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- EMDB-21530: Structure of the Cricket Paralysis Virus 5-UTR IRES (CrPV 5-UTR-I... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-21530
タイトルStructure of the Cricket Paralysis Virus 5-UTR IRES (CrPV 5-UTR-IRES) bound to the small ribosomal subunit in the closed state (Class 2)
マップデータSharpened map after post processing for Class 2 (closed)
試料
  • 複合体: Structure of the Cricket Paralysis Virus 5-UTR IRES (CrPV 5-UTR-IRES) bound to the small ribosomal subunit in the closed state (Class 2)
    • RNA: x 2種
    • タンパク質・ペプチド: x 42種
  • リガンド: x 2種
キーワードCrPV 5'-UTR IRES / Internal ribosome entry site / RIBOSOME
機能・相同性
機能・相同性情報


viral translational termination-reinitiation / eukaryotic translation initiation factor 3 complex, eIF3e / cap-dependent translational initiation / eukaryotic translation initiation factor 3 complex, eIF3m / IRES-dependent viral translational initiation / translation reinitiation / eukaryotic translation initiation factor 3 complex / formation of cytoplasmic translation initiation complex / multi-eIF complex / eukaryotic 43S preinitiation complex ...viral translational termination-reinitiation / eukaryotic translation initiation factor 3 complex, eIF3e / cap-dependent translational initiation / eukaryotic translation initiation factor 3 complex, eIF3m / IRES-dependent viral translational initiation / translation reinitiation / eukaryotic translation initiation factor 3 complex / formation of cytoplasmic translation initiation complex / multi-eIF complex / eukaryotic 43S preinitiation complex / mRNA cap binding / eukaryotic 48S preinitiation complex / ribosomal subunit / metal-dependent deubiquitinase activity / regulation of translational initiation / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, nonsense-mediated decay / laminin receptor activity / positive regulation of signal transduction by p53 class mediator / ubiquitin ligase inhibitor activity / phagocytic cup / 90S preribosome / ribosomal small subunit export from nucleus / rough endoplasmic reticulum / laminin binding / translation regulator activity / translation initiation factor binding / gastrulation / MDM2/MDM4 family protein binding / cytosolic ribosome / translation initiation factor activity / class I DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / positive regulation of apoptotic signaling pathway / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / positive regulation of translation / maturation of SSU-rRNA / small-subunit processome / PML body / spindle / mRNA 5'-UTR binding / fibrillar center / metallopeptidase activity / rRNA processing / rhythmic process / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / regulation of translation / ribosome binding / virus receptor activity / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / cytosolic small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / perikaryon / cysteine-type deubiquitinase activity / cytoplasmic translation / cell differentiation / mitochondrial inner membrane / postsynaptic density / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / translation / ribonucleoprotein complex / cell division / DNA repair / mRNA binding / apoptotic process / synapse / centrosome / dendrite / negative regulation of apoptotic process / nucleolus / perinuclear region of cytoplasm / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / membrane / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit D / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit 7 (eIF-3) / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit H / eIF3h, C-terminal / C-terminal region of eIF3h / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit F / Translation initiation factor 3 complex subunit L / RNA polymerase I-associated factor PAF67 / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit M / eIF3 subunit M, C-terminal helix domain ...Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit D / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit 7 (eIF-3) / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit H / eIF3h, C-terminal / C-terminal region of eIF3h / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit F / Translation initiation factor 3 complex subunit L / RNA polymerase I-associated factor PAF67 / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit M / eIF3 subunit M, C-terminal helix domain / eIF3 subunit 6 N terminal domain / eIF3 subunit M, C-terminal helix / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit E, C-terminal / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit E / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit E, N-terminal / eIF3 subunit 6 N terminal domain / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit K / Translation initiation factor 3, subunit 12, N-terminal, eukaryotic / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit M eIF3m/COP9 signalosome complex subunit 7 COPS7 / : / eIF3a, PCI domain, TPR-like region / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit A / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit C, N-terminal domain / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit C / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit 8 N-terminus / CSN8/PSMD8/EIF3K / CSN8/PSMD8/EIF3K family / Rpn11/EIF3F, C-terminal / Maintenance of mitochondrial structure and function / : / motif in proteasome subunits, Int-6, Nip-1 and TRIP-15 / PCI domain / Proteasome component (PCI) domain / PCI domain profile. / 40S ribosomal protein SA / 40S ribosomal protein SA, C-terminal domain / 40S ribosomal protein SA C-terminus / Ubiquitin-like protein FUBI / JAB1/Mov34/MPN/PAD-1 ubiquitin protease / : / Ribosomal protein S26e signature. / Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein S26e superfamily / Ribosomal protein S26e / : / Ribosomal protein S12e signature. / Ribosomal protein S12e / Ribosomal protein S19e, conserved site / Ribosomal protein S19e signature. / Small (40S) ribosomal subunit Asc1/RACK1 / Ribosomal protein S5, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S2, eukaryotic / S27a-like superfamily / 40S Ribosomal protein S10 / : / Ribosomal protein S7e signature. / Plectin/S10, N-terminal / Plectin/S10 domain / Ribosomal protein S10, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S8e subdomain, eukaryotes / Ribosomal protein S25 / S25 ribosomal protein / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein S17e, conserved site / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein S17e signature. / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein S3Ae, conserved site / Ribosomal protein S3Ae signature. / Ribosomal protein S30 / Ribosomal protein S30 / Ribosomal protein S2, eukaryotic/archaeal / 40S ribosomal protein S29/30S ribosomal protein S14 type Z / Ribosomal protein S27e signature. / 40S ribosomal protein S4, C-terminal domain / 40S ribosomal protein S4 C-terminus / Ribosomal protein S4e, N-terminal, conserved site / Ribosomal protein S4e signature. / Ribosomal protein S3, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S19e / Ribosomal protein S8e, conserved site / Ribosomal protein S19e / Ribosomal protein S8e signature. / Ribosomal_S19e / Ribosomal protein S6, eukaryotic / JAB/MPN domain / Ribosomal protein S7e / JAB1/MPN/MOV34 metalloenzyme domain / Ribosomal protein S7e / 40S ribosomal protein S1/3, eukaryotes / Ribosomal protein S19A/S15e / Ribosomal protein S17e / Ribosomal protein S17e-like superfamily / Ribosomal S17 / 40S ribosomal protein S11, N-terminal / Ribosomal_S17 N-terminal / : / Ribosomal S24e conserved site / Ribosomal protein S24e signature. / Ribosomal protein S4e, N-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
Small ribosomal subunit protein uS4 / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit L / Small ribosomal subunit protein eS12 / Small ribosomal subunit protein uS9 / Small ribosomal subunit protein uS10 / Small ribosomal subunit protein RACK1 / Ubiquitin-ribosomal protein eS31 fusion protein / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit F / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit M / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit A ...Small ribosomal subunit protein uS4 / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit L / Small ribosomal subunit protein eS12 / Small ribosomal subunit protein uS9 / Small ribosomal subunit protein uS10 / Small ribosomal subunit protein RACK1 / Ubiquitin-ribosomal protein eS31 fusion protein / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit F / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit M / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit A / Small ribosomal subunit protein uS15 / Small ribosomal subunit protein eS1 / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit H / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit E / Small ribosomal subunit protein eS7 / Small ribosomal subunit protein uS5 / Small ribosomal subunit protein uS12 / 40S ribosomal protein S24 / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit K / Ubiquitin-like FUBI-ribosomal protein eS30 fusion protein / Small ribosomal subunit protein eS25 / Small ribosomal subunit protein eS26 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Small ribosomal subunit protein uS8 / Small ribosomal subunit protein eS28 / Small ribosomal subunit protein eS8 / Small ribosomal subunit protein eS4 / Small ribosomal subunit protein eS6 / Small ribosomal subunit protein eS19 / Small ribosomal subunit protein uS3 / Small ribosomal subunit protein uS13 / Small ribosomal subunit protein eS10 / Small ribosomal subunit protein uS17 / Small ribosomal subunit protein eS17 / Small ribosomal subunit protein uS2 / Small ribosomal subunit protein eS27 / Small ribosomal subunit protein uS19 / Small ribosomal subunit protein uS11 / Small ribosomal subunit protein uS14 / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit C / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit D
類似検索 - 構成要素
生物種Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / Cricket paralysis virus (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.36 Å
データ登録者Neupane R / Pisareva V
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM097014 米国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2020
タイトル: A complex IRES at the 5'-UTR of a viral mRNA assembles a functional 48S complex via an uAUG intermediate.
著者: Ritam Neupane / Vera P Pisareva / Carlos F Rodriguez / Andrey V Pisarev / Israel S Fernández /
要旨: Taking control of the cellular apparatus for protein production is a requirement for virus progression. To ensure this control, diverse strategies of cellular mimicry and/or ribosome hijacking have ...Taking control of the cellular apparatus for protein production is a requirement for virus progression. To ensure this control, diverse strategies of cellular mimicry and/or ribosome hijacking have evolved. The initiation stage of translation is especially targeted as it involves multiple steps and the engagement of numerous initiation factors. The use of structured RNA sequences, called nternal ibosomal ntry ites (IRES), in viral RNAs is a widespread strategy for the exploitation of eukaryotic initiation. Using a combination of electron cryo-microscopy (cryo-EM) and reconstituted translation initiation assays with native components, we characterized how a novel IRES at the 5'-UTR of a viral RNA assembles a functional initiation complex via an uAUG intermediate. The IRES features a novel extended, multi-domain architecture, that circles the 40S head. The structures and accompanying functional data illustrate the importance of 5'-UTR regions in translation regulation and underline the relevance of the untapped diversity of viral IRESs.
履歴
登録2020年3月8日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年4月22日-
マップ公開2020年4月22日-
更新2024年3月20日-
現状2024年3月20日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.018
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.018
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6w2t
  • 表面レベル: 0.018
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_21530.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_21530.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Sharpened map after post processing for Class 2 (closed)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.06 Å/pix.
x 400 pix.
= 424.2 Å		1.06 Å/pix.
x 400 pix.
= 424.2 Å		1.06 Å/pix.
x 400 pix.
= 424.2 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.0605 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.018 / ムービー #1: 0.018
最小 - 最大-0.10054721 - 0.1714331
平均 (標準偏差)0.00037778862 (±0.0043628775)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 424.2 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.06051.06051.0605
M x/y/z400400400
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z424.200424.200424.200
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS400400400
D min/max/mean-0.1010.1710.000

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_21530_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Unsharpened map before post-processing for Class 2 (closed)

ファイルemd_21530_additional.map
注釈Unsharpened map before post-processing for Class 2 (closed)
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map 2 for Class 2 (closed)

ファイルemd_21530_half_map_1.map
注釈Half map 2 for Class 2 (closed)
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map 1 for Class 2 (closed)

ファイルemd_21530_half_map_2.map
注釈Half map 1 for Class 2 (closed)
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Structure of the Cricket Paralysis Virus 5-UTR IRES (CrPV 5-UTR-I...

全体名称: Structure of the Cricket Paralysis Virus 5-UTR IRES (CrPV 5-UTR-IRES) bound to the small ribosomal subunit in the closed state (Class 2)
要素
  • 複合体: Structure of the Cricket Paralysis Virus 5-UTR IRES (CrPV 5-UTR-IRES) bound to the small ribosomal subunit in the closed state (Class 2)
    • RNA: 18S rRNA
    • タンパク質・ペプチド: uS2
    • タンパク質・ペプチド: eS1
    • タンパク質・ペプチド: uS5
    • タンパク質・ペプチド: eS4
    • タンパク質・ペプチド: eS6
    • タンパク質・ペプチド: eS7
    • タンパク質・ペプチド: eS8
    • タンパク質・ペプチド: uS4
    • タンパク質・ペプチド: uS17
    • タンパク質・ペプチド: uS15
    • タンパク質・ペプチド: uS11
    • タンパク質・ペプチド: eS21
    • タンパク質・ペプチド: uS8
    • タンパク質・ペプチド: uS12
    • タンパク質・ペプチド: eS24
    • タンパク質・ペプチド: eS26
    • タンパク質・ペプチド: eS27
    • タンパク質・ペプチド: eS30
    • タンパク質・ペプチド: uS3
    • タンパク質・ペプチド: uS7
    • タンパク質・ペプチド: eS10
    • タンパク質・ペプチド: eS12
    • タンパク質・ペプチド: uS19
    • タンパク質・ペプチド: uS9
    • タンパク質・ペプチド: eS17
    • タンパク質・ペプチド: uS13
    • タンパク質・ペプチド: eS19
    • タンパク質・ペプチド: uS10
    • タンパク質・ペプチド: eS25
    • タンパク質・ペプチド: eS28
    • タンパク質・ペプチド: eS29
    • タンパク質・ペプチド: eS31
    • タンパク質・ペプチド: RACK1
    • タンパク質・ペプチド: Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit E
    • タンパク質・ペプチド: Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit F
    • タンパク質・ペプチド: Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit K
    • タンパク質・ペプチド: Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit L
    • タンパク質・ペプチド: Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit M
    • タンパク質・ペプチド: Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit A
    • タンパク質・ペプチド: Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit C
    • タンパク質・ペプチド: Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit D
    • タンパク質・ペプチド: Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit H
    • RNA: CrPV 5'-UTR IRES
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: ZINC ION

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超分子 #1: Structure of the Cricket Paralysis Virus 5-UTR IRES (CrPV 5-UTR-I...

超分子名称: Structure of the Cricket Paralysis Virus 5-UTR IRES (CrPV 5-UTR-IRES) bound to the small ribosomal subunit in the closed state (Class 2)
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#44
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)

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分子 #1: 18S rRNA

分子名称: 18S rRNA / タイプ: rna / ID: 1 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
分子量理論値: 547.733062 KDa
配列文字列: UACCUGGUUG AUCCUGCCAG UAGCAUAUGC UUGUCUCAAA GAUUAAGCCA UGCAUGUCUA AGUACGCACG GCCGGUACAG UGAAACUGC GAAUGGCUCA UUAAAUCAGU UAUGGUUCCU UUGGUCGCUC GACUUGGAUA ACUGUGGUAA UUCUAGAGCU A AUACAUGC ...文字列:
UACCUGGUUG AUCCUGCCAG UAGCAUAUGC UUGUCUCAAA GAUUAAGCCA UGCAUGUCUA AGUACGCACG GCCGGUACAG UGAAACUGC GAAUGGCUCA UUAAAUCAGU UAUGGUUCCU UUGGUCGCUC GACUUGGAUA ACUGUGGUAA UUCUAGAGCU A AUACAUGC CGACGGGCGC UGACCCCCUU CGCGGGGGGG AUGCGUGCAU UUAUCAGUGG UGACUCUAGA UAACCUCGGG CC GAUCGCA CGCCCGGCGG CGACGACCCA UUCGAACGUC UGCCCUAUCA ACUUUCGAUG GUAGUCGCCG UGCCUACCAU GGU GACCAC GGGUGACGGG GAAUCAGGGU UCGAUUCCGG AGAGGGAGCC UGAGAAACGG CUACCACAUC CAAGGAAGGC AGCA GGCGC GCAAAUUACC CACUCCCGAC CCGGGGAGGU AGUGACGAAA AAUAACAAUA CAGGACUCUU UCGAGGCCCU GUAAU UGGA AUGAGUCCAC UUUAAAUCCU UUAACGAGGA UCCAUUGGAG GGCAAGUCUG GUGCCAGCAG CCGCGGUAAU UCCAGC UCC AAUAGCGUAU AUUAAAGUUG CUGCAGUUAA AAAGCUCGUA GUUGGAUCUU GGGAGCGGCC GUCCCCUGCU CGGCGCC GG CCCGAAGCGU UUACUUUGAA AAAAUUAGAG UGUUCAAAGC AGGCCGCCUG GAUACCGCAG CUAGGAAUAA UGGAAUAG G ACCGCGGUUC UAUUUUGUUG GUUUUCGGAA CUGAGGCCAU GAUUAAGAGG GACGGCCGGG GGCAUUCGUA UUGCGCCGC UAGAGGUGAA AUUCUUGGAC CGGCGCAAGA CGGACCAGAG CGAAAGCAUU UGCCAAGAAU GUUUUCAUUA AUCAAGAACG AAAGUCGGA GGUUCGAAGA CGAUCAGAUA CCGUCGUAGU UCCGACCAUA AACGAUGCCG ACCGGCGAUG CGGCGGCGUU A UUCCCAUG ACCCGCCGGG CAGCUUCCGG GAAACCAAAG UCUUUGGGUU CCGGGGGGAG UAUGGUUGCA AAGCUGAAAC UU AAAGGAA UUGACGGAAG GGCACCACCA GGAGUGGAGC CUGCGGCUUA AUUUGACUCA ACACGGGAAA CCUCACCCGG CCC GGACAC GGACAGGAUU GACAGAUUGA UAGCUCUUUC UCGAUUCCGU GGGUGGUGGU GCAUGGCCGU UCUUAGUUGG UGGA GCGAU UUGUCUGGUU AAUUCCGAUA ACGAACGAGA CUCUGGCAUG CUAACUAGUU ACGCGACCCC GGUCGGCGUA ACUUC UUAG AGGGACAAGU GGCGUUCAGC CACCCGAGAU UGAGCAAUAA CAGGUCUGUG AUGCCCUUAG AUGUCCGGGG CUGCAC GCG CGCUACACUG ACUGGCUCAG CGUGUGCCUA CCCUACGCCG GCAGGCGCGG GUAACCCGUU GAACCCCAUU CGUGAUG GG GAUCGGGGAU UGCAAUUAUU CCCCAUGAAC GAGGAAUUCC CAGUAAGUGC GGGUCAUAAG CUUGCGUUGA UUAAGUCC C UGCCCUUUGU ACACACCGCC CGUCGCUACU ACCGAUUGGA UGGUUUAGUG AGGCCCUCGG AUCGGCCCCG CCGGGGUGC CCUGGCGGAG CGCUGAGAAG ACGGUCGAAC UUGACUAUCU AGAGGAAGUA AAAGUCGUAA CAAGGUUUCC GUAGGUGAAC CUGCGGAAG GAUCAUUA

+
分子 #44: CrPV 5'-UTR IRES

分子名称: CrPV 5'-UTR IRES / タイプ: rna / ID: 44
詳細: Positions 211 to 220 are only modeled as a polyuridine stretch.
コピー数: 1
由来(天然)生物種: Cricket paralysis virus (ウイルス)
分子量理論値: 121.094953 KDa
配列文字列: UUCGAUACCA AGAGCUGGUG UCUGAGGGAU UACGACUCGC GUGGUCGGAC AGCACAUGUU AGUCAUGUAU UAUGGUGUUU CCCAACACG UAUCUUUGCU CUAGUAUUGA ACUUUAGUGA UGAGUGUACU UGGCAUGUAC ACCUGAUUAG UUAGCCCUUG U GGAUACGC ...文字列:
UUCGAUACCA AGAGCUGGUG UCUGAGGGAU UACGACUCGC GUGGUCGGAC AGCACAUGUU AGUCAUGUAU UAUGGUGUUU CCCAACACG UAUCUUUGCU CUAGUAUUGA ACUUUAGUGA UGAGUGUACU UGGCAUGUAC ACCUGAUUAG UUAGCCCUUG U GGAUACGC CACUGCCGCU CAGGUACAGU AGGACAUACC CCAAAUAUUG GGUUUUUUUU UUAGAGAAGA AAAUUAGUGG CG AAACGUA CGGUUUAUGU CAAAGGAGAA GGUGAUUUUA AUUGCACCUG AAGCAACCCU AGGUCUUCCC UUUGAUGUGA GCU AAUAAG GAGUAACCGA UUCUUACAAU GUGAUCAUGU CUUUUCAACA AACAAAGGAU C

GENBANK: GENBANK: AF218039.1

+
分子 #2: uS2

分子名称: uS2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
分子量理論値: 33.022055 KDa
配列文字列: MSGALDVLQM KEEDVLKFLA AGTHLGGTNL DFQMEQYIYK RKSDGIYIIN LKRTWEKLLL AARAIVAIEN PADVSVISSR NTGQRAVLK FAAATGATPI AGRFTPGTFT NQIQTAFREP RLLVVTDPQA DHQPLTEASY VNLPTIALCN TDSPLRYVDI A IPCNNKGA ...文字列:
MSGALDVLQM KEEDVLKFLA AGTHLGGTNL DFQMEQYIYK RKSDGIYIIN LKRTWEKLLL AARAIVAIEN PADVSVISSR NTGQRAVLK FAAATGATPI AGRFTPGTFT NQIQTAFREP RLLVVTDPQA DHQPLTEASY VNLPTIALCN TDSPLRYVDI A IPCNNKGA HSVGLMWWML AQEVLRMRGT ISREHPWEVM PDLYFYRDPE EIEKEEQAAA EKAVTKEEFQ GEWTAPEPEF TA TQPEVAD WSEGMQVPSV PIQQFPTEDW SAQPATEDWS AAPTAQATEW MGTTTEWS

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS2

+
分子 #3: eS1

分子名称: eS1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
分子量理論値: 30.002061 KDa
配列文字列: MAVGKNKRLT KGGKKGAKKK VVDPFSKKDW YDVKAPAMFN IRNIGKTLVT RTQGTKIASD GLKGRVFEVS LADLQNDEVA FRKFKLITE DVQGKNCLTN FHGMDLTRDK MCSMVKKWQT MIEAHVDVKT TDGYLLRLFC VGFTKKRNNQ IRKTSYAQHQ Q VRQIRKKM ...文字列:
MAVGKNKRLT KGGKKGAKKK VVDPFSKKDW YDVKAPAMFN IRNIGKTLVT RTQGTKIASD GLKGRVFEVS LADLQNDEVA FRKFKLITE DVQGKNCLTN FHGMDLTRDK MCSMVKKWQT MIEAHVDVKT TDGYLLRLFC VGFTKKRNNQ IRKTSYAQHQ Q VRQIRKKM MEIMTREVQT NDLKEVVNKL IPDSIGKDIE KACQSIYPLH DVFVRKVKML KKPKFELGKL MELHGEGSSS GK ATGDETG AKVERADGYE PPVQESV

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein eS1

+
分子 #4: uS5

分子名称: uS5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
分子量理論値: 27.529238 KDa
配列文字列: MADDAGAAGG PGGPGGPGNK EWLPVTKLGR LVKDMKIKSL EEIYLFSLPI KESEIIDFFL GAALKDEVLK IMPVQKQTRA GQRTRFKAF VAIGDYNGHV GLGLKCSKEV ATAIRGAIIL AKLSIVPVRR GYWGNKIGKP HTVPCKVTGR CGSVLVRLIP A PRGTGIVS ...文字列:
MADDAGAAGG PGGPGGPGNK EWLPVTKLGR LVKDMKIKSL EEIYLFSLPI KESEIIDFFL GAALKDEVLK IMPVQKQTRA GQRTRFKAF VAIGDYNGHV GLGLKCSKEV ATAIRGAIIL AKLSIVPVRR GYWGNKIGKP HTVPCKVTGR CGSVLVRLIP A PRGTGIVS APVPKKLLLM AGIDDCYTSA RGCTATLGNF AKATFDAISK TYSYLTPDLW KETVFTKSPY QEFTNHLMKT HT RVSVQRT QAPAVATT

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS5

+
分子 #5: eS4

分子名称: eS4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
分子量理論値: 29.59683 KDa
配列文字列: MARGPKKHLK RVAAPKHWML DKLTGVFAPR PSTGPHKLRE CLPLIIFLRN KLKYALTGDE VKKICMQRFI KIDGKVRADI TYPAGFMDV ISIDKTGENF RLIYDTKGRF AVHRITPEEA KYKLCKVRKI FVGTKGIPHL VTHDARTIRY PDPLIKVNDT I QIDLETGK ...文字列:
MARGPKKHLK RVAAPKHWML DKLTGVFAPR PSTGPHKLRE CLPLIIFLRN KLKYALTGDE VKKICMQRFI KIDGKVRADI TYPAGFMDV ISIDKTGENF RLIYDTKGRF AVHRITPEEA KYKLCKVRKI FVGTKGIPHL VTHDARTIRY PDPLIKVNDT I QIDLETGK ITDFIKFDTG NLCMVTGGAN LGRIGVITNR ERHPGSFDVV HVKDANGNSF ATRLSNIFVI GKGNKPWISL PR GKGIRLT IAEERDKRLA AKQSSG

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein eS4

+
分子 #6: eS6

分子名称: eS6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
分子量理論値: 28.751906 KDa
配列文字列: MKLNISFPAT GCQKLIEVDD ERKLRTFYEK RMATEVAADA LGEEWKGYVV RISGGNDKQG FPMKQGVLTH GRVRLLLSKG HSCYRPRRT GERKRKSVRG CIVDANLSVL NLVIVKKGEK DIPGLTDTTV PRRLGPKRAS RIRKLFNLSK EDDVRQYVVR K PLNKEGKK ...文字列:
MKLNISFPAT GCQKLIEVDD ERKLRTFYEK RMATEVAADA LGEEWKGYVV RISGGNDKQG FPMKQGVLTH GRVRLLLSKG HSCYRPRRT GERKRKSVRG CIVDANLSVL NLVIVKKGEK DIPGLTDTTV PRRLGPKRAS RIRKLFNLSK EDDVRQYVVR K PLNKEGKK PRTKAPKIQR LVTPRVLQHK RRRIALKKQR TKKNKEEAAE YAKLLAKRMK EAKEKRQEQI AKRRRLSSLR AS TSKSESS QK

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein eS6

+
分子 #7: eS7

分子名称: eS7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
分子量理論値: 22.168914 KDa
配列文字列: MFSSSAKIVK PNGEKPDEFE SGISQALLEL EMNSDLKAQL RELNITAAKE IEVGGGRKAI IIFVPVPQLK SFQKIQVRLV RELEKKFSG KHVVFIAQRR ILPKPTRKSR TKNKQKRPRS RTLTAVHDAI LEDLVFPSEI VGKRIRVKLD GSRLIKVHLD K AQQNNVEH ...文字列:
MFSSSAKIVK PNGEKPDEFE SGISQALLEL EMNSDLKAQL RELNITAAKE IEVGGGRKAI IIFVPVPQLK SFQKIQVRLV RELEKKFSG KHVVFIAQRR ILPKPTRKSR TKNKQKRPRS RTLTAVHDAI LEDLVFPSEI VGKRIRVKLD GSRLIKVHLD K AQQNNVEH KVETFSGVYK KLTGKDVNFE FPEFQL

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein eS7

+
分子 #8: eS8

分子名称: eS8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
分子量理論値: 24.263387 KDa
配列文字列: MGISRDNWHK RRKTGGKRKP YHKKRKYELG RPAANTKIGP RRIHTVRVRG GNKKYRALRL DVGNFSWGSE CCTRKTRIID VVYNASNNE LVRTKTLVKN CIVLIDSTPY RQWYESHYAL PLGRKKGAKL TPEEEEILNK KRSKKIQKKY DERKKNAKIS S LLEEQFQQ ...文字列:
MGISRDNWHK RRKTGGKRKP YHKKRKYELG RPAANTKIGP RRIHTVRVRG GNKKYRALRL DVGNFSWGSE CCTRKTRIID VVYNASNNE LVRTKTLVKN CIVLIDSTPY RQWYESHYAL PLGRKKGAKL TPEEEEILNK KRSKKIQKKY DERKKNAKIS S LLEEQFQQ GKLLACIASR PGQCGRADGY VLEGKELEFY LRKIKARKGK

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein eS8

+
分子 #9: uS4

分子名称: uS4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
分子量理論値: 22.641564 KDa
配列文字列: MPVARSWVCR KTYVTPRRPF EKSRLDQELK LIGEYGLRNK REVWRVKFTL AKIRKAAREL LTLDEKDPRR LFEGNALLRR LVRIGVLDE GKMKLDYILG LKIEDFLERR LQTQVFKLGL AKSIHHARVL IRQRHIRVRK QVVNIPSFIV RLDSQKHIDF S LRSPYGGG ...文字列:
MPVARSWVCR KTYVTPRRPF EKSRLDQELK LIGEYGLRNK REVWRVKFTL AKIRKAAREL LTLDEKDPRR LFEGNALLRR LVRIGVLDE GKMKLDYILG LKIEDFLERR LQTQVFKLGL AKSIHHARVL IRQRHIRVRK QVVNIPSFIV RLDSQKHIDF S LRSPYGGG RPGRVKRKNA KKGQGGAGAG DDEEED

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS4

+
分子 #10: uS17

分子名称: uS17 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
分子量理論値: 18.468826 KDa
配列文字列:
MADIQTERAY QKQPTIFQNK KRVLLGETGK EKLPRYYKNI GLGFKTPKEA IEGTYIDKKC PFTGNVSIRG RILSGVVTKM KMQRTIVIR RDYLHYIRKY NRFEKRHKNM SVHLSPCFRD VQIGDIVTVG ECRPLSKTVR FNVLKVTKAA GTKKQFQKF

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS17

+
分子 #11: uS15

分子名称: uS15 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
分子量理論値: 17.259389 KDa
配列文字列:
MGRMHAPGKG LSQSALPYRR SVPTWLKLTS DDVKEQIYKL AKKGLTPSQI GVILRDSHGV AQVRFVTGNK ILRILKSKGL APDLPEDLY HLIKKAVAVR KHLERNRKDK DAKFRLILIE SRIHRLARYY KTKRVLPPNW KYESSTASAL VA

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS15

+
分子 #12: uS11

分子名称: uS11 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
分子量理論値: 16.302772 KDa
配列文字列:
MAPRKGKEKK EEQVISLGPQ VAEGENVFGV CHIFASFNDT FVHVTDLSGK ETICRVTGGM KVKADRDESS PYAAMLAAQD VAQRCKELG ITALHIKLRA TGGNRTKTPG PGAQSALRAL ARSGMKIGRI EDVTPIPSDS TRRKGGRRGR RL

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS11

+
分子 #13: eS21

分子名称: eS21 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
分子量理論値: 9.098287 KDa
配列文字列:
MQSDAGEFVD LYVPRKCSAS NRIIGAKDHA SIQMNVAEVD KVTGRFNGQF KTYAICGAIR RMGESDDSIL RLAKSDGIVS NNF

+
分子 #14: uS8

分子名称: uS8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
分子量理論値: 14.865555 KDa
配列文字列:
MVRMNVLADA LKSINNAEKR GKRQVLIRPC SKVIVRFLTV MMKHGYIGEF EIIDDHRAGK IVVNLTGRLN KCGVISPRFD VQLKDLEKW QNNLLPSRQF GFIVLTTSAG IMDHEEARRK HTGGKILGFF F

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS8

+
分子 #15: uS12

分子名称: uS12 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
分子量理論値: 15.784549 KDa
配列文字列:
AGKCRGLRTA RKLRSHRRDQ KWHDKQYKKA HLGTALKANP FGGASHAKGI VLEKVGVEAK QPNSAIRKCV RVQLIKNGKK ITAFVPNDG CLNFIEENDE VLVAGFGRKG HAVGDIPGVR FKVVKVANVS LLALYKGKKE RPRS

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS12

+
分子 #16: eS24

分子名称: eS24 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
分子量理論値: 15.548398 KDa
配列文字列:
MNDTVTIRTR KFMTNRLLQR KQMVIDVLHP GKATVPKTEI REKLAKMYKT TPDVIFVFGF RTHFGGGKTT GFGMIYDSLD YAKKNEPKH RLARHGLYEK KKTSRKQRKE RKNRMKKVRG TAKANVGAGK KEPRG

UniProtKB: 40S ribosomal protein S24

+
分子 #17: eS26

分子名称: eS26 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
分子量理論値: 13.015506 KDa
配列文字列:
MTKKRRNNGR AKKGRGHVQP IRCTNCARCV PKDKAIKKFV IRNIVEAAAV RDISEVSVFD AYVLPKLYVK LHYCVSCAIH SKVVRNRSR EARKDRTPPP RFRPAGAAPP PPPKPM

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein eS26

+
分子 #18: eS27

分子名称: eS27 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
分子量理論値: 9.480186 KDa
配列文字列:
MPLAKDLLHP SPEEEKRKHK KKRLVQSPNS YFMDVKCPGC YKITTVFSHA QTVVLCVGCS TVLCQPTGGK ARLTEGCSFR RKQH

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein eS27

+
分子 #19: eS30

分子名称: eS30 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 19 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
分子量理論値: 14.498884 KDa
配列文字列:
MQLFVRAQEL HTLEVTGRET VAQIKAHVAS LEGIAPEDQV VLLAGTPLED EATLGQCGVE ALSTLEVAGR MLGGKVHGSL ARVGKVRGQ TLKVAKQEKK KKRTGRAKRR MQYNRRFVNV VPTFGKKKGP NANS

UniProtKB: Ubiquitin-like FUBI-ribosomal protein eS30 fusion protein

+
分子 #20: uS3

分子名称: uS3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 20 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
分子量理論値: 31.146607 KDa
配列文字列: MSARRRRRRA AFRRRAEPFI PISVREPLPF LSAARGGKMA VQISKKRKFV ADGIFKAELN EFLTRELAED GYSGVEVRVT PTRTEIIIL ATRTQNVLGE KGRRIRELTA VVQKRFGFPE GSVELYAEKV ATRGLCAIAQ AESLRYKLLG GLAVRRACYG V LRFIMESG ...文字列:
MSARRRRRRA AFRRRAEPFI PISVREPLPF LSAARGGKMA VQISKKRKFV ADGIFKAELN EFLTRELAED GYSGVEVRVT PTRTEIIIL ATRTQNVLGE KGRRIRELTA VVQKRFGFPE GSVELYAEKV ATRGLCAIAQ AESLRYKLLG GLAVRRACYG V LRFIMESG AKGCEVVVSG KLRGQRAKSM KFVDGLMIHS GDPVNYYVDT AVRHVLLRQG VLGIKVKIML PWDPSGKIGP KK PLPDHVS IVEPKDEILP TTPISEQKGG KPEPPAMPQP VPTA

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS3

+
分子 #21: uS7

分子名称: uS7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 21 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
分子量理論値: 22.913453 KDa
配列文字列: MTEWETAAPA VAETPDIKLF GKWSTDDVQI NDISLQDYIA VKEKYAKYLP HSAGRYAAKR FRKAQCPIVE RLTNSMMMHG RNNGKKLMT VRIVKHAFEI IHLLTGENPL QVLVNAIINS GPREDSTRIG RAGTVRRQAV DVSPLRRVNQ AIWLLCTGAR E AAFRNIKT ...文字列:
MTEWETAAPA VAETPDIKLF GKWSTDDVQI NDISLQDYIA VKEKYAKYLP HSAGRYAAKR FRKAQCPIVE RLTNSMMMHG RNNGKKLMT VRIVKHAFEI IHLLTGENPL QVLVNAIINS GPREDSTRIG RAGTVRRQAV DVSPLRRVNQ AIWLLCTGAR E AAFRNIKT IAECLADELI NAAKGSSNSY AIKKKDELER VAKSNR

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS7

+
分子 #22: eS10

分子名称: eS10 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 22 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
分子量理論値: 17.156865 KDa
配列文字列:
MLMPKKNRIA IYELLFKEGV MVAKKDVHMP KHPELADKNV PNLHVMKAMQ SLKSRGYVKE QFAWRHFYWY LTNEGIQYLR DYLHLPPEI VPATLRRSRP ETGRPRPKGL EGERPARLTR GEADRDTYRR SAVPPGADKK AEAGAGSATE

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein eS10

+
分子 #23: eS12

分子名称: eS12 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 23 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
分子量理論値: 14.538987 KDa
配列文字列:
MAEEGIAAGG VMDVNTALQE VLKTALIHDG LARGIREAAK ALDKRQAHLC VLASNCDEPM YVKLVEALCA EHQINLIKVD DNKKLGEWV GLCKIDREGK PRKVVGCSCV VVKDYGKESQ AKDVIEEYFK CKK

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein eS12

+
分子 #24: uS19

分子名称: uS19 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 24 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
分子量理論値: 17.049182 KDa
配列文字列:
MAEVEQKKKR TFRKFTYRGV DLDQLLDMSY EQLMQLYSAR QRRRLSRGLR RKQHSLLKRL RKAKKEAPPM EKPEVVKTHL RDMIILPEM VGSMVGVYNG KTFNQVEIKP EMIGHYLGEF SITYKPVKHG RPGIGATHSS RFIPLK

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS19

+
分子 #25: uS9

分子名称: uS9 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 25 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
分子量理論値: 19.213465 KDa
配列文字列:
SARVAPRFPF PVVAPRGEDR HSSAAAMPSK GPLQSVQVFG RKKTATAVAH CKRGNGLIKV NGRPLEMIEP RTLQYKLLEP VLLLGKERF AGVDIRVRVK GGGHVAQIYA IRQSISKALV AYYQKYVDEA SKKEIKDILI QYDRTLLVAD PRRCESKKFG G PGARARYQ KSYR

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS9

+
分子 #26: eS17

分子名称: eS17 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 26 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
分子量理論値: 15.552119 KDa
配列文字列:
MGRVRTKTVK KAARVIIEKY YTRLGNDFHT NKRVCEEIAI IPSKKLRNKI AGYVTHLMKR IQRGPVRGIS IKLQEEERER RDNYVPEVS ALDQEIIEVD PDTKEMLKLL DFGSLSNLQV TQPTVGMNFK TPRGAV

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein eS17

+
分子 #27: uS13

分子名称: uS13 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 27 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
分子量理論値: 17.759777 KDa
配列文字列:
MSLVIPEKFQ HILRVLNTNI DGRRKIAFAI TAIKGVGRRY AHVVLRKADI DLTKRAGELT EDEVERVITI MQNPRQYKIP DWFLNRQKD VKDGKYSQVL ANGLDNKLRE DLERLKKIRA HRGLRHFWGL RVRGQHTKTT GRRGRTVGVS KKK

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS13

+
分子 #28: eS19

分子名称: eS19 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 28 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
分子量理論値: 16.235796 KDa
配列文字列:
MPGVTVKDVN QQEFVRALAA FLKKSGKLKV PEWVDTVKLA KHKELAPYDE NWFYTRAAST ARHLYLRGGA GVGSMTKIYG GRQRNGVMP SHFSRGSKSV ARRVLQALEG LKMVEKDQDW GRKLTPQGQR DLDRIAGQVA AAKKKH

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein eS19

+
分子 #29: uS10

分子名称: uS10 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 29 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
分子量理論値: 13.398763 KDa
配列文字列:
MAFKDTGKTP VEPEVAIHRI RITLTSRNVK SLEKVCADLI RGAKEKNLKV KGPVRMPTKT LRITTRKTPC GEGSKTWDRF QMRIHKRLI DLHSPSEIVK QITSISIEPG VEVEVTIADA

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS10

+
分子 #30: eS25

分子名称: eS25 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 30 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
分子量理論値: 13.776224 KDa
配列文字列:
MPPKDDKKKK DAGKSAKKDK DPVNKSGGKA KKKKWSKGKV RDKLNNLVLF DKATYDKLCK EVPNYKLITP AVVSERLKIR GSLARAALQ ELLSKGLIKL VSKHRAQVIY TRNTKGGDAP AAGEDA

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein eS25

+
分子 #31: eS28

分子名称: eS28 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 31 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
分子量理論値: 7.855052 KDa
配列文字列:
MDTSRVQPIK LARVTKVLGR TGSQGQCTQV RVEFMDDTSR SIIRNVKGPV REGDVLTLLE SEREARRLR

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein eS28

+
分子 #32: eS29

分子名称: eS29 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 32 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
分子量理論値: 6.690821 KDa
配列文字列:
MGHQQLYWSH PRKFGQGSRS CRVCSNRHGL IRKYGLNMCR QCFRQYAKDI GFIKLD

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS14

+
分子 #33: eS31

分子名称: eS31 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 33 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
分子量理論値: 18.004041 KDa
配列文字列:
MQIFVKTLTG KTITLEVEPS DTIENVKAKI QDKEGIPPDQ QRLIFAGKQL EDGRTLSDYN IQKESTLHLV LRLRGGAKKR KKKSYTTPK KNKHKRKKVK LAVLKYYKVD ENGKISRLRR ECPSDECGAG VFMASHFDRH YCGKCCLTYC FNKPEDK

UniProtKB: Ubiquitin-ribosomal protein eS31 fusion protein

+
分子 #34: RACK1

分子名称: RACK1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 34 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
分子量理論値: 35.115652 KDa
配列文字列: MTEQMTLRGT LKGHNGWVTQ IATTPQFPDM ILSASRDKTI IMWKLTRDET NYGIPQRALR GHSHFVSDVV ISSDGQFALS GSWDGTLRL WDLTTGTTTR RFVGHTKDVL SVAFSSDNRQ IVSGSRDKTI KLWNTLGVCK YTVQDESHSE WVSCVRFSPN S SNPIIVSC ...文字列:
MTEQMTLRGT LKGHNGWVTQ IATTPQFPDM ILSASRDKTI IMWKLTRDET NYGIPQRALR GHSHFVSDVV ISSDGQFALS GSWDGTLRL WDLTTGTTTR RFVGHTKDVL SVAFSSDNRQ IVSGSRDKTI KLWNTLGVCK YTVQDESHSE WVSCVRFSPN S SNPIIVSC GWDKLVKVWN LANCKLKTNH IGHTGYLNTV TVSPDGSLCA SGGKDGQAML WDLNEGKHLY TLDGGDIINA LC FSPNRYW LCAATGPSIK IWDLEGKIIV DELKQEVIST SSKAEPPQCT SLAWSADGQT LFAGYTDNLV RVWQVTIGTR

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein RACK1

+
分子 #35: Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit E

分子名称: Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit E
タイプ: protein_or_peptide / ID: 35 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
分子量理論値: 54.199863 KDa
配列文字列: MLKIFTCNSH SDLPTNLMAE YDLTTRIAHF LDRHLVFPLL EFLSVKEIYN EKELLQGKLD LLSDTNMVDF AMDVYKNLYS DDIPHALRE KRTTVVAQLK QLQAETEPIV KMFEDPETTR QMQSTRDGRM LFDYLADKHG FRQEYLDTLY RYAKFQYECG N YSGAAEYL ...文字列:
MLKIFTCNSH SDLPTNLMAE YDLTTRIAHF LDRHLVFPLL EFLSVKEIYN EKELLQGKLD LLSDTNMVDF AMDVYKNLYS DDIPHALRE KRTTVVAQLK QLQAETEPIV KMFEDPETTR QMQSTRDGRM LFDYLADKHG FRQEYLDTLY RYAKFQYECG N YSGAAEYL YFFRVLVPAT DRNALSSLWG KLASEILMQN WDAAMEDLTR LKETIDNNSV SSPLQSLQQR TWLIHWSLFV FF NHPKGRD NIIDLFLYQP QYLNAIQTMC PHILRYLTTA VITNKDVRKR RQVLKDLVKV IQQESYTYKD PITEFVECLY VNF DFDGAQ KKLRECESVL VNDFFLVACL EDFIENARLF IFETFCRIHQ CISINMLADK LNMTPEEAER WIVNLIRNAR LDAK IDSKL GHVVMGNNAV SPYQQVIEKT KSLSFRSQML AMNIEKKLNQ NSRSEAPNWA TQDSGFY

UniProtKB: Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit E

+
分子 #36: Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit F

分子名称: Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit F
タイプ: protein_or_peptide / ID: 36 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
分子量理論値: 37.84673 KDa
配列文字列: MATPAVSASA PPATPAATPA AAAAPASAPA AAPAPTPAPA PAAAPAAGAA PAAAADPAAA AAAAGTGQTP ASAQAPAQTS APSLPGPAL PGPFPGGRVV RLHPVILASI VDSYERRNEG AARVIGTLLG TVDKHSVEVT NCFSVPHNES EDEVAVDMEF A KNMYELHK ...文字列:
MATPAVSASA PPATPAATPA AAAAPASAPA AAPAPTPAPA PAAAPAAGAA PAAAADPAAA AAAAGTGQTP ASAQAPAQTS APSLPGPAL PGPFPGGRVV RLHPVILASI VDSYERRNEG AARVIGTLLG TVDKHSVEVT NCFSVPHNES EDEVAVDMEF A KNMYELHK KVSPNELILG WYATGHDITE HSVLIHEYYS REAPNPIHLT VDTSLQNGRM SIKAYVSTSM GVPGRTMGVM FT PLTVKYA YYDTERIGVD LIMKTCFSPN RVIGLSSDLQ QVGGASARIQ DALSTVLQYA EDVLSGKVSA DNTVGRFLMS LVN QVPKIV PDDFETMLNS NINDLLMVTY LANLTQSQIA LNEKLVNL

UniProtKB: Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit F

+
分子 #37: Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit K

分子名称: Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit K
タイプ: protein_or_peptide / ID: 37 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
分子量理論値: 25.129709 KDa
配列文字列: MAMFEQMRAN VGKLLKGIDR YNPENLATLE RYVETQAKEN AYDLEANLAV LKLYQFNPAF FQTTVTAQIL LKALTNLPHT DFTLCKCMI DQAHQEERPI RQILYLGDLL ETCHFQAFWQ ALDENMDLLE GITGFEDSVR KFICHVVGIT YQHIDRWLLA E MLGDLTDS ...文字列:
MAMFEQMRAN VGKLLKGIDR YNPENLATLE RYVETQAKEN AYDLEANLAV LKLYQFNPAF FQTTVTAQIL LKALTNLPHT DFTLCKCMI DQAHQEERPI RQILYLGDLL ETCHFQAFWQ ALDENMDLLE GITGFEDSVR KFICHVVGIT YQHIDRWLLA E MLGDLTDS QLKMWMSKYG WSADESGQIF ICSQEESIKP KNIVEKIDFD SVSSIMASSQ

UniProtKB: Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit K

+
分子 #38: Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit L

分子名称: Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit L
タイプ: protein_or_peptide / ID: 38 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
分子量理論値: 71.001477 KDa
配列文字列: PAGGCAQTSA FPAGPRRAEL PAPRRTRGSL SSLSPAVFAS AAAMSYPADD YESEAVYDPY AYPSDYDMHT GDPKQDLAYE RQYEQQTYQ VIPEVIRNFI QYFHKTVSDL IDQKVYELQA SRVSSDVIDQ KVYEIQDIYE NSWTKLTERF FKNTPWPEAE T IAPQVGND ...文字列:
PAGGCAQTSA FPAGPRRAEL PAPRRTRGSL SSLSPAVFAS AAAMSYPADD YESEAVYDPY AYPSDYDMHT GDPKQDLAYE RQYEQQTYQ VIPEVIRNFI QYFHKTVSDL IDQKVYELQA SRVSSDVIDQ KVYEIQDIYE NSWTKLTERF FKNTPWPEAE T IAPQVGND AVFLILYKEL YYRHIYAKVS GGPSLAQRFE SYYNYCNLFN YILNADGPAP LELPNQWLWD IIDEFIYQFQ SF SQYRCKT AKKSEEEIDF LRSNPKIWNV HSVLNVLHSL VDKSNINRQL EVYTSGGDPE SVAGEYGRHS LYKMLGYFSL VGL LRLHSL LGDYYQAIKV LENIELNKKS MYSRVPECQV TTYYYVGFAY LMMRRYQDAI RVFANILLYI QRTKSMFQRT TYKY EMINK QNEQMHALLA IALTMYPMRI DESIHLQLRE KYGDKMLRMQ KGDPQVYEEL FSYSCPKFLS PVVPNYDSVH PNYHK EPFL QQLKVFSDEV QQQAQLSTIR SFLKLYTTMP VAKLAGFLDL TEQEFRIQLL VFKHKMKNLV WTSGISALDG EFQSAS EVD FYIDKDMIHI ADTKVARRYG DFFIRQIHKF EELNRTLKKM GQRP

UniProtKB: Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit L

+
分子 #39: Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit M

分子名称: Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit M
タイプ: protein_or_peptide / ID: 39 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
分子量理論値: 42.555832 KDa
配列文字列: MSVPAFIDIS EEDQAAELRA YLKSKGAEIS EENSEGGLHV DLAQIIEACD VCLKEDDKDV ESVMNSVVSL LLILEPDKQE ALIESLCEK LVKFREGERP SLRLQLLSNL FHGMDKNTPV RYTVYCSLIK VAASCGAIQY IPTELDQVRK WISDWNLTTE K KHTLLRLL ...文字列:
MSVPAFIDIS EEDQAAELRA YLKSKGAEIS EENSEGGLHV DLAQIIEACD VCLKEDDKDV ESVMNSVVSL LLILEPDKQE ALIESLCEK LVKFREGERP SLRLQLLSNL FHGMDKNTPV RYTVYCSLIK VAASCGAIQY IPTELDQVRK WISDWNLTTE K KHTLLRLL YEALVDCKKS DAASKVMVEL LGSYTEDNAS QARVDAHRCI VRALKDPNAF LFDHLLTLKP VKFLEGELIH DL LTIFVSA KLASYVKFYQ NNKDFIDSLG LLHEQNMAKM RLLTFMGMAV ENKEISFDTM QQELQIGADD VEAFVIDAVR TKM VYCKID QTQRKVVVSH STHRTFGKQQ WQQLYDTLNA WKQNLNKVKN SLLSLSDT

UniProtKB: Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit M

+
分子 #40: Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit A

分子名称: Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit A
タイプ: protein_or_peptide / ID: 40 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
分子量理論値: 164.902656 KDa
配列文字列: MPAYFQRPEN ALKRANEFLE VGKKQPALDV LYDVMKSKKH RTWQKIHEPI MLKYLELCVD LRKSHLAKEG LYQYKNICQQ VNIKSLEDV VRAYLKLAEE KTEAAKEESQ QMVLDIEDLD NIQTPESVLL SAVSGEDTQD RTDRLLLTPW VKFLWESYRQ C LDLLRNNS ...文字列:
MPAYFQRPEN ALKRANEFLE VGKKQPALDV LYDVMKSKKH RTWQKIHEPI MLKYLELCVD LRKSHLAKEG LYQYKNICQQ VNIKSLEDV VRAYLKLAEE KTEAAKEESQ QMVLDIEDLD NIQTPESVLL SAVSGEDTQD RTDRLLLTPW VKFLWESYRQ C LDLLRNNS RVERLYHDIA QQAFKFCLQY TRKAEFRKLC DNLRMHLSQI QRHHNQSTAI NLNNPESQSM HLETRLVQLD SA ISMELWQ EAFKAVEDIH GLFSLSKKPP KPQLMANYYN KVSTVFWKSG NALFHASTLH RLYHLSREMR KNLTQDEMQR MST RVLLAT LSIPITPERT DIARLLDMDG IIVEKQRRLA TLLGLQAPPT RIGLINDMVR FNVLQYVVPE VKDLYNWLEV EFNP LKLCE RVTKVLNWVR EQPEKEPELQ QYVPQLQSNT ILRLLQQVAQ IYQSIEFSRL TSLVPFVDAF QLERAIVDAA RHCDL QVRI DHTSRTLSFG SDLNYATRED APIGPHLQSM PSEQIRNQLT AMSSVLAKAL EVIKPAHILQ EKEEQHQLAV TAYLKN SRK EHQRILARRQ TIEERKERLE SLNIQREKEE LEQREAELQK VRKAEEERLR QEAKEREKER ILQEHEQIKK KTVRERL EQ IKKTELGAKA FKDIDIEDLE ELDPDFIMAK QVEQLEKEKK ELQERLKNQE KKIDYFERAK RLEEIPLIKS AYEEQRIK D MDLWEQQEEE RITTMQLERE KALEHKNRMS RMLEDRDLFV MRLKAARQSV YEEKLKQFEE RLAEERHNRL EERKRQRKE ERRITYYREK EEEEQRRAEE QMLKEREERE RAERAKREEE LREYQERVKK LEEVERKKRQ RELEIEERER RREEERRLGE DPLSRRDSR WGDRDSEGTW RKGPEADSEW RRGPPEKEWR RGEGRDDERS HRRDEERPRR VGDDEDRESS LRPDDDRTLR R GMEDDRGP RRGPDEERFS RRGLEDERPS WRSTDDDRPP RRIGEEDRGS WRHAEDDRPP RRGLDDDRGS WRTADEDRGP RR MMDEDRG PRRGGADDER PSWRSADDDR GPRRGIDDDR GPRRGLDDDR GPWRNADDDR IPRRGADDDR GPWRNMDDDR MSR RADDDR ISRRGEDSRP GPWRPFVKPG GWREKEKARE ESWGPPRESR PPEEREWERE RDRDNPDREE NDKDPERERD RERD GDREE RFRRPRDEGG WRRGPAEEAS SWRDSSRRDD RDRDDRRRER DDRRDLRDRR DLRDDRDRRG PPLRSERDEV SSWRR ADDR KDDRAEERDP PRRVPPPVLS RDRDRDRDRD RDRDRERERE REREGEKEKT SWRAEKDRES LRRTKNETDE DGWTTV RR

UniProtKB: Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit A

+
分子 #41: Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit C

分子名称: Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit C
タイプ: protein_or_peptide / ID: 41 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
分子量理論値: 105.706156 KDa
配列文字列: MSRFFTTGSD SESESSLSGE ELVTKPVGGN YGKQPLLLSE DEEDTKRVVR SAKDKRFEEL TNLIRTIRNA MKIRDVTKCL EEFELLGKA YGKAKSIVDK EGVPRFYIRI LADLEDYLNE LWEDKEGKKK MNKNNAKALS TLRQKIRKYN RDFESHITNY K QNPEQSAD ...文字列:
MSRFFTTGSD SESESSLSGE ELVTKPVGGN YGKQPLLLSE DEEDTKRVVR SAKDKRFEEL TNLIRTIRNA MKIRDVTKCL EEFELLGKA YGKAKSIVDK EGVPRFYIRI LADLEDYLNE LWEDKEGKKK MNKNNAKALS TLRQKIRKYN RDFESHITNY K QNPEQSAD EDAEKNEEDS EGSSDEDEDE DGVSAAAFLK KKAEAPSGES RKFLKKMEDE DEDSEDSEDD EEWDTGSTSS DS DSEEEEG KQTALASRFL KKAPTTEEDK KAAEKKREDK AKKKHDRKSK RLDEEEEDNE GGEWERVRGG VPLVKEKPKM FAK GTEITH AVVIKKLNEI LQARGKKGTD RAAQIELLQL LVQIASENNL GEGVIVKIKF NIIASLYDYN PNLATYMKPE MWQK CLDCI NELMDILFAN PNIFVGENIL EESENLQNVD QPLRVRGCIL TLVERMDEEF TKIMQNTDPH SQEYVEHLKD EAQVC AIIE RVQRYLEEKG TTEEICRVYL RRILHTYYKF DYKAHQRQLT PPEGSSKSEQ DQAENEGEDS AVLMERLCKY IYAKDR TDR IRTCAILCHI YHHALHSRWY QARDLMLMSH LQDNIQHADP PVQILYNRTM VQLGICAFRQ GLTKDAHNAL LDIQSSG RA KELLGQGLLL RSLQERNQEQ EKVERRRQEP FHLHINLELL ECVYLVSAML LEIPYMAAHE SDARRRMISK QFHHQLRV G ERQPLLGPPE SMREHVVAAS KAMKMGDWKT CHSFIINEKM NGKVWDLFPE ADKVRTMLVR KIQEESLRTY LFTYSSVYD SISMETLSDM FELDLPTVHS IISKMIINEE LMASLDQPTQ TVVMHRTEPT AQQNLALQLA EKLGSLVENN ERVFDHKQGT YGGYFRDQK DGYRKNEGYM RRGGYRQQQS QTAY

UniProtKB: Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit C

+
分子 #42: Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit D

分子名称: Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit D
タイプ: protein_or_peptide / ID: 42 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
分子量理論値: 64.517199 KDa
配列文字列: MANDENTDGV NKSEKMEKMC EFIRPMVQNN PDGWGPCELP DQFKDIPYQP FSKSDRLGKI SDWTGTAYQD KKFQNKYNSQ FGGSGMKAY AYEHDEDETT FHLVDTTRVQ KPPYQRGRFG QRNQRMRGRG GQRGGMSQMQ ALGKLKIHER DRRGQNKRWT R RNQAPIKM ...文字列:
MANDENTDGV NKSEKMEKMC EFIRPMVQNN PDGWGPCELP DQFKDIPYQP FSKSDRLGKI SDWTGTAYQD KKFQNKYNSQ FGGSGMKAY AYEHDEDETT FHLVDTTRVQ KPPYQRGRFG QRNQRMRGRG GQRGGMSQMQ ALGKLKIHER DRRGQNKRWT R RNQAPIKM RDASVTVRPD WVTIEEMDFP RLSKLTLPGV KEGEDVLCCG AVEYYDKSYD RVNVKNEKPL QRIDRIFHTV TT TDDPVIR KLSKTEGNVY ATDAILATIM CCTRSNYSWD IVIEKIGNKL FFDKRDNTEF DLLTVNETSV EPPQDDGNSL NSP RNLALE ATFINHNFSQ QVLKSNEPRY KFDEPNPFIS EEEEGEVASV AYRYRKWDLN NGITLIARCE HDAVMQGPNN ETQF LTIKA LNEWDSKLAN GVEWRRKLDT QRGAVLANEL RNNACKLAKW TVQALLAGSD QLKFGYVSRA SVRDSSKHVI LETQQ YKPN EFATQINLNM DNAWGILRCI IDICMNQKDG KYLIMKDPNK PMIRLYDIPD NTFESEGEEE DSDEEEQVKD AFQR

UniProtKB: Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit D

+
分子 #43: Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit H

分子名称: Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit H
タイプ: protein_or_peptide / ID: 43 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
分子量理論値: 41.083531 KDa
配列文字列: LPTAHAQSVP QMASRKEGTG SGGTSSSSAT GVVGKGKGKG GSGDSAVKQV QIDGLVVLKI IKHYQEEGQG TEVVQGVLLG LVVEDRLEI TNCFPFPQHT EDDADFDEVQ YQMEMMRSLR HVNIDHLHVG WYQSTYYGSF VTRALLDSQF SYQHAIEESV V LIYDPIKT ...文字列:
LPTAHAQSVP QMASRKEGTG SGGTSSSSAT GVVGKGKGKG GSGDSAVKQV QIDGLVVLKI IKHYQEEGQG TEVVQGVLLG LVVEDRLEI TNCFPFPQHT EDDADFDEVQ YQMEMMRSLR HVNIDHLHVG WYQSTYYGSF VTRALLDSQF SYQHAIEESV V LIYDPIKT AQGSLSLKAY RLTPKLMEVC KEKDFSPEAL KKANITFEHM FEEVPIVIKN SHLINVLMWE LEKKSAVADK HE LLSLASS NHLGKNLQLL MDRVDEMSQD IVKYNTYMRN TSKQQQQKHQ YQQRRQQENM QRQSRGEPPL PEEDLSKLFK PPQ PPARMD SLLIAGQINT YCQNIKEFTA QNLGKLFMAQ ALQEYNN

UniProtKB: Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit H

+
分子 #45: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 45 / コピー数: 1 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

+
分子 #46: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 46 / コピー数: 1 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 7.5
グリッドモデル: Quantifoil, UltrAuFoil, R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細: Grids were blotted for 2.5s and flash cooled in liquid ethane.

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-40 / 撮影したグリッド数: 1 / 平均露光時間: 8.0 sec. / 平均電子線量: 56.9 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

詳細The microscope was equipped with an energy filter with slits aperture of 20eV, installed before the detector.
粒子像選択選択した数: 915647
初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.36 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION / 使用した粒子像数: 23444
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION
FSC曲線 (解像度の算出)

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る