[日本語] English
万見
- EMDB-22144: Structure of Human Dispatched-1 (DISP1) -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-22144
タイトルStructure of Human Dispatched-1 (DISP1)
マップデータStructure of Human Dispatched-1 (DISP1)
試料
  • 細胞器官・細胞要素: Human dispatched-1 in complex with dual-lipidated SHH-N
    • タンパク質・ペプチド: Protein dispatched homolog 1
  • リガンド: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードhedgehog / secretion / sterol binding / Sterol-sensing domain / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


patched ligand maturation / diaphragm development / molecular carrier activity / embryonic pattern specification / dorsal/ventral pattern formation / peptide transport / determination of left/right symmetry / smoothened signaling pathway / regulation of protein secretion / protein homotrimerization ...patched ligand maturation / diaphragm development / molecular carrier activity / embryonic pattern specification / dorsal/ventral pattern formation / peptide transport / determination of left/right symmetry / smoothened signaling pathway / regulation of protein secretion / protein homotrimerization / basolateral plasma membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
: / Membrane transport protein MMPL domain / MMPL family / : / Sterol-sensing domain of SREBP cleavage-activation / Sterol-sensing domain (SSD) profile. / Sterol-sensing domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein dispatched homolog 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.53 Å
データ登録者Chen H / Liu Y
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)P01 HL020948 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01 GM135343 米国
引用ジャーナル: Life Sci Alliance / 年: 2020
タイトル: Structure of human Dispatched-1 provides insights into Hedgehog ligand biogenesis.
著者: Hongwen Chen / Yang Liu / Xiaochun Li /
要旨: Hedgehog (HH) signaling is essential for metazoan development. The HH ligand is secreted into the extracellular space by a cell surface protein named Dispatched-1 (DISP1). Here, we report the cryo-EM ...Hedgehog (HH) signaling is essential for metazoan development. The HH ligand is secreted into the extracellular space by a cell surface protein named Dispatched-1 (DISP1). Here, we report the cryo-EM structure of human DISP1 protein. DISP1 contains 12 transmembrane helices (TMs) and two extracellular domains (ECDs). Its ECDs reveal an open state, in contrast to its structural homologues PTCH1 and NPC1, whose extracellular/luminal domains adopt a closed state. The low-resolution structure of the DISP1 complex with dual lipid-modified HH ligand reveals how the ECDs of DISP1 engage with HH ligand. Moreover, several cholesterol-like molecules are found in the TMs, implying a transport-like function of DISP1.
履歴
登録2020年6月12日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年7月8日-
マップ公開2020年7月8日-
更新2024年11月20日-
現状2024年11月20日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

-
構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0175
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.0175
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6xe6
  • 表面レベル: 0.0175
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_22144.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_22144.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Structure of Human Dispatched-1 (DISP1)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 256 pix.
= 213.248 Å		0.83 Å/pix.
x 256 pix.
= 213.248 Å		0.83 Å/pix.
x 256 pix.
= 213.248 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.833 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0175 / ムービー #1: 0.0175
最小 - 最大-0.04732763 - 0.06743968
平均 (標準偏差)0.00004338323 (±0.0027684553)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 213.248 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.8330.8330.833
M x/y/z256256256
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z213.248213.248213.248
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ777686
NX/NY/NZ10710993
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS256256256
D min/max/mean-0.0470.0670.000

-
添付データ

-
試料の構成要素

-
全体 : Human dispatched-1 in complex with dual-lipidated SHH-N

全体名称: Human dispatched-1 in complex with dual-lipidated SHH-N
要素
  • 細胞器官・細胞要素: Human dispatched-1 in complex with dual-lipidated SHH-N
    • タンパク質・ペプチド: Protein dispatched homolog 1
  • リガンド: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

-
超分子 #1: Human dispatched-1 in complex with dual-lipidated SHH-N

超分子名称: Human dispatched-1 in complex with dual-lipidated SHH-N
タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

-
分子 #1: Protein dispatched homolog 1

分子名称: Protein dispatched homolog 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 124.49875 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MAWSHPQFEK SRPFKLPKSY AALIADWPVV VLGMCTMFIV VCALVGVLVP ELPDFSDPLL GFEPRGTAIG QRLVTWNNMV KNTGYKATL ANYPFKYADE QAKSHRDDRW SDDHYEREKR EVDWNFHKDS FFCDVPSDRY SRVVFTSSGG ETLWNLPAIK S MCNVDNSR ...文字列:
MAWSHPQFEK SRPFKLPKSY AALIADWPVV VLGMCTMFIV VCALVGVLVP ELPDFSDPLL GFEPRGTAIG QRLVTWNNMV KNTGYKATL ANYPFKYADE QAKSHRDDRW SDDHYEREKR EVDWNFHKDS FFCDVPSDRY SRVVFTSSGG ETLWNLPAIK S MCNVDNSR IRSHPQFGDL CQRTTAASCC PSWTLGNYIA ILNNRSSCQK IVERDVSHTL KLLRTCAKHY QNGTLGPDCW DM AARRKDQ LKCTNVPRKC TKYNAVYQIL HYLVDKDFMT PKTADYATPA LKYSMLFSPT EKGESMMNIY LDNFENWNSS DGV TTITGI EFGIKHSLFQ DYLLMDTVYP AIAIVIVLLV MCVYTKSMFI TLMTMFAIIS SLIVSYFLYR VVFHFEFFPF MNLT ALIIL VGIGADDAFV LCDVWNYTKF DKPHAETSET VSITLQHAAL SMFVTSFTTA AAFYANYVSN ITAIRCFGVY AGTAI LVNY VLMVTWLPAV VVLHERYLLN IFTCFKKPQQ QIYDNKSCWT VACQKCHKVL FAISEASRIF FEKVLPCIVI KFRYLW LFW FLALTVGGAY IVCINPKMKL PSLELSEFQV FRSSHPFERY DAEYKKLFMF ERVHHGEELH MPITVIWGVS PEDNGNP LN PKSKGKLTLD SSFNIASPAS QAWILHFCQK LRNQTFFYQT DEQDFTSCFI ETFKQWMENQ DCDEPALYPC CSHWSFPY K QEIFELCIKR AIMELERSTG YHLDSKTPGP RFDINDTIRA VVLEFQSTYL FTLAYEKMHQ FYKEVDSWIS SELSSAPEG LSNGWFVSNL EFYDLQDSLS DGTLIAMGLS VAVAFSVMLL TTWNIIISLY AIISIAGTIF VTVGSLVLLG WELNVLESVT ISVAVGLSV DFAVHYGVAY RLAPDPDREG KVIFSLSRVG SAMAMAALTT FVAGAMMMPS TVLAYTQLGT FMMLIMCISW A FATFFFQC MCRCLGPQGT CGQIPLPKKL QCSAFSHALS TSPSDKGQSK THTINAYHLD PRGPKSELEH EFYELEPLAS HS CTAPEKT TYEETHICSE FFNSQAKNLG MPVHAAYNSE LSKSTESDAG SDYKDDDDK

UniProtKB: Protein dispatched homolog 1

-
分子 #2: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE

分子名称: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 5 / 式: Y01
分子量理論値: 486.726 Da
Chemical component information

ChemComp-Y01:
CHOLESTEROL HEMISUCCINATE

-
分子 #3: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 1 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度6 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
20.0 mMC8H18N2O4SHEPES
150.0 mMNaClsodium chloride
0.06 %C56H92O29digitonin
0.002 %C31H50O4Cholesteryl Hemisuccinate Tris Salt
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内温度: 293 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 62.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: DARK FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
最終 再構成使用したクラス数: 2 / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.53 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 400432
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: RELION

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る