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- EMDB-22103: Cryo-EM reconstruction of HIV-1 Env BG505 SOSIP.664 in complex wi... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-22103
タイトルCryo-EM reconstruction of HIV-1 Env BG505 SOSIP.664 in complex with rabbit monoclonal antibody 11A fragment antigen binding
マップデータSharpened map
試料
  • 複合体: HIV-1 Env BG505 SOSIP.664 in complex with rabbit monoclonal antibody 11A fragment antigen binding
    • 複合体: HIV-1 Env BG505 SOSIP.664
      • タンパク質・ペプチド: BG505 HIV-1 Env gp120
      • タンパク質・ペプチド: BG505 HIV-1 Env gp41
    • 複合体: rabbit monoclonal antibody 11A fragment antigen
      • タンパク質・ペプチド: monoclonal antibody 11A fragment antigen binding heavy chain
      • タンパク質・ペプチド: monoclonal antibody 11A kappa chain
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードHIV-1 / Env / glycan hole / antibody / vaccine design / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane ...positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / identical protein binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Envelope glycoprotein Gp160 / Retroviral envelope protein / Retroviral envelope protein GP41-like / Gp120 core superfamily / Envelope glycoprotein GP120 / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120
類似検索 - ドメイン・相同性
Envelope glycoprotein gp160
類似検索 - 構成要素
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) / Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.65 Å
データ登録者Ozorowski G / Cottrell CA
資金援助 米国, 3件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)UM1AI100663 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)UM1 AI144462 米国
Bill & Melinda Gates FoundationOPP1115782 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Limited breadth of anti-HIV Env glycan hole antibodies is further hindered by strain-specific peptide interactions
著者: Ozorowski G / Cottrell CA / de Val N / Scaringi N / Polveroni TM / Ward AB
履歴
登録2020年6月2日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年12月8日-
マップ公開2021年12月8日-
更新2024年11月13日-
現状2024年11月13日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.5
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.5
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6x97
  • 表面レベル: 0.5
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_22103.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_22103.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 91.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Sharpened map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.31 Å/pix.
x 288 pix.
= 377.28 Å		1.31 Å/pix.
x 288 pix.
= 377.28 Å		1.31 Å/pix.
x 288 pix.
= 377.28 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.31 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.5 / ムービー #1: 0.5
最小 - 最大-2.3649087 - 3.2754421
平均 (標準偏差)0.0009777381 (±0.07013487)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ288288288
Spacing288288288
セルA=B=C: 377.27997 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.311.311.31
M x/y/z288288288
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z377.280377.280377.280
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS288288288
D min/max/mean-2.3653.2750.001

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_22103_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map 1

ファイルemd_22103_half_map_1.map
注釈Half map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map 2

ファイルemd_22103_half_map_2.map
注釈Half map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : HIV-1 Env BG505 SOSIP.664 in complex with rabbit monoclonal antib...

全体名称: HIV-1 Env BG505 SOSIP.664 in complex with rabbit monoclonal antibody 11A fragment antigen binding
要素
  • 複合体: HIV-1 Env BG505 SOSIP.664 in complex with rabbit monoclonal antibody 11A fragment antigen binding
    • 複合体: HIV-1 Env BG505 SOSIP.664
      • タンパク質・ペプチド: BG505 HIV-1 Env gp120
      • タンパク質・ペプチド: BG505 HIV-1 Env gp41
    • 複合体: rabbit monoclonal antibody 11A fragment antigen
      • タンパク質・ペプチド: monoclonal antibody 11A fragment antigen binding heavy chain
      • タンパク質・ペプチド: monoclonal antibody 11A kappa chain
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: HIV-1 Env BG505 SOSIP.664 in complex with rabbit monoclonal antib...

超分子名称: HIV-1 Env BG505 SOSIP.664 in complex with rabbit monoclonal antibody 11A fragment antigen binding
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4
分子量理論値: 570 KDa

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超分子 #2: HIV-1 Env BG505 SOSIP.664

超分子名称: HIV-1 Env BG505 SOSIP.664 / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)

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超分子 #3: rabbit monoclonal antibody 11A fragment antigen

超分子名称: rabbit monoclonal antibody 11A fragment antigen / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3-#4
詳細: Fab fragment generated by proteolytic cleavage of IgG antibody
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)

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分子 #1: BG505 HIV-1 Env gp120

分子名称: BG505 HIV-1 Env gp120 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
分子量理論値: 57.945977 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MDAMKRGLCC VLLLCGAVFV SPSQEIHARF RRGARAENLW VTVYYGVPVW KDAETTLFCA SDAKAYETEK HNVWATHACV PTDPNPQEI HLENVTEEFN MWKNNMVEQM HTDIISLWDQ SLKPCVKLTP LCVTLQCTNV TNNITDDMRG ELKNCSFNMT T ELRDKKQK ...文字列:
MDAMKRGLCC VLLLCGAVFV SPSQEIHARF RRGARAENLW VTVYYGVPVW KDAETTLFCA SDAKAYETEK HNVWATHACV PTDPNPQEI HLENVTEEFN MWKNNMVEQM HTDIISLWDQ SLKPCVKLTP LCVTLQCTNV TNNITDDMRG ELKNCSFNMT T ELRDKKQK VYSLFYRLDV VQINENQGNR SNNSNKEYRL INCNTSAITQ ACPKVSFEPI PIHYCAPAGF AILKCKDKKF NG TGPCPSV STVQCTHGIK PVVSTQLLLN GSLAEEEVMI RSENITNNAK NILVQFNTPV QINCTRPNNN TRKSIRIGPG QAF YATGDI IGDIRQAHCN VSKATWNETL GKVVKQLRKH FGNNTIIRFA NSSGGDLEVT THSFNCGGEF FYCNTSGLFN STWI SNTSV QGSNSTGSND SITLPCRIKQ IINMWQRIGQ AMYAPPIQGV IRCVSNITGL ILTRDGGSTN STTETFRPGG GDMRD NWRS ELYKYKVVKI EPLGVAPTRC KRRVVGRRRR RR

UniProtKB: Envelope glycoprotein gp160

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分子 #2: BG505 HIV-1 Env gp41

分子名称: BG505 HIV-1 Env gp41 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
分子量理論値: 17.146482 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
AVGIGAVFLG FLGAAGSTMG AASMTLTVQA RNLLSGIVQQ QSNLLRAPEA QQHLLKLTVW GIKQLQARVL AVERYLRDQQ LLGIWGCSG KLICCTNVPW NSSWSNRNLS EIWDNMTWLQ WDKEISNYTQ IIYGLLEESQ NQQEKNEQDL LALD

UniProtKB: Envelope glycoprotein gp160

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分子 #3: monoclonal antibody 11A fragment antigen binding heavy chain

分子名称: monoclonal antibody 11A fragment antigen binding heavy chain
タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
分子量理論値: 25.901426 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MYRMQLLSCI ALSLALVTNS QLVESGGGLV KPGTSLSLTC KASGFDFSDN YYICWVRQAP GKGLEWIGCI FTQNVRTYYA NWAKGRFTI SKTSSTTVTL QMTSLTVADT ATYFCARFSD TGPDYGLGNL WGPGSLVTVS SGQPKAPSVF PLAPCCGDTP S STVTLGCL ...文字列:
MYRMQLLSCI ALSLALVTNS QLVESGGGLV KPGTSLSLTC KASGFDFSDN YYICWVRQAP GKGLEWIGCI FTQNVRTYYA NWAKGRFTI SKTSSTTVTL QMTSLTVADT ATYFCARFSD TGPDYGLGNL WGPGSLVTVS SGQPKAPSVF PLAPCCGDTP S STVTLGCL VKGYLPEPVT VTWNSGTLTN GVRTFPSVRQ SSGLYSLSSV VSVTSSSQPV TCNVAHPATN TKVDKTVAPS TC SKPTC

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分子 #4: monoclonal antibody 11A kappa chain

分子名称: monoclonal antibody 11A kappa chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
分子量理論値: 24.987818 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MYRMQLLSCI ALSLALVTNS DIVMTQTPAS VEAAVGGTVT IKCQASQRIG SHVSWYQQKP GQRPKLLIYG ASNLESGVPS RFSGSGSGT QFTLTISDLE CADAATYYCQ ATYDPYTGGS YGAGFGGGTA VVVKGDPVAP SVLIFPPAAD QVATGTVTIV C VANKYFPD ...文字列:
MYRMQLLSCI ALSLALVTNS DIVMTQTPAS VEAAVGGTVT IKCQASQRIG SHVSWYQQKP GQRPKLLIYG ASNLESGVPS RFSGSGSGT QFTLTISDLE CADAATYYCQ ATYDPYTGGS YGAGFGGGTA VVVKGDPVAP SVLIFPPAAD QVATGTVTIV C VANKYFPD VTVTWEVDGT TQTTGIENSK TPQNSADCTY NLSSTLTLTS TQYNSHKEYT CKVTQGTTSV VQSFNRGDC

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分子 #7: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 27 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度4 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
構成要素:
濃度式名称
150.0 mMNaClsodium chloride
50.0 mMTris
0.06 mMn-Dodecyl beta-D-maltoside

詳細: Detergent (DDM) added shortly prior to freezing
グリッドモデル: C-flat-2/2 4C / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: HOMEMADE PLUNGER

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 実像数: 1644 / 平均露光時間: 10.0 sec. / 平均電子線量: 58.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 倍率（公称値）: 22500
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

4zmj

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C3 (3回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.65 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2) / 使用した粒子像数: 130017
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

5cez


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-6x97:
Cryo-EM model of HIV-1 Env BG505 SOSIP.664 in complex with rabbit monoclonal antibody 11A fragment antigen binding variable domain

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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