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万見
- EMDB-2218: DOLORS: Versatile Strategy for Internal Labeling and Domain Local... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-2218
タイトルDOLORS: Versatile Strategy for Internal Labeling and Domain Localization in Electron Microscopy
マップデータDUF283-After-labeled Dicer
試料
  • 試料: Dicer labeled with streptavidin at the loop following the DUF283 domain
  • タンパク質・ペプチド: Human Dicer
  • タンパク質・ペプチド: Streptavidin
キーワードDicer Enzyme / Ribonuclease III / MicroRNA Processing / Single Particle Electron Microscopy
生物種Homo sapiens (ヒト) / Streptomyces avidinii (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法
データ登録者Lau PW / Potter CS / Carragher B / MacRae IJ
引用ジャーナル: Structure / 年: 2012
タイトル: DOLORS: versatile strategy for internal labeling and domain localization in electron microscopy.
著者: Pick-Wei Lau / Clinton S Potter / Bridget Carragher / Ian J MacRae /
要旨: Single-particle electron microscopy (EM) is a powerful tool for studying the structures of large biological molecules. However, the achievable resolution does not always allow for direct recognition ...Single-particle electron microscopy (EM) is a powerful tool for studying the structures of large biological molecules. However, the achievable resolution does not always allow for direct recognition of individual protein domains. Labels that can be visualized by EM have been developed for protein termini, but tagging internal domains remains a challenge. We describe a robust strategy for determining the position of internal sites within EM maps, termed domain localization by RCT sampling (DOLORS). DOLORS uses monovalent streptavidin added posttranslationally to tagged sites in the target protein. Internal labels generally display less conformational flexibility than terminal labels, providing more precise positional information. Automated methods are used to rapidly generate assemblies of unique 3D models allowing the attachment sites of labeled domains to be accurately identified and thus provide an overall architectural map of the molecule.
履歴
登録2012年10月11日-
ヘッダ(付随情報) 公開2012年11月14日-
マップ公開2012年12月19日-
更新2012年12月19日-
現状2012年12月19日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 4.5
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 4.5
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_2218.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_2218.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 3.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈DUF283-After-labeled Dicer
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
3.52 Å/pix.
x 96 pix.
= 337.92 Å		3.52 Å/pix.
x 96 pix.
= 337.92 Å		3.52 Å/pix.
x 96 pix.
= 337.92 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 3.52 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 4.5 / ムービー #1: 4.5
最小 - 最大-3.74361062 - 11.655188559999999
平均 (標準偏差)-0.01156793 (±0.68704128)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-12-12-12
サイズ969696
Spacing969696
セルA=B=C: 337.91998 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z3.523.523.52
M x/y/z969696
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z337.920337.920337.920
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-184-184-183
NX/NY/NZ368368368
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-12-12-12
NC/NR/NS969696
D min/max/mean-3.74411.655-0.012

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Dicer labeled with streptavidin at the loop following the DUF283 ...

全体名称: Dicer labeled with streptavidin at the loop following the DUF283 domain
要素
  • 試料: Dicer labeled with streptavidin at the loop following the DUF283 domain
  • タンパク質・ペプチド: Human Dicer
  • タンパク質・ペプチド: Streptavidin

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超分子 #1000: Dicer labeled with streptavidin at the loop following the DUF283 ...

超分子名称: Dicer labeled with streptavidin at the loop following the DUF283 domain
タイプ: sample / ID: 1000 / 詳細: The sample was mostly monodisperse / 集合状態: One human Dicer and one streptavidin molecule / Number unique components: 2
分子量理論値: 280 KDa

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分子 #1: Human Dicer

分子名称: Human Dicer / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: hDicer / コピー数: 1 / 集合状態: Monomer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human
分子量理論値: 220 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)

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分子 #2: Streptavidin

分子名称: Streptavidin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 集合状態: Tetramer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Streptomyces avidinii (バクテリア)
分子量理論値: 60 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5 / 詳細: 150mM KCl, 25mM HEPES
染色タイプ: NEGATIVE
詳細: Grids with adsorbed protein floated on 2% w/v uranyl acetate
グリッド詳細: holey C-flat grids covered with an additional layer of thin carbon
凍結凍結剤: NONE / 装置: OTHER

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F20
日付2011年1月10日
撮影実像数: 570 / 平均電子線量: 20 e/Å2
Tilt angle min0
電子線加速電圧: 120 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 62000
試料ステージ試料ホルダーモデル: SIDE ENTRY, EUCENTRIC / Tilt angle max: 50
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細Processing was done using APPION pipeline
CTF補正詳細: Each micrograph
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: OTHER / ソフトウェア - 名称: Spider / 使用した粒子像数: 48164
最終 2次元分類クラス数: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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