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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-21616 | |||||||||
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タイトル | Hexagonal face of the mini-coat cage for a clathrin coated vesicle | |||||||||
![]() | Low pass filtered | |||||||||
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生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 9.1 Å | |||||||||
![]() | Paraan M / Mendez J / Sharum S / Kurtin D / He H / Stagg S | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: The structures of natively assembled clathrin-coated vesicles. 著者: Mohammadreza Paraan / Joshua Mendez / Savanna Sharum / Danielle Kurtin / Huan He / Scott M Stagg / ![]() 要旨: Clathrin-coated vesicles mediate trafficking of proteins and nutrients in the cell and between organelles. Proteins included in the clathrin-coated vesicles (CCVs) category include clathrin heavy ...Clathrin-coated vesicles mediate trafficking of proteins and nutrients in the cell and between organelles. Proteins included in the clathrin-coated vesicles (CCVs) category include clathrin heavy chain (CHC), clathrin light chain (CLC), and a variety of adaptor protein complexes. Much is known about the structures of the individual CCV components, but data are lacking about the structures of the fully assembled complexes together with membrane and in complex with cargo. Here, we determined the structures of natively assembled CCVs in a variety of geometries. We show that the adaptor β2 appendages crosslink adjacent CHC β-propellers and that the appendage densities are enriched in CCV hexagonal faces. We resolve how adaptor protein 2 and other associated factors in hexagonal faces form an assembly hub with an extensive web of interactions between neighboring β-propellers and propose a structural model that explains how adaptor binding can direct the formation of pentagonal and hexagonal faces. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 83.2 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 22.2 KB 22.2 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 10.5 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 86.9 KB | ||
マスクデータ | ![]() | 103 MB | ![]() | |
その他 | ![]() ![]() ![]() ![]() | 97 MB 49.3 MB 95.2 MB 95.2 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 78.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 77.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 494 B | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Low pass filtered | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 2.646 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | ![]() | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Sharpened volume
ファイル | emd_21616_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Sharpened volume | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Nonfiltered volume
ファイル | emd_21616_additional_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Nonfiltered volume | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_21616_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_21616_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : Natively assembled clathrin coated vesicles
全体 | 名称: Natively assembled clathrin coated vesicles |
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要素 |
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-超分子 #1: Natively assembled clathrin coated vesicles
超分子 | 名称: Natively assembled clathrin coated vesicles / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 6 mg/mL | ||||||||||||
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緩衝液 | pH: 6.7 構成要素:
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グリッド | モデル: C-flat-2/2 4C / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 支持フィルム - Film thickness: 40.0 nm / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: OTHER | ||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 281 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 800 / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 5.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 3.0 µm / 倍率(公称値): 35000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |