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- EMDB-22121: Cryo-EM structure of V-ATPase from bovine brain, state 1 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-22121
タイトルCryo-EM structure of V-ATPase from bovine brain, state 1
マップデータStructure of V-ATPase from bovine brain, state 1
試料
  • 複合体: Cryo-EM structure of V-ATPase complex from bovine brain, state 1
    • タンパク質・ペプチド: x 16種
  • リガンド: x 5種
キーワードPROTON TRANSPORT
機能・相同性
機能・相同性情報


ROS and RNS production in phagocytes / Insulin receptor recycling / Transferrin endocytosis and recycling / Amino acids regulate mTORC1 / Ion channel transport / Metabolism of Angiotensinogen to Angiotensins / pH reduction / RHOA GTPase cycle / plasma membrane proton-transporting V-type ATPase complex / cellular response to increased oxygen levels ...ROS and RNS production in phagocytes / Insulin receptor recycling / Transferrin endocytosis and recycling / Amino acids regulate mTORC1 / Ion channel transport / Metabolism of Angiotensinogen to Angiotensins / pH reduction / RHOA GTPase cycle / plasma membrane proton-transporting V-type ATPase complex / cellular response to increased oxygen levels / synaptic vesicle lumen acidification / lysosomal lumen acidification / clathrin-coated vesicle membrane / vacuolar transport / endosomal lumen acidification / vacuolar proton-transporting V-type ATPase, V0 domain / vacuolar proton-transporting V-type ATPase, V1 domain / vacuolar proton-transporting V-type ATPase complex / proton-transporting V-type ATPase complex / cell projection organization / vacuolar acidification / protein localization to cilium / dendritic spine membrane / regulation of cellular pH / Neutrophil degranulation / ATPase activator activity / autophagosome membrane / positive regulation of Wnt signaling pathway / cilium assembly / endomembrane system / regulation of macroautophagy / ATP metabolic process / H+-transporting two-sector ATPase / transport vesicle / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / proton-transporting ATPase activity, rotational mechanism / RNA endonuclease activity / proton-transporting ATP synthase activity, rotational mechanism / receptor-mediated endocytosis / proton transmembrane transport / transmembrane transport / cilium / synaptic vesicle membrane / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / melanosome / signaling receptor activity / ATPase binding / postsynaptic membrane / intracellular iron ion homeostasis / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / lysosome / early endosome / endosome membrane / endosome / nuclear speck / apical plasma membrane / lysosomal membrane / axon / external side of plasma membrane / centrosome / endoplasmic reticulum membrane / perinuclear region of cytoplasm / Golgi apparatus / ATP hydrolysis activity / ATP binding / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
ATPase, V0 complex, subunit e1/e2, metazoa / V0 complex accessory subunit Ac45 / V-type proton ATPase subunit S1, luminal domain / V-type proton ATPase subunit S1, luminal domain / Renin receptor-like / Renin receptor-like protein / ATPase, V1 complex, subunit H / ATPase, V1 complex, subunit H, C-terminal / ATPase, V1 complex, subunit H, C-terminal domain superfamily / V-ATPase subunit H ...ATPase, V0 complex, subunit e1/e2, metazoa / V0 complex accessory subunit Ac45 / V-type proton ATPase subunit S1, luminal domain / V-type proton ATPase subunit S1, luminal domain / Renin receptor-like / Renin receptor-like protein / ATPase, V1 complex, subunit H / ATPase, V1 complex, subunit H, C-terminal / ATPase, V1 complex, subunit H, C-terminal domain superfamily / V-ATPase subunit H / V-ATPase subunit H / ATPase, V1 complex, subunit A / Ribonuclease kappa / V-type proton ATPase subunit S1/VOA1, transmembrane domain / V0 complex accessory subunit Ac45/VOA1 transmembrane domain / ATPase, V1 complex, subunit C / Vacuolar ATP synthase subunit C superfamily / V-ATPase subunit C / Vacuolar (H+)-ATPase G subunit / Vacuolar (H+)-ATPase G subunit / ATPase, V1 complex, subunit B / ATPase, V1 complex, subunit F, eukaryotic / ATPase, V0 complex, subunit e1/e2 / ATP synthase subunit H / ATPase, V0 complex, subunit d / V-ATPase proteolipid subunit C, eukaryotic / ATPase, V0 complex, subunit 116kDa, eukaryotic / ATPase, V0 complex, c/d subunit / V-type ATPase subunit C/d / V-type ATP synthase subunit c/d subunit superfamily / V-type ATP synthase c/d subunit, domain 3 superfamily / ATP synthase (C/AC39) subunit / V-ATPase proteolipid subunit / V-type ATPase, V0 complex, 116kDa subunit family / V-type ATPase 116kDa subunit family / V-type ATPase subunit E / V-type ATPase subunit E, C-terminal domain superfamily / ATP synthase (E/31 kDa) subunit / ATPase, V1 complex, subunit D / ATPase, V1 complex, subunit F / ATPase, V1 complex, subunit F superfamily / ATP synthase subunit D / ATP synthase (F/14-kDa) subunit / V-type ATP synthase regulatory subunit B/beta / V-type ATP synthase catalytic alpha chain / ATPsynthase alpha/beta subunit, N-terminal extension / ATPsynthase alpha/beta subunit N-term extension / V-ATPase proteolipid subunit C-like domain / F/V-ATP synthase subunit C superfamily / ATP synthase subunit C / ATPase, F1/V1 complex, beta/alpha subunit, C-terminal / C-terminal domain of V and A type ATP synthase / ATP synthase subunit alpha, N-terminal domain-like superfamily / ATPase, F1/V1/A1 complex, alpha/beta subunit, N-terminal domain superfamily / ATPase, F1/V1/A1 complex, alpha/beta subunit, N-terminal domain / ATP synthase alpha/beta family, beta-barrel domain / ATPase, alpha/beta subunit, nucleotide-binding domain, active site / ATP synthase alpha and beta subunits signature. / ATPase, F1/V1/A1 complex, alpha/beta subunit, nucleotide-binding domain / ATP synthase alpha/beta family, nucleotide-binding domain / Armadillo-like helical / Armadillo-type fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
V-type proton ATPase subunit D / V-type proton ATPase subunit a / V-type proton ATPase subunit H / V-type proton ATPase subunit E 1 / V-type proton ATPase subunit C 1 / V-type proton ATPase 16 kDa proteolipid subunit c / V-type proton ATPase catalytic subunit A / V-type proton ATPase subunit B, brain isoform / V-type proton ATPase subunit D / V-type proton ATPase subunit S1 ...V-type proton ATPase subunit D / V-type proton ATPase subunit a / V-type proton ATPase subunit H / V-type proton ATPase subunit E 1 / V-type proton ATPase subunit C 1 / V-type proton ATPase 16 kDa proteolipid subunit c / V-type proton ATPase catalytic subunit A / V-type proton ATPase subunit B, brain isoform / V-type proton ATPase subunit D / V-type proton ATPase subunit S1 / V-type proton ATPase subunit d 1 / Renin receptor / V-type proton ATPase subunit G 2 / V-type proton ATPase subunit F / V-type proton ATPase 116 kDa subunit a 1 / V-type proton ATPase subunit e 2 / V-type proton ATPase 21 kDa proteolipid subunit c'' / Ribonuclease kappa
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.37 Å
データ登録者Wang R / Li X
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Cryo-EM structures of intact V-ATPase from bovine brain.
著者: Rong Wang / Tao Long / Abdirahman Hassan / Jin Wang / Yingyuan Sun / Xiao-Song Xie / Xiaochun Li /
要旨: The vacuolar-type H-ATPases (V-ATPase) hydrolyze ATP to pump protons across the plasma or intracellular membrane, secreting acids to the lumen or acidifying intracellular compartments. It has been ...The vacuolar-type H-ATPases (V-ATPase) hydrolyze ATP to pump protons across the plasma or intracellular membrane, secreting acids to the lumen or acidifying intracellular compartments. It has been implicated in tumor metastasis, renal tubular acidosis, and osteoporosis. Here, we report two cryo-EM structures of the intact V-ATPase from bovine brain with all the subunits including the subunit H, which is essential for ATPase activity. Two type-I transmembrane proteins, Ac45 and (pro)renin receptor, along with subunit c", constitute the core of the c-ring. Three different conformations of A/B heterodimers suggest a mechanism for ATP hydrolysis that triggers a rotation of subunits DF, inducing spinning of subunit d with respect to the entire c-ring. Moreover, many lipid molecules have been observed in the Vo domain to mediate the interactions between subunit c, c", (pro)renin receptor, and Ac45. These two structures reveal unique features of mammalian V-ATPase and suggest a mechanism of V1-Vo torque transmission.
履歴
登録2020年6月7日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年8月19日-
マップ公開2020年8月19日-
更新2024年10月23日-
現状2024年10月23日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
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  • 原子モデル: PDB-6xbw
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_22121.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_22121.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 506 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Structure of V-ATPase from bovine brain, state 1
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸X (Sec.)Y (Row.)Z (Col.)
0.83 Å/pix.
x 510 pix.
= 424.83 Å		0.83 Å/pix.
x 510 pix.
= 424.83 Å		0.83 Å/pix.
x 510 pix.
= 424.83 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.833 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 4.0 / ムービー #1: 4.5
最小 - 最大-17.506342 - 31.87527
平均 (標準偏差)0.01497498 (±1.1287838)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderZYX
Origin000
サイズ510510510
Spacing510510510
セルA=B=C: 424.83002 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.8330.8330.833
M x/y/z510510510
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z424.830424.830424.830
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ510510510
MAP C/R/S321
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS510510510
D min/max/mean-17.50631.8750.015

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Cryo-EM structure of V-ATPase complex from bovine brain, state 1

全体名称: Cryo-EM structure of V-ATPase complex from bovine brain, state 1
要素
  • 複合体: Cryo-EM structure of V-ATPase complex from bovine brain, state 1
    • タンパク質・ペプチド: V-type proton ATPase catalytic subunit A
    • タンパク質・ペプチド: V-type proton ATPase subunit B, brain isoform
    • タンパク質・ペプチド: V-type proton ATPase subunit C 1
    • タンパク質・ペプチド: V-type proton ATPase subunit D
    • タンパク質・ペプチド: V-type proton ATPase subunit E 1
    • タンパク質・ペプチド: V-type proton ATPase subunit F
    • タンパク質・ペプチド: V-type proton ATPase subunit G
    • タンパク質・ペプチド: V-type proton ATPase subunit H
    • タンパク質・ペプチド: V-type proton ATPase subunit a
    • タンパク質・ペプチド: V-type proton ATPase 21 kDa proteolipid subunit
    • タンパク質・ペプチド: V-type proton ATPase subunit d 1
    • タンパク質・ペプチド: V-type proton ATPase subunit e 2
    • タンパク質・ペプチド: V-type proton ATPase subunit S1
    • タンパク質・ペプチド: Renin receptor
    • タンパク質・ペプチド: V-type proton ATPase 16 kDa proteolipid subunit
    • タンパク質・ペプチド: Ribonuclease kappa
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
  • リガンド: (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: OLEIC ACID

+
超分子 #1: Cryo-EM structure of V-ATPase complex from bovine brain, state 1

超分子名称: Cryo-EM structure of V-ATPase complex from bovine brain, state 1
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#16
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ)

+
分子 #1: V-type proton ATPase catalytic subunit A

分子名称: V-type proton ATPase catalytic subunit A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO / EC番号: H+-transporting two-sector ATPase
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ)
分子量理論値: 68.420914 KDa
配列文字列: MDFSKLPKIR DEDKESTFGY VHGVSGPVVT ACDMAGAAMY ELVRVGHSEL VGEIIRLEGD MATIQVYEET SGVSVGDPVL RTGKPLSVE LGPGIMGAIF DGIQRPLSDI SSQTQSIYIP RGVNVSALSR DVKWDFTPCK NLRVGSHITG GDIYGIVNEN S LIKHKIML ...文字列:
MDFSKLPKIR DEDKESTFGY VHGVSGPVVT ACDMAGAAMY ELVRVGHSEL VGEIIRLEGD MATIQVYEET SGVSVGDPVL RTGKPLSVE LGPGIMGAIF DGIQRPLSDI SSQTQSIYIP RGVNVSALSR DVKWDFTPCK NLRVGSHITG GDIYGIVNEN S LIKHKIML PPRNRGTVTY IAPPGNYDTS DVVLELEFEG IKEKFSMVQV WPVRQVRPVT EKLPANHPLL TGQRVLDALF PC VQGGTTA IPGAFGCGKT VISQSLSKYS NSDVIIYVGC GERGNEMSEV LRDFPELTME VDGKVESIMK RTALVANTSN MPV AAREAS IYTGITLSEY FRDMGYHVSM MADSTSRWAE ALREISGRLA EMPADSGYPA YLGARLASFY ERAGRVKCLG NPER EGSVS IVGAVSPPGG DFSDPVTSAT LGIVQVFWGL DKKLAQRKHF PSVNWLISYS KYMRALDEYY DKHFTEFVPL RTKAK EILQ EEEDLAEIVQ LVGKASLAET DKITLEVAKL IKDDFLQQNG YTPYDRFCPF YKTVGMLSNM IAFYDMARRA VETTAQ SDN KITWSIIREH MGEILYKLSS MKFKDPVKDG EAKIKADYAQ LLEDMQNAFR SLED

UniProtKB: V-type proton ATPase catalytic subunit A

+
分子 #2: V-type proton ATPase subunit B, brain isoform

分子名称: V-type proton ATPase subunit B, brain isoform / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ)
分子量理論値: 56.637555 KDa
配列文字列: MALRAMRGIV NGAAPELPVP TSGPLAGSRE QALAVSRNYL SQPRLTYKTV SGVNGPLVIL DHVKFPRYAE IVHLTLPDGT KRSGQVLEV SGSKAVVQVF EGTSGIDAKK TSCEFTGDIL RTPVSEDMLG RVFNGSGKPI DRGPVVLAED FLDIMGQPIN P QCRIYPEE ...文字列:
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UniProtKB: V-type proton ATPase subunit B, brain isoform

+
分子 #3: V-type proton ATPase subunit C 1

分子名称: V-type proton ATPase subunit C 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ)
分子量理論値: 44.042566 KDa
配列文字列: MTEFWLISAP GEKTCQQTWE KLHAATTKNN NLAVSSKFNI PDLKVGTLDV LVGLSDELAK LDAFVEGVVK KVAQYMADVL EDSKDKVQE NLLANGVDLV TYITRFQWDM AKYPIKQSLK NISEIIAKGV TQIDNDLKSR ASAYNNLKGN LQNLERKNAG S LLTRSLAE ...文字列:
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UniProtKB: V-type proton ATPase subunit C 1

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分子 #4: V-type proton ATPase subunit D

分子名称: V-type proton ATPase subunit D / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ)
分子量理論値: 28.297893 KDa
配列文字列: MSGKDRIEIF PSRMAQTIMK ARLKGAQTGR NLLKKKSDAL TLRFRQILKK IIETKMLMGE VMREAAFSLA EAKFTAGDFS TTVIQNVNK AQVKIRAKKD NVAGVTLPVF EHYHEGTDSY ELTGLARGGE QLAKLKRNYA KAVELLVELA SLQTSFVTLD E AIKITNRR ...文字列:
MSGKDRIEIF PSRMAQTIMK ARLKGAQTGR NLLKKKSDAL TLRFRQILKK IIETKMLMGE VMREAAFSLA EAKFTAGDFS TTVIQNVNK AQVKIRAKKD NVAGVTLPVF EHYHEGTDSY ELTGLARGGE QLAKLKRNYA KAVELLVELA SLQTSFVTLD E AIKITNRR VNAIEHVIIP RIERTLAYII TELDEREREE FYRLKKIQEK KKILKEKSDK DLEQRRAAGE VIEPANLLAE EK DEDLLFE

UniProtKB: V-type proton ATPase subunit D

+
分子 #5: V-type proton ATPase subunit E 1

分子名称: V-type proton ATPase subunit E 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ)
分子量理論値: 26.178371 KDa
配列文字列: MALSDADVQK QIKHMMAFIE QEANEKAEEI DAKAEEEFNI EKGRLVQTQR LKIMEYYEKK EKQIEQQKKI QMSNLMNQAR LKVLRARDD LITDLLNEAK QRLSKVVKDT TRYQVLLDGL VLQGLYQLLE PRMIVRCRKQ DFPLVKAAVQ KAIPVYKVAT K RDVDVQID ...文字列:
MALSDADVQK QIKHMMAFIE QEANEKAEEI DAKAEEEFNI EKGRLVQTQR LKIMEYYEKK EKQIEQQKKI QMSNLMNQAR LKVLRARDD LITDLLNEAK QRLSKVVKDT TRYQVLLDGL VLQGLYQLLE PRMIVRCRKQ DFPLVKAAVQ KAIPVYKVAT K RDVDVQID QEAYLPEEIA GGVEIYNGDR KIKVSNTLES RLDLIAQQMM PEVRGALFGA NANRKFLD

UniProtKB: V-type proton ATPase subunit E 1

+
分子 #6: V-type proton ATPase subunit F

分子名称: V-type proton ATPase subunit F / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ)
分子量理論値: 13.417275 KDa
配列文字列:
MAGRGKLIAV IGDEDTVTGF LLGGIGELNK NRHPNFLVVE KDTTINEIED TFRQFLNRDD IGIILINQYI AEMVRHALDA HQRSIPAVL EIPSKEHPYD AAKDSILRRA RGMFTAEDLR

UniProtKB: V-type proton ATPase subunit F

+
分子 #7: V-type proton ATPase subunit G

分子名称: V-type proton ATPase subunit G / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ)
分子量理論値: 13.588344 KDa
配列文字列:
MASQSQGIQQ LLQAEKRAAE KVADARKRKA RRLKQAKEEA QMEVDQYRRE REQEFQSKQQ AAMGSQGNLS AEVEQATRRQ VQGMQSSQQ RNRERVLAQL LGMVCDVRPQ VHPNYRIAA

UniProtKB: V-type proton ATPase subunit G 2

+
分子 #8: V-type proton ATPase subunit H

分子名称: V-type proton ATPase subunit H / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ)
分子量理論値: 54.155875 KDa
配列文字列: MTKMDIRGAV DAAVPTNIIA AKAAEVRANK VNWQSYLQGQ MISSEDCEFI QRFEMKRSPE EKQEMLQTEG SQCAKTFINL MTHISKEQT VQYILTLVDD TLQENHQRVS IFFDYAKRSK NTAWSYFLPM LNRQDLFTVH MAARIIAKLA AWGKELMEGS D LNYYFNWI ...文字列:
MTKMDIRGAV DAAVPTNIIA AKAAEVRANK VNWQSYLQGQ MISSEDCEFI QRFEMKRSPE EKQEMLQTEG SQCAKTFINL MTHISKEQT VQYILTLVDD TLQENHQRVS IFFDYAKRSK NTAWSYFLPM LNRQDLFTVH MAARIIAKLA AWGKELMEGS D LNYYFNWI KTQLSSQSSQ YVQCVAGCLQ LMLRVNEYRF AWVEADGVNC IMGVLSNKCG FQLQYQMIFS VWLLAFSPQM CE HLRRYNI IPVLSDILQE SVKEKVTRII LAAFRNFLEK SVERETRQEY ALAMIQCKVL KQLENLEQQK YDDEDISEDI KFL LEKLGE SVQDLSSFDE YSSELKSGRL EWSPVHKSEK FWRENAARLN EKNYELLKIL TKLLEVSDDP QVLAVAAHDV GEYV RHYPR GKRVIEQLGG KQLVMNHMHH EDQQVRYNAL LAVQKLMVHN WEYLGKQLQS EQPQTAAARS

UniProtKB: V-type proton ATPase subunit H

+
分子 #9: V-type proton ATPase subunit a

分子名称: V-type proton ATPase subunit a / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ)
分子量理論値: 96.431398 KDa
配列文字列: MGELFRSEEM TLAQLFLQSE AAYCCVSELG ELGKVQFRDL NPDVNVFQRK FVNEVRRCEE MDRKLRFVEK EIRKANIPIM DTGENPEVP FPRDMIDLEA NFEKIENELK EINTNQEALK RNFLELTELK FILRKTQQFF DEMADPDLLE ESSSLLEPSE M GRGTPLRL ...文字列:
MGELFRSEEM TLAQLFLQSE AAYCCVSELG ELGKVQFRDL NPDVNVFQRK FVNEVRRCEE MDRKLRFVEK EIRKANIPIM DTGENPEVP FPRDMIDLEA NFEKIENELK EINTNQEALK RNFLELTELK FILRKTQQFF DEMADPDLLE ESSSLLEPSE M GRGTPLRL GFVAGVINRE RIPTFERMLW RVCRGNVFLR QAEIENPLED PVTGDYVHKS VFIIFFQGDQ LKNRVKKICE GF RASLYPC PETPQERKEM ASGVNTRIDD LQMVLNQTED HRQRVLQAAA KNIRVWFIKV RKMKAIYHTL NLCNIDVTQK CLI AEVWCP VTDLDSIQFA LRRGTEHSGS TVPSILNRMQ TNQTPPTYNK TNKFTYGFQN IVDAYGIGTY REINPAPYTI ITFP FLFAV MFGDLGHGIL MTLFAVWMVL RESRILSQKN ENEMFSTIFS GRYIILLMGV FSIYTGLIYN DCFSKSLNIF GSSWS VRPM FDIYNWTEET LRGNPVLQLN PAVTGVFGGP YPFGIDPIWN IATNKLTFLN SFKMKMSVIL GIIHMLFGVS LSLFNH TYF KKPLNIYFGF IPEIIFMTSL FGYLVILIFY KWTAYNAKTS EKAPSLLIHF INMFLFSYGD SGNSMLYSGQ KGIQCFL VV VALLCVPWML LFKPLVLRRQ YLRRKHLGTL NFGGIRVGNG PTEEDAEIIQ HDQLSTHSED AEEPTEDEVF DFGDTMVH Q AIHTIEYCLG CISNTASYLR LWALSLAHAQ LSEVLWTMVI HIGLKVKSLA GGLALFFIFA AFATLTVAIL LIMEGLSAF LHALRLHWVE FQNKFYSGTG FKFLPFSFEH IREGKFDD

UniProtKB: V-type proton ATPase subunit a

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分子 #10: V-type proton ATPase 21 kDa proteolipid subunit

分子名称: V-type proton ATPase 21 kDa proteolipid subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ)
分子量理論値: 21.530426 KDa
配列文字列: MTGLVLLYSG VFVAFWACLL VVGICYTIFD LGFRFDVAWF LTETSPFMWS NLGIGLAISL SVVGAAWGIY ITGSSIIGGG VKAPRIKTK NLVSIIFCEA VAIYGIIMAI VISNMAEPFS ATDPKAIGHR NYHAGYSMFG AGLTVGLSNL FCGVCVGIVG S GAALADAQ ...文字列:
MTGLVLLYSG VFVAFWACLL VVGICYTIFD LGFRFDVAWF LTETSPFMWS NLGIGLAISL SVVGAAWGIY ITGSSIIGGG VKAPRIKTK NLVSIIFCEA VAIYGIIMAI VISNMAEPFS ATDPKAIGHR NYHAGYSMFG AGLTVGLSNL FCGVCVGIVG S GAALADAQ NPSLFVKILI VEIFGSAIGL FGVIVAILQT SRVKMGD

UniProtKB: V-type proton ATPase 21 kDa proteolipid subunit c''

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分子 #11: V-type proton ATPase subunit d 1

分子名称: V-type proton ATPase subunit d 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ)
分子量理論値: 40.369949 KDa
配列文字列: MSFFPELYFN VDNGYLEGLV RGLKAGVLSQ ADYLNLVQCE TLEDLKLHLQ STDYGNFLAN EASPLTVSVI DDRLKEKMVV EFRHMRNHA YEPLASFLDF ITYSYMIDNV ILLITGTLHQ RSIAELVPKC HPLGSFEQME AVNIAQTPAE LYNAILVDTP L AAFFQDCI ...文字列:
MSFFPELYFN VDNGYLEGLV RGLKAGVLSQ ADYLNLVQCE TLEDLKLHLQ STDYGNFLAN EASPLTVSVI DDRLKEKMVV EFRHMRNHA YEPLASFLDF ITYSYMIDNV ILLITGTLHQ RSIAELVPKC HPLGSFEQME AVNIAQTPAE LYNAILVDTP L AAFFQDCI SEQDLDEMNI EIIRNTLYKA YLESFYKFCT LLGGTTADAM CPILEFEADR RAFIITINSF GTELSKEDRA KL FPHCGRL YPEGLAQLAR ADDYEQVKNV ADYYPEYKLL FEGAGSNPGD KTLEDRFFEH EVKLNKLAFL NQFHFGVFYA FVK LKEQEC RNIVWIAECI AQRHRAKIDN YIPIF

UniProtKB: V-type proton ATPase subunit d 1

+
分子 #12: V-type proton ATPase subunit e 2

分子名称: V-type proton ATPase subunit e 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ)
分子量理論値: 9.188992 KDa
配列文字列:
MTAHSFALPV VIFTTFWGLI GIAGPWFVPK GPNRGVIITM LVATAVCCYL FWLIAILAQL NPLFGPQLKN ETIWYVRFLW E

UniProtKB: V-type proton ATPase subunit e 2

+
分子 #13: V-type proton ATPase subunit S1

分子名称: V-type proton ATPase subunit S1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ)
分子量理論値: 51.818754 KDa
配列文字列: MMAATAAAQV RAGTRWAPAL CRMPWLPLML VAAAAATSEQ QVPLVLWSSD RGLWAPAADT HEGHITSDMQ LSTYLDPALE LGPRNVLLF LQDKLSIEDF TAYGGVFGNK QDSAFSNLEN ALDLAPSSLV LPAVDWYAIS TLTTYLQEKL GASPLHVDLA T LQELKLNA ...文字列:
MMAATAAAQV RAGTRWAPAL CRMPWLPLML VAAAAATSEQ QVPLVLWSSD RGLWAPAADT HEGHITSDMQ LSTYLDPALE LGPRNVLLF LQDKLSIEDF TAYGGVFGNK QDSAFSNLEN ALDLAPSSLV LPAVDWYAIS TLTTYLQEKL GASPLHVDLA T LQELKLNA SIPALLLIRL PYTASSGLMA PKEVLMGNDE VIGQVLSTLK SEDIPYTAAL TAVRPSRVAR DVAMVTGGLG RQ LLQRTVV PPTMNVPVSY NDSYDTRILF WAQNFSVAYG EHWEDLTSRT FGVQDLNLTG SFWNDTVARL VLTYDSLFGT MVT FKFILA NSYYSVSARH WFTLENLEIH SNGSVAYFNA SQVTGPSIYS FHCEHVSSEN EDGNLLVPDT QPSLWQMTFR DFQI QAFNV TDKKFSYASD CAGFFSPGIW MGLLTSLFML FIFTYGLHMI LSLKTMDRFD DHKGPTITLT QIV

UniProtKB: V-type proton ATPase subunit S1

+
分子 #14: Renin receptor

分子名称: Renin receptor / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ)
分子量理論値: 39.529266 KDa
配列文字列: MAVLVVFLSF LVADVFGNEF SILRSPGSVV FRNGNWPIPG ERIPDVAALS MGFSVKEDLS WPGLAVGNLF HRPRATVMVM VKGVDKLAL PPGSVISYPL ENAVPFSLDS VANSIHSLFS EETPVVLQLA PSEERVYMVG KANSVFEDLS VTLRQLRNRL F QENSVLTS ...文字列:
MAVLVVFLSF LVADVFGNEF SILRSPGSVV FRNGNWPIPG ERIPDVAALS MGFSVKEDLS WPGLAVGNLF HRPRATVMVM VKGVDKLAL PPGSVISYPL ENAVPFSLDS VANSIHSLFS EETPVVLQLA PSEERVYMVG KANSVFEDLS VTLRQLRNRL F QENSVLTS LPLNSLSRNN EVDLLFLSEL QVLRDISSLL SRHKHLAKDH SPDLYSLELA GLDEIGKHYG EDSEQFRDAS KI LIDALQK FADDMYNLYG GNAVVELVTV RSFDTSLVRK TRNILETKQV KDPSTTYNLA YKYNFEYPVV FNLVLWIMIG LAL TLIVTC YNIWNMDPGY DSIIYRMTNQ KIRMD

UniProtKB: Renin receptor

+
分子 #15: V-type proton ATPase 16 kDa proteolipid subunit

分子名称: V-type proton ATPase 16 kDa proteolipid subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 9 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ)
分子量理論値: 15.727726 KDa
配列文字列:
MSEAKNGPEY ASFFAVMGAS AAMVFSALGA AYGTAKSGTG IAAMSVMRPE MIMKSIIPVV MAGIIAIYGL VVAVLIANSL NDGISLYRS FLQLGAGLSV GLSGLAAGFA IGIVGDAGVR GTAQQPRLFV GMILILIFAE VLGLYGLIVA LILSTK

UniProtKB: V-type proton ATPase 16 kDa proteolipid subunit c

+
分子 #16: Ribonuclease kappa

分子名称: Ribonuclease kappa / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ)
分子量理論値: 11.030029 KDa
配列文字列:
MASLLCCGPK LAACGIVLSA WGVIMLIMLG IFFNVHSAVL IEDVPFTEKD FENGPQNIYN LYEQVSYNCF IAASLYLLLG GFSFCQVRL NKRKEYMVR

UniProtKB: Ribonuclease kappa

+
分子 #17: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 17 / コピー数: 1 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

+
分子 #18: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE

分子名称: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 18 / コピー数: 1 / 式: ADP
分子量理論値: 427.201 Da
Chemical component information

ChemComp-ADP:
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / ADP, エネルギー貯蔵分子*YM

+
分子 #19: (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(tri...

分子名称: (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate
タイプ: ligand / ID: 19 / コピー数: 9 / 式: POV
分子量理論値: 760.076 Da
Chemical component information

ChemComp-POV:
(2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate / リン脂質*YM

+
分子 #20: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 20 / コピー数: 6 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

+
分子 #21: OLEIC ACID

分子名称: OLEIC ACID / タイプ: ligand / ID: 21 / コピー数: 1 / 式: OLA
分子量理論値: 282.461 Da
Chemical component information

ChemComp-OLA:
OLEIC ACID / オレイン酸

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.37 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 84345
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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