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万見
- EMDB-21215: Cryo-EM reconstruction of incomplete 80S ribosome (class ii) -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-21215
タイトルCryo-EM reconstruction of incomplete 80S ribosome (class ii)
マップデータCryo-EM reconstruction of incomplete 80S ribosome (class ii)
試料
  • 複合体: Cryo-EM reconstruction of incomplete 80S ribosome (class ii)
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.1 Å
データ登録者Frank J / Sun M / Shen B / Li W
資金援助 米国, 5件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01 GM29169 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)HL68744 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM64779 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)CA098131 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)ES11993 米国
引用ジャーナル: Proteomics / 年: 2021
タイトル: A Time-Resolved Cryo-EM Study of Saccharomyces cerevisiae 80S Ribosome Protein Composition in Response to a Change in Carbon Source.
著者: Ming Sun / Bingxin Shen / Wen Li / Parimal Samir / Christopher M Browne / Andrew J Link / Joachim Frank /
要旨: The role of the ribosome in the regulation of gene expression has come into increased focus. It is proposed that ribosomes are catalytic engines capable of changing their protein composition in ...The role of the ribosome in the regulation of gene expression has come into increased focus. It is proposed that ribosomes are catalytic engines capable of changing their protein composition in response to environmental stimuli. Time-resolved cryo-electron microscopy (cryo-EM) techniques are employed to identify quantitative changes in the protein composition and structure of the Saccharomyces cerevisiae 80S ribosomes after shifting the carbon source from glucose to glycerol. Using cryo-EM combined with the computational classification approach, it is found that a fraction of the yeast cells' 80S ribosomes lack ribosomal proteins at the entrance and exit sites for tRNAs, including uL16(RPL10), eS1(RPS1), uS11(RPS14A/B), and eS26(RPS26A/B). This fraction increased after a change from glucose to glycerol medium. The quantitative structural analysis supports the hypothesis that ribosomes are dynamic complexes that alter their composition in response to changes in growth or environmental conditions.
履歴
登録2020年1月16日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年2月19日-
マップ公開2020年10月14日-
更新2021年1月20日-
現状2021年1月20日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.03
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.03
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_21215.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_21215.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 80.2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Cryo-EM reconstruction of incomplete 80S ribosome (class ii)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.66 Å/pix.
x 276 pix.
= 458.16 Å		1.66 Å/pix.
x 276 pix.
= 458.16 Å		1.66 Å/pix.
x 276 pix.
= 458.16 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.66 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.03 / ムービー #1: 0.03
最小 - 最大-0.09735058 - 0.13606358
平均 (標準偏差)0.00091851276 (±0.007394048)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ276276276
Spacing276276276
セルA=B=C: 458.16 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.661.661.66
M x/y/z276276276
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z458.160458.160458.160
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ400400400
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS276276276
D min/max/mean-0.0970.1360.001

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添付データ

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追加マップ: Un-sharpened cryo-EM density map

ファイルemd_21215_additional_1.map
注釈Un-sharpened cryo-EM density map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Cryo-EM reconstruction of incomplete 80S ribosome (class ii)

全体名称: Cryo-EM reconstruction of incomplete 80S ribosome (class ii)
要素
  • 複合体: Cryo-EM reconstruction of incomplete 80S ribosome (class ii)

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超分子 #1: Cryo-EM reconstruction of incomplete 80S ribosome (class ii)

超分子名称: Cryo-EM reconstruction of incomplete 80S ribosome (class ii)
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
グリッドモデル: Quantifoil R2/4 / 材質: COPPER
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 %

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI POLARA 300
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均露光時間: 8.0 sec. / 平均電子線量: 23.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 6.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.2) / 使用した粒子像数: 32277
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.2)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.2)
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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