[日本語] English
万見
- EMDB-21607: Internal translation of large subunit transcripts drives synthesi... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-21607
タイトルInternal translation of large subunit transcripts drives synthesis of small subunits in type I CRISPR-Cas Cascade
マップデータType I-D Cascade from Synechocystis with crRNA bound.
試料
  • 複合体: Type I-D Cascade
生物種Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 19.0 Å
データ登録者McBride TM / Schwartz EA / Kumar A / Taylor DW / Fineran PC / Fagerlund RD
引用ジャーナル: Mol Cell / 年: 2020
タイトル: Diverse CRISPR-Cas Complexes Require Independent Translation of Small and Large Subunits from a Single Gene.
著者: Tess M McBride / Evan A Schwartz / Abhishek Kumar / David W Taylor / Peter C Fineran / Robert D Fagerlund /
要旨: CRISPR-Cas adaptive immune systems provide prokaryotes with defense against viruses by degradation of specific invading nucleic acids. Despite advances in the biotechnological exploitation of select ...CRISPR-Cas adaptive immune systems provide prokaryotes with defense against viruses by degradation of specific invading nucleic acids. Despite advances in the biotechnological exploitation of select systems, multiple CRISPR-Cas types remain uncharacterized. Here, we investigated the previously uncharacterized type I-D interference complex and revealed that it is a genetic and structural hybrid with similarity to both type I and type III systems. Surprisingly, formation of the functional complex required internal in-frame translation of small subunits from within the large subunit gene. We further show that internal translation to generate small subunits is widespread across diverse type I-D, I-B, and I-C systems, which account for roughly one quarter of CRISPR-Cas systems. Our work reveals the unexpected expansion of protein coding potential from within single cas genes, which has important implications for understanding CRISPR-Cas function and evolution.
履歴
登録2020年3月30日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年2月10日-
マップ公開2021年2月10日-
更新2021年2月10日-
現状2021年2月10日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

-
構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 1.53
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 1.53
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_21607.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_21607.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 11.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Type I-D Cascade from Synechocystis with crRNA bound.
ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.61 Å
密度
表面レベル登録者による: 1.53 / ムービー #1: 1.53
最小 - 最大-0.6001025 - 3.139124
平均 (標準偏差)0.042278785 (±0.30736303)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ144144144
Spacing144144144
セルA=B=C: 375.84 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.612.612.61
M x/y/z144144144
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z375.840375.840375.840
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ320320320
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS144144144
D min/max/mean-0.6003.1390.042

-
添付データ

-
試料の構成要素

-
全体 : Type I-D Cascade

全体名称: Type I-D Cascade
要素
  • 複合体: Type I-D Cascade

-
超分子 #1: Type I-D Cascade

超分子名称: Type I-D Cascade / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量実験値: 450 KDa

-
実験情報

-
構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度0.045 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
染色タイプ: NEGATIVE / 材質: uranyl acetate
グリッドモデル: C-flat / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡TFS TALOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI CETA (4k x 4k) / デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 70 / 平均露光時間: 1.0 sec. / 平均電子線量: 30.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最小 デフォーカス（公称値）: -1.5 µm / 倍率（公称値）: 57000
試料ステージ試料ホルダーモデル: OTHER

+
画像解析

粒子像選択選択した数: 18696
CTF補正ソフトウェア - 名称: CTFFIND (ver. 4.0)
初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
EMDB ID:

2418

最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 19.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 1) / 使用した粒子像数: 2284
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 1)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 1)
最終 3次元分類クラス数: 4 / 平均メンバー数/クラス: 1500 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 1)

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る