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- EMDB-21231: De novo designed tetrahedral nanoparticle T33_dn2 presenting BG50... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-21231
タイトルDe novo designed tetrahedral nanoparticle T33_dn2 presenting BG505 SOSIP trimers
マップデータDe novo designed tetrahedral nanoparticle T33_dn2 presenting BG505 SOSIP trimers, post-processed cryoEM map
試料
  • 複合体: De novo designed tetrahedral nanoparticle BG505 SOSIP-T33_dn2
    • タンパク質・ペプチド: T33_dn2A
    • タンパク質・ペプチド: T33_dn2B
キーワードHIV Env / de novo / nanoparticles / vaccine design / DE NOVO PROTEIN
生物種synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.6 Å
データ登録者Ward AB / Antanasijevic A
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
Bill & Melinda Gates FoundationOPP1115782 米国
引用ジャーナル: NPJ Vaccines / 年: 2020
タイトル: Targeting HIV Env immunogens to B cell follicles in nonhuman primates through immune complex or protein nanoparticle formulations.
著者: Jacob T Martin / Christopher A Cottrell / Aleksandar Antanasijevic / Diane G Carnathan / Benjamin J Cossette / Chiamaka A Enemuo / Etse H Gebru / Yury Choe / Federico Viviano / Stephanie ...著者: Jacob T Martin / Christopher A Cottrell / Aleksandar Antanasijevic / Diane G Carnathan / Benjamin J Cossette / Chiamaka A Enemuo / Etse H Gebru / Yury Choe / Federico Viviano / Stephanie Fischinger / Talar Tokatlian / Kimberly M Cirelli / George Ueda / Jeffrey Copps / Torben Schiffner / Sergey Menis / Galit Alter / William R Schief / Shane Crotty / Neil P King / David Baker / Guido Silvestri / Andrew B Ward / Darrell J Irvine /
要旨: Following immunization, high-affinity antibody responses develop within germinal centers (GCs), specialized sites within follicles of the lymph node (LN) where B cells proliferate and undergo somatic ...Following immunization, high-affinity antibody responses develop within germinal centers (GCs), specialized sites within follicles of the lymph node (LN) where B cells proliferate and undergo somatic hypermutation. Antigen availability within GCs is important, as B cells must acquire and present antigen to follicular helper T cells to drive this process. However, recombinant protein immunogens such as soluble human immunodeficiency virus (HIV) envelope (Env) trimers do not efficiently accumulate in follicles following traditional immunization. Here, we demonstrate two strategies to concentrate HIV Env immunogens in follicles, via the formation of immune complexes (ICs) or by employing self-assembling protein nanoparticles for multivalent display of Env antigens. Using rhesus macaques, we show that within a few days following immunization, free trimers were present in a diffuse pattern in draining LNs, while trimer ICs and Env nanoparticles accumulated in B cell follicles. Whole LN imaging strikingly revealed that ICs and trimer nanoparticles concentrated in as many as 500 follicles in a single LN within two days after immunization. Imaging of LNs collected seven days postimmunization showed that Env nanoparticles persisted on follicular dendritic cells in the light zone of nascent GCs. These findings suggest that the form of antigen administered in vaccination can dramatically impact localization in lymphoid tissues and provides a new rationale for the enhanced immune responses observed following immunization with ICs or nanoparticles.
履歴
登録2020年1月22日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年2月19日-
マップ公開2020年8月12日-
更新2024年3月6日-
現状2024年3月6日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.025
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.025
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6vl6
  • 表面レベル: 0.025
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_21231.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_21231.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 325 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈De novo designed tetrahedral nanoparticle T33_dn2 presenting BG505 SOSIP trimers, post-processed cryoEM map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.15 Å/pix.
x 440 pix.
= 506. Å		1.15 Å/pix.
x 440 pix.
= 506. Å		1.15 Å/pix.
x 440 pix.
= 506. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.15 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.025 / ムービー #1: 0.025
最小 - 最大-0.02345367 - 0.073088616
平均 (標準偏差)0.00017986611 (±0.0020430344)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ440440440
Spacing440440440
セルA=B=C: 506.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.151.151.15
M x/y/z440440440
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z506.000506.000506.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS440440440
D min/max/mean-0.0230.0730.000

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_21231_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: De novo designed tetrahedral nanoparticle T33 dn2 presenting BG505...

ファイルemd_21231_half_map_1.map
注釈De novo designed tetrahedral nanoparticle T33_dn2 presenting BG505 SOSIP trimers, cryoEM half-map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: De novo designed tetrahedral nanoparticle T33 dn2 presenting BG505...

ファイルemd_21231_half_map_2.map
注釈De novo designed tetrahedral nanoparticle T33_dn2 presenting BG505 SOSIP trimers, cryoEM half-map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : De novo designed tetrahedral nanoparticle BG505 SOSIP-T33_dn2

全体名称: De novo designed tetrahedral nanoparticle BG505 SOSIP-T33_dn2
要素
  • 複合体: De novo designed tetrahedral nanoparticle BG505 SOSIP-T33_dn2
    • タンパク質・ペプチド: T33_dn2A
    • タンパク質・ペプチド: T33_dn2B

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超分子 #1: De novo designed tetrahedral nanoparticle BG505 SOSIP-T33_dn2

超分子名称: De novo designed tetrahedral nanoparticle BG505 SOSIP-T33_dn2
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
詳細: De novo designed T33_dn2 nanoparticle was engineered to present BG505 SOSIP trimers. 4 trimers per nanoparticle.
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)

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分子 #1: T33_dn2A

分子名称: T33_dn2A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 12 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 14.136632 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
GSMGNLAEKM YKAGNAMYRK GQYTIAIIAY TLALLKDPNN AEAWYNLGNA AYKKGEYDEA IEAYQKALEL DPNNAEAWYN LGNAYYKQG DYDEAIEYYK KALRLDPRNV DAIENLIEAE EKQGAS

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分子 #2: T33_dn2B

分子名称: T33_dn2B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 12 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 14.905603 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列:
MEEAELAYLL GELAYKLGEY RIAIRAYRIA LKRDPNNAEA WYNLGNAYYK QGDYREAIRY YLRALKLDPE NAEAWYNLGN ALYKQGKYD LAIIAYQAAL EEDPNNAEAK QNLGNAKQKQ GLEHHHHHH

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度4.0 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
構成要素:
濃度名称式
25.0 mMTris-HCl
150.0 mMsodium chlorideNaCl

詳細: Freshly prepared buffer, 0.2 uM filtered
グリッド支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 詳細: unspecified
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 10 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細: Lauryl maltose neopentyl glycol (LMNG) at a final concentration of 0.005 mM was added to the nanoparticle sample (4.0 mg/mL) and 3 uL was immediately loaded onto plasma-cleaned Quantifoil R ...詳細: Lauryl maltose neopentyl glycol (LMNG) at a final concentration of 0.005 mM was added to the nanoparticle sample (4.0 mg/mL) and 3 uL was immediately loaded onto plasma-cleaned Quantifoil R 2/1 holey carbon copper grid (Cu, 400-mesh, Quantifoil Micro Tools GmbH)..
詳細BG505 SOSIP-T33_dn2 nanoparticles were prepared by combining equimolar amounts of BG505 SOSIP-T33_dn2A and T33_dn2B components and subsequent incubation.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TALOS ARCTICA
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 撮影したグリッド数: 3 / 実像数: 2748 / 平均露光時間: 11.25 sec. / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 36000
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 210597 / 詳細: Template picker in cryoSPARC
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: Low resolution T33_dn2 nanoparticle map
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: T (正4面体型対称) / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0) / 使用した粒子像数: 35521
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

5cez


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: OTHER
得られたモデル

PDB-6vl6:
De novo designed tetrahedral nanoparticle T33_dn2 presenting BG505 SOSIP trimers

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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