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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-22167 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM map of KSHV ORF68 | |||||||||
マップデータ | ORF68 | |||||||||
試料 |
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機能・相同性 | Herpesvirus major envelope glycoprotein / Herpesvirus putative major envelope glycoprotein / host cell cytoplasm / viral envelope / host cell nucleus / cytoplasm / Packaging protein UL32 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Human gammaherpesvirus 8 (ヘルペスウイルス) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.37 Å | |||||||||
データ登録者 | Didychuk AL / Gates SN / Martin A / Glaunsinger B | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: Elife / 年: 2021 タイトル: A pentameric protein ring with novel architecture is required for herpesviral packaging. 著者: Allison L Didychuk / Stephanie N Gates / Matthew R Gardner / Lisa M Strong / Andreas Martin / Britt A Glaunsinger / 要旨: Genome packaging in large double-stranded DNA viruses requires a powerful molecular motor to force the viral genome into nascent capsids, which involves essential accessory factors that are poorly ...Genome packaging in large double-stranded DNA viruses requires a powerful molecular motor to force the viral genome into nascent capsids, which involves essential accessory factors that are poorly understood. Here, we present structures of two such accessory factors from the oncogenic herpesviruses Kaposi's sarcoma-associated herpesvirus (KSHV; ORF68) and Epstein-Barr virus (EBV; BFLF1). These homologous proteins form highly similar homopentameric rings with a positively charged central channel that binds double-stranded DNA. Mutation of individual positively charged residues within but not outside the channel ablates DNA binding, and in the context of KSHV infection, these mutants fail to package the viral genome or produce progeny virions. Thus, we propose a model in which ORF68 facilitates the transfer of newly replicated viral genomes to the packaging motor. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_22167.map.gz | 3.1 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-22167-v30.xml emd-22167.xml | 12 KB 12 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_22167_fsc.xml | 9.1 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_22167.png | 162 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-22167 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-22167 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_22167_validation.pdf.gz | 340 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_22167_full_validation.pdf.gz | 339.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_22167_validation.xml.gz | 10.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-22167 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-22167 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_22167.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | ORF68 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.16 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Pentamer structure of KSHV ORF68
全体 | 名称: Pentamer structure of KSHV ORF68 |
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要素 |
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-超分子 #1: Pentamer structure of KSHV ORF68
超分子 | 名称: Pentamer structure of KSHV ORF68 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Human gammaherpesvirus 8 (ヘルペスウイルス) |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 536 KDa |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 1.25 mg/mL | ||||||||||||||||||
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緩衝液 | pH: 7.6 構成要素:
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グリッド | モデル: C-flat / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 支持フィルム - Film thickness: 20.0 nm | ||||||||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 295 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: 2 second blot, 3 second wait. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TALOS ARCTICA |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 2408 / 平均露光時間: 8.0 sec. / 平均電子線量: 48.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: OTHER / ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |