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- EMDB-22023: hEAAT3-IFS-in250mM-KCl -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-22023
タイトルhEAAT3-IFS-in250mM-KCl
マップデータhEAAT3 inward-facing in 250mM KCl
試料
  • 複合体: inward facing hEAAT3 trimer in 250mM KCl
    • 複合体: inward facing hEAAT3 trimer in 250mM KCl
      • タンパク質・ペプチド: human Excitatory amino acid transporter 3
キーワードinward-facing hEAAT3 in 250mM KCl / TRANSPORT PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


D-aspartate transmembrane transport / regulation of protein targeting to membrane / D-aspartate transmembrane transporter activity / Defective SLC1A1 is implicated in schizophrenia 18 (SCZD18) and dicarboxylic aminoaciduria (DCBXA) / distal dendrite / response to anesthetic / cysteine transmembrane transporter activity / cysteine transport / high-affinity L-glutamate transmembrane transporter activity / glutamate:sodium symporter activity ...D-aspartate transmembrane transport / regulation of protein targeting to membrane / D-aspartate transmembrane transporter activity / Defective SLC1A1 is implicated in schizophrenia 18 (SCZD18) and dicarboxylic aminoaciduria (DCBXA) / distal dendrite / response to anesthetic / cysteine transmembrane transporter activity / cysteine transport / high-affinity L-glutamate transmembrane transporter activity / glutamate:sodium symporter activity / L-glutamate import / neurotransmitter receptor transport to plasma membrane / response to decreased oxygen levels / cellular response to mercury ion / Transport of inorganic cations/anions and amino acids/oligopeptides / retina layer formation / L-glutamate transmembrane transport / L-glutamate transmembrane transporter activity / zinc ion transmembrane transport / cellular response to bisphenol A / L-aspartate transmembrane transport / glutathione biosynthetic process / cellular response to ammonium ion / D-aspartate import across plasma membrane / righting reflex / apical dendrite / monoatomic anion channel activity / L-aspartate transmembrane transporter activity / L-aspartate import across plasma membrane / grooming behavior / intracellular glutamate homeostasis / Glutamate Neurotransmitter Release Cycle / proximal dendrite / L-glutamate import across plasma membrane / transepithelial transport / conditioned place preference / intracellular zinc ion homeostasis / cellular response to cocaine / blood vessel morphogenesis / motor behavior / neurotransmitter transport / response to morphine / motor neuron apoptotic process / chloride transmembrane transporter activity / glutamate binding / glutamate receptor signaling pathway / G protein-coupled dopamine receptor signaling pathway / positive regulation of heart rate / postsynaptic modulation of chemical synaptic transmission / maintenance of blood-brain barrier / superoxide metabolic process / heart contraction / adult behavior / perisynaptic space / dopamine metabolic process / cellular response to organic cyclic compound / glial cell projection / behavioral fear response / asymmetric synapse / transport across blood-brain barrier / response to axon injury / synaptic cleft / monoatomic ion transport / axon terminus / chloride transmembrane transport / response to amphetamine / neurogenesis / dendritic shaft / cell periphery / long-term synaptic potentiation / locomotory behavior / brain development / synapse organization / regulation of protein phosphorylation / Schaffer collateral - CA1 synapse / cytokine-mediated signaling pathway / memory / recycling endosome membrane / late endosome membrane / presynapse / cellular response to oxidative stress / gene expression / early endosome membrane / chemical synaptic transmission / perikaryon / negative regulation of neuron apoptotic process / dendritic spine / response to xenobiotic stimulus / membrane raft / apical plasma membrane / axon / neuronal cell body / dendrite / cell surface / endoplasmic reticulum / extracellular exosome / identical protein binding / membrane / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Sodium:dicarboxylate symporter family signature 2. / Sodium:dicarboxylate symporter / Sodium:dicarboxylate symporter, conserved site / Sodium:dicarboxylate symporter superfamily / Sodium:dicarboxylate symporter family / Sodium:dicarboxylate symporter family signature 1.
類似検索 - ドメイン・相同性
Excitatory amino acid transporter 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.85 Å
データ登録者Qiu B / Matthies D / Boudker O
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of Neurological Disorders and Stroke (NIH/NINDS)R01NS064357 米国
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2021
タイトル: Cryo-EM structures of excitatory amino acid transporter 3 visualize coupled substrate, sodium, and proton binding and transport.
著者: Biao Qiu / Doreen Matthies / Eva Fortea / Zhiheng Yu / Olga Boudker /
要旨: Human excitatory amino acid transporter 3 (hEAAT3) mediates glutamate uptake in neurons, intestine, and kidney. Here, we report cryo-EM structures of hEAAT3 in several functional states where the ...Human excitatory amino acid transporter 3 (hEAAT3) mediates glutamate uptake in neurons, intestine, and kidney. Here, we report cryo-EM structures of hEAAT3 in several functional states where the transporter is empty, bound to coupled sodium ions only, or fully loaded with three sodium ions, a proton, and the substrate aspartate. The structures suggest that hEAAT3 operates by an elevator mechanism involving three functionally independent subunits. When the substrate-binding site is near the cytoplasm, it has a remarkably low affinity for the substrate, perhaps facilitating its release and allowing the rapid transport turnover. The mechanism of the coupled uptake of the sodium ions and the substrate is conserved across evolutionarily distant families and is augmented by coupling to protons in EAATs. The structures further suggest a mechanism by which a conserved glutamate residue mediates proton symport.
履歴
登録2020年5月21日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年4月28日-
マップ公開2021年4月28日-
更新2023年8月30日-
現状2023年8月30日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.021
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.021
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_22023.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_22023.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 91.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈hEAAT3 inward-facing in 250mM KCl
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 288 pix.
= 239.616 Å		0.83 Å/pix.
x 288 pix.
= 239.616 Å		0.83 Å/pix.
x 288 pix.
= 239.616 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.832 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.019 / ムービー #1: 0.021
最小 - 最大-0.098668754 - 0.15530656
平均 (標準偏差)0.0000069293487 (±0.004183226)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ288288288
Spacing288288288
セルA=B=C: 239.616 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.8320.8320.832
M x/y/z288288288
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z239.616239.616239.616
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ300300300
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS288288288
D min/max/mean-0.0990.1550.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : inward facing hEAAT3 trimer in 250mM KCl

全体名称: inward facing hEAAT3 trimer in 250mM KCl
要素
  • 複合体: inward facing hEAAT3 trimer in 250mM KCl
    • 複合体: inward facing hEAAT3 trimer in 250mM KCl
      • タンパク質・ペプチド: human Excitatory amino acid transporter 3

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超分子 #1: inward facing hEAAT3 trimer in 250mM KCl

超分子名称: inward facing hEAAT3 trimer in 250mM KCl / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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超分子 #2: inward facing hEAAT3 trimer in 250mM KCl

超分子名称: inward facing hEAAT3 trimer in 250mM KCl / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: human Excitatory amino acid transporter 3

分子名称: human Excitatory amino acid transporter 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1
詳細: The Glycine and Proline at the N terminal are the residues left after PreScission Protease treatment
光学異性体: LEVO
配列文字列: GPMGKPARKG CEWKRFLKNN WVLLSTVAAV VLGITTGVLV REHSNLSTLE KFYFAFPGEI LMRMLKLIIL PL IISSMIT GVAALDSNVS GKIGLRAVVY YFCTTLIAVI LGIVLVVSIK PGVTQKVGEI ARTGSTPEVS TVD AMLDLI RNMFPENLVQ ACFQQYKTKR ...文字列:
GPMGKPARKG CEWKRFLKNN WVLLSTVAAV VLGITTGVLV REHSNLSTLE KFYFAFPGEI LMRMLKLIIL PL IISSMIT GVAALDSNVS GKIGLRAVVY YFCTTLIAVI LGIVLVVSIK PGVTQKVGEI ARTGSTPEVS TVD AMLDLI RNMFPENLVQ ACFQQYKTKR EEVKPPSDPE MNMTEESFTA VMTTAISKNK TKEYKIVGMY SDGI NVLGL IVFCLVFGLV IGKMGEKGQI LVDFFNALSD ATMKIVQIIM CYMPLGILFL IAGKIIEVED WEIFR KLGL YMATVLTGLA IHSIVILPLI YFIVVRKNPF RFAMGMAQAL LTALMISSSS ATLPVTFRCA EENNQV DKR ITRFVLPVGA TINMDGTALY EAVAAVFIAQ LNDLDLGIGQ IITISITATS ASIGAAGVPQ AGLVTMV IV LSAVGLPAED VTLIIAVDWL LDRFRTMVNV LGDAFGTGIV EKLSKKELEQ MDVSSEVNIV NPFALEST I LDNEDSDTKK SYVNGGFAVD KSDTISFTQT SQF

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度6 mg/mL
緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度式名称
20.0 mMC4H11NO3Tris
250.0 mMKClpotassium chloride
1.0 mMC9H15O6PTCEP
0.086 mMC56H92O25Digitonin glyco diosgenin
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: blot 3s.
詳細This sample was mono disperse

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm / 倍率（公称値）: 105000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 1769994
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成使用したクラス数: 2 / 想定した対称性 - 点群: C3 (3回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.85 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 668093
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
最終 3次元分類クラス数: 8 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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