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- EMDB-21391: Cryo-EM structure of porcine epidemic diarrhea virus (PEDV) spike... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-21391
タイトルCryo-EM structure of porcine epidemic diarrhea virus (PEDV) spike protein
マップデータ
試料
  • 複合体: Porcine epidemic diarrhea virus spike protein
    • タンパク質・ペプチド: Spike glycoprotein
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: PALMITOLEIC ACID
キーワードglycoprotein / surface / receptor-binding / membrane fusion / VIRAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated virion attachment to host cell / endocytosis involved in viral entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
Spike glycoprotein, Alphacoronavirus / Spike glycoprotein S1, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S2, intravirion / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 2 / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 1 (HR1) region profile. ...Spike glycoprotein, Alphacoronavirus / Spike glycoprotein S1, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S2, intravirion / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 2 / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 1 (HR1) region profile. / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 2 (HR2) region profile. / Spike glycoprotein S2 superfamily, coronavirus / Spike glycoprotein S2, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S2
類似検索 - ドメイン・相同性
Spike glycoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Porcine epidemic diarrhea virus (ブタ流行性下痢ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Kirchdoerfer RN / Ward AB
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI123498 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI127521 米国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2021
タイトル: Structure and immune recognition of the porcine epidemic diarrhea virus spike protein.
著者: Robert N Kirchdoerfer / Mahesh Bhandari / Olnita Martini / Leigh M Sewall / Sandhya Bangaru / Kyoung-Jin Yoon / Andrew B Ward /
要旨: Porcine epidemic diarrhea virus (PEDV) is an alphacoronavirus responsible for significant morbidity and mortality in pigs. A key determinant of viral tropism and entry, the PEDV spike protein is a ...Porcine epidemic diarrhea virus (PEDV) is an alphacoronavirus responsible for significant morbidity and mortality in pigs. A key determinant of viral tropism and entry, the PEDV spike protein is a key target for the host antibody response and a good candidate for a protein-based vaccine immunogen. We used electron microscopy to evaluate the PEDV spike structure, as well as pig polyclonal antibody responses to viral infection. The structure of the PEDV spike reveals a configuration similar to that of HuCoV-NL63. Several PEDV protein-protein interfaces are mediated by non-protein components, including a glycan at Asn264 and two bound palmitoleic acid molecules. The polyclonal antibody response to PEDV infection shows a dominance of epitopes in the S1 region. This structural and immune characterization provides insights into coronavirus spike stability determinants and explores the immune landscape of viral spike proteins.
履歴
登録2020年2月17日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年2月26日-
マップ公開2020年2月26日-
更新2024年11月20日-
現状2024年11月20日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.035
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.035
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6vv5
  • 表面レベル: 0.035
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_21391.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_21391.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 83.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.15 Å/pix.
x 280 pix.
= 322. Å		1.15 Å/pix.
x 280 pix.
= 322. Å		1.15 Å/pix.
x 280 pix.
= 322. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.15 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.035 / ムービー #1: 0.035
最小 - 最大-0.11378142 - 0.18057886
平均 (標準偏差)0.00007580524 (±0.0069649033)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ280280280
Spacing280280280
セルA=B=C: 322.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.151.151.15
M x/y/z280280280
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z322.000322.000322.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ400400400
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS280280280
D min/max/mean-0.1140.1810.000

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_21391_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: First half map

ファイルemd_21391_half_map_1.map
注釈First half map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Second half map

ファイルemd_21391_half_map_2.map
注釈Second half map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Porcine epidemic diarrhea virus spike protein

全体名称: Porcine epidemic diarrhea virus spike protein
要素
  • 複合体: Porcine epidemic diarrhea virus spike protein
    • タンパク質・ペプチド: Spike glycoprotein
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: PALMITOLEIC ACID

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超分子 #1: Porcine epidemic diarrhea virus spike protein

超分子名称: Porcine epidemic diarrhea virus spike protein / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
詳細: Recombinantly expressed in insect cells using a baculovirus vector.
由来(天然)生物種: Porcine epidemic diarrhea virus (ブタ流行性下痢ウイルス)
株: 13-019349
分子量理論値: 600 KDa

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分子 #1: Spike glycoprotein

分子名称: Spike glycoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Porcine epidemic diarrhea virus (ブタ流行性下痢ウイルス)
分子量理論値: 148.463656 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: LPQDVTRCSA NTNFRRFFSK FNVQAPAVVV LGGYLPIGEN QGVNSTWYCA GQHPTASGVH GIFVSHIRGG HGFEIGISQE PFDPSGYQL YLHKATNGNT NATARLRICQ FPSIKTLGPT ANNDVTTGRN CLFNKAIPAH MSEHSVVGIT WDNDRVTVFS D KIYYFYFK ...文字列:
LPQDVTRCSA NTNFRRFFSK FNVQAPAVVV LGGYLPIGEN QGVNSTWYCA GQHPTASGVH GIFVSHIRGG HGFEIGISQE PFDPSGYQL YLHKATNGNT NATARLRICQ FPSIKTLGPT ANNDVTTGRN CLFNKAIPAH MSEHSVVGIT WDNDRVTVFS D KIYYFYFK NDWSRVATKC YNSGGCAMQY VYEPTYYMLN VTSAGEDGIS YQPCTANCIG YAANVFATEP NGHIPEGFSF NN WFLLSND STLVHGKVVS NQPLLVNCLL AIPKIYGLGQ FFSFNQTIDG VCNGAAVQRA PEALRFNIND ISVILAEGSI VLH TALGTN FSFVCSNSSN PHLATFAIPL GATQVPYYCF LKVDTYNSTV YKFLAVLPPT VREIVITKYG DVYVNGFGYL HLGL LDAVT INFTGHGTDD DVSGFWTIAS TNFVDALIEV QGTAIQRILY CDDPVSQLKC SQVAFDLDDG FYTISSRNLL SHEQP ISFV TLPSFNDHSF VNITVSASFG GHSGANLIAS DTTINGFSSF CVDTRQFTIS LFYNVTNSYG YVSKSQDSNC PFTLQS VND YLSFSKFCVS TSLLASACTI DLFGYPEFGS GVKFTSLYFQ FTKGELITGT PKPFEGVTDV SFMTLDVCTK YTIYGFK GE GIITLTNSSF LAGVYYTSDS GQLLAFKNVT SGAVYSVTPC SFSEQAAYVD DDIVGVISSL SSSTFNSTRE LPGFFYHS N DGSNCTEPVL VYSNIGVCKS GSIGYVPSQS GQVKIAPTVT GNISIPTNFS MSIRTEYLQL YNTPVSVDCA TYVCNGNSR CKQLLTQYTA ACKTIESALQ LSARLESVEV NSMLTISDEA LQLATISSFN GDGYNFTNVL GVSVYDPASG RVVQKRSFIE DLLFNKVVT NGLGTVDEDY KRCSNGRSVA DLVCAQYYSG VMVLPGVVDA EKLHMYSASL IGGMVLGGFT SAAALPFSYA V QARLNYLA LQTDVLQRNQ QLLAESFNSA IGNITSAFES VKEAISQTSK GLNTVAHALT KVQEVVNSQG AALTQLTVQL QH NFQAISS SIDDIYSRLD ILSADAQVDR LITGRLSALN AFVAQTLTKY TEVQASRKLA QQKVNECVKS QSQRYGFCGG DGE HIFSLV QAAPQGLLFL HTVLVPSDFV DVIAIAGLCV NDEIALTLRE PGLVLFTHEL QNHTATEYFV SSRRMFEPRK PTVS DFVQI ESCVVTYVNL TRDQLPDVIP DYIDVNKTLD EILASLPNRT GPSLPLDVFN ATYLNLTGEI ADLEQRSESL RNTTE ELQS LIYNINNTLV DLEWLNRVET GSGYIPEAPR DGQAYVRKDG EWVLLSTFLE NLYFQGGHHH HHHAWSHPQF EK

UniProtKB: Spike glycoprotein

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分子 #5: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 15 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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分子 #6: PALMITOLEIC ACID

分子名称: PALMITOLEIC ACID / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 6 / 式: PAM
分子量理論値: 254.408 Da
Chemical component information

ChemComp-PAM:
PALMITOLEIC ACID / パルミトレイン酸

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1.3 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
構成要素:
濃度名称
25.0 mMTris
150.0 mMsodium chloride
グリッドモデル: UltrAuFoil / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING / 前処理 - 時間: 7 sec. / 前処理 - 雰囲気: OTHER
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI ARCTICA
温度最高: 100.0 K
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-64 / 撮影したグリッド数: 1 / 平均露光時間: 12.8 sec. / 平均電子線量: 54.9 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
最大 デフォーカス（公称値）: 1.4000000000000001 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 0.6 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 19436
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: SGD initial model generation
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C3 (3回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0) / 使用した粒子像数: 19436
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

5szs


Chain - Chain ID: A / Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: OTHER
得られたモデル

PDB-6vv5:
Cryo-EM structure of porcine epidemic diarrhea virus (PEDV) spike protein

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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