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万見
- EMDB-2199: Architecture of human translation initiation factor 3 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-2199
タイトルArchitecture of human translation initiation factor 3
マップデータreconstruction using maximum-likelihood
試料
  • 試料: PCI MPN core of the human eukaryotic translation initiation factor eIF3 bound to the IIIabc domain of Hepatitis C IRES
  • タンパク質・ペプチド: eIF3 a
  • タンパク質・ペプチド: eIF3 c
  • タンパク質・ペプチド: eIF3 e
  • タンパク質・ペプチド: eIF3 f
  • タンパク質・ペプチド: eIF3 h
  • タンパク質・ペプチド: eIF3 k
  • タンパク質・ペプチド: eIF3 l
  • タンパク質・ペプチド: eIF3 m
  • RNA: IIIabc
キーワードtranslation initiation / eukaryotic initiation factor 3 / ribosome / proteasome / PCI-MPN domains
生物種Homo sapiens (ヒト) / Hepatitis C virus (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 20.0 Å
データ登録者Querol-Audi J / Sun C / Mortimer S / Arias-Palomo E / Vogan J / Doudna J / Nogales E / Cate J
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2013
タイトル: Two RNA-binding motifs in eIF3 direct HCV IRES-dependent translation.
著者: Chaomin Sun / Jordi Querol-Audí / Stefanie A Mortimer / Ernesto Arias-Palomo / Jennifer A Doudna / Eva Nogales / Jamie H D Cate /
要旨: The initiation of protein synthesis plays an essential regulatory role in human biology. At the center of the initiation pathway, the 13-subunit eukaryotic translation initiation factor 3 (eIF3) ...The initiation of protein synthesis plays an essential regulatory role in human biology. At the center of the initiation pathway, the 13-subunit eukaryotic translation initiation factor 3 (eIF3) controls access of other initiation factors and mRNA to the ribosome by unknown mechanisms. Using electron microscopy (EM), bioinformatics and biochemical experiments, we identify two highly conserved RNA-binding motifs in eIF3 that direct translation initiation from the hepatitis C virus internal ribosome entry site (HCV IRES) RNA. Mutations in the RNA-binding motif of subunit eIF3a weaken eIF3 binding to the HCV IRES and the 40S ribosomal subunit, thereby suppressing eIF2-dependent recognition of the start codon. Mutations in the eIF3c RNA-binding motif also reduce 40S ribosomal subunit binding to eIF3, and inhibit eIF5B-dependent steps downstream of start codon recognition. These results provide the first connection between the structure of the central translation initiation factor eIF3 and recognition of the HCV genomic RNA start codon, molecular interactions that likely extend to the human transcriptome.
履歴
登録2012年9月12日-
ヘッダ(付随情報) 公開2012年9月19日-
マップ公開2013年5月8日-
更新2013年9月4日-
現状2013年9月4日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.022
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.022
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

2199_emd_219...

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_2199.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈reconstruction using maximum-likelihood
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
4.67 Å/pix.
x 72 pix.
= 336.24 Å		4.67 Å/pix.
x 72 pix.
= 336.24 Å		4.67 Å/pix.
x 72 pix.
= 336.24 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 4.67 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.022 / ムービー #1: 0.022
最小 - 最大-0.06941439 - 0.12644935
平均 (標準偏差)0.0003444 (±0.00859947)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-36-36-36
サイズ727272
Spacing727272
セルA=B=C: 336.24 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z4.674.674.67
M x/y/z727272
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z336.240336.240336.240
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-184-184-183
NX/NY/NZ368368368
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-36-36-36
NC/NR/NS727272
D min/max/mean-0.0690.1260.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : PCI MPN core of the human eukaryotic translation initiation facto...

全体名称: PCI MPN core of the human eukaryotic translation initiation factor eIF3 bound to the IIIabc domain of Hepatitis C IRES
要素
  • 試料: PCI MPN core of the human eukaryotic translation initiation factor eIF3 bound to the IIIabc domain of Hepatitis C IRES
  • タンパク質・ペプチド: eIF3 a
  • タンパク質・ペプチド: eIF3 c
  • タンパク質・ペプチド: eIF3 e
  • タンパク質・ペプチド: eIF3 f
  • タンパク質・ペプチド: eIF3 h
  • タンパク質・ペプチド: eIF3 k
  • タンパク質・ペプチド: eIF3 l
  • タンパク質・ペプチド: eIF3 m
  • RNA: IIIabc

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超分子 #1000: PCI MPN core of the human eukaryotic translation initiation facto...

超分子名称: PCI MPN core of the human eukaryotic translation initiation factor eIF3 bound to the IIIabc domain of Hepatitis C IRES
タイプ: sample / ID: 1000 / 詳細: The sample was monodisperse
集合状態: Subcomplex containing 8 core subunits plus IIIabc
Number unique components: 9
分子量理論値: 400 KDa

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分子 #1: eIF3 a

分子名称: eIF3 a / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 詳細: truncated version, contains residues 5-654 / 集合状態: Monomer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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分子 #2: eIF3 c

分子名称: eIF3 c / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 詳細: truncated version, contains residues 302-913 / 集合状態: Monomer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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分子 #3: eIF3 e

分子名称: eIF3 e / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 集合状態: Monomer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)

+
分子 #4: eIF3 f

分子名称: eIF3 f / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / 集合状態: Monomer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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分子 #5: eIF3 h

分子名称: eIF3 h / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / 集合状態: Monomer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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分子 #6: eIF3 k

分子名称: eIF3 k / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / 集合状態: Monomer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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分子 #7: eIF3 l

分子名称: eIF3 l / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / 集合状態: Monomer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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分子 #8: eIF3 m

分子名称: eIF3 m / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / 集合状態: Monomer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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分子 #9: IIIabc

分子名称: IIIabc / タイプ: rna / ID: 9 / 分類: OTHER / Structure: OTHER / Synthetic?: Yes
由来(天然)生物種: Hepatitis C virus (ウイルス)

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法, クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.2 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
詳細: 20mM Hepes, 75mM KCl, 0.5mM EDTA, 1mM DTT, 2mM MgCl2, 3% trehalose
染色タイプ: NEGATIVE / 詳細: vitrified
グリッド詳細: C-flat plasma cleaned with Solarus
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK II

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F20
日付2011年8月11日
撮影平均電子線量: 20 e/Å2
電子線加速電圧: 120 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.4 µm / 倍率（公称値）: 100000
試料ステージ試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細automatic particle selection with template correlator
CTF補正詳細: each image
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 20.0 Å / ソフトウェア - 名称: ML3D / 使用した粒子像数: 15921

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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