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- EMDB-21376: Single particle reconstruction of HemQ from Geobacillus based on ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-21376
タイトルSingle particle reconstruction of HemQ from Geobacillus based on data acquired in the presence of substantial aberrations
マップデータThe pixel spacing corresponds to the detector pixel. The data were collected in superresolution mode so the data pixel is 0.455.
試料
  • 複合体: HemQ
    • タンパク質・ペプチド: HemQ
キーワードoxidoreductase / heme-binding
機能・相同性Coproheme decarboxylase / Heme-dependent peroxidase ChdC/CLD / Chlorite dismutase / Dimeric alpha-beta barrel / heme biosynthetic process / peroxidase activity / heme binding / metal ion binding / Coproheme decarboxylase
機能・相同性情報
生物種Geobacillus sp. (strain Y412MC52) (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Bromberg R / Guo Y
資金援助 米国, 5件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM117080 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM118619 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R21GM126406 米国
Department of Energy (DOE, United States)DE-SC0019600 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)HHSN272201700060C 米国
引用
ジャーナル: IUCrJ / 年: 2020
タイトル: High-resolution cryo-EM reconstructions in the presence of substantial aberrations.
著者: Raquel Bromberg / Yirui Guo / Dominika Borek / Zbyszek Otwinowski /
要旨: Here, an analysis is performed of how uncorrected antisymmetric aberrations, such as coma and trefoil, affect cryo-EM single-particle reconstruction (SPR) results, and an analytical formula ...Here, an analysis is performed of how uncorrected antisymmetric aberrations, such as coma and trefoil, affect cryo-EM single-particle reconstruction (SPR) results, and an analytical formula quantifying information loss owing to their presence is inferred that explains why Fourier-shell coefficient-based statistics may report significantly overestimated resolution if these aberrations are not fully corrected. The analysis is validated with reference-based aberration refinement for two cryo-EM SPR data sets acquired with a 200 kV microscope in the presence of coma exceeding 40 µm, and 2.3 and 2.7 Å reconstructions for 144 and 173 kDa particles, respectively, were obtained. The results provide a description of an efficient approach for assessing information loss in cryo-EM SPR data acquired in the presence of higher order aberrations, and address inconsistent guidelines regarding the level of aberrations that is acceptable in cryo-EM SPR experiments.
#1: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2020
タイトル: High-resolution cryo-EM reconstructions in the presence of substantial aberrations
著者: Bromberg R / Guo Y / Borek D / Otwinowski Z
履歴
登録2020年2月11日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年2月19日-
マップ公開2020年2月19日-
更新2024年3月6日-
現状2024年3月6日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.75
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.75
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6vsc
  • 表面レベル: 0.75
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_21376.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_21376.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈The pixel spacing corresponds to the detector pixel. The data were collected in superresolution mode so the data pixel is 0.455.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.91 Å/pix.
x 256 pix.
= 232.96 Å		0.91 Å/pix.
x 256 pix.
= 232.96 Å		0.91 Å/pix.
x 256 pix.
= 232.96 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.91 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.75 / ムービー #1: 0.75
最小 - 最大-1.4984062 - 3.8149874
平均 (標準偏差)0.008714601 (±0.110630356)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 232.96 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.910.910.91
M x/y/z256256256
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z232.960232.960232.960
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS256256256
D min/max/mean-1.4983.8150.009

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : HemQ

全体名称: HemQ
要素
  • 複合体: HemQ
    • タンパク質・ペプチド: HemQ

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超分子 #1: HemQ

超分子名称: HemQ / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Geobacillus sp. (strain Y412MC52) (バクテリア)
分子量理論値: 144 KDa

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分子 #1: HemQ

分子名称: HemQ / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 5 / 光学異性体: LEVO
EC番号: 酸化還元酵素; 過酸化物を電子受容体にする; ペルオキシダーゼ
由来(天然)生物種: Geobacillus sp. (strain Y412MC52) (バクテリア)
株: Y412MC52
分子量理論値: 28.817609 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MSEAAQTLDG WYCLHDFRTI DWSAWKTLPN EEREAAISEF LALVDQWETT ESEKQGSHAV YTIVGQKADI LFMILRPTLD ELHEIETAL NKTKLADYLL PAYSYVSVVE LSNYLASGSE DPYQIPEVRR RLYPILPKTN YICFYPMDKR RQGNDNWYML S MEQRRELM ...文字列:
MSEAAQTLDG WYCLHDFRTI DWSAWKTLPN EEREAAISEF LALVDQWETT ESEKQGSHAV YTIVGQKADI LFMILRPTLD ELHEIETAL NKTKLADYLL PAYSYVSVVE LSNYLASGSE DPYQIPEVRR RLYPILPKTN YICFYPMDKR RQGNDNWYML S MEQRRELM RAHGMTGRKY AGKVTQIITG SVGLDDFEWG VTLFSDDALQ FKKLVYEMRF DEVSARFGEF GSFFVGTRLP ME NVSSFFH V

UniProtKB: Coproheme decarboxylase

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度28 mg/mL
緩衝液pH: 7.5 / 構成要素 - 濃度: 20.0 mM / 構成要素 - 名称: HEPES / 詳細: 100 mM NaCl
グリッド詳細: unspecified
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS TALOS
アライメント法Basic - Residual tilt: 7.0 mrad
詳細The goal of the experiment was to show that it is possible to perform high resolution reconstruction in the presence of higher order aberrations.
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 3838 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3710 pixel / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-100 / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 257 / 平均露光時間: 40.0 sec. / 平均電子線量: 90.0 e/Å2 / 詳細: 173 movies were used in the reconstruction.
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN

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画像解析

粒子像選択選択した数: 236091
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C5 (5回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 詳細: Custom
詳細: There is very strong preferred orientation that generates a number of problems, in addition to high level of aberrations.
使用した粒子像数: 129446
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT / ソフトウェア - 名称: cisTEM
最終 角度割当タイプ: OTHER
詳細: Custom software applying weighted correlation coefficients
最終 3次元分類クラス数: 100

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

1t0t


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
詳細COOT was crucial as well.
精密化空間: RECIPROCAL / プロトコル: OTHER / 当てはまり具合の基準: REFMAC
得られたモデル

PDB-6vsc:
Single particle reconstruction of HemQ from Geobacillus based on data acquired in the presence of substantial aberrations

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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