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- EMDB-22089: CryoEM structure of the Plasmodium berghei circumsporozoite prote... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-22089
タイトルCryoEM structure of the Plasmodium berghei circumsporozoite protein in complex with inhibitory mouse antibody 3D11.
マップデータCircumsporozoite protein in complex with inhibitory antibody 3D11.
試料
  • 複合体: Complex of Plasmodium berghei CSP protein and 3D11 Fab
    • 複合体: 3D11 Fab heavy chain, 3D11 Fab kappa chain
      • タンパク質・ペプチド: 3D11 Fab heavy chain
      • タンパク質・ペプチド: 3D11 Fab kappa chain
    • 複合体: Circumsporozoite protein
      • タンパク質・ペプチド: Circumsporozoite protein
機能・相同性Plasmodium circumsporozoite protein / Thrombospondin type 1 domain / Thrombospondin type-1 (TSP1) repeat superfamily / Thrombospondin type-1 (TSP1) repeat profile. / Thrombospondin type 1 repeats / Thrombospondin type-1 (TSP1) repeat / cell surface / Circumsporozoite protein / Circumsporozoite protein
機能・相同性情報
生物種Mus musculus (ハツカネズミ) / Plasmodiidae sp. (真核生物) / Plasmodium berghei (ネズミマラリア原虫)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Kucharska I / Thai E / Rubinstein J / Julien JP
資金援助 カナダ, 4件
OrganizationGrant number国
Other governmentCIFAR Azrieli Global Scholar program カナダ
Other governmentCanada Research Chair program カナダ
Other governmentOntario Early Researcher Award program カナダ
Other governmentCanadian Institutes of Health Research カナダ
引用ジャーナル: Elife / 年: 2020
タイトル: Structural ordering of the circumsporozoite protein repeats by inhibitory antibody 3D11.
著者: Iga Kucharska / Elaine Thai / Ananya Srivastava / John L Rubinstein / Régis Pomès / Jean-Philippe Julien /
要旨: Plasmodium sporozoites express circumsporozoite protein (CSP) on their surface, an essential protein that contains central repeating motifs. Antibodies targeting this region can neutralize infection, ...Plasmodium sporozoites express circumsporozoite protein (CSP) on their surface, an essential protein that contains central repeating motifs. Antibodies targeting this region can neutralize infection, and the partial efficacy of RTS,S/AS01 - the leading malaria vaccine against (Pf) - has been associated with the humoral response against the repeats. Although structural details of antibody recognition of PfCSP have recently emerged, the molecular basis of antibody-mediated inhibition of other Plasmodium species via CSP binding remains unclear. Here, we analyze the structure and molecular interactions of potent monoclonal antibody (mAb) 3D11 binding to CSP (PbCSP) using molecular dynamics simulations, X-ray crystallography, and cryoEM. We reveal that mAb 3D11 can accommodate all subtle variances of the PbCSP repeating motifs, and, upon binding, induces structural ordering of PbCSP through homotypic interactions. Together, our findings uncover common mechanisms of antibody evolution in mammals against the CSP repeats of Plasmodium sporozoites.
履歴
登録2020年6月1日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年12月2日-
マップ公開2020年12月2日-
更新2020年12月16日-
現状2020年12月16日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 3.7
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 3.7
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6x87
  • 表面レベル: 3.7
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-6x87
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_22089.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_22089.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Circumsporozoite protein in complex with inhibitory antibody 3D11.
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.06 Å
密度
表面レベル登録者による: 3.7 / ムービー #1: 3.7
最小 - 最大-31.469336 - 48.388416
平均 (標準偏差)-6.0986598e-12 (±1.0)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderZYX
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 339.19998 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.061.061.06
M x/y/z320320320
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z339.200339.200339.200
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ320320320
MAP C/R/S321
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS320320320
D min/max/mean-31.46948.388-0.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Complex of Plasmodium berghei CSP protein and 3D11 Fab

全体名称: Complex of Plasmodium berghei CSP protein and 3D11 Fab
要素
  • 複合体: Complex of Plasmodium berghei CSP protein and 3D11 Fab
    • 複合体: 3D11 Fab heavy chain, 3D11 Fab kappa chain
      • タンパク質・ペプチド: 3D11 Fab heavy chain
      • タンパク質・ペプチド: 3D11 Fab kappa chain
    • 複合体: Circumsporozoite protein
      • タンパク質・ペプチド: Circumsporozoite protein

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超分子 #1: Complex of Plasmodium berghei CSP protein and 3D11 Fab

超分子名称: Complex of Plasmodium berghei CSP protein and 3D11 Fab
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all

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超分子 #2: 3D11 Fab heavy chain, 3D11 Fab kappa chain

超分子名称: 3D11 Fab heavy chain, 3D11 Fab kappa chain / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)

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超分子 #3: Circumsporozoite protein

超分子名称: Circumsporozoite protein / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3
由来(天然)生物種: Plasmodiidae sp. (真核生物)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: 3D11 Fab heavy chain

分子名称: 3D11 Fab heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 7 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 22.830475 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: NSQAYLQQSG AELVRSGASV KMSCKASGYT FTSYNMHWVK QTPGQGLEWI GYIYPGNGVT NFNQKFKGKA TLTADTSSST AYMQISSLT SEDSAVYFCA SAAYWGQGTL VTVSSASTKG PSVFPLAPSS KSTSGGTAAL GCLVKDYFPE PVTVSWNSGA L TSGVHTFP ...文字列:
NSQAYLQQSG AELVRSGASV KMSCKASGYT FTSYNMHWVK QTPGQGLEWI GYIYPGNGVT NFNQKFKGKA TLTADTSSST AYMQISSLT SEDSAVYFCA SAAYWGQGTL VTVSSASTKG PSVFPLAPSS KSTSGGTAAL GCLVKDYFPE PVTVSWNSGA L TSGVHTFP AVLQSSGLYS LSSVVTVPSS SLGTQTYICN VNHKPSNTKV DKKVEPKSC

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分子 #2: 3D11 Fab kappa chain

分子名称: 3D11 Fab kappa chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 7 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 24.19102 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: NSDVVMTQTP LTLSVTIGQP ASISCKSSQS LLYSDGKTYL NWLLQRPGQS PKRLISLVSE LDSGVPDRFT GSGSGTDFTL KISRVEAED LGVYYCWQGT HFPRTFGGGT KLEIKRTVAA PSVFIFPPSD EQLKSGTASV VCLLNNFYPR EAKVQWKVDN A LQSGNSQE ...文字列:
NSDVVMTQTP LTLSVTIGQP ASISCKSSQS LLYSDGKTYL NWLLQRPGQS PKRLISLVSE LDSGVPDRFT GSGSGTDFTL KISRVEAED LGVYYCWQGT HFPRTFGGGT KLEIKRTVAA PSVFIFPPSD EQLKSGTASV VCLLNNFYPR EAKVQWKVDN A LQSGNSQE SVTEQDSKDS TYSLSSTLTL SKADYEKHKV YACEVTHQGL SSPVTKSFNR GEC

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分子 #3: Circumsporozoite protein

分子名称: Circumsporozoite protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Plasmodium berghei (ネズミマラリア原虫)
分子量理論値: 36.397008 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: EFATMGILPS PGMPALLSLV SLLSVLLMGC VAQQKSIQAQ RNLNELCYNE GNDNKLYHVL NSKNGKIYNR NTVNRLLADA PEGKKNEKK NEKIERNNKL KQPPPPPNPN DPPPPNPNDP PPPNPNDPPP PNPNDPPPPN ANDPPPPNAN DPAPPNANDP A PPNANDPA ...文字列:
EFATMGILPS PGMPALLSLV SLLSVLLMGC VAQQKSIQAQ RNLNELCYNE GNDNKLYHVL NSKNGKIYNR NTVNRLLADA PEGKKNEKK NEKIERNNKL KQPPPPPNPN DPPPPNPNDP PPPNPNDPPP PNPNDPPPPN ANDPPPPNAN DPAPPNANDP A PPNANDPA PPNANDPAPP NANDPPPPNP NDPAPPNAND PPPPNPNDPA PPQGNNNPQP QPRPQPQPQP QPQPQPQPQP QP RPQPQPQ PGGNNNNKNN NNDDSYIPSA EKILEFVKQI RDSITEEWSQ CQVTCGSGIR VRKRKGSNKK AEDLTLEDID TEI CKMDKC SPHHHHHH

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度3.0 mg/mL
緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度式名称
20.0 mM(HOCH2)2CNH2TRIS
150.0 mMNaClsodium chloride
0.02 %NaN3sodium azide
0.01 %C24H46O11n-dodecyl beta-D-maltoside
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK III

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 2080 / 平均電子線量: 42.7 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 669223
CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2)
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2) / 使用した粒子像数: 165747
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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