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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-22042 | |||||||||
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タイトル | MCU-EMRE complex of a metazoan mitochondrial calcium uniporter | |||||||||
![]() | sharpened map | |||||||||
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機能・相同性 | ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Long SB / Wang C | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structure and Reconstitution of an MCU-EMRE Mitochondrial Ca Uniporter Complex. 著者: Chongyuan Wang / Rozbeh Baradaran / Stephen Barstow Long / ![]() 要旨: The proteins MCU and EMRE form the minimal functional unit of the mitochondrial calcium uniporter complex in metazoans, a highly selective and tightly controlled Ca channel of the inner mitochondrial ...The proteins MCU and EMRE form the minimal functional unit of the mitochondrial calcium uniporter complex in metazoans, a highly selective and tightly controlled Ca channel of the inner mitochondrial membrane that regulates cellular metabolism. Here we present functional reconstitution of an MCU-EMRE complex from the red flour beetle, Tribolium castaneum, and a cryo-EM structure of the complex at 3.5 Å resolution. Using a novel assay, we demonstrate robust Ca uptake into proteoliposomes containing the purified complex. Uptake is dependent on EMRE and also on the mitochondrial lipid cardiolipin. The structure reveals a tetrameric channel with a single ion pore. EMRE is located at the periphery of the transmembrane domain and associates primarily with the first transmembrane helix of MCU. Coiled-coil and juxtamembrane domains within the matrix portion of the complex adopt markedly different conformations than in a structure of a human MCU-EMRE complex, suggesting that the structures represent different conformations of these functionally similar metazoan channels. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 1.5 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 16.9 KB 16.9 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 113 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 6.1 KB | ||
その他 | ![]() | 95.4 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | sharpened map | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.088 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-追加マップ: unsharpened map
ファイル | emd_22042_additional.map | ||||||||||||
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注釈 | unsharpened map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : Mitochondrial Calcium Uniporter (MCU) in complex with EMRE. Embed...
全体 | 名称: Mitochondrial Calcium Uniporter (MCU) in complex with EMRE. Embedded in lipid nanodiscs containing cardiolipin. |
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要素 |
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-超分子 #1: Mitochondrial Calcium Uniporter (MCU) in complex with EMRE. Embed...
超分子 | 名称: Mitochondrial Calcium Uniporter (MCU) in complex with EMRE. Embedded in lipid nanodiscs containing cardiolipin. タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() ![]() |
-分子 #1: Calcium uniporter protein,Protein EMRE homolog, mitochondrial-lik...
分子 | 名称: Calcium uniporter protein,Protein EMRE homolog, mitochondrial-like Protein fusion タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 8 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 27.530723 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: GPTAAALERL TTEEVQGLSD VKTLVNQLYE ALNVREHQLQ KEVELTTQLE TLQQELLPLE EKKLELEQVA NRRSNWMAWA GLGLMSVQF GILARLTWWE YSWDIMEPVT YFVTYGTAMA AYAYFVLTRE EYILNDVRDR QQLLLLHKKA KKTGFDVNQY N VLKDQIAK ...文字列: GPTAAALERL TTEEVQGLSD VKTLVNQLYE ALNVREHQLQ KEVELTTQLE TLQQELLPLE EKKLELEQVA NRRSNWMAWA GLGLMSVQF GILARLTWWE YSWDIMEPVT YFVTYGTAMA AYAYFVLTRE EYILNDVRDR QQLLLLHKKA KKTGFDVNQY N VLKDQIAK LELDLKRLRD PLKLRLPPKA AASGSGSGEN LYFQGSGGLL PEPHRTSFGI IRLILTVVPG LLIGAAISKN IA NFL UniProtKB: Calcium uniporter protein, Essential MCU regulator, mitochondrial |
-分子 #2: CALCIUM ION
分子 | 名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 1 / 式: CA |
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分子量 | 理論値: 40.078 Da |
-実験情報
-構造解析
手法 | ![]() |
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![]() | ![]() |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 5 mg/mL | ||||||||||||
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緩衝液 | pH: 7.5 構成要素:
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グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY ARRAY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 10 sec. / 前処理 - 雰囲気: OTHER | ||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 298 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: 2 second blot, blot force of 0. | ||||||||||||
詳細 | Monodisperse sample |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD![]() |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: SUPER-RESOLUTION / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-40 / 撮影したグリッド数: 3 / 実像数: 8143 / 平均露光時間: 0.25 sec. / 平均電子線量: 1.9 e/Å2 |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
粒子像選択 | 選択した数: 4460801 |
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初期モデル | モデルのタイプ: INSILICO MODEL In silico モデル: Ab-initio model created using CryoSPARC v2.12 |
初期 角度割当 | タイプ: RANDOM ASSIGNMENT ソフトウェア: (名称: cryoSPARC (ver. v2.12.4), RELION (ver. 3.0)) |
最終 3次元分類 | クラス数: 1 / 平均メンバー数/クラス: 52493 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. v2.12.4) |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0) |
最終 再構成 | 使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称![]() |
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL / 温度因子: 127 / 当てはまり具合の基準: Correlation coefficient |
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得られたモデル | ![]() PDB-6x4s: |