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万見
- EMDB-22079: EM Structure of Full-Length Androgen Receptor and DNA Complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-22079
タイトルEM Structure of Full-Length Androgen Receptor and DNA Complex
マップデータAR/ARE-DNA complex.
試料
  • 複合体: AR/ARE-DNA complex
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 13.0 Å
データ登録者Yu X / Yi P
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/Eunice Kennedy Shriver National Institute of Child Health & Human Development (NIH/NICHD)HD8818 米国
Welch FoundationQ-1967-20180324 米国
引用ジャーナル: Mol Cell / 年: 2020
タイトル: Structural Insights of Transcriptionally Active, Full-Length Androgen Receptor Coactivator Complexes.
著者: Xinzhe Yu / Ping Yi / Ross A Hamilton / Hong Shen / Muyuan Chen / Charles E Foulds / Michael A Mancini / Steven J Ludtke / Zhao Wang / Bert W O'Malley /
要旨: Steroid receptors activate gene transcription by recruiting coactivators to initiate transcription of their target genes. For most nuclear receptors, the ligand-dependent activation function domain-2 ...Steroid receptors activate gene transcription by recruiting coactivators to initiate transcription of their target genes. For most nuclear receptors, the ligand-dependent activation function domain-2 (AF-2) is a primary contributor to the nuclear receptor (NR) transcriptional activity. In contrast to other steroid receptors, such as ERα, the activation function of androgen receptor (AR) is largely dependent on its ligand-independent AF-1 located in its N-terminal domain (NTD). It remains unclear why AR utilizes a different AF domain from other receptors despite that NRs share similar domain organizations. Here, we present cryoelectron microscopy (cryo-EM) structures of DNA-bound full-length AR and its complex structure with key coactivators, SRC-3 and p300. AR dimerization follows a unique head-to-head and tail-to-tail manner. Unlike ERα, AR directly contacts a single SRC-3 and p300. The AR NTD is the primary site for coactivator recruitment. The structures provide a basis for understanding assembly of the AR:coactivator complex and its domain contributions for coactivator assembly and transcriptional regulation.
履歴
登録2020年5月29日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年7月15日-
マップ公開2020年7月15日-
更新2020年9月16日-
現状2020年9月16日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.01
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.01
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_22079.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_22079.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 30.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈AR/ARE-DNA complex.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.39 Å/pix.
x 200 pix.
= 278. Å		1.39 Å/pix.
x 200 pix.
= 278. Å		1.39 Å/pix.
x 200 pix.
= 278. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.39 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.01 / ムービー #1: 0.01
最小 - 最大-0.011522781 - 0.046787523
平均 (標準偏差)0.0011290691 (±0.0041212)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ200200200
Spacing200200200
セルA=B=C: 278.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.391.391.39
M x/y/z200200200
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z278.000278.000278.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS200200200
D min/max/mean-0.0120.0470.001

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添付データ

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追加マップ: AR/ARE-DNA complex with one AR-Ab2 antibody binding. AR-Ab2...

ファイルemd_22079_additional_1.map
注釈AR/ARE-DNA complex with one AR-Ab2 antibody binding. AR-Ab2 recognizes the region adjacent to the FXXLF motif (residues 23-27).
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: AR/ARE-DNA complex with two AR-Ab1 antibodies binding. AR-Ab1...

ファイルemd_22079_additional_2.map
注釈AR/ARE-DNA complex with two AR-Ab1 antibodies binding. AR-Ab1 recognizes AR NTD (residues 98-503). One Ab1 density is much stronger than the other one.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : AR/ARE-DNA complex

全体名称: AR/ARE-DNA complex
要素
  • 複合体: AR/ARE-DNA complex

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超分子 #1: AR/ARE-DNA complex

超分子名称: AR/ARE-DNA complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 詳細: Androgen Receptor and DNA complex
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Insect cell expression vector pTIE1 (その他)
分子量実験値: 370 KDa

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.01 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 85 % / チャンバー内温度: 291 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / 実像数: 1958 / 平均露光時間: 10.0 sec. / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 223299
CTF補正ソフトウェア: (名称: EMAN2 (ver. 2.3), RELION (ver. 3.0))
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 13.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0) / 使用した粒子像数: 30598
初期 角度割当タイプ: COMMON LINE
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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