPVGEY LRDVQKNALK GLWEGIQANL IPGLDTAWFF RTFVAAQPQD PAAADQQGAM SFDA IWPQV TKLNLYDPLT LLAALPGAAR LLFQPTPMHR EGASPVEHVG HAEVVRPEKA RLLLSALAKA ALAQQDEGQR GR UniProtKB: XopQ |
-分子 #3: CALCIUM ION
分子 | 名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 1 / 式: CA |
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分子量 | 理論値: 40.078 Da |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 構成要素:
詳細: Kept at 4 degrees Celsius. | ||||||||||||||
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グリッド | モデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING | ||||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: 90 min incubation. 10 sec blot. Blot Force 10.. | ||||||||||||||
詳細 | Sample was monodisperse. |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 11134 / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 詳細: Images were collected as dose-fractionated movie frames. |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 倍率(補正後): 80879 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): -2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): -0.9 µm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL |
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得られたモデル | ![]() PDB-7jlu: |