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万見
- EMDB-22155: CryoEM structure of apo G protein-gated inwardly rectifying potas... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-22155
タイトルCryoEM structure of apo G protein-gated inwardly rectifying potassium channel GIRK2
マップデータCryoEM structure of apo GIRK2
試料
  • 複合体: G protein-gated inwardly rectifying potassium channel (GIRK2)
    • タンパク質・ペプチド: G protein-gated inwardly rectifying potassium channel (GIRK2)
機能・相同性
機能・相同性情報


G-protein activated inward rectifier potassium channel activity / monoatomic ion channel complex
類似検索 - 分子機能
Potassium channel, inwardly rectifying, Kir3.2 / Potassium channel, inwardly rectifying, transmembrane domain / Inward rectifier potassium channel transmembrane domain / Potassium channel, inwardly rectifying, Kir, cytoplasmic / Potassium channel, inwardly rectifying, Kir / Inward rectifier potassium channel, C-terminal / Inward rectifier potassium channel C-terminal domain / Immunoglobulin E-set
類似検索 - ドメイン・相同性
G protein-activated inward rectifier potassium channel 2
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.8 Å
データ登録者Mathiharan YK / Glaaser IW / Skiniotis G / Slesinger PA
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute on Alcohol Abuse and Alcoholism (NIH/NIAAA)AA018734 米国
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2021
タイトル: Structural insights into GIRK2 channel modulation by cholesterol and PIP.
著者: Yamuna Kalyani Mathiharan / Ian W Glaaser / Yulin Zhao / Michael J Robertson / Georgios Skiniotis / Paul A Slesinger /
要旨: G-protein-gated inwardly rectifying potassium (GIRK) channels are important for determining neuronal excitability. In addition to G proteins, GIRK channels are potentiated by membrane cholesterol, ...G-protein-gated inwardly rectifying potassium (GIRK) channels are important for determining neuronal excitability. In addition to G proteins, GIRK channels are potentiated by membrane cholesterol, which is elevated in the brains of people with neurodegenerative diseases such as Alzheimer's dementia and Parkinson's disease. The structural mechanism of cholesterol modulation of GIRK channels is not well understood. In this study, we present cryo- electron microscopy (cryoEM) structures of GIRK2 in the presence and absence of the cholesterol analog cholesteryl hemisuccinate (CHS) and phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate (PIP). The structures reveal that CHS binds near PIP in lipid-facing hydrophobic pockets of the transmembrane domain. Our structural analysis suggests that CHS stabilizes PIP interaction with the channel and promotes engagement of the cytoplasmic domain onto the transmembrane region. Mutagenesis of one of the CHS binding pockets eliminates cholesterol-dependent potentiation of GIRK2. Elucidating the structural mechanisms underlying cholesterol modulation of GIRK2 channels could facilitate the development of therapeutics for treating neurological diseases. VIDEO ABSTRACT.
履歴
登録2020年6月14日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年9月1日-
マップ公開2021年9月1日-
更新2021年9月1日-
現状2021年9月1日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0094
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0094
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_22155.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_22155.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 70.2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈CryoEM structure of apo GIRK2
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.85 Å/pix.
x 264 pix.
= 224.4 Å		0.85 Å/pix.
x 264 pix.
= 224.4 Å		0.85 Å/pix.
x 264 pix.
= 224.4 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.85 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0094 / ムービー #1: 0.0094
最小 - 最大-0.012776963 - 0.027853161
平均 (標準偏差)0.000119365934 (±0.0017234961)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ264264264
Spacing264264264
セルA=B=C: 224.40001 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.850.850.85
M x/y/z264264264
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z224.400224.400224.400
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS264264264
D min/max/mean-0.0130.0280.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : G protein-gated inwardly rectifying potassium channel (GIRK2)

全体名称: G protein-gated inwardly rectifying potassium channel (GIRK2)
要素
  • 複合体: G protein-gated inwardly rectifying potassium channel (GIRK2)
    • タンパク質・ペプチド: G protein-gated inwardly rectifying potassium channel (GIRK2)

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超分子 #1: G protein-gated inwardly rectifying potassium channel (GIRK2)

超分子名称: G protein-gated inwardly rectifying potassium channel (GIRK2)
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
詳細: The cryoEM structure obtained in the absence of modulators cholesteryl hemisuccinate and PIP2.
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
組換発現生物種: Komagataella pastoris (菌類)

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分子 #1: G protein-gated inwardly rectifying potassium channel (GIRK2)

分子名称: G protein-gated inwardly rectifying potassium channel (GIRK2)
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
組換発現生物種: Komagataella pastoris (菌類)
配列文字列: MAKRKIQRYV RKDGKCNVH H GNVRETYR YL TDIFTTL VDL KWRFNL LIFV MVYTV TWLFF GMIW WLIAYI RGD MDHIEDP SW TPCVTNLN G FVSAFLFSI ETETTIGYGY RVITDKCPE G IILLLIQS VL GSIVNAF MVG CMFVKI SQPK KRAET ...文字列:
MAKRKIQRYV RKDGKCNVH H GNVRETYR YL TDIFTTL VDL KWRFNL LIFV MVYTV TWLFF GMIW WLIAYI RGD MDHIEDP SW TPCVTNLN G FVSAFLFSI ETETTIGYGY RVITDKCPE G IILLLIQS VL GSIVNAF MVG CMFVKI SQPK KRAET LVFST HAVI SMRDGK LCL MFRVGDL RN SHIVEASI R AKLIKSKQT SEGEFIPLNQ TDINVGYYT G DDRLFLVS PL IISHEIN QQS PFWEIS KAQL PKEEL EIVVI LEGM VEATGM TCQ ARSSYIT SE ILWGYRFT P VLTLEDGFY EVDYNSFHET YETSTPSLS A KELAELAN RA ESNSLEV LFQ

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度8 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
20.0 mMC4H11NO3Tris
150.0 mMKClPotassium Chloride
20.0 mMC4H10O2S2DTT
3.0 mMC9H15O6PTCEP
1.0 mMC10H16N2O8EDTA
0.025 %C24H46O11DDM
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 200 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 293 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細Apo GIRK2 without the modulators cholesteryl hemisuccinate and PIP2.

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 実像数: 8310 / 平均露光時間: 3.0 sec. / 平均電子線量: 83.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 2532601
CTF補正ソフトウェア - 名称: CTFFIND
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

3sya

最終 再構成使用したクラス数: 2 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION / 使用した粒子像数: 102680
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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