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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-2157 | |||||||||
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タイトル | Helical structures of WHAMM around MTs revealed by Electron cryo-microscopy | |||||||||
マップデータ | Reconstruction of WHAMM with N-terminal MBP | |||||||||
試料 |
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キーワード | actin nucleation / membrane tubulation / microtubules / WHAMM | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 18.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Shen QT / Hsiue PP / Sindelar CV / Welch MD / Campellone KG / Wang HW | |||||||||
引用 | ジャーナル: J Cell Biol / 年: 2012 タイトル: Structural insights into WHAMM-mediated cytoskeletal coordination during membrane remodeling. 著者: Qing-Tao Shen / Peter P Hsiue / Charles V Sindelar / Matthew D Welch / Kenneth G Campellone / Hong-Wei Wang / 要旨: The microtubule (MT) and actin cytoskeletons drive many essential cellular processes, yet fairly little is known about how their functions are coordinated. One factor that mediates important cross ...The microtubule (MT) and actin cytoskeletons drive many essential cellular processes, yet fairly little is known about how their functions are coordinated. One factor that mediates important cross talk between these two systems is WHAMM, a Golgi-associated protein that utilizes MT binding and actin nucleation activities to promote membrane tubulation during intracellular transport. Using cryoelectron microscopy and other biophysical and biochemical approaches, we unveil the underlying mechanisms for how these activities are coordinated. We find that WHAMM bound to the outer surface of MT protofilaments via a novel interaction between its central coiled-coil region and tubulin heterodimers. Upon the assembly of WHAMM onto MTs, its N-terminal membrane-binding domain was exposed at the MT periphery, where it can recruit vesicles and remodel them into tubular structures. In contrast, MT binding masked the C-terminal portion of WHAMM and prevented it from promoting actin nucleation. These results give rise to a model whereby distinct MT-bound and actin-nucleating populations of WHAMM collaborate during membrane tubulation. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_2157.map.gz | 26.6 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-2157-v30.xml emd-2157.xml | 9.5 KB 9.5 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | EMD-2157.png | 178.5 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-2157 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-2157 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_2157_validation.pdf.gz | 260.1 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_2157_full_validation.pdf.gz | 259.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_2157_validation.xml.gz | 5.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-2157 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-2157 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_2157.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 29.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Reconstruction of WHAMM with N-terminal MBP | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 3.7 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : WHAMM around 13-pf MTs
全体 | 名称: WHAMM around 13-pf MTs |
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要素 |
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-超分子 #1000: WHAMM around 13-pf MTs
超分子 | 名称: WHAMM around 13-pf MTs / タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 117 |
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-分子 #1: WHAMM around MTs
分子 | 名称: WHAMM around MTs / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 17 / 集合状態: monomer / 組換発現: Yes |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 株: Hela / 別称: Human |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | らせん対称体再構成法 |
試料の集合状態 | filament |
-試料調製
緩衝液 | pH: 6.8 / 詳細: 80mM PIPES pH 6.8, 1mM MgCl2, 1mM EGTA, 1mM DTT |
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グリッド | 詳細: 300 mesh holly carbon grid, glow discharged. |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 120 K / 装置: GATAN CRYOPLUNGE 3 / 手法: Blot for 2.5 seconds before plunging |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI F20 |
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温度 | 最低: 88 K / 最高: 101 K / 平均: 95 K |
日付 | 2009年11月16日 |
撮影 | カテゴリ: CCD フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k) 実像数: 77 / 平均電子線量: 15 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 倍率(補正後): 34000 / 照射モード: OTHER / 撮影モード: DIFFRACTION / Cs: 2.2 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 0.003 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.0015 µm / 倍率(公称値): 29000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN |
実験機器 | モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
最終 再構成 | アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 18.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: Spider, EMAN |
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CTF補正 | 詳細: Each particle |
-原子モデル構築 1
初期モデル | PDB ID: Chain - #0 - Chain ID: A / Chain - #1 - Chain ID: B |
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ソフトウェア | 名称: Chimera |
詳細 | Protocol: Rigid body |
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT |