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- EMDB-21367: Cryo-EM structure of Cas13(crRNA) -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-21367
タイトルCryo-EM structure of Cas13(crRNA)
マップデータCas13(crRNA)
試料
  • 複合体: Cas13-crRNA complex
    • タンパク質・ペプチド: CRISPR-associated endoribonuclease Cas13a
    • RNA: RNA (51-MER)
キーワードCRISPR-Cas system / Cas13 / IMMUNE SYSTEM / TypeVI
機能・相同性: / defense response to virus / endonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / RNA binding / CRISPR-associated endoribonuclease Cas13a
機能・相同性情報
生物種Listeria seeligeri (バクテリア) / Listeria seeligeri serovar 1/2b (strain ATCC 35967 / DSM 20751 / CIP 100100 / SLCC 3954) (バクテリア) / Listeria seeligeri serovar 1/2b str. SLCC3954 (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Jia N / Meeske AJ
引用ジャーナル: Science / 年: 2020
タイトル: A phage-encoded anti-CRISPR enables complete evasion of type VI-A CRISPR-Cas immunity.
著者: Alexander J Meeske / Ning Jia / Alice K Cassel / Albina Kozlova / Jingqiu Liao / Martin Wiedmann / Dinshaw J Patel / Luciano A Marraffini /
要旨: The CRISPR RNA (crRNA)-guided nuclease Cas13 recognizes complementary viral transcripts to trigger the degradation of both host and viral RNA during the type VI CRISPR-Cas antiviral response. ...The CRISPR RNA (crRNA)-guided nuclease Cas13 recognizes complementary viral transcripts to trigger the degradation of both host and viral RNA during the type VI CRISPR-Cas antiviral response. However, how viruses can counteract this immunity is not known. We describe a listeriaphage (ϕLS46) encoding an anti-CRISPR protein (AcrVIA1) that inactivates the type VI-A CRISPR system of Using genetics, biochemistry, and structural biology, we found that AcrVIA1 interacts with the guide-exposed face of Cas13a, preventing access to the target RNA and the conformational changes required for nuclease activation. Unlike inhibitors of DNA-cleaving Cas nucleases, which cause limited immunosuppression and require multiple infections to bypass CRISPR defenses, a single dose of AcrVIA1 delivered by an individual virion completely dismantles type VI-A CRISPR-mediated immunity.
履歴
登録2020年2月7日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年3月4日-
マップ公開2020年6月10日-
更新2024年3月6日-
現状2024年3月6日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.025
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.025
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6vrc
  • 表面レベル: 0.025
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_21367.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_21367.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 28.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Cas13(crRNA)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.08 Å/pix.
x 196 pix.
= 211.68 Å		1.08 Å/pix.
x 196 pix.
= 211.68 Å		1.08 Å/pix.
x 196 pix.
= 211.68 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.08 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.025 / ムービー #1: 0.025
最小 - 最大-0.111940406 - 0.2286021
平均 (標準偏差)0.00024842937 (±0.004725863)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ196196196
Spacing196196196
セルA=B=C: 211.68001 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.081.081.08
M x/y/z196196196
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z211.680211.680211.680
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ180180180
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS196196196
D min/max/mean-0.1120.2290.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Cas13-crRNA complex

全体名称: Cas13-crRNA complex
要素
  • 複合体: Cas13-crRNA complex
    • タンパク質・ペプチド: CRISPR-associated endoribonuclease Cas13a
    • RNA: RNA (51-MER)

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超分子 #1: Cas13-crRNA complex

超分子名称: Cas13-crRNA complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Listeria seeligeri (バクテリア)
分子量理論値: 130 KDa

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分子 #1: CRISPR-associated endoribonuclease Cas13a

分子名称: CRISPR-associated endoribonuclease Cas13a / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
由来(天然)生物種: Listeria seeligeri serovar 1/2b (strain ATCC 35967 / DSM 20751 / CIP 100100 / SLCC 3954) (バクテリア)
株: ATCC 35967 / DSM 20751 / CIP 100100 / SLCC 3954
分子量理論値: 133.295297 KDa
組換発現生物種: Listeria seeligeri (バクテリア)
配列文字列: MWISIKTLIH HLGVLFFCDY MYNRREKKII EVKTMRITKV EVDRKKVLIS RDKNGGKLVY ENEMQDNTEQ IMHHKKSSFY KSVVNKTIC RPEQKQMKKL VHGLLQENSQ EKIKVSDVTK LNISNFLNHR FKKSLYYFPE NSPDKSEEYR IEINLSQLLE D SLKKQQGT ...文字列:
MWISIKTLIH HLGVLFFCDY MYNRREKKII EVKTMRITKV EVDRKKVLIS RDKNGGKLVY ENEMQDNTEQ IMHHKKSSFY KSVVNKTIC RPEQKQMKKL VHGLLQENSQ EKIKVSDVTK LNISNFLNHR FKKSLYYFPE NSPDKSEEYR IEINLSQLLE D SLKKQQGT FICWESFSKD MELYINWAEN YISSKTKLIK KSIRNNRIQS TESRSGQLMD RYMKDILNKN KPFDIQSVSE KY QLEKLTS ALKATFKEAK KNDKEINYKL KSTLQNHERQ IIEELKENSE LNQFNIEIRK HLETYFPIKK TNRKVGDIRN LEI GEIQKI VNHRLKNKIV QRILQEGKLA SYEIESTVNS NSLQKIKIEE AFALKFINAC LFASNNLRNM VYPVCKKDIL MIGE FKNSF KEIKHKKFIR QWSQFFSQEI TVDDIELASW GLRGAIAPIR NEIIHLKKHS WKKFFNNPTF KVKKSKIING KTKDV TSEF LYKETLFKDY FYSELDSVPE LIINKMESSK ILDYYSSDQL NQVFTIPNFE LSLLTSAVPF APSFKRVYLK GFDYQN QDE AQPDYNLKLN IYNEKAFNSE AFQAQYSLFK MVYYQVFLPQ FTTNNDLFKS SVDFILTLNK ERKGYAKAFQ DIRKMNK DE KPSEYMSYIQ SQLMLYQKKQ EEKEKINHFE KFINQVFIKG FNSFIEKNRL TYICHPTKNT VPENDNIEIP FHTDMDDS N IAFWLMCKLL DAKQLSELRN EMIKFSCSLQ STEEISTFTK AREVIGLALL NGEKGCNDWK ELFDDKEAWK KNMSLYVSE ELLQSLPYTQ EDGQTPVINR SIDLVKKYGT ETILEKLFSS SDDYKVSAKD IAKLHEYDVT EKIAQQESLH KQWIEKPGLA RDSAWTKKY QNVINDISNY QWAKTKVELT QVRHLHQLTI DLLSRLAGYM SIADRDFQFS SNYILERENS EYRVTSWILL S ENKNKNKY NDYELYNLKN ASIKVSSKND PQLKVDLKQL RLTLEYLELF DNRLKEKRNN ISHFNYLNGQ LGNSILELFD DA RDVLSYD RKLKNAVSKS LKEILSSHGM EVTFKPLYQT NHHLKIDKLQ PKKIHHLGEK STVSSNQVSN EYCQLVRTLL TMK HHHHHH

UniProtKB: CRISPR-associated endoribonuclease Cas13a

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分子 #2: RNA (51-MER)

分子名称: RNA (51-MER) / タイプ: rna / ID: 2 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Listeria seeligeri serovar 1/2b str. SLCC3954 (バクテリア)
分子量理論値: 19.049383 KDa
配列文字列:
GACUACCUCU AUAUGAAAGA GGACUAAAAC CAUAUUUCCA AACUCCACUU UGACUACACC

GENBANK: GENBANK: FN557490.1

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.5 mg/mL
緩衝液pH: 7.5 / 構成要素 - 式: Tris / 詳細: 20 mM Tris, pH 7.5, 150 mM NaCl, 2 mM DTT
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 1.23 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1) / 使用した粒子像数: 190543
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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