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万見
- EMDB-22098: Interleukin-10 signaling complex with IL-10RA and IL-10RB -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-22098
タイトルInterleukin-10 signaling complex with IL-10RA and IL-10RB
マップデータSharpened map of the hexameric Interleukin-10 signaling complex with IL-10RA and IL-10RB
試料
  • 複合体: Interleukin-10 signaling complex with IL-10RA and IL-10RB
    • 複合体: Interleukin-10, IL-10RA
      • タンパク質・ペプチド: Interleukin-10
      • タンパク質・ペプチド: Interleukin-10 receptor subunit alpha
    • 複合体: IL-10RB
      • タンパク質・ペプチド: Interleukin-10 receptor subunit beta
キーワードIL-10 / cytokine / receptor / IL-10RA / IL-10RB / signaling
機能・相同性
機能・相同性情報


interleukin-10 binding / negative regulation of chronic inflammatory response to antigenic stimulus / interleukin-10 receptor binding / regulation of response to wounding / negative regulation of cytokine activity / interleukin-10 receptor activity / interleukin-28 receptor complex / negative regulation of interleukin-18 production / negative regulation of myeloid dendritic cell activation / negative regulation of interferon-alpha production ...interleukin-10 binding / negative regulation of chronic inflammatory response to antigenic stimulus / interleukin-10 receptor binding / regulation of response to wounding / negative regulation of cytokine activity / interleukin-10 receptor activity / interleukin-28 receptor complex / negative regulation of interleukin-18 production / negative regulation of myeloid dendritic cell activation / negative regulation of interferon-alpha production / negative regulation of chemokine (C-C motif) ligand 5 production / positive regulation of B cell apoptotic process / ubiquitin-dependent endocytosis / : / chronic inflammatory response to antigenic stimulus / response to inactivity / positive regulation of cellular respiration / type III interferon-mediated signaling pathway / negative regulation of membrane protein ectodomain proteolysis / positive regulation of plasma cell differentiation / response to carbon monoxide / regulation of isotype switching / negative regulation of heterotypic cell-cell adhesion / interleukin-10-mediated signaling pathway / negative regulation of cytokine production involved in immune response / negative regulation of interleukin-1 production / negative regulation of MHC class II biosynthetic process / branching involved in labyrinthine layer morphogenesis / intestinal epithelial structure maintenance / negative regulation of nitric oxide biosynthetic process / negative regulation of interleukin-8 production / negative regulation of interleukin-12 production / endothelial cell apoptotic process / positive regulation of MHC class II biosynthetic process / positive regulation of macrophage activation / negative regulation of oxidative stress-induced neuron intrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of heterotypic cell-cell adhesion / leukocyte chemotaxis / type 2 immune response / Other interleukin signaling / CD163 mediating an anti-inflammatory response / negative regulation of cytokine production / Interleukin-20 family signaling / positive regulation of immunoglobulin production / cellular response to hepatocyte growth factor stimulus / negative regulation of B cell proliferation / regulation of synapse organization / defense response to protozoan / positive regulation of sprouting angiogenesis / Interleukin-10 signaling / negative regulation of vascular associated smooth muscle cell proliferation / hemopoiesis / negative regulation of interleukin-6 production / negative regulation of type II interferon production / B cell proliferation / negative regulation of mitotic cell cycle / negative regulation of tumor necrosis factor production / response to glucocorticoid / coreceptor activity / Nuclear events stimulated by ALK signaling in cancer / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell proliferation / positive regulation of cell cycle / negative regulation of T cell proliferation / positive regulation of endothelial cell proliferation / Gene and protein expression by JAK-STAT signaling after Interleukin-12 stimulation / negative regulation of autophagy / B cell differentiation / FCGR3A-mediated IL10 synthesis / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / liver regeneration / cytokine activity / positive regulation of cytokine production / response to activity / positive regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / response to insulin / growth factor activity / cellular response to estradiol stimulus / response to molecule of bacterial origin / cytokine-mediated signaling pathway / cellular response to virus / positive regulation of miRNA transcription / negative regulation of inflammatory response / Signaling by ALK fusions and activated point mutants / signaling receptor activity / regulation of gene expression / cellular response to lipopolysaccharide / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / defense response to virus / response to lipopolysaccharide / protein dimerization activity / defense response to bacterium / immune response / apical plasma membrane / inflammatory response / response to xenobiotic stimulus / negative regulation of cell population proliferation / negative regulation of apoptotic process / positive regulation of DNA-templated transcription / signal transduction / positive regulation of transcription by RNA polymerase II
類似検索 - 分子機能
Interleukin-10 / Interleukin-10 family / Interleukin 10 / Interleukin-10/19/20/22/24/26 family / Interleukin-10, conserved site / Interleukin-10 family signature. / Interferon/interleukin receptor domain / Interferon-alpha/beta receptor, fibronectin type III / : / Tissue factor ...Interleukin-10 / Interleukin-10 family / Interleukin 10 / Interleukin-10/19/20/22/24/26 family / Interleukin-10, conserved site / Interleukin-10 family signature. / Interferon/interleukin receptor domain / Interferon-alpha/beta receptor, fibronectin type III / : / Tissue factor / Four-helical cytokine-like, core / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Interleukin-10 / Interleukin-10 receptor subunit beta / Interleukin-10 receptor subunit alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Saxton RA / Tsutsumi N
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
Department of Energy (DOE, United States)DE-AC02-76SF00515 米国
引用ジャーナル: Science / 年: 2021
タイトル: Structure-based decoupling of the pro- and anti-inflammatory functions of interleukin-10.
著者: Robert A Saxton / Naotaka Tsutsumi / Leon L Su / Gita C Abhiraman / Kritika Mohan / Lukas T Henneberg / Nanda G Aduri / Cornelius Gati / K Christopher Garcia /
要旨: Interleukin-10 (IL-10) is an immunoregulatory cytokine with both anti-inflammatory and immunostimulatory properties and is frequently dysregulated in disease. We used a structure-based approach to ...Interleukin-10 (IL-10) is an immunoregulatory cytokine with both anti-inflammatory and immunostimulatory properties and is frequently dysregulated in disease. We used a structure-based approach to deconvolute IL-10 pleiotropy by determining the structure of the IL-10 receptor (IL-10R) complex by cryo-electron microscopy at a resolution of 3.5 angstroms. The hexameric structure shows how IL-10 and IL-10Rα form a composite surface to engage the shared signaling receptor IL-10Rβ, enabling the design of partial agonists. IL-10 variants with a range of IL-10Rβ binding strengths uncovered substantial differences in response thresholds across immune cell populations, providing a means of manipulating IL-10 cell type selectivity. Some variants displayed myeloid-biased activity by suppressing macrophage activation without stimulating inflammatory CD8 T cells, thereby uncoupling the major opposing functions of IL-10. These results provide a mechanistic blueprint for tuning the pleiotropic actions of IL-10.
履歴
登録2020年6月2日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年3月17日-
マップ公開2021年3月17日-
更新2024年10月16日-
現状2024年10月16日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.4
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.4
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6x93
  • 表面レベル: 0.4
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-6x93
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_22098.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_22098.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Sharpened map of the hexameric Interleukin-10 signaling complex with IL-10RA and IL-10RB
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.08 Å/pix.
x 256 pix.
= 275.968 Å		1.08 Å/pix.
x 256 pix.
= 275.968 Å		1.08 Å/pix.
x 256 pix.
= 275.968 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.078 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.4 / ムービー #1: 0.4
最小 - 最大-1.4334321 - 2.4508932
平均 (標準偏差)-0.00008663789 (±0.047957122)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 275.968 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.0781.0781.078
M x/y/z256256256
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z275.968275.968275.968
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS256256256
D min/max/mean-1.4332.451-0.000

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添付データ

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追加マップ: Unsharpened map of the hexameric Interleukin-10 signaling complex...

ファイルemd_22098_additional_1.map
注釈Unsharpened map of the hexameric Interleukin-10 signaling complex with IL-10RA and IL-10RB
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Interleukin-10 signaling complex with IL-10RA and IL-10RB

全体名称: Interleukin-10 signaling complex with IL-10RA and IL-10RB
要素
  • 複合体: Interleukin-10 signaling complex with IL-10RA and IL-10RB
    • 複合体: Interleukin-10, IL-10RA
      • タンパク質・ペプチド: Interleukin-10
      • タンパク質・ペプチド: Interleukin-10 receptor subunit alpha
    • 複合体: IL-10RB
      • タンパク質・ペプチド: Interleukin-10 receptor subunit beta

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超分子 #1: Interleukin-10 signaling complex with IL-10RA and IL-10RB

超分子名称: Interleukin-10 signaling complex with IL-10RA and IL-10RB
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
分子量理論値: 130 KDa

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超分子 #2: Interleukin-10, IL-10RA

超分子名称: Interleukin-10, IL-10RA / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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超分子 #3: IL-10RB

超分子名称: IL-10RB / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Interleukin-10

分子名称: Interleukin-10 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 18.778543 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
SPGQGTQSEN SCTHFPGYLP NMLRDLRDAF SRVKTFFQMK DQLDNLLLKE SLLEDFKGYL GCQALSEMIQ FYLEEVMPQA ENQDPDIKA HVQSLGENLK DLRLWLRRCH RFLPCENKSK AVEQVKNAFN KLQEKGIYKA MSEFDIFINY IEAYMTMKIR N

UniProtKB: Interleukin-10

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分子 #2: Interleukin-10 receptor subunit alpha

分子名称: Interleukin-10 receptor subunit alpha / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 24.422391 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: HGTELPSPPS VWFEAEFFHH ILHWTPIPNQ SESTCYEVAL LRYGIESWNS ISNCSQTLSY DLTAVTLDLY HSNGYRARVR AVDGSRHSN WTVTNTRFSV DEVTLTVGSV NLEIHNGFIL GKIQLPRPKM APANDTYESI FSHFREYEIA IRKVPGNFTF T HKKVKHEN ...文字列:
HGTELPSPPS VWFEAEFFHH ILHWTPIPNQ SESTCYEVAL LRYGIESWNS ISNCSQTLSY DLTAVTLDLY HSNGYRARVR AVDGSRHSN WTVTNTRFSV DEVTLTVGSV NLEIHNGFIL GKIQLPRPKM APANDTYESI FSHFREYEIA IRKVPGNFTF T HKKVKHEN FSLLTSGEVG EFCVQVKPSV ASRSNKGMWS KEECISLTRQ YFTVTN

UniProtKB: Interleukin-10 receptor subunit alpha

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分子 #3: Interleukin-10 receptor subunit beta

分子名称: Interleukin-10 receptor subunit beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 23.569334 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MVPPPENVRM NSVNFKNILQ WESPAFAKGQ LTFTAQYLSY RIFQDKCMQT TLTECDFSSL SKYGDHTLRV RAEFADEHSD WVQITFCPV DDTIIGPPGM QVEVLADSLH MRFLAPKIEN EYETWTMKNV YNSWTYNVQY WKNGTDEKFQ ITPQYDFEVL R NLEPWTTY ...文字列:
MVPPPENVRM NSVNFKNILQ WESPAFAKGQ LTFTAQYLSY RIFQDKCMQT TLTECDFSSL SKYGDHTLRV RAEFADEHSD WVQITFCPV DDTIIGPPGM QVEVLADSLH MRFLAPKIEN EYETWTMKNV YNSWTYNVQY WKNGTDEKFQ ITPQYDFEVL R NLEPWTTY CVQVRGFLPD RNKAGEWSEP VCEQTTHDET VPS

UniProtKB: Interleukin-10 receptor subunit beta

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度10 mg/mL
緩衝液pH: 7.2
構成要素:
濃度名称
10.0 mMHEPES
150.0 mMSodium chloride
0.001 % (w/v)GDN
0.0001 % (w/v)CHS
0.05 % (w/v)Digitonin
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 40 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 293 K / 装置: LEICA EM GP / 詳細: 5s blotting.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 9413 / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: -2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: -0.8 µm / 倍率（公称値）: 81000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 6701298
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: Initial model generation in cryoSPARC.
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 86725
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC

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原子モデル構築 1

初期モデル
PDB IDChain

1y6k

source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

3lqm

source_name: PDB, initial_model_type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-6x93:
Interleukin-10 signaling complex with IL-10RA and IL-10RB

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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