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万見
- EMDB-21384: Map of an acid-sensing ion channel in a desensitized state after ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-21384
タイトルMap of an acid-sensing ion channel in a desensitized state after photo-uncaging protons.
マップデータFull map of an acid-sensing ion channel in a desensitized state after photo-uncaging protons.
試料
  • 複合体: Acid-sensing ion channel
    • タンパク質・ペプチド: Acid-sensing ion channel
生物種Gallus gallus (ニワトリ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Yoder N / Jalali-Yazdi F / Gouaux E
資金援助 米国, 4件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disease (NIH/NIDDK)5T32DK007680 米国
National Institutes of Health/National Institute of Neurological Disorders and Stroke (NIH/NINDS)5F31NS096782 米国
National Institutes of Health/National Institute of Neurological Disorders and Stroke (NIH/NINDS)5R01NS038631 米国
National Institutes of Health/National Institute of Neurological Disorders and Stroke (NIH/NINDS)5F32MH115595 米国
引用ジャーナル: J Struct Biol / 年: 2020
タイトル: Light-coupled cryo-plunger for time-resolved cryo-EM.
著者: Nate Yoder / Farzad Jalali-Yazdi / Sigrid Noreng / Alexandra Houser / Isabelle Baconguis / Eric Gouaux /
要旨: Proteins are dynamic molecules that can undergo rapid conformational rearrangements in response to stimuli. These structural changes are often critical to protein function, and thus elucidating time- ...Proteins are dynamic molecules that can undergo rapid conformational rearrangements in response to stimuli. These structural changes are often critical to protein function, and thus elucidating time-dependent conformational landscapes has been a long-standing goal of structural biology. To harness the power of single particle cryo-EM methods to enable 'time-resolved' structure determination, we have developed a light-coupled cryo-plunger that pairs flash-photolysis of caged ligands with rapid sample vitrification. The 'flash-plunger' consists of a high-power ultraviolet LED coupled with focusing optics and a motorized linear actuator, enabling the user to immobilize protein targets in vitreous ice within a programmable time window - as short as tens of milliseconds - after stimulus delivery. The flash-plunger is a simple, inexpensive and flexible tool to explore short-lived conformational states previously unobtainable by conventional sample preparation methods.
履歴
登録2020年2月13日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年10月7日-
マップ公開2020年10月7日-
更新2020年10月21日-
現状2020年10月21日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.18
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.18
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_21384.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_21384.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Full map of an acid-sensing ion channel in a desensitized state after photo-uncaging protons.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 400 pix.
= 332. Å		0.83 Å/pix.
x 400 pix.
= 332. Å		0.83 Å/pix.
x 400 pix.
= 332. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.83 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.18 / ムービー #1: 0.18
最小 - 最大-0.58375794 - 1.6548045
平均 (標準偏差)-0.0014565802 (±0.03140866)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 332.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.830.830.83
M x/y/z400400400
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z332.000332.000332.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS400400400
D min/max/mean-0.5841.655-0.001

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添付データ

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追加マップ: A map of the extracellular domain of an...

ファイルemd_21384_additional_1.map
注釈A map of the extracellular domain of an acid-sensing ion channel in a proton-bound conformation after photo-uncaging protons.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Acid-sensing ion channel

全体名称: Acid-sensing ion channel
要素
  • 複合体: Acid-sensing ion channel
    • タンパク質・ペプチド: Acid-sensing ion channel

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超分子 #1: Acid-sensing ion channel

超分子名称: Acid-sensing ion channel / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / 詳細: Map of the entire channel.
由来(天然)生物種: Gallus gallus (ニワトリ)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 180 KDa

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分子 #1: Acid-sensing ion channel

分子名称: Acid-sensing ion channel / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Gallus gallus (ニワトリ)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MMDLKVDEEE VDSGQPVSIQ AFASSSTLHG ISHIFSYERL SLKRVVWALC FMGSLALLAL VCTNRIQYY FLYPHVTKLD EVAATRLTFP AVTFCNLNEF RFSRVTKNDL YHAGELLALL N NRYEIPDT QTADEKQLEI LQDKANFRNF KPKPFNMLEF YDRAGHDIRE ...文字列:
MMDLKVDEEE VDSGQPVSIQ AFASSSTLHG ISHIFSYERL SLKRVVWALC FMGSLALLAL VCTNRIQYY FLYPHVTKLD EVAATRLTFP AVTFCNLNEF RFSRVTKNDL YHAGELLALL N NRYEIPDT QTADEKQLEI LQDKANFRNF KPKPFNMLEF YDRAGHDIRE MLLSCFFRGE QC SPEDFKV VFTRYGKCYT FNAGQDGKPR LITMKGGTGN GLEIMLDIQQ DEYLPVWGET DET SFEAGI KVQIHSQDEP PLIDQLGFGV APGFQTFVSC QEQRLIYLPP PWGDCKATTG DSEF YDTYS ITACRIDCET RYLVENCNCR MVHMPGDAPY CTPEQYKECA DPALDFLVEK DNEYC VCEM PCNVTRYGKE LSMVKIPSKA SAKYLAKKYN KSEQYIGENI LVLDIFFEAL NYETIE QKK AYEVAGLLGD IGGQMGLFIG ASILTVLELF DYAYEVIKHR LCRRGKCRKN HKRNNTD KG VALSMDDVKR HNPCESLRGH PAGMTYAANI LPHHPARGTF EDFTC

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1.00 mg/mL
緩衝液pH: 8
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 材質: GOLD / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE / チャンバー内湿度: 70 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: HOMEMADE PLUNGER
詳細: Specimen was frozen on a custom-made manual plunge apparatus in a cold room environment maintained at high humidity. Vitrification occurred following 25 ms of exposure to high power UV irradiation..

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析 #1

Image processing ID1
CTF補正ソフトウェア - 名称: Gctf
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2) / 使用した粒子像数: 45135
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2)

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画像解析 #2

Image processing ID2
CTF補正ソフトウェア - 名称: Gctf
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2)
詳細: Final statistics associated with local refinement of extracellular domain region.
使用した粒子像数: 45135
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2)
詳細: Local refinement done on region of the map corresponding to the less-flexible extracellular domain. Particle subtraction done to removed transmembrane region. All data processing was performed in cryoSPARC V2.

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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