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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-21698 | ||||||||||||
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タイトル | SD-like state of human 26S proteasome in complex with non-cleavable M1-linked hexaubiquitin | ||||||||||||
マップデータ | |||||||||||||
試料 |
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生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.96 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Chen X / Walters KJ | ||||||||||||
資金援助 | 米国, 3件
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引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2020 タイトル: Cryo-EM Reveals Unanchored M1-Ubiquitin Chain Binding at hRpn11 of the 26S Proteasome. 著者: Xiang Chen / Zachary Dorris / Dan Shi / Rick K Huang / Htet Khant / Tara Fox / Natalia de Val / Dewight Williams / Ping Zhang / Kylie J Walters / 要旨: The 26S proteasome is specialized for regulated protein degradation and formed by a dynamic regulatory particle (RP) that caps a hollow cylindrical core particle (CP) where substrates are proteolyzed. ...The 26S proteasome is specialized for regulated protein degradation and formed by a dynamic regulatory particle (RP) that caps a hollow cylindrical core particle (CP) where substrates are proteolyzed. Its diverse substrates unify as proteasome targets by ubiquitination. We used cryogenic electron microscopy (cryo-EM) to study how human 26S proteasome interacts with M1-linked hexaubiquitin (M1-Ub) unanchored to a substrate and E3 ubiquitin ligase E6AP/UBE3A. Proteasome structures are available with model substrates extending through the RP ATPase ring and substrate-conjugated K63-linked ubiquitin chains present at inhibited deubiquitinating enzyme hRpn11 and the nearby ATPase hRpt4/hRpt5 coiled coil. In this study, we find M1-Ub at the hRpn11 site despite the absence of conjugated substrate, indicating that ubiquitin binding at this location does not require substrate interaction with the RP. Moreover, unanchored M1-Ub binds to this hRpn11 site of the proteasome with the CP gating residues in both the closed and opened conformational states. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_21698.map.gz | 24.5 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-21698-v30.xml emd-21698.xml | 13.8 KB 13.8 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_21698_fsc.xml | 16.3 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_21698.png | 109.4 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-21698 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-21698 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_21698_validation.pdf.gz | 78.8 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_21698_full_validation.pdf.gz | 77.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_21698_validation.xml.gz | 495 B | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-21698 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-21698 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 6wjdC 6wjnC C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | |
電子顕微鏡画像生データ | EMPIAR-10402 (タイトル: SA-like and SD-like states of human 26S Proteasome with non-cleavable M1-linked hexaubiquitin (dataset 2) Data size: 330.2 Data #1: Motion-corrected single frame micrographs of human 26S Proteasome with non-cleavable M1-linked hexaubiquitin (dataset 2) [micrographs - single frame]) |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_21698.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 371.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.348 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Human 26S Proteasome with non-cleavable M1-linked hexaubiquitin
全体 | 名称: Human 26S Proteasome with non-cleavable M1-linked hexaubiquitin |
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要素 |
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-超分子 #1: Human 26S Proteasome with non-cleavable M1-linked hexaubiquitin
超分子 | 名称: Human 26S Proteasome with non-cleavable M1-linked hexaubiquitin タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 1 mg/mL | |||||||||||||||||||||
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緩衝液 | pH: 7.5 構成要素:
詳細: 50 mM Tris, pH 7.5, 50 mM NaCl, 1.5 mM ATP-gamma-S, 5 mM MgCl2, 2 mM DTT, 10 uM zinc sulfate | |||||||||||||||||||||
グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE | |||||||||||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 291.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: SUPER-RESOLUTION / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-40 / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 6220 / 平均露光時間: 0.2 sec. / 平均電子線量: 43.88 e/Å2 / 詳細: 105k, EFTEM mode 20eV energy slit filter |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
試料ステージ | ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |